leafletを画像保存

午前
・卒論指導（原稿修正）

午後
・卒論指導（原稿修正）
・データ整理

今日は、基本的に研究室にいる、という重要な役割があり、無事に遂行した。

ここしばらくの懸念材料だった、Rでleafletを画像保存する問題、、、無事に解決した。

具体的な問題は、htmlではカラーで出力されている円グラフが、png（jpeg、pdf）で出力すると真っ黒になること。

まず、保存の方法に問題があるのかと調べたが、

mapview::mapshot()

でも、

saveWidget()
webshot()

でも、関係なかった。

で、本日気づいた、、、問題点は色の指定にあった。今思えば、赤点や黒線は出力されているのだから、保存方法に問題ないことは明白だった、、、。

当初は、下記のように１０色を普段使っている「rainbow(10)」で指定していた。

m <- addMinicharts(m,
                   lng = latlon$lon2,
                   lat = latlon$lat2,
                   type = "pie",
                   width=100,
                   chartdata = spe_site[, 1:10],
                   colorPalette = rainbow(10)
                   )

これだとhtmlでは色は出るが、画像保存すると上図のように円グラフは真っ黒になる。

で、デフォルトの色指定に任せるだけで、、、問題解決！！

m <- addMinicharts(m,
                   lng = latlon$lon2,
                   lat = latlon$lat2,
                   type = "pie",
                   width=100,
                   chartdata = spe_site[, 1:10],
                   )

もちろん、色そのものを入力すれば指定することもできる。

m <- addMinicharts(m,
                   lng = latlon$lon2,
                   lat = latlon$lat2,
                   type = "pie",
                   width=100,
                   chartdata = spe_site[, 1:10],
                   colorPalette = c("#ff4b00", "#fff100", "#03af7a", "#005aff",
                                    "#4dc4ff", "#ff8082", "#f6aa00", "#990099",
                                    "#804000", "#84919e")
                   )

上級者だったらもっと綺麗なコマンドを書けるのだろうが、一応、上図はこのようにすればで作成できる。

村田諒太選手の次戦が、Pound For Poundに選ばれているカネロに決まったそうだ。ゴロフキンと並んで名前が上がっていたけど、まず対戦は無理だと思ってた。これは楽しみ。

井上尚弥選手は、WBO王者と統一戦らしい。こちらは４団体統一を期待。

目の奥

午前
・卒論指導（原稿修正）
・標本整理

午後
・卒論指導（原稿修正）
・会議
・卒論指導（原稿修正）


ずっと卒論修正をしていた。目の奥がズキズキする、、、。メガネがあっていないのか、最近、これが多くて辛い。

leafletに線を描くことができるようになった。相変わらず保存方法が分からない、、、。下記はRstudioから手作業で保存している。

１年ぶり

午前
・標本整理

午後
・書類作成

書類作成を頑張った一日。

１年ぶりに査読から戻ってきた、、、minor revision。英語の修正なので受理はされそうだ。

生態学会の準備も少しずつ始めないと。ということで、地図を作成するが、leafletに円グラフを描く良い方法が分からない。

()はダメ

午前
・卒論指導（原稿修正）
・個人ゼミ

午後
・卒論指導（原稿修正、データ解析）

卒論のデータ解析でハマった、、、。

data$speに種名が入っているデータがある。

生データでは成虫を「Branchiura sowerbyi」、幼虫を「Branchiura sowerbyi_m」としているので、このまま解析すると２種として計算されてしまう。

下記のようにすれば「Branchiura sowerbyi_m」を「Branchiura sowerbyi」に置換できる。

data["spe"] <- lapply(data["spe"], gsub,
 pattern = "Branchiura sowerbyi_m",
 replacement = "Branchiura sowerbyi")
data$spe <- factor(data$spe) #Factor型として使う場合は必要

しかし、今日は、これにハマった。

理由は、当初、幼虫が「Branchiura sowerbyi(m)」と書かれていたため。

この場合

data["spe"] <- lapply(data["spe"], gsub,
 pattern = "Branchiura sowerbyi(m)",
 replacement = "Branchiura sowerbyi")

