GIMPの新しいヴァージョン2.10

午前
・系統解析

午後
・SEM撮影
・卒論指導
・シーケンス結果整理

お金を払ってPhotoshopを使いたくない人には必須？のフリーの画像編集ソフトGIMPの新しいヴァージョン2.10がリリースされていた。

何が新しくなったのか不明だが、悪い評判は無いようなのでインストール。見た目が結構違う。

最新の2.10のデフォルト。

これまで使っていた2.8。

そのうち慣れるのだろうけど、と思い、しばらく使っていたが、、、使いづらい。

「GIMP-2.10」⇒「設定」⇒「ユーザーインターフェイス」で、「テーマ」と「Icon Thema」を変更することで、見た目を変更できる。

「テーマ」を「System」、「Icon Thema」を「Legacy」にすると、2.8と同じっぽく見える？

アイコンが少し凛々しくなったきがする。左が2.8で右が2.10。

矢印

東京大産と横国大産のコシビロ論文を投稿。東京大産は問題ない（と思っている）のだが、横国大産がどのように判断されるか。これが出版されれば、日本のコシビロ分類の新しい基準になるかな、、、と。

で、投稿直前になって、悪戦苦闘をしてしまった。Inkscape上では、このように描かれている矢印。

印刷すると、こんな風に、中央に線が入ってしまう。

以前もこのような問題が生じて、どうにか解決したのだが、忘れてしまったのでメモ。色などを指定するウィンドウを出して、

Fill（塗りつぶし？）を無くせばOK。

午後からは、先週、採集した土壌動物の同定実習。５地点目となると、同定能力がかなりアップしていた。

ダニ論文の修正を少しして終了。これも来週中には投稿（再投稿だけど）できそう。

恩師と電話で相談。１２月の伊是名島は１名で行くことになった。１人なら、もう少し過密スケジュールでも良かったかな。

細い線を拡張

朝一でDNA抽出にとりかかる。JRが普通に動いているので、午後からは通常授業になりますという情報を得て、時間割担当として、非常勤の先生にその旨を伝えるために電話をかける。

その後、PCRをセットして、実験室の掃除とか、昼食とかした後、電気泳動へ。６サンプル×５領域、全て綺麗なバンドが見えた。久しぶりの実験で疲れたので、精製は明日へ。

で、その後。昨日のコメント欄を観ると、Acrobatの機能のせいでは、、、と、、、えっ。

早速、ネット検索（巷ではgoogle先生というのかな）すると、色々と出てくる。

どうやら解決したようだ。

Acrobat Reader（Readerでなくても良いと思う）の「環境設定」を開き、

「分類」を「ページ表示」にして出てくるウインドウの

「レンダリング」の中に「細い線を拡張」という項目があり、初期設定では、そこにチェックが入っている。

このチェックを外すと、

こんな感じに見える。

ちなみに、チェックを外す前は、こんな感じ。

かなりの衝撃。あまちゃんが好きな人なら、確実に「じぇじぇじぇ」って言ったと思う（ウッチャンのコントでしか観てないけど）。昨日の苦労はなんだったんだ。

細い線は細いんだよ、、、そのまま映してくれよ、、、。大きなお世話だな。そういえば、勝手に大盛りにする食堂の店員も大きなお世話だと思う。

ただ、どのような印刷になるのか不明だけど、これを知らない人は、チェックしたままPDF版を観るんだよなキット。「線太いよ〜」とか思われないだろうか。

Acrobat９以上の機能らしく、Acrobat Professional８にはこの機能はなかった。

「にしな」さん、ありがと。

線

台風警戒で、小中学校はすでに昨日の時点で休講が決まっていたらしい。大学も本日の午後から、とりあえず明日の午前は休講になった。明日の朝一に授業があったので、助かった。

今のところ、雨も風もほとんどない。

お絵描きの最終調整が終わった、、、かな。最後に厄介な問題が残っていた。

Inkscapeを使ってお絵描きをしているのだが、Inkscapeの画面上ではこのように見える図が、

入構ファイルであるPDFで保存すると、こんな感じで、細いはずの線が太くなってしまう。

このPDFを印刷すると細い線で印刷されるので、論文になった時、印刷版は問題ないのだろうが、投稿を考えている雑誌はPDF版も公開されるので、上述の様な図になったらショックなので、対応策を考える。

印刷すると問題がないので、恐らく、PDF版への変換の問題ではなく、PCのモニターの解像度の問題だろうと予想を立ててみた。まず、Inkscapeで、１px、０.５px、０.３px、０.１pxの線を描くとこんな感じに見える。

