飽血マダニ

午前
・修論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・PC設定

ポケットwifiで再インストールはできたが、その後の管理者ログインができなくなったり、PC設定にハマりまくって終わった。再度、インストールを試みるが、設定中なのか、フリーズ中なのか、、、。

砂丘で飽血マダニを発見。３例目であるが、初めての生体。

モグラの痕跡

午前
・PC設定
・生態学ゼミ

午後
・修論手伝い（野外調査）
・データ解析

新しくmac miniを購入して依頼、大きな問題もなく順調に使えていたのが、とうとう（無駄に）悩まされることに。

BEASTを用いた解析でナカナカ収束しなかったのだが、さらに大きな問題としてTreeAnnonator.appが動かない状態に。

これはキットApple siliconのせいだと思い、ネット情報を頼りに色々と試したがダメ。そこで、古いPCでも試すが動かない。

なぜ？、、、過去のデータを実行したらApple siliconでも動いた。TreeAnnonator.appが動かないのは解析結果に問題があるらしい、と２日間の悪戦苦闘の末、気づいた。

さらに、久しぶりに古いのPCを使ったら動作が非常に重いので、この際に、クリーンインストールをすることにした、、、本日は、これに悩まされた。

OSを削除して再インストールのためにwifiに繋ごうとしても繋がらない。ネット情報によると再インストールの時は企業のネットワークなどに繋がらないことがあるとか。

バックアップはあるので元の状態には戻せるが、どうにか初期化したい。ポケットwifiを借りて繋ぐか、、、と思ったところで力尽きた。

夏は完全に干上がっていたオアシスも、最近、復活した。

その近くでモグラの痕跡を発見。こんなところまでくるのか？

暑すぎず、寒すぎず、

午前
・生態学ゼミ（中間発表）
・修論手伝い（野外調査）

午後
・資料作成
・データ入力

秋空の砂丘。体感で風は感じなかったが、海は白波が立っていた。

暑すぎず、寒すぎず、歩き易い季節になった。

収束しない

午前
・データ解析
・書類作成

午後
・会議×３
・論文書き手伝い（修論論文化）

BEASTを使った系統解析。先週から10000000、50000000を試したが収束しない。

IQ-TREE

午前
・データ解析
・生態学ゼミ（中間発表）

午後
・データ解析

ML法の系統樹作成にこれまでは、RAxMLを使っていたが、IQ-TREEだとモデル選択を一緒にやってくれて、しかも速い（速度が気になるほどでのデータではないが）、ということで試してみることにした。

ネット情報を参考にしてやったら大きな混乱もなくできた。

パーティション用のnexusファイルの設定が間違っていることにずっと気づかず、BEASTを実行しようとしてoverlapの警告で判明した。今後はこちらがメインになりそう。

心が折れた

午前
・解析指導
・修論手伝い（論文添削）

午後
・個人ゼミ
・PC設定

PCを購入して以来、大きな問題がなかった。

しかし、修論の添削に際して、解析をしようと思ってソフトのインストールを試みて、、、はまった。

半日費やして、根本的な解決はできなかった、、、というか、新しいPCでは（多分）動かせないことが分かった。

しかも、論文をきちんと読んだら、インストールを試みていたソフトは必須ではない、、、気がする（無くても動く？）。心が折れたので、今日は試すのを諦めた。

おしゃれ空間

午前
・学外会議

午後
・個人ゼミ×２
・データ整理

会議場所は、おしゃれ空間だった。

汚い

午前
・資料作成
・統計ゼミ

午後
・統計ゼミ
・発表準備
・個人ゼミ
・データ解析

来月の発表に向けて準備を少しすすめた。せっかくなので卒論データの再解析を試みる、、、と思ったが、データがどこにあるか分からず、その整理でほとんど終わった。

予備解析をしてみた。もっと綺麗な結果がだった気がしていたが、こんなに汚いとは。

数回

午前
・解析指導

午後
・会議
・資料作成
・会議
・論文書き

焦って資料作成⇒ミス発見⇒やり直し、を数回繰り返した。

査読返りの論文も、どうにか書き直して再提出。

タカラダニ類？

午前
・書類作成
・生態学ゼミ（中間発表）

午後
・野外調査
・データ解析

昨日、学生の手伝いをしたときに発見。ハマベノギクに付着するタカラダニ類？

井上尚弥選手の次戦が１２月に決まった。とうとう４団体の統一戦が行われる。

これまで４団体統一が行われたのはライト級以上で、軽量級、アジア人で達成すれば初めての快挙となるとか。

イタリック

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・論文書き

ggplotで作成した軸名に学名が記されており、それをイタリックにするように指摘があった。

投稿時点で気づいていたが、やり方が分からず悩んでいるうちに修正することを忘れていた。

expression()を使うことでイタリックにはできるのだが、そもそも軸名をボールド表記するようにtheme()で指定してあるので、少し面倒だった。

ylab("No. of H. megaspinosa larvae")

とすると、ボールドの立字体となる。

そこで、次のようにする！

ylab(expression(paste(
    bold("No. of "),
    bolditalic("H. megaspinosa"),
    bold(" larvae"))))

イタリックかつボールドはbolditalic()で指定する。

expression()を実行するとtheme()の指定が消える？ので、bolditalic()以外のところはbold()で指定しないと普通の書体になってしまう。

あと、" "の中にスペースを入れる必要がある。

追加

午前
・生態学ゼミ（中間発表）
・会議

午後
・資料作成
・会議
・論文書き

査読から返ってきて、ほったらかしにしていたら、締切が近づいてしまった。

指摘された追加の解析を行なったり。簡単に修正できると思ったが、結構大変そう。

飛行機

午前
・資料作成
・統計ゼミ

午後
・統計ゼミ
・シーケンス準備
・資料作成

発表と調査のため、３年ぶり？に飛行機を乗ることになった。

未上陸の島にもやっと行ける。

初ゼミ

午前
・実験指導
・生態学ゼミ
・ 午後
・資料作成
・データ整理

一気に涼しくなった、というか寒い。来週は暑くなるらしいが。

３年生も配属され、新体制での初ゼミ。

超えた

午前
・実験指導
・授業準備

午後
・授業
・面談×２

久しぶりの授業、そして、学生、卒業生と色々な会話。先週の会話時間を１日で超えた。

進化学

午前
・授業準備
・統計ゼミ

午後
・統計ゼミ
・資料作成

８月に投稿した論文が審査から返ってみた。再審査必要だったが、指摘はそれほどシビアではない。

７月に投稿した方がまだ連絡がこない。こちらはまあまあイケるだろうと思っていたのだが。

ノーベル生理・医学賞が全く話題になっていないが、進化学が受賞対象になるとは！

事前には、mRNAワクチン開発という超応用研究が話題になっていたけど、真逆をいくような基礎研究だった。ノーベル賞の守備範囲の広さに驚かされた。

ノーベル賞とセットの凱旋門賞、、、レースは観ていないが、結果をみるだけだと全く歯が立たなかったようだ。

動画作成

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・授業準備

研究室紹介動画。久しぶりの動画作成。操作を色々と忘れていた。