としてもダメ。str_replace_all()を試したりとどハマりした。

どうやら「()」を文字情報として判断しないみたい。メタ文字？

ということで、()はダメ！

東京

午前
・卒論指導（原稿修正）

午後
・卒論指導（原稿修正）
・書類作成

卒論のことばかり考える一日だった。

土日は東京へ。とても楽しかった。

前日に雪で飛行機が飛ばないかもと通知が来たが、全く問題なかった。今日からの方が危険っぽい。

申請書

午前
・卒論指導（原稿修正・データ整理）
・学外会議

午後
・卒論指導（原稿修正・データ整理）
・書類作成

卒論発表が近づいてきた、、、。

１月ほど放置してしまった申請書の作成をやっと始めた。

日本産ワラジムシ亜目の分布データ

午前
・卒論指導（原稿修正）

午後
・データ整理
・会議
・卒論指導（データ整理）

年末から悩まされていたhtmlとかphpとかjavaとか問題、協力者の力を借りてどうにか解決。

日本産ワラジムシ亜目の分布データをweb公開しているが、以前はgoogle map APIを使っていた。

現実的には問題にならないだろうが、google map API規約が変更され、閲覧数が増えると費用が発生することになった。

そこで、フリー地図であるOpenStreetMapへ移行を進めようと思ったのがきっかけ。

leafletというJavaScriptを使うことで、OpenStreetMapを使った自分用のweb地図を作ることができる。ちなみに、leafletはR上でも動く。

しかし、検索システムを組み込むのに完全に頓挫してしまった。ただし、途中、単純に面白くなってハマったり、卒論用の地図作成を始めたり、とポジティブな回り道もしたけど。

数日前に協力者に相談し、ひとまず出力が可能に。しかし、プロット数が多いとほぼ停止状態になって困っていた。

そして、clusterという面白い機能を導入したことで、止まることもなくなったらし、見た目も良い感じになった、、、と個人的には思う。

分布データを登録して良いよ、という方がいたら連絡下さい。

座る

午前
・標本整理

午後
・卒論指導（原稿修正、データ整理）

朝、椅子に座るときに腰をひねり、その痛みと戦う一日になってしまった。

念のため予定していた運動も中止。

自力で

午前
・個人ゼミ

午後
・卒論指導（原稿修正）
・データ整理

年末からの懸念材料だった問題が、共同研究者のアドバイスで解決した。長い戦いだったが終わりが見えた、、、自力で解決できなかったが。

これで、明日からは数多くの放置業務の回収に時間を使えそう。

どハマり

午前
・標本整理

午後
・データ整理

データ整理にどハマりして、、、そして解決できずに１日が終わった。

取り出す

午前
・授業準備
・授業

午後
・データ整理
・卒論相談
・卒論手伝い
・データ整理

html上でPHPを実行してSQlite3のdbのデータを取り出すだけで、かなりの時間を使ってしまった。

人気

午前
・標本整理

午後
・授業準備
・卒論手伝い（データ整理）
・授業準備

「なつぞら」、「映像研には手を出すな」、「アオイホノオ」アニメーター系が人気ジャンルになってきた。

実際にキャラが濃い人が多そうだし、ネタが豊富そう。

Rでハプロタイプネットワーク

午前
・データ整理
・個人ゼミ

午後
・来客
・データ整理
・特別業務
・データ整理

共同研究者をかなり待たせてしまっているサソリモドキ論文を進める。

Rでハプロタイプネットワークを書く。ここを参照しました。

libraryがあるので作業は非常に簡単。１点悩んだのが、デフォルトでは円の中に「I、II、III」というローマ数字が入る点。

私の場合、円の中には独自のハプロタイプ番号を付けたい。plothaplotype(**, labels=)で指定できるが、デフォルトで算出される「I、II、III」がどのように決まるのか良く分からず悩んだ。

結局、ここの「ind.hap」を使って確認して地道に書いた。

install.packages("ape", repos="http://cran.ism.ac.jp/")
install.packages("pegas", repos="http://cran.ism.ac.jp/")
setwd("＊＊＊")
library(pegas)
library(ape)
COI<-read.dna("＊＊＊.fasta", format="fasta") #FASTAデータの読み込み
COIHaps <- haplotype(COI) #シーケンスデータからハプロタイプの検出と整理
COINet <- haploNet(COIHaps) #シーケンスデータからハプロタイプの検出と整理
ind.hap<-with(
stack(setNames(attr(COIHaps, "index"), rownames(COIHaps))),
table(hap=ind, individuals=rownames(COI)[values])
)
ind.hap #デフォルトで表示されるハプロタイプ番号を確認する。下記の「I、II、III」が円の中に記される

hap_ID <- c("St57","St58","St59") #I=St57、II=St58、III=St59にする
COIHaps <- haplotype(COI, labels=hap_ID) #ラベルを追加して、シーケンスデータからハプロタイプの検出と整理のやり直し
COINet <- haploNet(COIHaps) #シーケンスデータからハプロタイプの検出と整理
plot(COINet, size = attr(COINet, "freq"), fast = T, col=2, bg=2, scale.ratio = 1, cex = 1)

