徐々に

午前
・標本整理

午後
・書類書き
・卒論手伝い（データ解析）
・データ解析

今年中に提出しなけばならない書類の作成が疲れた。

卒論も徐々に佳境に向かっている。

見切れてた

午前
・研究相談

午後
・会議
・データ整理

「MoonBoard」という世界中で共通の課題に挑戦する仕組みがある。

「ムーン」は月？と思っていたが、ベン・ムーンさんという伝説的なクライマーが考えたそうだ。

このシステムを使うと、世界各地のジムに居ながら世界大会を行うことができる。

「MoonBoard Master」と呼ばれるこの大会、今年行われた。

で、決勝に残った５名のうちの１名は、鳥取の体育館で参加していた。

大会の様子はYoutubeで観ることができる。たまたま挑戦する直前に体育館に行ってたので観てたのだが、、、見切れてたよ、と教えてもらったので確認。

良い成績

午前
・標本整理

午後
・データ整理

今年最後のシーケンスは、なかなか良い成績だった。

PCR産物の精製の重要性にもう少し早く気づいておけば、無駄な時間と予算を使わなくて済んだのに、、、。

森林と野生動物

午前
・論文書き

午後
・論文書き

修正原稿ができたので共著者に送る。

ここ数日は、卒論用も含めてRでの作図に悪戦苦闘、、、少しは成長した気がする。


森林と野生動物 (森林科学シリーズ 11)

「森林科学シリーズ」の１冊。野生動物となっているが、基本的には哺乳類が扱われている。

具体的には、ネズミ・ウサギ、ニホンジカ、ニホンカモシカ、ツキノワグマ、コウモリが各章で取り上げられている。

特徴としては、森林被害の側面の記述が多いことだろう。哺乳類は見た目の可愛らしさから保護対象として扱われることが多いが、人間と動物の共生を目指すには適切な管理方法も考えなければならない。可愛さに目を奪われず、科学的なデータに基づき必要であれば駆除もしなければならないことを教えてくれる。

また、都市化の影響や、島嶼生態系における外来哺乳類の話題も扱われている。さらに、リーモートセンシングやビックデータなど最新の研究手法についての解説もある。

基礎から応用まで簡潔にまとめられた読みやすい一冊。森林の獣害は授業でも扱っており、アンケートによると学生の関心が高い、、、自主学習で読んでくれると良いのだが。

もくじ
１．野ネズミ類とノウサギ類
２．ニホンジカ
３．ニホンカモシカ
４．ツキノワグマ
５．森林景観におけるコウモリの多様性と保全
６．農村・都市へ進出する野生動物
７．都市化と哺乳類の関係を探る
８．外来捕食者が島で引き起こす静かで大きな変化
９．情報化社会における哺乳類の空間解析・今後の展望
１０．変わりゆく森林・林業と野生動物

