Moran’s I

午前
・標本整理（写真撮影）

午後
・資料作成
・データ解析

卒論の時期になると思い出すのだが、未発表の過去の卒論で得た貴重なデータの山、、、。

これはいかん、と今年の卒論を投稿用に、空間自己相関分析をやってみた。

複数の地点で連続データを取得した際、そのデータが地理的傾向を示す、つまり、データが大きい地点の近くのデータは大きい、または、小さい地点の近くは小さい（逆もある）、とき、空間的自己相関があるという。簡潔に言うと、地点間が独立ではない。

空間自己相関を評価する方法として良く用いられるのが、「Moran’s I」で、-１〜+１の値を取り、有意に正のときは、大きな値（or 低い値）が空間的に（ランダム分布よりも）集中し、有意に負のときは、大きな値（or 低い値）が（ランダム分布よりも）分散している、と解釈できる。

「alldata」はデータフレームで、「lon」列の東経、「lat」列に北緯、「sinyou_sum」列に針葉樹の数が入っている。他にも色々と列がある。

針葉樹数のMoran’s Iを求めるには、下記を実行する。

library(sf)
library(spdep)

#地点データをsf形式に変換
lonlat <- st_as_sf(alldata, coords = c("lon", "lat"),
                            crs = "+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs")

#座標データの指定
lonlat_c <- st_coordinates(lonlat)

#空間隣接行列の計算
lonlat_d <- tri2nb(lonlat_c)

#moran'Iの計算
moran.test(alldata$fsinyou_sum, nb2listw(lonlat_d,style="W"))
  
  	Moran I test under randomisation

data:  alldata$sinyou_sum  
weights: nb2listw(lonlat_d, style = "W")    

Moran I statistic standard deviate = -0.50068, p-value = 0.6917
alternative hypothesis: greater
sample estimates:
Moran I statistic       Expectation          Variance 
     -0.054011255      -0.016666667       0.005563221 

p-value > 0.05なので、帰無仮説（ランダム分布）は棄却されず。地理的傾向はないと解釈される。

地点間の距離を計測し行列を作成する、spdep::tri2nb( )、が優れもの。ドローネ三角網という方法で計算しているそうで、spdep::knn2nb( )を使えば、最近隣k地点で計算することもできる。

下記を実行すると、やっていることがイメージしやすい。

plot(lonlat_d, lonlat_c)

注文の多い料理店

午前
・授業準備

午後
・授業（オンライン）
・資料作成
・卒論手伝い（形態観察）

Rを用いた解析の授業。

これまでは、統計解析とか地図作成を扱ったが、社会科学の学生なのでテキストマイニングを扱ってみた。

と言っても、普段は全くを手を出さない分野なので、下記の本を抜粋して説明するだけで一杯一杯だった。


Rによるテキストマイニング入門(第2版)

全てに目を通した訳ではないが、非常に分かりやすく関われており、書かれているようにコマンドを実行すれば、下記のような図も簡単に描ける。

これは、宮沢賢治著「注文の多い料理店」のワードクラウド。ワードクラウドとは、頻出頻度を文字サイズで表現したもので、「注文の多い料理店」は「扉」という文字が多く使われていることが分かる。

ただし、名詞（一般）と形容詞（自立）のみを対象としている。

twitterのテキストマイニングの事例があったりと、専門家でなくても楽しめる。また、３章のRの使い方（データ整形）、４章の文字処理（stringrパッケージ）は、テキストマイニングとは関係なく非常に参考になる。

今年はBSが観られるので、NFLのプレーオフを観てきたが、、、カンファレンス優勝決定戦は今朝だったのか。結果を見てしまった。

５５回目にして、初めてスーパーボウルの開催地のチームがスーパーボウルに出場！しかも、トム・ブレイディは移籍した１年目。これは盛り上がる。２月８日は有給を取るべきか。