で、これをPDFに変換して、だいたい同じ大きさで見ると、

０.５px、０.３px、０.１pxの線が区別できないことが分かる。

で、これを拡大していくと区別できるようになった。

つまり、PDFに太さの情報はあるのだが、表示できる太さに限界があるのだろう。これを根本的に解決する方法は結局分からなかったけど、Export Bitmapから１２００dpiで出力することで、どうにか対応できそう、、、つまり、０.５px、０.３px、０.１pxの線がモニターでも識別できそう。

透明加工

昨日、悩んだepsファイルで綺麗に保存できないんですが問題。スッキリと解決。

Inkscapeで線画を描き、ベクタ形式のepsで保存をすると、拡大をしてもカクカクならないのだが、ナゼか、カクカクしてしまう、というのが悩みだった。

で、情報処理の先生に相談したり、イラストレーターとしても活躍している幼なじみと朝から電話したりとか。

色々と探っていくと、私が作成したsvgファイルをIllustratorでepsに保存すると問題ないことが判明。どうも、Inkscapeの保存に問題があるのだろうと。で、どうも着色している部分に問題が発生しているなと気づき始めたころ、情報処理の先生から、ぼかしなどの処理をすると上手く保存できないらしい、と情報をもらう。

ということで、着色方法を見直すと、

CMYK形式なのにAという項目が、、、このAは、透明加工を行うのに使用する。そう、私は透明加工でグレーを作っていた。

そこで、Aを100にして（透明でなく、色をそのまま使用）、 CMYKの組合せで色を作ると、、、

  

無事に、綺麗な画像が保存できました。

他には、朝一で台湾サンプルを１地点処理。その後、ヒノキ林調査の打ち合わせをしてから、ずっと卒論と修論指導。ナカナカ楽しかった。

連続写真

書類書きと学会関係のお仕事で終了。サソリモドキのCOIがどうにかなりそうで良かった。

締切が迫っている最後の書類。９月の中学生向け実験の紹介書類。それに使うための転向反応の連続写真を作ってみた。

連続写真は、動画を撮影し、iMovieで静止画に分割したものを使用。一応、メモ。

動画をiMovieに取り込み、「共有」の「QuickTimeを使用して書き出す」を選択。

「書き出し」を「ムービーからイメージシーケンス」にすると画像で保存される。大量にできるので、任意のフォルダに作成した方が良い。オプションで分割の秒数を決定できる。

写真の合成はGIMPで行った。透明度の調整で出来るかと思ったけど、私には上手くできず、結局、上部レイアーはダンゴムシの部分のみを残すことで作成した。

ベクター

避難訓練、健康診断目ヴァージョン、を経て、会議３時間。あとは、Brumoniscus論文第２段に没頭。とりあえず版が完成。

とある人に見てもらうために画像を保存。線画はInkscapeを使ってベクター形式で描いているので、投稿規定で推奨されているepsで保存すれば良いだろう。

しか〜し、画像を拡大するとカクカクに、、、。ナゼ？

と思ったら、綺麗に見えた。原因は非常にバカバカしく、普段、画像はGIMPで開くのだが、GIMPはベクター形式は使用できないらしい。ということで、Macのプレヴューで見たら問題なかった、ということ。

今月中には投稿できるか。

Gimpで直線

青色ワラジムシ論文はどうにか英文校閲へ。見直してみると、図を結構修正する必要があった。心に余裕ができたので、自炊を進める。頻出論文がPDFになった。

Gimpで、パスを使って直線を引くことがよくあるのだが、引けたり、引けなかったり。何度かやってれば引ける、というスタンスでやっていが、少し検討してみた。

こんな感じかな？

まず、パスを選択する。

このとき編集モードは、作成になっていないとマーク（アンカーって言うのか？）できない。

左上でまずクリックし、その後、右下でクリックした状態。

ここで、編集モードを編集にする。

そして、始点、ここでは左上のマークをクリックすると、こんな感じになる。

で、これを選択。

その後、これを選択すると新しいウインド〜が現れるので、色々と設定してOKすれば、

直線が描ける。上のときに、選択範囲・・・が白抜きになっているとOK。

ただし、この方法でなくても、描けるときもある、、、多分。詳しいことは良く分からないが、この方法だと問題なく描ける。

テキストの角度

前期の授業が終わった。

サソリモドキ、本当に一筋の光なのか確認のため、シークエンスを出す。結果は週明けか。たのむよ、、、。

Googleで検索すると、「ポップアップウインドのブロック」が反応してしまい、ブロックを外すと新しくウインドウが開いて「logger popup was blocked」と。ウイルスか？と思い取り敢えずスキャンをするが特に問題なし。

