土壌動物の分子絡み

アリ類とワラジムシ類の種同定。

違う目的で文献探しをしていて見つけた土壌動物の分子絡みの論文。メモ。

A global molecular phylogeny and timescale of evolution for Cryptocercus woodroaches
Che et al. (2016) Molecular Phylogenetics and Evolution, 98: 201–209

アジアと北米大陸に分布するキゴキブリの系統地理、および、ゴキブリに共生するバクテリアとの共進化の可能性を調べている。アジアと北米の分化は５５Maだった。また、ゴキブリとバクテリアの系統樹の樹形を比較し、棄却されないことから共進化の可能性を示唆している。

Supplementary Materialで新種の記載をしている。こういうスタイルも認められるのか。

A molecular phylogenetic study of pheretimoid species (Megascolecidae) in Mindanao and associated islands, Philippines
Aspe et al. (2016) European Journal of Soil Biology, 73: 119–125

フィリピンのミミズの系統、というか、分類のために遺伝的分化を調べている。

Storage and shipping of tissue samples for DNA analyses: A case study on earthworms
Straube and Juen (2013) European Journal of Soil Biology, 57: 13–28

凍結乾燥、７５％エタノール、冷凍（-２０度）で保存した場合のDNA分析の評価をしている。DNA抽出の方法としてpeqGOLD とChelex100も検討しており、peqGOLD と凍結乾燥の組み合わせが比較的好成績を収めている。

淡々

朝一で授業。２回連続で量が多かった。

アリの同定、難しいの多かった。

会議に参加して終了。

夜、歓迎会に参加。楽しかった。

淡々と過ぎた。

気持ちの良い１日

色々と放棄して、午前中、アリ類の同定、午後、ワラジムシ類の同定。

気持ちの良い１日だった。

明日、朝一の授業の準備をして終了。

アリ

書類を作成して提出。

締め切りはもう少し後だけど、真面目に勉強しないとまずい原稿を少し進めて午前中が終了。

午後は授業の準備。PCばかり見ている生活に飽きてきたので、いい加減手を出さないとまずそうなヒノキ林のサンプル処理。

頑張ってアリの種同定に挑戦をしてみる。

当たっているかはおいておいて、どうにか１地点分を終えた。顕微鏡があっていないのか、目が猛烈に痛くなったので、PC生活に戻って学会発表の内容を少し検討。

ネットを参考にやっておけば、、、なんだか変なことに。

ん〜と悩んでいたら大きなミスを発見。

予定外のことに気づいた。サンプル数を増やしたらきちんと議論ができるかも。

書類

締め切りが今週末だと思っていた書類、、、実は先週末が締め切りだった。結構、苦戦してしまい、ほぼ１日をかけて終了。

続いて、間違いなく今週末締め切りの書類作成に手を出すが、これはほぼ一瞬で終わった。

さらに、数日後締め切りの書類作成。結構な大物で、先週から地道に進めてきたのを片付ける。明日、提出できそうだ。

急遽、書類提出の依頼。これも一瞬で終えた。

授業の準備を少しだけして終了。書類書きばかりしてたな。

知識不足

締め切りまでもう少しあるが、勉強がかなり必要な原稿書きを進める、、、進まない。

完全に知識不足で、文献読みをして終了。これは大変そう。

試しに図を作ってみたりとか。

岡山でも

ワラジムシ分布データベースに島根県のデータを追加。

学名の入力ミスが結構あり、半日かかった。

午後は書類書き、図書館で論文探し、論文読みで終了。

全く関係ないことをしていて発見した論文。岡山でも見つかった！

アマミサソリモドキの岡山県への移入例（クモガタ綱，サソリモドキ目，サソリモドキ科）
鶴崎展巨・奥島雄一 (2016) Bull Kurashiki nat Hist, 31: 37-38

これかな？

朝一で授業。来週の準備をして午前中が終了。

会議をしてから、来週の授業の準備を少しして標本整理。

新倉さんにより徹底的に調べらているので、私はやらないだろうハマダンゴムシ。何回かDNA解析をしたのだが、何故か読めなかった。

Burmonicusが落ち着いたら、これかな？これもかなりの種の学名が変更になりそう。

一人では難しそうなので、共同研究をお願いする。

南アフリカの土壌動物

午前中は授業の準備、共同研究の相談メールなどをして、午後は授業。

ツルグレンを設置。

なかなか凄い論文を発見。

Soil biota in a megadiverse country: Current knowledge and future research directions in South Africa
Janion-Scheepers et al. (in press) Pedobiologia