将軍暗殺

午前
・実験機器の整備

午後
・個人ゼミ×３ ・データ整理

銀魂。やっと「将軍暗殺篇」まで到着。シリアスなのは嫌だなと思ってたけど、とても良かった。

登場人物の全員がカッコよかったけど、沖田 vs 神威が一番だった。神楽の「お前が2人の女の子を守った、、、」で泣きそうになった。

あと少し

午前
・卒論手伝い（原稿修正、データ解析）

午後
・個人ゼミ
・卒論手伝い（形態観察）

「難しいと思うから、やってみるは」と言って、完全に放置していた卒論標本（フナムシ）の形態観察。

予想はしていが、成長による変異がかなり大きくて、小さい個体では形態での種同定は危険っぽい。他に良い形質（学生担当）があるのかもしれないが。

腰は、完全復調まであと少し。

主要

午前
・データ解析
・個人ゼミ（オンライン）

午後
・データ解析
・会議
・データ解析

原稿用作図。主要な部分は終わった。

How to部分の図がまだ残っているが、そもそも分量的に無理か。

ギックリ腰

午前
・標本整理

午後
・授業
・データ解析
・原稿書き

原稿に使用する地図を作成。授業でも、この地図の一部の描き方を教えた。

先週、発生した腰痛。良くなっては発生を繰り返した。

神経の痛みっぽいし、長引くし、ヘルニアかなと思い病院へ。

レントゲンを撮ってもらったが骨に異常はなく、正確な原因は分からないが、症状から最下部の腰骨が神経に触れている可能性を示唆された。

寒さも影響しているのかも、とのこと。大きな病気の可能性はなさそうなので、痛くないなら運動をした方が良いそうだ。

痛いときは、普通の湿布ではなく、温湿布を貼るのが良いということで、早速、貼ってみた、、、痛くない。不思議。

ちなみに、原因不明で急に腰痛になることを、急性腰痛＝ギックリ腰、というらしい（総称）。「これってギックリ腰ですか」と聞いたら「ハイ」とのこと。

ということで、ギックリ腰の仲間入り。

間に合うか

午前
・標本整理

午後
・会議
・データ解析

原稿用に系統樹を２つ作成した。細かな設定はこれから。

データ関係の作図は、これで終了。あと地図とか概念図が必要。間に合うか、、、。

GMYC

午前
・標本整理

午後
・データ解析
・会議

原稿用解析。最終氷期の生息適地モデルと並んでやってみたかったGMYC（Generalized Mixed Yule Coalescent）をやってみた。

BEASTを使って分岐年代付き系統樹を作成し、Rのlibrary(splits)を実行すればできる。色々と新しい方法も開発されているようなので、もう少し勉強が必要。

赤で示されたクレードは、系統関係からは同種と判断するのが妥当と思われる。

生息適地モデル

午前
・標本整理

午後
・授業（オンライン）
・データ解析

原稿用に生息適地モデル解析を行った。

現在の環境データを用いて解析した生息適地モデル。暖温帯〜熱帯性の種で、現在の環境だと西日本の平地から沖縄、台湾、中国南部に分布すると推定される。

このモデルを約２万年前の気候に適用して描画すると、本州はおろか、九州も生息適地から外れることが分かる。２万年前は氷河期で、現在よりも気温は低かったため。

この解析は対象種のニッチが変化しないことが仮定されている。また、解析の信頼性はサンプリングの精度も影響する。

気候データは、PaleoClim.orgで入手でき、Rのmaxent {dismo}を使用すれば簡単に解析できるが、信頼性については色々と検討しなければならない、、、みたい。

一致した行のみを結合

午前
・標本整理

午後
・資料作成
・データ解析

締め切りが近づきずつある原稿に向けたデータ解析。ナカナカ、調子がよかった。

標本データと地点データを別ファイルで保管しているので、分布の解析する際には、これをまとめる必要がある。これまでは置換とかやっていたのだが、今回は４００地点を超えるので、何か良い方法はないかと検索。

標本データ。「site」が調査地点のIDで、詳細は別ファイルとして保管している。

調査地点データ。「site」は上記と一致しており、「n」が北緯、「e」が東経である。ただし、調査地点はこれまでの全ての調査地点のデータがあるので、解析したい標本データとはずれている（調査地点データの方が多い）。

left_join( )を使えば一瞬でした。２つのファイルの特定の列が一致した行のみを結合してくれる。結合したい列名は同じでなければならない。

標本データが「spe」、調査地点データが「loc」に代入されているとして、

library(dplyr)
left_join(spe, loc, by = "site")

