・野外調査
午後
・個人ゼミ（オンライン）
・資料作成
・データ整理
砂丘にも色々な場所がある。表層の砂が吹き飛んで過去に堆積した火山灰が露出した場所。
2021年8月31日火曜日
2021年8月30日月曜日
痒い
午前
・学会業務
午後
・個人ゼミ（オンライン）
・会議
・資料作成
何もできず。
土日はワクチンの副反応に苦しめられた。腰痛が悪化し、横になっているのがしんどくなったのがキツかった。
現在は、注射跡が猛烈に痒い。
・学会業務
午後
・個人ゼミ（オンライン）
・会議
・資料作成
何もできず。
土日はワクチンの副反応に苦しめられた。腰痛が悪化し、横になっているのがしんどくなったのがキツかった。
現在は、注射跡が猛烈に痒い。
2021年8月27日金曜日
反射神経
午前
・学会業務
・資料作成
午後
・個人ゼミ（オンライン）
・学会業務
・データ整理
来週の会議、学会の準備が大詰め。考えを整理する時間もなく、反射神経で対応をし続けた１日だった。色々とミスをしていそうで心配。
・学会業務
・資料作成
午後
・個人ゼミ（オンライン）
・学会業務
・データ整理
来週の会議、学会の準備が大詰め。考えを整理する時間もなく、反射神経で対応をし続けた１日だった。色々とミスをしていそうで心配。
2021年8月26日木曜日
Spatial Ecology and Conservation Modeling: Applications with R
午前
・学外会議
午後
・学外会議
・学会業務
Spatial Ecology and Conservation Modeling: Applications with R
まだ全然読んでいないけど（６章のみ）、メモとして。
複数の森林で、動物の個体数や種数などを調べ、その大小を決定する要因を調べることは、生態学では最も普通に行われる調査方法だろう。
この時、個体数や種数は独立していること、つまり、地点（森林）で関係がないことが前提となる。
例えば、動物の個体数が多い地点の近くの地点で個体数が多い、もしくは、少ない地点の近くでは少ない、という関係があるとまずい。このような関係性を空間的自己相関という、、、らしい。
空間的自己相関の指標として、最も有名なのが、モランのI統計量（Moran's I）である。詳しい計算式はこことか、ここを参照。
数式を完全に理解できたわけではないが、各地点の偏差を地点間の距離を踏まえて乗したものと考えると分かりやすい？
つまり、隣り合う２地点が、ともに平均値よりも個体数が多い（or少ない）場合、２地点の偏差の掛け算は正の大きな値をとる。一方、平均値よりも多い地点と小さな地点の偏差の掛け算はマイナスとなる。
Moran's Iは、-1 < I < 1、をとり、大きな値ほど空間的に集合しており（空間的自己相関がある）、小さな値ほど離散していると解釈できる。
Rではいくつかの方法があるようだが、library(spdep) を使った方法が一般的みたい。
で、ここまでは、随分前に勉強したのだが、最近、悩んでいたのが、任意の空間スケールごとにMoran's Iを求める方法。
論文でよく見るこんなグラフを作りたかった。
で、見つけたのが上記の本。
第６章に自作関数（icorrelogram）というが紹介されている。下記で動くが、座標データは平面直角座標系でなければならない（N35.12、とかはダメ）。
ただ、（まだ読んでいない）第５章で紹介されている、library (pgirmess) の correlog () で一撃かも？
もくじ
1．Introduction to Spatial Ecology and Its Relevance for Conservation
Part I Quantifying Spatial Pattern in Ecological Data
2．Scale
3．Land-Cover Pattern and Change
4．Spatial Dispersion and Point Data
5．Spatial Dependence and Autocorrelation
6．Accounting for Spatial Dependence in Ecological Data
Part II Ecological Responses to Spatial Pattern and Conservation
7．Species Distributions
8．Space Use and Resource Selection
9．Connectivity
