授業の準備で終わった。外来種はネタが多いで準備が楽だろうと思ったが、多すぎてまとまらなくなった。
先週の土曜日の実習で見つけたモリアオガエルの卵塊。
こんなに大きな卵塊を産んでいるところを見てみたい、、、あった。
2016年5月26日木曜日
2016年5月25日水曜日
2016年5月24日火曜日
抱卵中
授業の準備で午前中が終了。
午後、学生実習。
抱卵中のハサミムシ。
大きなフナムシが多かった。脱皮殻も発見。
大学に戻って、授業の準備。ひとまず終了。
明日は色々と用事が詰まってしまった。
先日、行った場所でクマに襲われる被害が出たらしい。鳥取県東部(兵庫との県境)はクマが多いそうなので注意しなければ。
学生と行くのは怖いな、、、でも、一人の方が危ないか。
午後、学生実習。
抱卵中のハサミムシ。
大きなフナムシが多かった。脱皮殻も発見。
大学に戻って、授業の準備。ひとまず終了。
明日は色々と用事が詰まってしまった。
先日、行った場所でクマに襲われる被害が出たらしい。鳥取県東部(兵庫との県境)はクマが多いそうなので注意しなければ。
学生と行くのは怖いな、、、でも、一人の方が危ないか。
2016年5月23日月曜日
2016年5月20日金曜日
2016年5月17日火曜日
2016年5月16日月曜日
マドボタル
アリの種同定で午前中終了。
授業の準備×2、学生と学会発表の相談、文献読みで終了。
Vicariance of Pyrocoelia fireflies (Coleoptera: Lampyridae) in the Ryukyu islands, Japan
Osozawa et al. (2015) Biological Journal of the Linnean Society, 116: 412–422.
マドボタルの分子系統地理。
まず、200万年前に分化し、この分化がにより生活型や発光の有無と関係がある。
155万前の島嶼化によりさらに分化が進む。
中琉球が固有なのは納得だが、八重山の種が中琉球とくっついたり、本州とくっついたり系統位置は不明瞭。
また、塩基置換速度を算出しており、COIは4.48%/Myrで他の研究よりも2倍強速く、28Sは0.394%/Myrと推定。COIの値がやや気になるな。
キャリブレーションを信じて置換速度が速いと考えるか、置換速度が速くキャリブレーションの時代がずれていると考えるか。
分岐時間を推定しているので、これを仮説として検証していくことが重要かな。ワラジムシ類やサソリモドキは、この結果よりはかなり古い分岐を示唆している。
授業の準備×2、学生と学会発表の相談、文献読みで終了。
Vicariance of Pyrocoelia fireflies (Coleoptera: Lampyridae) in the Ryukyu islands, Japan
Osozawa et al. (2015) Biological Journal of the Linnean Society, 116: 412–422.
マドボタルの分子系統地理。
まず、200万年前に分化し、この分化が
155万前の島嶼化によりさらに分化が進む。
中琉球が固有なのは納得だが、八重山の種が中琉球とくっついたり、本州とくっついたり系統位置は不明瞭。
また、塩基置換速度を算出しており、COIは4.48%/Myrで他の研究よりも2倍強速く、28Sは0.394%/Myrと推定。COIの値がやや気になるな。
キャリブレーションを信じて置換速度が速いと考えるか、置換速度が速くキャリブレーションの時代がずれていると考えるか。
分岐時間を推定しているので、これを仮説として検証していくことが重要かな。ワラジムシ類やサソリモドキは、この結果よりはかなり古い分岐を示唆している。
2016年5月14日土曜日
2016年5月13日金曜日
2016年5月11日水曜日
不在データ
学会発表の準備で終わった。
解析と作図は終わった。スライドにぽちぽち貼ってみたけど、目的が、、、。
仁科・石井(2015)を参考に行ったロジスティック回帰のROC曲線。ただし、不在データは擬似ではなく、実際のデータを使用。AUC=0.66とかなり精度が悪い。
同じデータをMaxentで試したところ、AUC=0.99だった。
よくよく考えると、納得できる気もする。不在データはあった方が良いのかなと思ったけど、どのように調査をしたのかに依存するようだ。このあたりの話をするか。
解析と作図は終わった。スライドにぽちぽち貼ってみたけど、目的が、、、。
仁科・石井(2015)を参考に行ったロジスティック回帰のROC曲線。ただし、不在データは擬似ではなく、実際のデータを使用。AUC=0.66とかなり精度が悪い。
同じデータをMaxentで試したところ、AUC=0.99だった。
よくよく考えると、納得できる気もする。不在データはあった方が良いのかなと思ったけど、どのように調査をしたのかに依存するようだ。このあたりの話をするか。
2016年5月10日火曜日
2016年5月9日月曜日
2016年5月7日土曜日
2016年5月4日水曜日
オサムシ
来週と来月の発表で使うデータ整理と解析をGWで終えてしまいたかったのだが、やっとサンプル処理が終わっただけ。
来週末の発表は生態学会の使い回しで、、、と軽く考えていたけど、そのまま投稿しないと放置になりそうなので、もう少し真面目に解析して投稿、、、と思ったのだが。
この図を描くのに1日つぶれて、かなり焦る状況になった。
ヒノキ研究で参考になりそうな論文を発見。
The effects of vegetation types and microhabitats on carabid beetle community composition in cool temperate Japan
Ogai and Kenta (2016) Ecol Res, 31: 177–188
菅平で植生と微環境がオサムシ科甲虫群集に及ぼす影響を調べた研究で、植栽林の群集と天然林の群集にあまり違いがないことや微環境が影響を及ぼすことを調べている.
結果も興味深いのだが解析が勉強になった.植生間の比較はNMDS(Horn-Morisita)とPERMANOVAで実施.各植生の指標種はIndicator valueというのもので評価しているのだが、RのIndVal関数というので計算している.各要因が個体数割合や重量などに及び影響は一般化線形モデルを使用.
来週末の発表は生態学会の使い回しで、、、と軽く考えていたけど、そのまま投稿しないと放置になりそうなので、もう少し真面目に解析して投稿、、、と思ったのだが。
この図を描くのに1日つぶれて、かなり焦る状況になった。
ヒノキ研究で参考になりそうな論文を発見。
The effects of vegetation types and microhabitats on carabid beetle community composition in cool temperate Japan
Ogai and Kenta (2016) Ecol Res, 31: 177–188
菅平で植生と微環境がオサムシ科甲虫群集に及ぼす影響を調べた研究で、植栽林の群集と天然林の群集にあまり違いがないことや微環境が影響を及ぼすことを調べている.
結果も興味深いのだが解析が勉強になった.植生間の比較はNMDS(Horn-Morisita)とPERMANOVAで実施.各植生の指標種はIndicator valueというのもので評価しているのだが、RのIndVal関数というので計算している.各要因が個体数割合や重量などに及び影響は一般化線形モデルを使用.
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