installerの中では実行できるが、アプリケーションに移動すると「壊れているため開けません。ゴミ箱に入れる必要があります。」と出てしまう。
「右クリック」⇒「開く」でも同じ。
Appleのセキュリティーの問題のようで、一度、セキュリティーを解除すれば良いらしい。
$ sudo spctl --master-disableセキュリティーを戻すにはこうする。
$ sudo spctl --master-enableこことか、ここを参照。
2022年6月11日土曜日
セキュリティーを解除
RStudioの挙動がおかしくなったので、再インストールを行なったときの問題。
installerの中では実行できるが、アプリケーションに移動すると「壊れているため開けません。ゴミ箱に入れる必要があります。」と出てしまう。
「右クリック」⇒「開く」でも同じ。
Appleのセキュリティーの問題のようで、一度、セキュリティーを解除すれば良いらしい。
installerの中では実行できるが、アプリケーションに移動すると「壊れているため開けません。ゴミ箱に入れる必要があります。」と出てしまう。
「右クリック」⇒「開く」でも同じ。
Appleのセキュリティーの問題のようで、一度、セキュリティーを解除すれば良いらしい。
2022年6月8日水曜日
ファイルを検索して移動
午前
・論文書き
・データ解析
午後
・データ解析
・卒論手伝い
・データ解析
３月に修了した学生の修論一部、および、伊豆諸島ネタ論文を英文校閲へ。両方とも今月中には投稿できるか。
今月末の学会準備に関連して、（mac）ターミナルを使ったファイルを検索して移動する方法を勉強した。
塩基配列データはこんな感じで、サンプルIDと遺伝子領域、をファイル名にしている。
ここから、「COI」データを取り出したいときは、ターミナル（mac）で下記を実行すれば良い。
「./BBB」は移動したいフォルダで、この場合、カレントディレクトリに「BBB」フォルダに配列データがある場合を想定。
「cp」はコピーで、移動したい場合には「mv」とすれば良い。
これまではポチポチ、コピペをしていたので、それと比べると成長した感じがする。
・論文書き
・データ解析
午後
・データ解析
・卒論手伝い
・データ解析
３月に修了した学生の修論一部、および、伊豆諸島ネタ論文を英文校閲へ。両方とも今月中には投稿できるか。
今月末の学会準備に関連して、（mac）ターミナルを使ったファイルを検索して移動する方法を勉強した。
塩基配列データはこんな感じで、サンプルIDと遺伝子領域、をファイル名にしている。
$ find ./AAA -type f -name "*COI*" -print | xargs -J% cp % ./BBB「./AAA」は塩基配列データのあるフォルダを示しており、この場合、カレントディレクトリに「AAA」フォルダに配列データがある場合を想定。
「./BBB」は移動したいフォルダで、この場合、カレントディレクトリに「BBB」フォルダに配列データがある場合を想定。
「cp」はコピーで、移動したい場合には「mv」とすれば良い。
これまではポチポチ、コピペをしていたので、それと比べると成長した感じがする。
2020年10月19日月曜日
初めての電気泳動
午前
・会議
・卒論手伝い（電気泳動）
午後
・会議
・個人ゼミ
・卒論手伝い（PCR実験）
キツキツのスケジュールだった。
卒論で初めての電気泳動。どうなるか心配だったサンプルは、増えたり、増えなかったり。色々と検討する必要がありそうで。
・会議
・卒論手伝い（電気泳動）
午後
・会議
・個人ゼミ
・卒論手伝い（PCR実験）
キツキツのスケジュールだった。
卒論で初めての電気泳動。どうなるか心配だったサンプルは、増えたり、増えなかったり。色々と検討する必要がありそうで。
2015年2月26日木曜日
エクセルのデータをsqlite3に取り込む
ほぼ一日中会議で終わった。
エクセルのデータをsqlite3に取り込むのに大苦戦。まだ、細かな点は分からなことだらけだが、最低限のことができるようになったのでメモ。
こんな感じのエクセルデータがあるとする。
「CSV（カンマ区切り）」で保存する。今回は「mushi.csv」として保存。
ここからは理由は良く分からないが、こうやったら上手くいった手順ということで。
「テキストエディット」でcsvファイルを開き、「別名で保存」から「Unicode（UTF-8）」で保存する。ファイル名は好きにして良いが、今回は「mushi.csv」のまま。
このcsvファイルを「TextWrangler」で開き、「Save as」から「Line breaks」を「Unix (LF)」に変更して「Save」する。
ターミナルを開き、
$ sqlite3 mushi.db; #mushi.dbというデータベースを作成
sqlite> create table mushi_table(id integer primary key, site text, animal text); #mushi.dbの中にmushi_tableというテーブルを作成
sqlite> .separator , #区切り文字を「,」に指定
sqlite> .import mushi.csv mushi_table #mushi.csvをmushi_tableに入れる
