Library

午前
・授業準備
・個人ゼミ

午後
・卒論手伝い（野外調査）
・授業準備


卒論×２、、、サンプルが採れない。

Machintosh HD/Library/..
Machintosh HD/User/ホームディクレトリ／Library/..

で混乱。

dismoでmaxentと実行するには、dismo/java/maxent.jar、にmaxent.jarを保管する必要がある。

で、このフォルダの場所はimacとbookairで異なっていて、imacでは、Machintosh HD/Library/...に、bookairでは、Machintosh HD/User/ホームディクレトリ/Library/...にあった。

また、bookairでは、User/ホームディクレトリ/Library/、を見るには、「Finder」⇒「移動」で「Option」を押すと出てくる。

多重検定に関する問題

午前
・標本整理

午後
・学会業務
・勉強

多重検定に関する問題について勉強することになった。

学生の頃に指摘されて、「おぉ」と痛感したことを覚えている。

統計検定あるあるで、３群（以上）でANOVAをしたのち、どの群間で差があるかを調べるために、t検定をやりまくるヤツ。

しかし、最近、多重検定問題で検索すると、よく目にするのが「多項目の検定（足立, 1998）」と呼ばれる問題。

２群を複数の項目で比較することによって発生する。マイクロアレイの解析で陥りやすいそうで、それに関する記事がよく検索される。

足立（1998）によると、具体例として「多群の対比較の検定」、「多項目の検定」、「経時的データの輪切り検定」、「多種検定」、「サブグループ検定」、「中間解析」、「結果が出た後のsnooping」が挙げられている。

対処法としては「事前」と「事後」がある。

「事後」の対策として有名なのが、ボンフェロー二補正やTukey's HSD検定などがある。これは全体の有意水準を下がらないように制御するものである。

ただ、この方法だと、例えば、多項目の検定のとき、項目数が１００個あったらまず違いがでない（マイクロアレイは数千〜万？）。そのために、第二種の過ちを制御する（？違うかも）Benjamini and Hochberg法やStorey法などがある。

後者は、勉強不足でまだ良く分かっていない。

文献

足立 (1998) らくらく生物統計学. 中山書店.

bilデータを.ascに変換；カンマ区切り

大変だったけど、頑張った一日。

WorldClimで取得した.bilデータを.ascに変換することで半日費やした。厳密には、昨日、準備したものが使えないことが判明したので、もっと時間を費やしたけど。

QGISで変換できるのだが、その変換データをMaxentが読み込んでくれない。テキストエディットで開くとこんな感じ。

あーだ、こーだ苦戦。解決策はここにありました。QGIS2.0以降の問題らしい。

無事に解決。

あともう一つメモ。最近は、LibreOfficeを使っているのだが、csvで保存するとタブ区切りで保存される。これもMaxentでは読み込めない。

名前をつけて保存で「フィルター設定を編集する」にチェックを入れば良い。

無事にカンマ区切りになった。

学会用の面倒な解析が今日だけで終わった！！もっとハマるかと思ったけど、ファイルの準備以外はほとんど問題なくすすんだ。

個人用テンプレート

シーケンスの準備をしてシーケンスへ。

幸か不幸かtaqが無くなったので、しばらく実験は中断せざるをえない。たまったオートクレーブとか、実験の片付けをして午前中が終了。

書類書き、結構前に戻ってきたシーケンス結果の整理などをして、本読みゼミと思ったら病欠が多いので中止。

学会編集業務を進めて終了。

何度かはまったことがあるのでメモ。

Microsoft officeで保存する際に、突如出現する保存場所「個人用テンプレート」。

勢い余ってここに保存しまって、フォルダを検索したが見つからない。

この場合、「ライブラリ」⇒「Application Support」⇒「Microsoft」⇒「Office」⇒「ユーザーテンプレート」に保存されている。

エクセルのデータをsqlite3に取り込む

ほぼ一日中会議で終わった。

エクセルのデータをsqlite3に取り込むのに大苦戦。まだ、細かな点は分からなことだらけだが、最低限のことができるようになったのでメモ。

こんな感じのエクセルデータがあるとする。

「CSV（カンマ区切り）」で保存する。今回は「mushi.csv」として保存。

ここからは理由は良く分からないが、こうやったら上手くいった手順ということで。

「テキストエディット」でcsvファイルを開き、「別名で保存」から「Unicode（UTF-8）」で保存する。ファイル名は好きにして良いが、今回は「mushi.csv」のまま。

