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2025年2月27日木曜日

移動

今年になってログインができなくなることがあるので、下記に移動します。

新・土と生き物

2025年2月14日金曜日

ヘッドホン

午前
・書類作成
・会議
午後
・会議
・データ整理

長い会議が2個。ヘッドホンで耳が痛くなった。

2025年2月13日木曜日

卒論発表会

午前
・書類作成
・会議
午後
・書類作成
・会議
・卒論手伝い(添削)

昨日、卒論発表会が行われ、本研究室からは5名が発表。

分子系統学と形態測定学を用いた日本産オオハヤシワラジムシ属(甲殻亜門等脚目)の分類学的研究
室内性ダニの屋外への流出~衣類による持ち出し~
鳥取砂丘海岸林におけるマダニ類の分布状況ならびに哺乳類との関係
鳥取砂丘を利用する哺乳類相の実態解明—出現時期、餌資源、利用環境に注目して—
鳥取県の平地林におけるネズミ類の個体数変化

ワラジムシ、室内ダニ、マダニ、哺乳類×2、と多様性生物学研究室の名前に恥じない多様なラインナップとなった。

今年の5名は研究室に所属する際から学業成績が良いという評判だったが、単にテストの成績が良いだけではない、と証明するような研究になったと思う。

4名は季節変化ものだったが、スケジュール管理もしっかりとし計画的に研究・データ整理をすすめてきた。また、季節変化だけでなく、同時並行で様々な実験・調査も行なっており、ほぼこのままで投稿論文になりそうな内容である。

分類研究も、これまで私が手を出してこなかったLucasioidesについて、おおよその決着をつけた。論文化にはホロタイプの確認が必要だが、結論は大体見えているので、そこまで大変ではないだろう。

一方で、科学的な文章を書くことは、やはり難しいのだなと感じた。

スーパー研究者たちも、自伝で初めての論文書きでは苦労したと良く書いているので、これは全くの新しい技術として身につける必要があり、大学で学ぶ・教えるべきことだなと再認識した。

学生以来のシャーマントラップを使ったり、哺乳類の足跡を追跡したりと新しく勉強することが多かった一方で、伝家の宝刀になりつつある分子系統と哺乳類-マダニ、慣れ親しんだ群集解析など、これまで養ってきた力を存分に発揮することもできた。

2名は進学予定なので投稿論文も頑張ってもらう。3名分は私が頑張る。

終わりがあれば、始まりもある、ということで、新しい卒論の準備を匍匐前進レベルで進めている。今年度のレベルと比較されることになるが、どうなることか、、、。

2025年2月6日木曜日

座っていたら寒い

午前
・修論発表会

午後
・学外会議
・原稿書き

今年は指導学生の発表がなかったので、ずっと聞き役。普段、講義室では当然話す側なのだが、ずっと座っていたら寒いことを痛感した。

講義の時は立っているだが、かなり暖かく感じており、小さめの講義室だと(話をしていることもあり)暑いぐらい。

何か良い方法があると良いけど、大きな教室はきっと難しいだろう。

2025年2月5日水曜日

library(bipartite)

午前
・標本観察

午後
・論文書き
・データ解析

査読によって指摘された形質の確認のため新しくプレパラート標本を作製。

立体構造があるので苦手な形質。ホロタイプなので破損しないか、緊張しながら作製した。

昨日に引き続き論文書きを進めていたら、急遽、締め切り間近の連絡が届いた。

学生が発表をするのだが、勉強と手伝いを兼ねて作図をした。library(bipartite)を使った作図。グループごとに色付けをしたいが、良い方法が思いつかない、、、と書いている今、一つアイデアが浮かんだ。

2025年2月4日火曜日

大学院

午前
・手伝い業務
・大学業務

午後
・卒論手伝い(添削)
・論文書き

卒論の添削からの、共同研究の投稿論文の原稿書き(修正)と、原稿を読みを頑張った1日。

共同研究者は大学院の修了生だったので(私の研究室ではない)、4年生と修了生の文章を連続して読むことになったのだが、やはり大学院での勉強は意味があるのだなと感じた。