sqlite> select * from mushi_table; #mushi_tableを表示する
で、mushi.csvファイルが、mushi.dbのmushi_tableに取り込まれたことが分かる。
「テキストエディット」と「TextWrangler」の流れは、後者で一回でできるのだが、そのやり方だとナゼか日本語が文字化けする。
これだけのことにかなり苦戦したのだが、最も苦労したのが、「Line breaks」を「Unix (LF)」にするところ。
デフォルトでは「Classic Mac (CR)」になっており、このまま同じ作業を実行すると
expected 3 columns but found 11 - extras ignored
と列の数が上手く認識されない。LFとかCRは改行の指定らしのだが、、、全く理解できていないが、とりあえずということで。
エクセルのデータをsqlite3に取り込むのに大苦戦。まだ、細かな点は分からなことだらけだが、最低限のことができるようになったのでメモ。
こんな感じのエクセルデータがあるとする。
「CSV（カンマ区切り）」で保存する。今回は「mushi.csv」として保存。
ここからは理由は良く分からないが、こうやったら上手くいった手順ということで。
「テキストエディット」でcsvファイルを開き、「別名で保存」から「Unicode（UTF-8）」で保存する。ファイル名は好きにして良いが、今回は「mushi.csv」のまま。
このcsvファイルを「TextWrangler」で開き、「Save as」から「Line breaks」を「Unix (LF)」に変更して「Save」する。
ターミナルを開き、
$ sqlite3 mushi.db; #mushi.dbというデータベースを作成
sqlite> create table mushi_table(id integer primary key, site text, animal text); #mushi.dbの中にmushi_tableというテーブルを作成
sqlite> .separator , #区切り文字を「,」に指定
sqlite> .import mushi.csv mushi_table #mushi.csvをmushi_tableに入れる
sqlite> select * from mushi_table; #mushi_tableを表示する
で、mushi.csvファイルが、mushi.dbのmushi_tableに取り込まれたことが分かる。
「テキストエディット」と「TextWrangler」の流れは、後者で一回でできるのだが、そのやり方だとナゼか日本語が文字化けする。
これだけのことにかなり苦戦したのだが、最も苦労したのが、「Line breaks」を「Unix (LF)」にするところ。
デフォルトでは「Classic Mac (CR)」になっており、このまま同じ作業を実行すると
expected 3 columns but found 11 - extras ignored
と列の数が上手く認識されない。LFとかCRは改行の指定らしのだが、、、全く理解できていないが、とりあえずということで。
2014年3月23日日曜日
XAMPP
PHPとか、その周辺について少しだけ勉強を進める。
自分のPCにApacheをインストールして、自分のPCのみ（レンタルWebサーバとか使わず）でWebブラウザ上でPHPを実行する方法のメモ。
上記を行うのに必要なソフトが色々と詰まったXAMPPというパッケージがあるので、とりあえず、これをダウンロードしてインストールする。ネットとか本で良く紹介されている方法。
Macだと「アプリケーション」に「XAMPP」ができる。「XAMPP」の中に、「htdocs」というフォルダがあるので、その中にPHPファイルを入れる。例えば、以下のようなコードを「index2.php」とし「htdocs」に入れたとする。
Webブラウザを開き「http://localhost/index2.php」と入力すれば実行される。
あと、「ターミナル」で日本語を入力するには、「ターミナル」がアクティブな状態で、「環境設定」→「詳細」に進み、「非ASCII入力をエスケープ」にチェックを入れる。
自分のPCにApacheをインストールして、自分のPCのみ（レンタルWebサーバとか使わず）でWebブラウザ上でPHPを実行する方法のメモ。
上記を行うのに必要なソフトが色々と詰まったXAMPPというパッケージがあるので、とりあえず、これをダウンロードしてインストールする。ネットとか本で良く紹介されている方法。
Macだと「アプリケーション」に「XAMPP」ができる。「XAMPP」の中に、「htdocs」というフォルダがあるので、その中にPHPファイルを入れる。例えば、以下のようなコードを「index2.php」とし「htdocs」に入れたとする。
Webブラウザを開き「http://localhost/index2.php」と入力すれば実行される。
あと、「ターミナル」で日本語を入力するには、「ターミナル」がアクティブな状態で、「環境設定」→「詳細」に進み、「非ASCII入力をエスケープ」にチェックを入れる。
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