このcsvファイルを「TextWrangler」で開き、「Save as」から「Line breaks」を「Unix (LF)」に変更して「Save」する。

ターミナルを開き、

$ sqlite3 mushi.db; #mushi.dbというデータベースを作成
sqlite> create table mushi_table(id integer primary key, site text, animal text); #mushi.dbの中にmushi_tableというテーブルを作成
sqlite> .separator , #区切り文字を「,」に指定
sqlite> .import mushi.csv mushi_table #mushi.csvをmushi_tableに入れる
sqlite> select * from mushi_table; #mushi_tableを表示する

で、mushi.csvファイルが、mushi.dbのmushi_tableに取り込まれたことが分かる。

「テキストエディット」と「TextWrangler」の流れは、後者で一回でできるのだが、そのやり方だとナゼか日本語が文字化けする。

これだけのことにかなり苦戦したのだが、最も苦労したのが、「Line breaks」を「Unix (LF)」にするところ。

デフォルトでは「Classic Mac (CR)」になっており、このまま同じ作業を実行すると

expected 3 columns but found 11 - extras ignored

と列の数が上手く認識されない。LFとかCRは改行の指定らしのだが、、、全く理解できていないが、とりあえずということで。

「.」で始まるファイル

生態学会で発表したいデータベースの準備をするが、難しくてほとんど進まない。

合間に草刈り×３。

どうにもならないので、気晴らしに、自炊を進めて終了。

メモ。Basic認証で使用する「.htaccess」などのように「.」で始まるファイル名はMacでは消えてしまい、普通の状態ではファイルを見ることができない。

見るためには、ターミナルを開いて、以下の２行を実行すればよい。

$ defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles true
$ killall Finder

元に戻すときは、

$ defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles false
$ killall Finder

と「true」と「false」にすれば良い。

Tracerで確認

良く分からないうちに数日が過ぎてしまった。

サソリモドキの修正を進める。一通り終わった。明日、見直して共同研究者に送りたい。

メモ。MrBayesで系統樹を作成し、その収束具合をTracerで確認するときは、pのファイルをTracerに読み込む。

私にとって重要であるここ数日の出来事を整理。学会の編集作業。嬉しい就職の報告。帝京大学がNECに勝利。きさらぎ賞でルージュバックが牝馬として久しぶりに勝利。

Automator

ナゼか、午前中は休講だった。ポスターの相談と午後の授業の準備で午前中が終わった。

昼休みにポスター印刷を発注。ギリギリ間に合うようだが、修正はできない。

午後から授業×２。講義は子育てについてで、その後、実験でプレパラート作成とかピットフォールで採集した動物の同定とか。

終了後、机でいつの間にか寝てた。疲れているみたい、、、。

いつも忘れるのでメモ。テキストファイルをMacのAutomatorで結合する方法。

１．Automatorを開き，「ワークフロー」を選択。
２．「テキストファイルを結合」を右の枠にドッラグ。
３．結合したいファイルを指定して、上記の上にドラッグ。
４．「新規テキストファイル」を右枠の一番下にドラッグして実行。

起きて、自分の学会発表の準備。大幅改訂中だが、一度、論文を作成したので、その図を切り貼りして一先ず草案は完成。雑だな、、、。

金山

朝から、GIS修論手伝いでワラジムシ類採り。

４つある山のうちの一つ金山を制覇。

この調査、ほぼ一日時間を取られるので、結構、大きな存在になりつつある。

大学に戻って、ササラダニ類論文を見直して投稿、国際陸生等脚類学会の要旨を書いて投稿と参加申込み、集中講義の内容を少し考えたところで、疲れてしまう。

色々と忘れていそうなので、やるべき事をとりあえず書き出す。

６月の小学生向け実験×２の準備、サソリモドキ論文の改訂、ワラジムシ類のwebプロジェクト、６月の動物分類学会の要旨と参加申込みと発表準備（自分＋大学院生）、６月の国際陸生等脚類学会の出張の手配と発表の準備、５月末の土壌動物学会の編集委員会の準備（発表はしない）。