10．Population Dynamics in Space
11．Spatially Structured Communities
12．What Have We Learned? Looking Back and Pressing Forward
・学外会議
午後
・学外会議
・学会業務
Spatial Ecology and Conservation Modeling: Applications with R
まだ全然読んでいないけど（６章のみ）、メモとして。
複数の森林で、動物の個体数や種数などを調べ、その大小を決定する要因を調べることは、生態学では最も普通に行われる調査方法だろう。
この時、個体数や種数は独立していること、つまり、地点（森林）で関係がないことが前提となる。
例えば、動物の個体数が多い地点の近くの地点で個体数が多い、もしくは、少ない地点の近くでは少ない、という関係があるとまずい。このような関係性を空間的自己相関という、、、らしい。
空間的自己相関の指標として、最も有名なのが、モランのI統計量（Moran's I）である。詳しい計算式はこことか、ここを参照。
数式を完全に理解できたわけではないが、各地点の偏差を地点間の距離を踏まえて乗したものと考えると分かりやすい？
つまり、隣り合う２地点が、ともに平均値よりも個体数が多い（or少ない）場合、２地点の偏差の掛け算は正の大きな値をとる。一方、平均値よりも多い地点と小さな地点の偏差の掛け算はマイナスとなる。
Moran's Iは、-1 < I < 1、をとり、大きな値ほど空間的に集合しており（空間的自己相関がある）、小さな値ほど離散していると解釈できる。
Rではいくつかの方法があるようだが、library(spdep) を使った方法が一般的みたい。
で、ここまでは、随分前に勉強したのだが、最近、悩んでいたのが、任意の空間スケールごとにMoran's Iを求める方法。
論文でよく見るこんなグラフを作りたかった。
で、見つけたのが上記の本。
第６章に自作関数（icorrelogram）というが紹介されている。下記で動くが、座標データは平面直角座標系でなければならない（N35.12、とかはダメ）。
icorrelogram (locations=座標データ,
z=解析対象データ,
binsize=区切る距離（m）,
maxdist=最大範囲（m）)
ちなみに、この本に書かれているコマンドは、ここから取得できる。
ただ、（まだ読んでいない）第５章で紹介されている、library (pgirmess) の correlog () で一撃かも？
もくじ
1．Introduction to Spatial Ecology and Its Relevance for Conservation
Part I Quantifying Spatial Pattern in Ecological Data
2．Scale
3．Land-Cover Pattern and Change
4．Spatial Dispersion and Point Data
5．Spatial Dependence and Autocorrelation
6．Accounting for Spatial Dependence in Ecological Data
Part II Ecological Responses to Spatial Pattern and Conservation
7．Species Distributions
8．Space Use and Resource Selection
9．Connectivity
10．Population Dynamics in Space
11．Spatially Structured Communities
12．What Have We Learned? Looking Back and Pressing Forward
2021年8月24日火曜日
どさくさに紛れて
午前
・野外調査
午後
・会議
・論文投稿
・学会業務
研究室に戻ると用事が発生する、を繰り返した。そして、重要なことを忘れていたことに気づき大急ぎで対応。
そして、どさくさに紛れて？論文を投稿した、、、ミスが多そう。
シーケンス結果が返ってきた。早急に欲しかったサンプルは綺麗に読めていそう。汚いのものあるが、古いサンプルか？
・野外調査
午後
・会議
・論文投稿
・学会業務
研究室に戻ると用事が発生する、を繰り返した。そして、重要なことを忘れていたことに気づき大急ぎで対応。