ネットで検索した結果、Cookie削除で治った。原因は色々と書かれているが、良く分かっていないみたい。Googleのエンジニアのミスとか、、、。

Burmoniscusは、あと少しのところから悪銭苦闘が続く。大きな問題としては、今年出たとある文献で、ちょうど今、扱っている分類群が別の属に変更されていた、、、。予想外の状況で少しパニックになったが、たまたまその属のDignosisが記載されている文献を持っていたでの確認したら明らかに間違いであることが判明。このことを加筆して解決、、、？

数値データの扱いと図を修正。図の修正で、つい先日やったことを完全に忘れていたのでメモ。

GIMPでテキストの角度を変更する場合、そのままでは出来ない。こんな感じにしたいとき。

一度、文字情報を無くしてから、レイアーとして扱う必要がある。

私の作業ミスだと思うけど、ナゼかツールバーのレイアーから作業しないと変更できなかった。

カラーと矢印

googleで「アフリカツメガル　逃亡」で検索すると一番最初に検索されるようになってしまった、、、。外来種問題の逸出導入の例として使われないだろうか、、、。

今日は、途中ゼミをはさんで、ずっとSEM画像の整理・編集と標本の作り直しに没頭。画像の整理・編集はGIMPを使っているのだが、PCが苦手な私は、単純な作業でも色々と手こずる。

覚えたことをメモ。

まず、昨日は赤枠が描けたのに、今日は、カラー表示ができない。キット、カラーの指定がどこかにあるのだろうと思ったけど、良く分からず。ネット検索で解決。

画像がグレースケールになっているとカラーは使えない。

解決策は、「画像」⇒「モード」⇒「RGB」をチェックすれば良い。ナゼ、カラーが必要だったかというとこんな図を作りたかった。

実は、カラー問題以上に厄介だったのが、矢印。GIMPはパワーポイントのように矢印を描く機能がない、ことに初めて気づいた。

またまたネット検索した結果、「Draw arrow」というのを「プラグイン」すれば矢印がお手軽に描けるらしい。プラグイン、、、どうしたものか。これまた色々と調べたあげく、「Draw arrow」のHPから「arrow.scm」をダウンロードして、GIMPの「scripts」に入れるだけ、ということが分かったのだが、「scripts」どこ？って状態。

多分、私のやり方に問題があったのだと思うけど、「移動」⇒「フォルダへ移動」を使って、「scripts」に入れたら上手くいかなかった。

GIMPのフォルダを調べるには、「編集」⇒「環境設定」で調べられる。

これで「スクリプト」の場所を調べて、その通りに地道にクッリク、クリックで進んでいき「scripts」に「arrow.scm」を入れる。

そしたら、「フィルタ」⇒「Script-Fu」⇒「スクリプトを再度読み込み」をして、「ツール」に「矢印」が出現したらOK。

実際の使い方は、パスを２点決めて（始点と終点）、「ツール」⇒「矢印」をすれば良い。数値を変えると色々な矢印が描ける。

ナカナカ楽しい。

ずっとやってた

朝一で、厄介書類を提出。共著者共々、疲労困憊といった感じ。そして、恐らく、無意味な書類書きだったと思う。

（今気づいたが）会議があったらしいが、今日は、ずっとPC作業をしていた。InkscapeとGIMPの使い方を、いつものごとく忘れてしまったので、思い出しながらの作業。久しぶりに研究で終わった一日なので、何か大事なことを忘れているのではないかと不安になる（会議を忘れてたけど）。

今日は、後期日程の合格発表だったらしいが、密かに、大学院の合格発表でもあった。本研究室の学生が無事に合格。４月からは３名の大学院生が本研究室に所属する予定。他大学からの進学も歓迎しています！大学院への進学を考えいている人は、是非、検討して下さい。

第１、第２腹肢は、SEM写真が上手く撮れなかったので、Inkscapeを使って線画を描いた。絵が下手だな、これが理由でリジェクトされたら恥ずかしいな。

胸脚はSEM写真を使うが、脚ごとで結構明るさが異なることが判明。写真の加工はあまり良くないけど、明るさは大丈夫かな？

第１胸脚

第２胸脚

Inkscapeで気づいたことをメモしておく。

Shiftを押したままノード（オブジェクト）を指定することで、複数のノード（オブジェクト）を指定できる。ノードの連結は、２つのノードを指定してから行う。

複数のオブジェクトの指定：左クリックを押したままカーソルを動かした範囲内を全て指定できる。

線の太さや色の指定：Object⇒Fill and Stroke