で、これに、授業の準備と書類書き、、、か？

思ったより疲労の回復に時間がかかるようになってしまったのが心配だ。

細い線を拡張

朝一でDNA抽出にとりかかる。JRが普通に動いているので、午後からは通常授業になりますという情報を得て、時間割担当として、非常勤の先生にその旨を伝えるために電話をかける。

その後、PCRをセットして、実験室の掃除とか、昼食とかした後、電気泳動へ。６サンプル×５領域、全て綺麗なバンドが見えた。久しぶりの実験で疲れたので、精製は明日へ。

で、その後。昨日のコメント欄を観ると、Acrobatの機能のせいでは、、、と、、、えっ。

早速、ネット検索（巷ではgoogle先生というのかな）すると、色々と出てくる。

どうやら解決したようだ。

Acrobat Reader（Readerでなくても良いと思う）の「環境設定」を開き、

「分類」を「ページ表示」にして出てくるウインドウの

「レンダリング」の中に「細い線を拡張」という項目があり、初期設定では、そこにチェックが入っている。

このチェックを外すと、

こんな感じに見える。

ちなみに、チェックを外す前は、こんな感じ。

かなりの衝撃。あまちゃんが好きな人なら、確実に「じぇじぇじぇ」って言ったと思う（ウッチャンのコントでしか観てないけど）。昨日の苦労はなんだったんだ。

細い線は細いんだよ、、、そのまま映してくれよ、、、。大きなお世話だな。そういえば、勝手に大盛りにする食堂の店員も大きなお世話だと思う。

ただ、どのような印刷になるのか不明だけど、これを知らない人は、チェックしたままPDF版を観るんだよなキット。「線太いよ〜」とか思われないだろうか。

Acrobat９以上の機能らしく、Acrobat Professional８にはこの機能はなかった。

「にしな」さん、ありがと。

ファイル

今日もバスが沢山止まっている。

ササラダニのBays系統樹を作成。MrBayesを使って解析すると、系統樹は.conというファイルとして保存される。当然、このファイルは色々なソフトで開くことができるのだが、最近、系統解析に良く利用するMEGAでは開けない。

MEGAの編集機能に慣れてしまったので、どうにかMEGAで開きたいと思い、Dendroscopeでファイルの種類を代えて保存してみるが上手くいかない。何か良いソフトは無いかなと調べていたら、下記の本でFigTreeというソフトが紹介されていた。このソフトの編集機能も高いし、.nwkで保存すればMEGAでも開けるようになる。

MEGAで編集した形式を残しておく場合は.mtsで保存しないといけない？


Phylogenetic Trees Made Easy: A How-To Manual

系統樹を眺めると、全体的には綺麗な樹形になったけど、肝心なところが不透明になってしまった。まっ、とりあえず、なんとな〜く文章を書いてみたけど、自分で読み返しても読めない英語になっている。

論文を書く際にいつも苦労する、同格のthat節をとれる名詞、を列挙してくれているサイトがあった。助かる。

今日も顕微鏡休息日。目が痛くなくってきた。顕微鏡の見過ぎだったのかな？

こういうのは男の人が観てもつまらないだろうな、と思いつつ、とりあえず観てみた、GIRL。３０代女性の仕事と女性の両立は、、、という話。予想通りの展開。ところどころ面白いシーンはあったけど、、、女性が観たら面白いと思うのかな？という感想。

maptools

卒論手伝いで裏山登り。久しぶりに登ったが、頂上付近はやや寒いぐらい。

昨日から授業が始まった。私は、昨日は授業がなかったので、今日から開始。外でダンゴムシ捕まえるんで、汚れても良い格好できてね、と。

琉球調査におけるトある発見を、先輩が編集をしている某大学の紀要に載せることに。で、１００地点を超える調査地点をプロットする必要がある。google earthではすでに閲覧できるのだが、著作権が良く分からないので使いたくない。