そして、どさくさに紛れて？論文を投稿した、、、ミスが多そう。
シーケンス結果が返ってきた。早急に欲しかったサンプルは綺麗に読めていそう。汚いのものあるが、古いサンプルか？
2021年8月23日月曜日
2021年8月20日金曜日
巨大化
午前
・シーケンス準備
・野外調査
午後
・書類書き
・会議
・標本整理
延期が続いた定期調査をやっと実行できた。少し雨に降られたけど。
数日続いた大雨の影響で、砂丘の水たまりも巨大化。
いつもは湿っているだけの場所にも、大きな水溜り。
ハマゴウの葉に入り込んだナナホシテントウ。
・シーケンス準備
・野外調査
午後
・書類書き
・会議
・標本整理
延期が続いた定期調査をやっと実行できた。少し雨に降られたけど。
数日続いた大雨の影響で、砂丘の水たまりも巨大化。
いつもは湿っているだけの場所にも、大きな水溜り。
ハマゴウの葉に入り込んだナナホシテントウ。
2021年8月19日木曜日
行けず
午前
・PCR実験
・資料作成
午後
・電気泳動
・論文書き
・会議
・資料作成
・PCR産物精製
野外調査に行く予定だったが、雨で行けず。
久しぶりにPCRを行った。全て綺麗にバンドが確認できた。無事にシーケンスに出せそう。
英文校閲から返ってきた原稿を修正して、再度、チェックをしてもらう。こちらは今月中に投稿までいけるか。
・PCR実験
・資料作成
午後
・電気泳動
・論文書き
・会議
・資料作成
・PCR産物精製
野外調査に行く予定だったが、雨で行けず。
久しぶりにPCRを行った。全て綺麗にバンドが確認できた。無事にシーケンスに出せそう。
英文校閲から返ってきた原稿を修正して、再度、チェックをしてもらう。こちらは今月中に投稿までいけるか。
2021年8月17日火曜日
優越感
午前
・標本整理
午後
・DNA抽出
・授業準備
・学会関連業務
恒例の野外調査の日であったが、雨で中止。おかげで溜まっていた業務を少しだけ進めることができた。
随分と放置していた卒論論文化原稿を連休中に書き上げ、英文校閲に出せたのは良かった。今月中には投稿してしまいたい。
そして、随分前に１巻だけ購入して放置していたフラジャイルを読み進めて連休が終わった。
サンプルを床に落として、コナダニが付着して誤診する、というネタに「流石にありえないだろう」と突っ込みながらも、プレパラートは実験台に放置して乾燥させていたら、チャタテムシが封入液にトラップされていることを思い出し、同じようなものかと思ったり、
SFTSがネタの回では、私の方が先に気づいたと優越感に浸ったり、
とナカナカ楽しめる。
・標本整理
午後
・DNA抽出
・授業準備
・学会関連業務
恒例の野外調査の日であったが、雨で中止。おかげで溜まっていた業務を少しだけ進めることができた。
随分と放置していた卒論論文化原稿を連休中に書き上げ、英文校閲に出せたのは良かった。今月中には投稿してしまいたい。
そして、随分前に１巻だけ購入して放置していたフラジャイルを読み進めて連休が終わった。
サンプルを床に落として、コナダニが付着して誤診する、というネタに「流石にありえないだろう」と突っ込みながらも、プレパラートは実験台に放置して乾燥させていたら、チャタテムシが封入液にトラップされていることを思い出し、同じようなものかと思ったり、
SFTSがネタの回では、私の方が先に気づいたと優越感に浸ったり、
とナカナカ楽しめる。
2021年8月11日水曜日
原子の力を解放せよ
午前
・卒論手伝い（野外調査）
午後
・授業準備
２日連続で砂丘へ。
NHK BSで偶然やっていた「原子の力を解放せよ」を観た。途中からだけど。
原爆投下、そして、敗戦によって、様々な被害を受けた京都大学の研究者に関する内容だった。
映画「太陽の子」の基となったそうだ。
この番組で、枕崎台風を初めて知った。
終戦から約１ヶ月後の9月１７日に、京都大学の教員や学生は原爆の被害を調査するため広島に向かった。この時、昭和の三大台風と呼ばれる大型台風（枕崎台風）が日本に直撃していた。
しかし、原爆によって広島気象台が破壊されていたため、京都大学関係者は、その情報がつかめず、台風直撃による土砂崩れによって１０名が亡くなったそうだ（のちに、さらに１名が亡くなる）。
太陽の子の特集で、広島に調査に行くことは知っていたが、このような事故があったことは知らなかった。
番組では、京都大学の原子核物理学研究室が話題の中心だったので、この事故で、その研究室の教員と学生が亡くなったことが紹介されていた。１名は婚約（結婚？）直後だったそうだ。