G１馬

午前
・PCR産物精製
・シーケンス準備

午後
・PCR産物精製
・シーケンス準備
・卒論手伝い（データ解析）


今年最後のシーケンス、卒論用の２プレート分を準備。

有馬記念は面白かった。G１馬が多いと盛り上がるな。

早稲田、次は天理か。面白い試合になりそう。明治vs関学は、明治圧勝かと思ったけど、結構な接戦になって面白かった。

アカコッコマダニ

午前
・学外会議
・卒論手伝い（データ解析）

午後
・生態ゼミ
・統計ゼミ
・卒論手伝い（DNA抽出）
・PCR産物精製

鳥取で見られるマダニシリーズ１１。アカコッコマダニ若虫。

論文修正が進まない、、、。

ヤマトマダニ

午前
・個人ゼミ
・授業

午後
・研究相談
・会議
・個人ゼミ
・論文書き

鳥取で見られるマダニシリーズ１０。ヤマトマダニ♀成虫。

学生対応に追われた１日。査読から戻ってきた論文。今年中に返信をしなければならないが、少しだけ触れて終わり。

タネガタマダニ

午前
・シーケンス準備
・研究相談

午後
・研究相談
・個人ゼミ
・書類書き

鳥取で見られるマダニシリーズ９。タネガタマダニ幼虫。

オオトゲチマダニ

午前
・標本整理
・PCR実験

午後
・編集作業
・個人ゼミ
・PCR産物精製

鳥取で見られるマダニシリーズ８。オオトゲチマダニ成虫♀。

マダニ感染症のSFTSの感染者が、初めて１００名／年を超えたそうだ。これから増えるのかな、、、。

PCが修理から戻ってきた。嫌な予感はしていたのだが、症状が再現できないので、修理なしだった。

嫌な予感というのは、修理に出す前日は全く電源が入らなかったのに修理に出す当日に電源が入るようになったので、もしかしてと思っていた。

稀に起きる現象（スリープ or 電源OFFから復活できない）なので困った。

他のデバイスの磁気でスリープしたり、ヘヤピンでもスリープすることがあるらしい。

マグネット付きのPCケースに代えてから起こるようになった気もする。可能性は低そうだが、昔使ってたPCケースをしばらく使ってみるか。

フタトゲチマダニ

午前
・DNA抽出
・PCR産物実験

午後
・会議
・PCR産物精製
・書類書き

バンドは綺麗に見えるがシーケンスだめ問題。カラムを使った精製を行うと改善されることが判明。

原因が分かったのは良いが、酵素を使った精製に比べて時間かかるのが難点。

鳥取で見られるマダニシリーズ７。フタトゲチマダニ成虫♀。 日本国内では広範囲で優占種となるマダニ界の大エース。

関東対抗戦３位の帝京大が、関東リーグ戦３位の流経大に負けた。試合をやっていることに気づいたのが残り１５分くらいで、帝京大がリードしていた。

あまり点差がついてないな〜と思ってたら立て続けてに２トライで流経大が逆転勝ち。

武豊が勝っていない朝日杯。直線で半ばで、とうとう勝利か、と思ったけど残念。他に、甲子園ボウルもあったりと忙しい日曜日だった。

ヒゲナガチマダニ

午前
・データ整理
・セミナー参加

午後
・生態ゼミ
・学生対応
・データ整理

鳥取で見られるマダニシリーズ６。ヒゲナガチマダニ成虫♀。

ヤマアラシチマダニ

午前
・授業

午後
・DNA抽出
・会議
・DNA抽出
・データ整理

鳥取で見られるマダニシリーズ５。ヤマアラシチマダニ成虫♀。

先日の写真が掲載された。賞状と景品はずらして持たないといけなかったのか。

タイワンカクマダニ

午前
・PCR実験
・標本整理

午後
・個人ゼミ（電気泳動）
・PCR産物精製
・シーケンス準備
・データ整理

鳥取で見られるマダニシリーズ４。タイワンカクマダニ幼虫。

マダニは、幼虫、若虫、成虫の３世代を持つ。若虫と成虫は生殖口の発達具合を覚えないと区別できないが、幼虫は判断するのが簡単、、、脚が３対６本しかない！

これはダニ類に共通した特徴である。

タカサゴキチマダニ

午前
・標本整理
・個人ゼミ（電気泳動）

午後
・個人ゼミ（PCR実験）
・データ整理

鳥取で見られるマダニシリーズ３。タカサゴキチマダニ若虫。

「タカサゴ」には「キララマダニ属Amblyomma」と「キチマダニ属Haemaphysalis」がいるので注意。

成虫と若虫は生殖口の発達具合で区別できる。

キチマダニ

午前
・個人ゼミ（PCR実験）
午後
・論文書き
・学生対応
・データ整理

鳥取で見られるマダニシリーズ２。キチマダニ成虫♀。

５月に購入し１０月に修理したPCが電源が入らなくなった。また修理に出すことに。

キングダムをやっと観た。漫画のキャラがうまく再現されていて面白かったけど、CGとワイヤーアクションはしょぼく感じた。CGは予算の関係なのか、邦画は違和感をすごい感じる、と１０年以上思い続けているが改善されない。