ハプロタイプ番号を挿入する点のみ少し面倒だけど、とても簡単にネットワーク樹が作成できます。アルゴリズムによって、いくつか関数があるみたい。

円の大きさの制御など、細かな点は勉強が必要だけど、plot()で出力しているので、そこまで難しくはないハズ。

１２月にはボロボロに負けた早稲田。新国立で令和初のチャンピオンに！

勉強不足

午前
・標本整理

午後
・データ整理

色々と勉強しながらのデータ整理、、、勉強不足のせいで進まない。

ライム病

午前
・授業準備
・授業

午後
・授業準備
・データ整理

CSSの意味も少しづつ分かってきた。自作はできず、切り貼りだけど。

ほったらかしにしていたサイト、体裁だけ整えてみた。

分布データについては、引用文献の確認に手間取っており、しばらく更新できそうにない。

ジャスティン・ビーバーが、マダニ媒介感染症の一つであるライム病に感染していたそうだ。過去には、アヴリル・ラヴィーンとか、リチャード・ギアも感染したことがある。

有名人がマダニに刺されるのか、と思ったけど、ニューヨーク周辺で多いのか。

豚熱

午前
・標本整理

午後
・PDF自炊
・授業準備

生暖かい１日だった。

「沖縄で豚コレラ確認」のニュースが、、、人間に感染するコレラを連想させるので「豚熱」に名称を変えたのでは？

Brackets

午前
・授業準備
・個人ゼミ

午後
・卒論手伝い（データ解析）
・授業準備
・論文書き

授業の資料をhtmlで作成したいと思い、エディタを探してたところBracketsに出会った。初心者にも非常に使いやすい。

とても便利なので、ハマって授業とあまり関係ないものまで作成してしまい一日が潰れた。

目標

昨年の目標と結果。

１）サソリモドキの論文化（和文、標本提供）
⇒実験は終了。文献整理に手間取っている。
２）静岡のワラジムシ類の論文化（和文、標本提供）
⇒査読中。
３）初記録種×１種の報告
⇒査読中（投稿から１年半が過ぎた、、、）。
４）マダニ類の論文化（和文、卒論）
⇒査読中。
５）ある属の学名の整理・論文化
⇒手付かず。
６）地域スケールのワラジムシ類の分布（修論）の種同定の再検討と論文化
⇒標本整理が少し進んだだけ。
７）比較系統地理の論文化
⇒手付かず。
８）オカダン遺伝子の論文化
⇒卒論で実験がかなり進み、新しい実験を始めた。

昨年は、共著でフサヤスデの論文が受理されただけだった。

マダニ論文が投稿できたのは良かったが、アウトプットのスピードアップは今年のかなり重要な課題。

といことで、今年の目標。

１）サソリモドキの論文化（和文）
２）マダニ類の論文化（英文、卒論）
３）オカダン遺伝子の論文化（英文、卒論）
４）Mongoloniscusの一種の学名整理の論文化（英文）
５）Armadillidaeの一種の学名整理の論文化（英文）
６）Burmoniscusの一種の分布の論文化（和文）
７）ワラジムシ類標本（特に、卒論・修論）の整理（論文化は難しそう）
８）フナムシ調査の開始
９）ワラジムシのデータベース（分布etc）の完成

随分と共著者を待たせている１）を早々に終えたい。実験は終わっているのだが、文献の見落としが結構あって、その収集に手間取っている。

２）と３）は今年の卒論。良い結果が出たので、できるだけ早く論文化を目指したい。

昨年は、ワラジムシ類の論文を投稿できなかったので、今年こそはという思いで、以前から問題視していた２種の学名の決着を４）と５）でつける。

６）は提供してもらった標本なので、早々に終えたいが、、、実験も必要なので。

７）は膨れあがった標本の整理＆卒論・修論論文化への再検証。これはしばらく継続中が続きそう。９）もライフワークとして続けることになるか。

今年は、新しく共同研究としてフナムシに手を出すかな。科研次第で、また島にも行く。

たまたま見た、元旦のBS1スペシャル「最速に挑む！ ホンダF1はなぜ勝てたのか」が面白かった。