GMTとかで、ポチポチやってみるが、どうも、、、。数日悩んだが、どうにもならないので、優秀な後輩に相談。Rのmaptoolsっを使ったやり方を教えてもらった。

西表島におけるワラジムシ類の調査地点。スケールの入れ方とかは、これから勉強。かなり楽になった。

もらったコマンドなので、詳しいことは書けないが、気づいたことをメモ。緯度経度は、dd.dddddd表記にしなければならず、また、全データで小数点以下が揃っていないとダメっぽい。

緯度経度の管理に普段使用しているdd mm.mmmからdd.dddddに変換するのにかなりてこづった。と言うよりも良い案見つからず、結局、GPS用のソフトを使って力技で解決した。

昨日のコシビロ。印象とちょっと違った。DNAとか、SEMとか、やりたいけど、、、。当分、無理そう。

連続写真

書類書きと学会関係のお仕事で終了。サソリモドキのCOIがどうにかなりそうで良かった。

締切が迫っている最後の書類。９月の中学生向け実験の紹介書類。それに使うための転向反応の連続写真を作ってみた。

連続写真は、動画を撮影し、iMovieで静止画に分割したものを使用。一応、メモ。

動画をiMovieに取り込み、「共有」の「QuickTimeを使用して書き出す」を選択。

「書き出し」を「ムービーからイメージシーケンス」にすると画像で保存される。大量にできるので、任意のフォルダに作成した方が良い。オプションで分割の秒数を決定できる。

写真の合成はGIMPで行った。透明度の調整で出来るかと思ったけど、私には上手くできず、結局、上部レイアーはダンゴムシの部分のみを残すことで作成した。

KogaとHiasayama

Koga-１、２とHisayama-１〜３にピットフォールを設置。カメラやロガの状況が混乱してきたので整理。

ロガの状況
Koga-１、ロガ５、壊れで現在なし
Koga-２、ロガ１０、データ回収
Hisayama-１、ロガ７、データ回収と電池交換
Hisayama-２、ロガ１１、新しく設置（１３：４８）
Hisayama-３、ロガ８、壊れで現在なし
昨日の分
Sasaguri-１、ロガ１、データ回収と電池交換
Sasaguri-４、ロガ４、データ回収と電池交換
Sasaguri-６、ロガ９、データ回収

カメラの状況
Koga-１、データ回収
Koga-２、データ回収、壊れで現在なし
Hisayama-１、新しく設置（左上）
Hisayama-２、新しく設置（右）
Hisayama-３、データ回収
Hisayamaに使用しているカメラの方が良さそう。

共同研究者がハチに２カ所刺されてしまい、気分が悪くなるというアクシデント。やはり、ハチは恐い。そして、暑かった。

明日は、免許状更新教習で朝から軟禁。途中、抜け出して、裏山登山をしてしまう。

タヌキ。

ネズミ。

恥ずかしい

かなりの間、放置しておいたヒノキ林ピットフォールサンプルの処理を始める。Joyama１地点、Umi３地点が終了。

授業×１、海外送金をして、事務作業に没頭して一日終了。

科研費の不採択理由が公開された。 恥ずかしいけど、戒めとしてメモ。評価が低かったのは、新規性のとこか。もう少し話を広げた方が良かったのかな。

 

で、平均点を超えていたのが、方法の妥当性。やはり、実効性を強調し過ぎたのかも。

 

今年は、面白さを強調してみよう。

 

トある仕事を引き受けることに。大丈夫かな、、、。

焦る

Cubaris論文を再投稿。どうにか受理されてほしい。

その後は、期限が迫ったホロタイプお絵描きを進める。なかなかスピードが上がらず焦る。終わったところをピンクに変えてみる。まだまだ終わりが見えない。

ということで、青色ワラジムシ論文はしばらく放置。１月早々に帰ってきたけど、返却期限とかあるのか？

昨年開催された、国際陸生ワラジムシ類会議のプロシーディングが、Zookeyの特別版として出版されました。Taitiさんとか、Zimmerさんとかは、（私も）研究途中の話をしていたので、残念ながら入ってません。まだ、全然見てないけど、齢による摂食様式、ボルバキア、マーキングの影響が面白そう。

