ハマダンゴムシの雌雄

午前
・ハンミョウ調査
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・資料作成

砂丘から戻って、そのままネズミ観察。暑かった。そして、午後、気づいたら寝てた。

ハマダンゴムシの雌雄について質問を受けたのでメモ。

他のワラジムシ亜目と同様に、基本的にはオスの生殖器官を確認することになるが、オカダンゴムシと比べると非常に見づらいので注意が必要。

腹部を腹面から観察すると、メスは真ん中に隙間が見えるが、オスには白い構造物が詰まっていることが分かる。これは第２腹肢内肢で、メスの生殖孔への挿入に使用されるらしい。

第２腹肢内肢を挿入に使用するのは祖先系統の形質らしく、ヒメフナムシ属も同じである。一方、オカダンゴムシなど派生系統では、第１腹肢内肢も発達している。ちなみに、第２腹肢内肢も細長い構造をしており、挿入の詳しい仕組みは（私には）良く分からない。

相変わらず

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・論文書き

久しぶりに形態分類に関する論文を書きすすめる。

研究室に訪問してくれていた陶岩先生との共同研究の一つ。早く形にしたい。

日が沈むのは随分と早くなった、、、が、昼間の暑さは相変わらず。

コカスリウスバカゲロウ

午前
・ハンミョウ調査

午後
・Rゼミ
・データ整理

モゾモゾして身動きが取れなくなっていたコカスリウスバカゲロウ？の幼虫（すり鉢状の巣穴を作らないアリジゴク）。

砂丘で、このようにモゾモゾしている場合、経験的に地中のアリジゴクに捕まっていると思われる。

貴重な場所

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・データ解析

系統解析は全然、先が見えていなかった。色々とチェックしていたら意味のないことをやっていた気がしてきた。

簡単には採集に行けない非常に貴重な場所の標本を送ってもらった。

久しぶりに顕微鏡を覗くか。

幹

午前
・データ解析

午後
・授業
・論文書き

２ヶ月以上前に戻ってきていた論文を、やっと再投稿。

雨がよく降っているためか、桜の木の幹に大量のダンゴムシ、ワラジムシが登っていた。

フナムシ論文について

午前
・データ解析

午後
・データ解析
・学外会議
・データ解析

初めてのNGSデータに挑戦。どうにかプログラムを実行できるようになった。

私たちが書いたフナムシ類の論文（太田ほか, 2024）と、最近、出版されたAriyama and Hiki（2024）の関係について質問があったので整理してみた。

太田ほか（2024）では、宍道湖に生息するLigia shinjiensisと（旧）Ligia exoticaが独立した種であることを示した。

この2種には比較的明瞭な形態差が示されていたのだが、Ligia shinjiensisは（旧）Ligia exoticaに比べて小さいことから、（旧）Ligia exoticaが低塩分濃度の環境において成長が阻害されたのがLigia shinjiensisではないかと疑ったのが発端である。

で、結果的には、遺伝的にも形態的にも独立した種であることが示された。ただし、（旧）Ligia exoticaの小型個体とLigia shinjiensisを形態で区別することは極めて難しいことも分かった。

さて、Ariyama and Hiki（2024）では、Ligia shinjiensisが（旧）Ligia exoticaの新参異名であると扱っているのだが、これは、太田ほか（2024）で独立した2種と示した種が同一種だった、ということではない。

これまで（旧）Ligia exoticaと呼んでいた種には、以前から大きな遺伝的分化があることが知られており、Ariyama and Hiki（2024）はこれら遺伝的分化した集団のうち2つを新種として記載した。つまり、太田ほか（2024）で（旧）Ligia exoticaとして扱った種は、この2種のいずれか（もしくは、さらに別種）である。

そして、太田ほか（2024）でLigia shinjiensisとしていた種を（新）Ligia exoticaに変更したことになる。

ちなみに、Ligia exoticaのタイプ標本は行方不明とのこと。

ということで、太田ほか（2024）とAriyama and Hiki（2024）では、学名の扱いには違いがあるが、種の分け方については大きな相違はない。

フナムシ属

午前
・授業
・会議

午後
・授業
・会議

フナムシ属2種が記載された。

また、Ligia exoticaの和名をトライフナムシに変更することを提案している。

加えて、シンジコフナムシ（Ligia shinjiensis）がトライフナムシ（Ligia exotica）のシノニムであることを指摘している。記載についてはきちんと読んでいないけど、シノニムについては検討が必要っぽい。

Ariyama H., Hiki K. (2024)
A morphological and molecular study of Ligia exotica Roux, 1828 (Crustacea: Isopoda: Ligiidae) from Japan, with descriptions of two new species
Zootaxa, 5453: 451–486.

スゴい

午前
・お絵描き

午後
・お絵描き
・会議

最近、研究に関しては、系統や群集のデータ解析や論文書きを進めており、種分類に関する研究が完全にとまっていた。

ここ数年、多くの方々の協力で面白い種がたくさん見つかっており、いい加減、種分類の研究の進めないと思いつつ、「お絵描き」の億劫さに負けてほったらかしにしていた、、、そもそも、種分類が分からないというのもあるけど。

そんな中、ipadでお絵描きアプリを使った方法に興味をもち、すでに道具は揃えていたのだが手を出せていたなかった。

この機会に、ということで、作業をしてみた。画像の取り込み方や出力先が分からないなどipadの使い方に苦戦したが、１日作業した感じでは、慣れればかなりの時間短縮になりそう。