この人の特性かもしれないが、引用文献が豊富で非常に勉強になった。

鳥取平地の雪は、現時点では、それほどでもない。

2025年2月3日月曜日

ログイン

午前
・授業
・授業準備

午後
・授業準備
・会議
・大学業務

なぜかログインができなくなって放置しているうちに、忙しくなって、そもそもログインする気がなくなった。

この20日間に、投稿していた論文が2本返ってきた。

両方ともmajor revision。majorと言いつつ、実際は大したことないという時もあるが、今回は再実験や再観察が求められる正真正銘のmajorだった。面倒。

一方で初稿修正もあった。綺麗に組版された原稿を見るとやる気が出て、どうにか精神状態を維持できた。

ひとまず、本日で授業が終了。これで研究に集中ができる。

その他、この20日間に起こったこと、、、mac book airの外付けsdが壊れた。dorpboxの同期先に使っていたけど、うまく同期できないな〜とか思っていたら、フォルダが半分ぐらいになった。

フォーマットして問題なしになったので、再度、同期先に指定したら同じ結果になった。

sdの再購入は必要だけどクラウドの重要性を痛感した。

ぎっくり腰は発症していない!

2025年1月10日金曜日

午前

・授業準備
・授業

午後
・生態学ゼミ
・会議
・授業準備

鳥取も雪は積もっているが、平地はそこまでひどい状況にはなっていない。

授業が休講になったら補講が日程的に嫌だなと思っていたけど、通常通りだった。

1週ずれて共通テストの週だったら結構な混乱になったかも。それと比べたら今週で良かった、、、?

2025年1月9日木曜日

チビタン

午前
・PCR実験(ミス)
・授業準備

午後
・授業準備
・PCR実験
・授業準備
・電気泳動

授業の方針を少し変更するつもりが、五月雨式に修正する羽目に。冬休み、そして、年明け1週間は、ほぼこれに費やして終わった。

すでに年が明けて1週間以上が過ぎた。

キノボリトカゲの論文がオンラインで公開されたり、
投稿中の論文が審査から返ってきて結構面倒な指摘をされたり、
年明け早々無理やり実験したサンプル結果が戻ってきたりと、色々とあったけど、ひとまず放置して授業の準備に邁進。

ただ、嬉しい誤算もあった。これから支払いする気でいた遺伝子解析の費用がすでに支払いが済んでいた、、、。

ということで、もう一回同じ実験ができる!

授業の準備を、、、と気持ちがフワフワしながらPCR実験、、、やはり集中できないまま実験はするべきではない。

チビタンにサンプルを放置したままサーマルサイクラーを動かしていた。半日後に気づいて再度実験。ネガコンが怪しいが、ひとまず、成功。

2025年1月2日木曜日

2025年の目標

2024年の目標を振り返る。

1)修論×2の投稿
⇒1つは上記の博士課程の学生の修論。こちらはやってくれるでしょう。もう1つは解析が面倒なので私も頑張らないとダメそう。
⇒甲虫-ダニ論文は投稿中。なかなか有名な雑誌に投稿して2ヶ月以上たったが連絡がない。

2)キノボリトカゲの食性研究の論文化
⇒共同研究&卒論。色々と試行錯誤を続けているが、どうにもならない気がしてきた。方針を変えて出版最優先で進める。
無事にアクセプト!校正も終わったので、近々、公開される。

3)砂浜生態系における昆虫相の論文化
⇒学生が標本の再チェックしてくれたので、今年中には決着をつけたい。
⇒夏頃から優先して進めたが、授業が始まって完全に止まった。解析はほとんど終わっているが、砂浜海岸の知識が無さすぎて文章書きが進まなかった。文献整理がおおよそ終わったので、あとは時間しだい。授業が終わる2〜3月には投稿したい。

4)オカダンゴムシの系統地理の論文化
⇒論文にするモチベーションがかなり下がってしまった。方針を変えて出版優先で進める。
⇒研究当初の目的とは完全に違ってしまったが無事にアクセプト!Edaphologiaの次号に掲載される?