南アフリカの土壌動物研究者が集結して、様々な動物群を網羅的に現状を報告している。

さすがに全動物群をちゃんと読む元気はない。

とりあえずワラジムシ類だけ目を通した。実は、南アフリカはワラジムシ類の研究が結構行われているようで１２７種の報告がある。ただ、現在は研究者がいないそうだ。

分布解析をしている動物もあるだが、ワラジムシ類は分布データが乏しいため、それが行われていない。

このような仕事は大変な労力を要するので、本当に大変だろうなと思うけど、現状を整理するのに本当に役に立つ。

トキワイカリソウ

授業×２の準備をして午前中が終了。

午後は学生実習で海岸をウロウロ。色々と勉強になりました。

トキワイカリソウ。植物が全く分からないな、、、。

授業の準備、共同研究のメールを色々と送って終了。

安定同位体を用いた餌資源・食物網調査法

授業の準備。論文のPDF化の準備など。

生態学フィールド調査法シリーズで、安定同位体の本も出版されていた。


安定同位体を用いた餌資源・食物網調査法 (生態学フィールド調査法シリーズ)

安定同位体研究は、食物網研究を大きく飛躍させた方法で、今、もっとも熱い生態学研究分野の一つである。

食物網の研究は、これまで胃内容物や糞の解析などが行われてきたが、これらの解析は口に入れたものを調べているのであって、それを栄養として取り込んだかは別の話であった。

一方、本書で紹介される方法は、生体内の炭素や窒素の同位体比を調べることで、同化した餌資源の由来を推定することが可能となる、、、らしい。その前提となる条件はあるのだが。

兵藤さんが著者に入っており、土壌動物の記述も多い。

サンプルを機械に入れたら結果が出るよ、と聞いていたが、そう単純ではないことが分かった。ただ、分析の外注ができるようなので、やれないこともないのかな、と思う。

もくじ
１．食物網と同位体解析もくじ
２．陸上生態系での調査手法
３．湖沼・海洋における調査手法
４．河川における調査手法
５．安定同位体試料の処理・測定
６．安定同位体比データの解析方法
７．陸上生態系における同位体解析
８．湖沼・沿岸における同位体比解析
９．新たな同位体比分析手法

焦ってきた

論文書き直し。一応、終わった。nativeに読んでもらってから投稿へ。

授業の準備。こちらが思ったよりもはかどらず焦ってきた。

作り直し

論文revise。コメントをちゃんと読んだら、結構、面倒なことが多いことが分かった。午前中はこれで終了。

授業の準備。以前、使っていたのを転用できそうなのだが、中途半端に転用するなら、全部作り変えた方が楽かも、と思い、全て作り直し。

かなり苦戦。

合間に助成金の書類を書いたりとか進めているうちに、新しい提出書類が届いた。

熊本の地震は、速報をテレビで観たときは、それほどでもないかと思ったが、やはり大惨事になってしまったか。

忘れた頃に、予想外の場所で発生する。

やめろと

分担で担当する授業のガイダンスに参加。来週から担当。

もう一つ同じことをした。

放置している論文のreviseを進める。Treefinderはやめろと、、、日本人は使えるのですが、、、。ということでRAxMLで解析。サンプルが少ないので、すぐに終わった。

結構、書き直しが多く、もう少し時間がかかりそう。

卒業生から某国のワラジムシ類をもらった。欲しかったオカダンはありそうだけど、結構小さいな。

仁風閣

授業×２、、、といっても、分担もので、むしろ、色々と教えてもらってばかりで学生気分だった。

野外実習で鳥取城跡へ。

仁風閣という建物で、るろうに剣心の映画でクライマックスの撮影に使われたそうです。多分、かなりCGが入っていると思う。

あとは書類書きを少しして終了。

DNA情報で生態系を読み解く

良書を出し続けている、生態学フィールド調査法シリーズの新刊。


DNA情報で生態系を読み解く: 環境DNA・大規模群集調査・生態ネットワーク (生態学フィールド調査法シリーズ)