また、この研究室では、その後、原子核を研究するための加速器であるサイクロトンが軍事目的であるとされGHQに破壊され、さらに、実験ノートまでも没収されたそうだ。
このとき、医学部の学生（？）が、GHQに対して、この施設は軍事目的ではなく基礎科学のためのものであり、医学の進歩に不可欠である、という趣旨の手紙が送ったことが紹介され、強く心を打たれた。
結局、破壊されてしまったのだが、米国でもこの破壊について疑問の声があがり、後に、これらの施設は基礎科学のための施設であり、この破壊は間違いであったことが認められたとのこと。
純粋に学問を追求していた研究者、学生が、時代に振り回された悲劇を痛感する番組だった。初めから見直しておきたい。
・卒論手伝い（野外調査）
午後
・授業準備
２日連続で砂丘へ。
NHK BSで偶然やっていた「原子の力を解放せよ」を観た。途中からだけど。
原爆投下、そして、敗戦によって、様々な被害を受けた京都大学の研究者に関する内容だった。
映画「太陽の子」の基となったそうだ。
この番組で、枕崎台風を初めて知った。
終戦から約１ヶ月後の9月１７日に、京都大学の教員や学生は原爆の被害を調査するため広島に向かった。この時、昭和の三大台風と呼ばれる大型台風（枕崎台風）が日本に直撃していた。
しかし、原爆によって広島気象台が破壊されていたため、京都大学関係者は、その情報がつかめず、台風直撃による土砂崩れによって１０名が亡くなったそうだ（のちに、さらに１名が亡くなる）。
太陽の子の特集で、広島に調査に行くことは知っていたが、このような事故があったことは知らなかった。
番組では、京都大学の原子核物理学研究室が話題の中心だったので、この事故で、その研究室の教員と学生が亡くなったことが紹介されていた。１名は婚約（結婚？）直後だったそうだ。
また、この研究室では、その後、原子核を研究するための加速器であるサイクロトンが軍事目的であるとされGHQに破壊され、さらに、実験ノートまでも没収されたそうだ。
このとき、医学部の学生（？）が、GHQに対して、この施設は軍事目的ではなく基礎科学のためのものであり、医学の進歩に不可欠である、という趣旨の手紙が送ったことが紹介され、強く心を打たれた。
結局、破壊されてしまったのだが、米国でもこの破壊について疑問の声があがり、後に、これらの施設は基礎科学のための施設であり、この破壊は間違いであったことが認められたとのこと。
純粋に学問を追求していた研究者、学生が、時代に振り回された悲劇を痛感する番組だった。初めから見直しておきたい。
2021年8月10日火曜日
2021年8月5日木曜日
オスばかり
午前
・研究ゼミ（研究計画）
午後
・研究ゼミ（研究計画）
・授業準備
卒論、修論の研究計画×７の発表で終わった１日。
サソリモドキの標本を提供して頂いた。何回も提供頂いているが、成体オスばかりが発見される不思議な場所。
・研究ゼミ（研究計画）
午後
・研究ゼミ（研究計画）
・授業準備
卒論、修論の研究計画×７の発表で終わった１日。
サソリモドキの標本を提供して頂いた。何回も提供頂いているが、成体オスばかりが発見される不思議な場所。
2021年8月4日水曜日
2021年8月3日火曜日
鳥取県からのアマミサソリモドキの初報告
午前
・野外調査
午後
・データ整理
・標本整理
・授業準備
火曜日恒例調査。
ツチバチが潜っていくところ。跡形もなくなかった。巣を作るだけでなくて、このように完全に潜ることもあるのか。
サソリモドキの論文が出版された。鳥取県からのアマミサソリモドキの初報告。
唐沢重考・緒方則彦・三浦大樹・粂川義雅・長田諭実・本多正尚 (2021)
アマミサソリモドキ Typopeltis stimpsonii (Wood, 1862) の分布状況および系統地理学的考察
Edaphologia, 109: 19–31.
・野外調査
午後
・データ整理
・標本整理
・授業準備
火曜日恒例調査。
ツチバチが潜っていくところ。跡形もなくなかった。巣を作るだけでなくて、このように完全に潜ることもあるのか。
サソリモドキの論文が出版された。鳥取県からのアマミサソリモドキの初報告。
唐沢重考・緒方則彦・三浦大樹・粂川義雅・長田諭実・本多正尚 (2021)
アマミサソリモドキ Typopeltis stimpsonii (Wood, 1862) の分布状況および系統地理学的考察
Edaphologia, 109: 19–31.
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