5)ヒメフナムシの記載
⇒上に色々と目標を書いているが、今年からは、ワラジムシ亜目の種分類が中心となるように頑張りたい。ヒメフナムシも一気に終わると良いのだが、まず無理なので、先日、約束をした1種の記載を片付ける。
⇒ヒメフナムシ類だけでなく、記載関係は完全に停滞中。これは勉強・知識不足が大きく影響している。2025年は記載・分類関係に力を入れたい。

6)ある種の雄の再記載
⇒雌で記載された種の雄の標本を提供してもらった。とても珍しい形態をした種なので雄の形態を報告しておきたい。
⇒DNA実験、写真撮影、解剖まで終わり、あと図を描くだけだけど、、、停滞。

7)日本未記録属の報告
⇒2名の方から提供してもらった標本が日本未記録属である可能性が高いことが分かった。極小標本なので解剖が難しそうだが、数種しか含まない属なので種分類は簡単そう。未記載か初報告か分からないがどうに片づけたい。
⇒DNA実験、写真撮影は終わっている。SEMの準備も終えたが、如何せん小さい上にサンプル数が少ないので、解剖にびびっって停滞。

8)西日本のコシビロダンゴムシ数種の種分類の整理
⇒共同研究&ホロタイプを借りている、という状況でいい加減決着つけないといけないのだが、、、。
⇒ホロタイプ1種を解剖しただけ。別経由でも関連する指摘を受け、本格的に進めないとと意気込みはあるけど、、、。

9)小笠原産ワラジムシ亜目の種分類
⇒再記載、初報告、未記載種?の記載と、やるべきことが多くある。とりあえず、日本初報告は早めに決着をつけたい。
⇒LigiaとAlloniscusを学会発表しただけ。まず、この2種の論文化を目指すことになるかな。

10)Burmoniscus属の1種の種分類の整理
⇒中国から訪問していた陶岩先生が頑張って研究を進めてくれていた種をどうにか報告したい。
⇒投稿中!

11)日本産ワラジムシ亜目データベースの更新
⇒分布、シノニム、形態写真と中途半端に手を出して、どれも終わらなくなった。できるだけ一つのデータで済むようにデータを更新していく。
⇒家で時間のあるときに作業をしている。年の前半は結構、進められたけど、後半は授業や卒論を考えることが多くほとんど進まなかった。

2024年は結構論文を書いたつもりでいたけど、英文3編、和文1編を投稿しただけか?このうち2編はアクセプト済み。

ということで、2025年の目標。

1)砂浜生態系における昆虫相の論文化
⇒帯状分布に関する論文。3月までには投稿したい。

2)スナガニ卒論の論文化
⇒完成度の高い卒論ですぐに投稿できるはずだったのだが、研究計画に問題があり、一部調査のやり直しが必要になった。国立公園の申請が必要で現在申請中。和文だけど、できれば3月までに投稿してしまいたい。

3)Mig-seq解析の論文
⇒Mig-seqがメインの論文ではないが、共同研究の中でMig-seqを実施した。少しずつ勉強しながら解析を行い、どうにか形になった。私はデータ解析担当で、データを送ったら論文になりそう?

4)ある種の雄の再記載
⇒分類関係は残っているものが多い。一番楽そうなコレから決着をつけたい。

5)AlloniscusとLigia論文
⇒別々で進めていたけど、結構な数のサンプルのDNA実験を実施していくなかで、合わせた論文も面白いかなと思いつつある。結構大きな論文になる?頑張って完成させたい。