次世代シーケンサーを使用した多様性研究のHow to本。

私は次世代シーケンサーを使った研究をしたことがないので、詳細は分からないが、そんな私でも何となく実験の流れが理解できてしまうほど、分かりやすく書かれている。

実験計画編やサンプリング編は生態学調査の基礎をごく短くまとめてある。

その後、DNA抽出、PCR用のプライマー、そして、次世代シーケンサーの使用法と、この本を読みながらやれば、できてしまうのでは、と思えるほど、完結に要点が書かれている（と思う）。

次世代シーケンサーの生み出すデータは膨大なために、その解析が難しそう、と思ってしまうのだが、シーケンシグデータを扱うLinuxコマンド、群集・ネットワーク解析や描画のためのRコマンドなど、も詳しく描かれている。

群集解析のRコマンドは、veganが使用されており、次世代シーケンスのデータでなくても使える。

やってみたいけど難しそうと、思っていた気持ちを、少し抑えてくれた。この分野の必読の一冊になるのでしょう。

もくじ
１．生態系研究における情報革命
２．生物群集調査ー調査計画編ー
３．生物群集調査ーサンプリング編ー
４．生物群集調査ーDNA抽出編ー
５．生物群集調査ーDNAマーカー選択編ー
６．生物群集調査ーPCRプライマー編ー
７．生物群集調査ーPCR・次世代シーケンシグ編ー
８．せい群集調査ーバイオインフォマティクス編ー
９．生物群集調査ーデータ準備編ー
１０．生物群集調査ー統計解析編ー
１１．生態ネットワーク調査ー調査計画編ー
１２．生態ネットワーク調査ー次世代シーケンシグ編ー
１３．生態ネットワーク調査ーネットワーク描画編ー
１４．生態ネットワーク調査ーネットワーク構造解析編ー
１５．生態ネットワーク調査ー各種の特性編ー

明日から担当授業が始まる。

名峰大山

土日を使って、新入生の合宿研修。綿密に練られたスケジュールに感心の連続だった。

山陰の名峰大山。

見る角度によって、かなり印象が異なる。

その中腹にある研修場に宿泊。今年いっぱいで利用中止になるのだとか。

工場見学もあった。

大学に戻って少しだけ書類書きを進めて終了。

入学式

今日が入学式で、来週の月曜日から授業が始まる。

分担が多いので、実際に行うのは再来週なのだが、実験科目なので、内容を検討して不足物品の購入とかをして午前中が終了。

午後は、査読から返ってきた論文の修正をして終了。

土日は新入生の宿泊研修に参加。

TSUTAYA

明日が入学式なのだが、ここ数日、新入生向けのオリエンテーションは色々と行われている。

今日は、ほぼ丸１日、私も参加。勉強になった。

もっと時間がかかるかな、と思っていた報告書が結構早く完成した。

他にもいくつか書類を提出。

鳥取情報。

県庁所在地である鳥取市内にTSUTAYAはあるだろうと気軽に考えていたが、つい最近、潰れた？らしい。

大学に壁

今日は１日、自由だったのだが、なかなかリズムに乗れず、、、書類書きでほぼ終わってしまった。

報告書が１つ完成して、あと１つ。

先日、近くの体育館に行ってみた。目的は、

を見ることだった。かなり小さいけど、テープは１〜５級まであった。有志がセットしてるのかな？早く、生活に慣れて登りに行きたい。

リード用の壁もあった。

ちなみに、大学内にも壁があるみたい。こちらに行く勇気はないな。

驚いた

新任向けの講習会に参加して勉強する１日だった。新任が沢山いて驚いた。

明日から、少しずつ研究を進められる、、、かな。

鳥取大学

４月１日付けで、鳥取大学地域学部地域環境学科に着任しました。

福岡はとても良いところでしたが、機会があり、人生初の中国地方に住むこととなりました。

学部の名前のとおり、中国地方、山陰地方の特色を活かした研究を進めていきます、、、沖縄も続けますが。

やっと段ボールの梱包は解いた。

この引越しにともない、この２、３ヶ月何もやって無いな。そして、昨年は幸運にも助成金を幾つかもらったため、締め切り間近の報告書がたくさんある。