タカサゴキララマダニ

午前
・標本整理

午後
・生態ゼミ
・統計ゼミ
・個人ゼミ（電気泳動）
・標本整理

朝、車に雪が積もった。初雪。明日からは少し気温が上がるようだ。

マダニ写真に苦戦。しかも低画質で保存してた、、、。

タカサゴキララマダニ若虫。

写真撮影

午前
・授業

午後
・個人ゼミ（PCR）
・標本整理

マダニの写真撮影に挑戦するが良い方法が分からない。

どうせ小さな写真になるから、少しぐらいピンボケでも良いか、、、と考え始めたので良い方法が思いつかないまま終了。

力作

午前
・標本整理

午後
・論文書き + 投稿！
・授業準備

力作の卒論をやっと投稿できた。地方紙 + 和文だけど。とはいえ、重要な基礎データなので、これをスタートにして発展が期待できる。初めてのマダニ論文。

明日、授業があることを学生に教えてもらった。焦って準備を進める。

zoteroに鞍替え

午前
・個人ゼミ（データ解析）

午後
・PCR産物の精製
・論文書き
・シーケンス準備


これまで論文整理にはPapersを利用していたが、macOSのアップデータに際して不具合（対応版が既に出ているみたいだが）が出たのでzoteroに鞍替えした。

他にも、Pepersは日本語への対応が弱く、日本語名の雑誌が勝手に変更されてしまったり、管理されているPDFファイル名が意味不明だったりなどの問題があった。

そこで、無料で使える文献管理ソフトで検索した結果、見つけたのがzoteroだった、、、結果的にはお金を払うことになったが。

zoteroは本来web上のアカウントで文献を管理するシステム？だが、PC上で動くスタンドアローン版をインストールすることで、ネットのつながらない環境でも使える。

ただし、この場合もネット環境でweb上の自分のアカウントデータと同期が行われる。

Papersからzoteroに移行して最も戸惑ったのは、前者がPDFそのものに情報を付加するのに対して、後者は文献情報（題目、著者名など）を整理するシステムであること。

したがって、zotero単体では文字情報のみの整理しかできない。これだけで使う人もいるのか？

そこで、zotfileというソフトをプラグインするとPDFを紐づけできるようになる。また、PDFの管理フォルダをクラウド上に置くことでPC間で同期することもできる。

この作業には、このサイトを参考させてもらいました。

予想外だったのは（当たり前なのかも知れないが）、当初はPapersからPDFデータも含めて一気に移行できるだろうと考えていたが、移行できるのは文献情報のみで、PDFについては１編ずつ紐づけしなければならかなった（良い方法があるのかも）。

約５０００編の紐付けを終えるのに１ヶ月かかってしまった。

日本語の対応は問題ない。著者名に日本語を入れることもできるが、この時の並び順が良く分からない。著者名はアルファベットにしておくのが無難かと。

移行が終わって数日だけど大きな欠点はない。ただ、Papersから変更して良かった点も、日本語がスムーズに使えることと、PDFのファイル名が「著者_年号_タイトル」で分かりやすく階層的に保管されることぐらいかな。

これまた予想外だったのが、無料で使えることでzoteroを選んだのだが、web上のアカウントで無料で使えるのは３００MBだけである。ただし、これにはPDFの容量は含まれていない。

３００MBがどの程度なのか実感が湧かないが、少なくとも約５０００編の文献データを入力することはできなかった。年間２０ドルで２GBを利用している。現在のところ７８８MBを使っている。２GBを超えることはないと思う。

PapersはStudentで３ドル／月、Academicで５ドル／月なので、zoteroの方が微妙に安いぐらい。

力尽きた

午前
・標本整理

午後
・個人ゼミ（DNA）抽出
・論文書き

昨日は、こちらに参加。もちろん、men'sのレベル低い方。

どうにか予選突破できたが、決勝は本当の意味で力尽きた。

家に帰って録画していた早明戦を観てたらいつの間にか寝ていた、、、ぐらい疲れた。早明戦は明治が圧倒していた。負傷者がいたようだが、大学生選手権で逆転できるだろうか。

しかし、帝京有利と思われていた帝京vs慶応は慶応が勝ったし、ライバル対決はやってみないと分からない。