で、OK！

武豊が、急性腰痛で乗り替わりをしたらしい。急性腰痛って何だろうとおもったらギックリ腰のことだった。

ギックリ腰ってどんなに痛いのかな、と思いながら、日曜日に前屈をしていたらピキッと腰に違和感。動けないことではないが、前かがみができず。

前にもあったなと思って検索したら、おおよそ一年前だった。冬の寒さが影響しているのか？

２日経って良くなったけど、本日の午前中に顕微鏡を覗いてたらまたピキッと。今日はすぐに良くなった。

早稲田 vs 天理は、天理の圧勝だった。連覇していたときの帝京を見ている感じだった。連覇が続くのか、関東勢が復権か。来年が楽しみ。

境界

午前
・標本整理
・資料作成

午後
・授業（オンライン）
・原稿作成

大雪は免れている。鳥取が、ちょうど雪と晴れの境界のようた。

最高気温が０度らしいが、風がないので、体感はそれほど寒くない。ただ、色々と凍っている。

朝は鳥取では経験できないほどの大渋滞だった。

０度

午前
・標本整理

午後
・資料作成

標本の作り直しが終わった。

大荒れ予報。時々、吹雪くが今のところは大雪というほどではない。

ただ、気温は寒くて、パウダースノー。明日は最高で０度だとか。

不便

午前
・標本整理

午後
・個人ゼミ（オンライン）
・シーケンス準備
・データ整理

オンラインの学生対応もさすがに慣れてきたけど、通信が途切れたりとやはり不便は感じる。

第二腹肢

午前
・標本整理

午後
・PCR実験
・データ整理
・PCR産物精製
・資料作成

フナムシの第二腹肢の形態を観察しようと数百枚のプレパラートを作製したのだが、プレパラートにするとこの角度で観察できないことが判明。

全てのカバーガラスを剥がすハメに。封入液にホイヤー氏液を使っている場合、水に浸けると剥がれる。

２０２０年の一番の出来事

午前
・標本整理

午後
・DNAシーケンス準備
・標本整理

標本整理で致命的なミス！ここ数週間の努力が無駄になり、全てやり直し。

昨年は、予定していた離島調査に行かなかった分、データ・標本整理や実験がかなり進んだ気がする。

ということで、１年間の目標を振り返る。

２０２０年の目標

１）サソリモドキの論文化（和文）
⇒査読中。
２）マダニ類の論文化（英文、卒論）
⇒現卒論で追加データ取得中。
３）オカダン遺伝子の論文化（英文、卒論）
⇒実験は終わった。共同研究の相談があり、まとめ方を検討中。
４）Mongoloniscusの一種の学名整理の論文化（英文）
⇒手付かず
５）Armadillidaeの一種の学名整理の論文化（英文）
⇒出版済み。
６）Burmoniscusの一種の分布の論文化（和文）
⇒手付かず
７）ワラジムシ類標本（特に、卒論・修論）の整理（論文化は難しそう）
⇒伊豆標本、西表島標本を残すとこまできた。
８）フナムシ調査の開始
⇒卒論×２でスタート。
９）ワラジムシのデータベース（分布etc）の完成
⇒フォーマットは少しずつできてきているが、データ入力はイマイチ。文献検索が記入でもできるようになった。

論文を書いていない、実感があったが、文字で書くと目標をほとんど達成できていないことが良くわかる。

英文では、コシビロ１種のシノニムと、すでに受理されていたフサヤスデ論文が出版されただけ。

和文は、鳥取砂丘、マダニ類、ワラジムシ類、の分布報告が出版された。

分布報告まだいくつもあるが、簡単にできる、と思っても、放置⇒忘れる、の流れ。

２０２１年の目標。

１）サソリモドキの論文化（和文、査読中）
２）分担書籍（和文、今月末締め切り、、、）
３）幼児向け書籍の監修
４）マダニ類の論文化（英文、卒論）
５）竹林のワラジムシ類の論文化（英文、修論）
６）オカダンゴムシ遺伝子の論文化（英文、卒論）
６）孤立林のワラジムシ類の論文化（英文、修論）
７）マダニ類の分布報告（３種、和文）
８）Armadilloniscusの分布報告（１種、和文）
- - - 研究の進展 or 学会発表
９）Cubaris murinaの共同研究、相手にバトンタッチしたい。
１０）フナムシ類の共同研究、学会発表はしておきたい。
１１）水田の共同研究、どうなることか。
１２）オキナワキノボリトカゲの共同研究、どうなることか。
１３）鳥取砂丘AR（卒論）、どうにかなりそう。
１４）ワラジムシのデータベース（分布etc）の充実。

すでに無理な気も、、、あと、今年は、ヤスデの勉強を始める！

２０２０年の競馬界は伝説的な１年だった、、、が、個人的にはあまり盛り上がらなかった。やはり、デビューから観ていないとイマイチだな。

その代わり、将棋をじっくり観てしまった。マラソン中継以上に「何やってんだろ」で考えるけど、人間の限界を観ているような面白さがある。藤井聡太２冠のおかげ。ただ、勢いで買った、「ハチワンダイバー」はイマイチだった。

「おかげで」繋がりで、鬼滅の刃人気のおかげで「銀魂」の面白さを知ることができた。「おすすめ作品」で紹介されて動画を観たのがきっかけ。２０２０年の一番の出来事は、銀魂との出会いかも。

ボクシングは、井上尚弥選手の統一戦がなくなったのは残念だったけど、大晦日（井岡一翔選手 vs 田中恒成選手）に良い試合が観られた。

現在進行形の大学ラグビーは、天理大がかなり強そうなので、決勝がとても楽しみ。対抗戦の早稲田 vs 明治を物差しにすると、早稲田に勝ち目がないような気もするが、そうならないのが強豪チーム。接戦になることを期待。

接戦といえば、高校ラグビーの東福岡 vs 東海大仰星は、３０分ハーフの後半が４８分続いたそうだ。これは観てみたい。しかも、最後は抽選決着！