これまでは、鉛筆で下書きを描き、それをPCに取り込んでInkscapeで墨入れをしていた。

Inkscapeではマウスを使ってポチポチ線を描いたけど、上記の方法ではpencilを使って鉛筆で描くように作図できるので作業時間が短縮できそう。

一方で、Inkscapeの場合はポチポチなので手ブレなどの心配はないが、ipadの場合は、線は自分で描くので、そもそも図を綺麗に描く能力は必要となる。アプリに手ブレ補正機能はあるけど。

本日作成した下書き。

卒業生から驚き（嬉しい）報告があった。スゴい！

北海道

午前
・書類作成

午後
・書類作成
・会議
・DNA抽出

北海道のサンプルをわざわざ持ってきてくれました。

面白い結果が出ると良いけど。でも、結果が出るのは来年だな。

全

午前
・標本整理

午後
・個人ゼミ
・データ整理
・原稿書き

締め切り直前の原稿の修正対応。これで校了。どうにか間に合った。

武豊騎手が復活したということで何となく有馬記念を観てたら、武豊騎手の素晴らしい差し切りを観ることができた。

３角、４角と徐々に上がってくるシーンはカッコよかった。

明日のホープフルSにも出走するらしいので全G1制覇を期待。そして、来年、羽生９段が叡王戦のタイトル奪取で１００冠＋生涯タイトル全冠をしてくれると最高だ。

大学ラグビーはいつの間にかベスト4になってしまった。早明戦以来、試合を観ていないうちに早稲田大は派手に京産大に負けてしまった。筑波大にも期待していたが、明治大の壁は大きかったか。

ただ、vs帝京大は、関東勢よりも関西勢の方が楽しめそうなので、良かった、、、か？

写真

午前
・野外調査

午後
・個人ゼミ
・DNA抽出
・写真撮影

原稿用に生体の写真が必要になったので挑戦するが難しい。

プレスリリース

午前
・資料作成
・会議

午後
・資料作成
・論文書き

ヒメフナムシの論文のプレスリリースが公開された。論文の内容が日本語でまとめられています。筆頭著者のHarigaiさんが作成してくれました。

ヒメフナムシとフナムシの論文

午前
・標本整理

午後
・個人ゼミ
・資料作成

北大と共同で行なったヒメフナムシの研究が無事に受理され、今月、公開された。著者の「Touta Yokoi」は鳥取大の卒業生で西日本のDNA解析や形態観察を担当しました。

Harigai W., Saito A., Zemmoto C., Karasawa S., Yokoi T., Nagano A.J., Suzuki H., Yamamoto M. (2023)
History of the Terrestrial Isopod Genus Ligidium in Japan Based on Phylogeographic Analysis.
BMC Ecology and Evolution, 23: 38.

また、数年前から研究を行なっているフナムシに関する最初の論文が受理された。

色々と謎の多いシンジコフナムシに関する論文で、分子や形態から種の妥当性について検討するとともに、太平洋側では初となる浜名湖において本種を発見しました。

太田風歌・仲田彰男・松田彩・杉田幸司・唐沢重考 (印刷中)
宍道湖，中海，および，浜名湖のフナムシ相 (Crustacea: Isopoda: Oniscidea) について—シンジコフナムシ Ligia shinjiensis Tsuge, 2008 の分布に注目して.
Edaphologia

これでひとまずシンジコフナムシについては決着がついたつもりだったのですが、その後、対象を日本全域に広げて研究を進めた結果、さらに大きな謎に直面することとになりました。

標本

午前
・データ整理

午後 ・データ整理

貴重な標本を頂いた。

頭部幅

午前
・データ整理

午後
・資料作成

溜めていた頭部幅の計測を久しぶりに進めることができた。

緊張

午前
・授業準備
・授業

午後
・研究相談
・資料作成
・DNA抽出

すでに絶滅したかもしれない種のDNA解析をするため、胸脚を2本だけ提供してもらった。ミスが許されない、、、緊張。

豊田ホタル里ミュージアム版

午前
・出前授業の準備

午後
・個人ゼミ
・卒論手伝い（DNA抽出）

来週の出前授業のネタ。試行錯誤した結果、豊田ホタル里ミュージアム版のダンゴムシ迷路を使わせてもらうことにした。

昨日から検討をしていたのだが紙を立ててノリで貼るのは強度が不安に思い別の方法を検討していた。妙案が思いつかないので、方眼画用紙に貼り付けて木工ボンドを使用したら良い感じになった。流石です！

まだ歩かせていないので、どうなるかは分からないけど。作者の動画がtwitterで公開されている。PDFのリンクは切れているみたい。

属すら

午前
・標本整理

午後
・データ整理
・論文修正

最近、2本の論文が返ってきて、1本はリジェクト、1本はメジャーだった。リジェクトは予想していなかっただけにショック、、、。

提供して頂いた標本。属すら分からない、、、。

ホロタイプの観察

午前
・標本整理

午後
・授業準備
・資料作成

保存用のエタノールが無くなってしまったが、結果的にこれまで放置されていた研究を進めることができた。

ホロタイプの観察。２種を確認。

ラベルの字が私の字に似ているな〜と思ったら、過去に借りたことがあった。このときに解剖して入れ直したときのラベルか。

プレパラート標本

午前
・標本整理

午後
・研究室整理
・論文書き

未処理の標本がかなり溜まっているのだが、エタノールが無くなってしまったので標本処理ができない。

ということで、プレパラート標本の観察を進める。

学生が作ったヒメフナムシのプレパラート標本を検鏡してみた。

西日本には、ニホンヒメフナムシ、チョウセンヒメフナムシ以外にも沢山いることは間違いないのだが、これらの種と同じくらい、もしくは、もっと分布域の広い種がいることがわかってきた。