6)日本未記録属の報告
⇒どうにかすすめたい、、、という思い。

7)Ligidiumの記載
⇒1種ずつでも決着をつけていきたい、、、という思い。

8)西日本のコシビロダンゴムシ科の再記載
⇒どうにかすすめたい、、、という思い。


9)日本産ワラジムシ亜目データベースの更新 ⇒完成は無理かな。少しずつ進めたい。

この他に、毎年投稿している鳥取砂丘のエリザハンミョウの邦文と、卒論の論文化なども期待できそう。

また、2024年はネズミの調査(卒論)を始めた。2025年も新しい調査(卒論)が始まりそう。良い形で発展することを期待したい。

でも、ここ数年は1月にギックリ腰を発症しているので、まずは、ココを無事に過ごしたい。

2024年12月24日火曜日

カエルに惹かれる人

午前
・授業準備

午後 ・個人ゼミ×2
・授業準備

授業のためカエルについて色々と勉強。

色々と分かってくると面白さが増す。カエルに惹かれる人の気持ちが少し分かった。

2024年12月23日月曜日

終了

午前
・授業
・授業準備

午後
・会議
・授業準備

今年の授業が終了!

年内にもう少し進めたい実験があるが、年明けの授業準備がまだ終わっていない。

実験か授業準備か、どちらを優先すべきか悩ましい、、、とか考えているうちに一日が終わった。

2024年12月19日木曜日

初積雪

午前
・卒論手伝い(野外調査)
・個人ゼミ

午後
・個人ゼミ
・授業準備

今朝、車に初積雪を確認。ただ平地はほとんど積雪がない。

今日も昨日と同じようなスケジュールを過ごした。

来年の卒論の方向性がおおよそ決まってきた。これから先行研究調べたり、調査地を検討したりと、より具体的に話を進めていく。

2024年12月18日水曜日

期待と不安

午前
・卒論手伝い(野外調査)
・個人ゼミ

午後
・個人ゼミ
・授業準備

新しい卒論のネタを検討。期待と不安が入り混じる。

今週は、ずっと話続けている印象。一人になると一気に眠くなる。

2024年12月13日金曜日

バタバタ

午前
・授業準備
・授業

午後
・生態学ゼミ
・授業準備
・データ整理

相変わらず、授業の日はバタバタして終わる。

滞っていた未処理データを忘れる前に少しだけ強引に進めた。

2024年12月12日木曜日

チェック

午前
・卒論手伝い(野外調査)
・授業準備

午後
・授業準備
・論文書き(初稿チェック)

昨年から変更を加えた授業の準備にどハマり。

共同研究者に振ってほったらかしてしまった初稿チェックをどうにか済ませた。

2024年12月11日水曜日

終了

午前
・卒論手伝い(野外調査)
・卒論手伝い(PCR実験)

午後
・卒論手伝い(電気泳動)
・PCR産物精製
・シーケンス準備
・授業準備

バタバタしたが、卒論のDNA実験が無事に終了。良い結果が出て欲しい、、、。

2024年12月10日火曜日

砂丘感

午前
・卒論手伝い(野外調査)×2

午後
・授業準備
・卒論手伝い(PCR実験)
・授業準備

3年生のRゼミの日だったけど、すっぽかしてしまった。

冬は緑がなくて砂丘感を存分に味わえる!

2024年12月9日月曜日

連結

午前
・授業
・Rゼミ

午後
・卒論手伝い(野外調査)
・授業準備
・会議
・PCR実験
・データ解析

複数バンドが出てしまったサンプルのタッチダウンPCRを試みる。

論文を見ると7段階ぐらい設定しているが、実験室のサーマルサイクラーはそこまで設定できないので3段階で試す。

で、設置後にきちんと調べたら、複数のプログラムファイルを連結できることが分かった、、、。

2024年12月2日月曜日

無敗優勝

午前
・授業
・Rゼミ

午後
・授業準備
・会議
・授業準備

昨日は12月第1日日曜日、ということでラグビー早明戦。

早稲田は帝京を倒し、久し振りの無敗優勝を目指しての決戦。ライブ中継を見逃したのがショック、、、。

プレッシャーが強いのか、ファールやミスが多い印象だったけど、最後までドキドキする展開が続き、見事に早稲田が勝つ、という個人的には一番嬉しいシチュエーションだった。

明治との対戦成績を基準にすると、大学生選手権では帝京戦が心配だけど、選手権もこのまま優勝してほしい。