Umiのピットフォール

Umi-４、５の毎木調査とUmi-１、２、３、４、５のピットフォール設置。午前中は、風が冷たかった。指先がかじかんで痛かった。

毎木はこれで終了〜と思ったら、１地点やっていないことが判明、、、。ピットフォール回収の際に、やるハメに。

いつもはラベルをガンタッカーで留めるんだけど、今日は、諸事情で、バネでラベルを留めてみることに。位置がずれるのはしょうがない。

青色ワラジムシ論文が、minorで戻ってきた。早めに受理されたい。

ハイフンとダッシュと背毛

論文修正をして、校閲へ。

勉強したことをメモ。

以前、書いたような気がしたけど、検索できないので、書いておく。-と、–と、—の違い。ただし、参照はWiki。

ハイフン：-，語のつなぎ。non-type，とか。
enダッシュ：–，数値の区間や範囲。10–100，とか。
emダッシュ：—，副題の挿入や括弧の役割。＊＊＊の解析—特に・・・，とか。

Macで表示するためのショートカットはここに整理されている。

上記の３つだと、
ハイフンは、そのまま「-」
enダッシュは、「Option」+「-（ハイフン）」
emダッシュは、「Shift」+「Option」+「-（ハイフン）」
だそうです。

ワラジムシ類の分類表徴として重要な形質の一つにnoduli lateralesという背面に生える毛がある。とっても重要な形質なのだが、観察することが難しい、という厄介な形質。で、単複の変換が特殊で、noduli lateralesは複数形で、単数形はnodulus lateralisとなる。

あと分かりづらかったのが、characterとcharacteristicの使い方。前者は、漠然とした性質、後者は、ある個体の特徴を示すような特定の性質、という理解で良いのだろか。これは、nativeの人に相談してみるしかない。

昨日の続き。沖縄で見つけた潮間帯性のササラダニ、Arotrobates granulatus Luxton, 1992。

今日は、フェブラリーS。久しぶりに武豊がG１で有力馬に乗る。とは言え、トランセンドが抜けている印象。すでに結果が出ているけど、録画してきたので、まだ確認していない。個人的には、エスポワールシチー（武豊騎乗）の勝利に期待したい。

プロジェクト開始

Burmoniscus論文直しが一応、終了。明日、見直して共同研究者に送れるだろう。

先島諸島は使わずに南琉球のみを使用する方針に。ということで、地図をちょっと描き変えたり。

これからも同じことに悩むと思うので、一応、メモ。

琉球列島（南西諸島としての意味）は、トカラ海峡以北の北琉球、トカラ海峡以南ーケラマ海峡（裂？）以北の中琉球、そして、ケラマ海峡以南の南琉球の大きく３つに区分される。

南琉球を英語で記述すると、Southern Ryukyuになるわけだが、Ryukyuは当然、固有名詞なので単語の頭は大文字で良いのだが、問題は、Southern。検索してみると、頭が大文字、小文字どちらもあるようで、南の琉球と形容詞として使用する場合は小文字、南琉球だと固有名詞なので大文字になるのかな？

先日、久しぶりに幼なじみと再会。子どもの頃から絵がうまかったが、プロになってた。HP、シュール過ぎて、最初、自分のPCでは閲覧できないのかと思ったよ。

土壌動物のキャラクターを描いてもらう約束をしたきたので、、、目指せダンゴム超え。ということで、愛され土壌動物キャラプロジェクトを開始することに。

SeaViewの入れ換え

青色ワラジムシ論文は凍結になってしまったので、Cubaris論文を進める。先日、西表島で採集した標本のDNAデータを登録。明日見直して、英文校閲。これは来週中に投稿できそう。

私は、アライメント後の塩基配列の細かな修正には、SeaViewを使っている。アライメントを行うと、塩基配列の順番がぐちゃぐちゃになってしまい、その後の処理の際に困っていた。（以前、どこかのサイトで見たんだったと思うが）順番の入れ換え方法をメモ。

移動したい塩基配列を指定。ここでは黒塗りの１８番を赤矢印のところに移動したい。

で、controlを押しながら挿入した場所をクリックでOK。