最寄り

シーケンス結果が届いた。なかなか綺麗に読めている。実験がうまくいかない理由もだいたい分かった。

アクセッション番号が届いたので、これも整理して投稿。

あと標本整理もしたか。

ipadのバッテリーがジリ貧状態。持ち込みで修理できるか？

鳥取市最寄りのApple正規代理店を検索、、、

近くない。

雪が綺麗

増えてくれないPCRの再トライ。

mtDNA3領域と核DNA2領域を対象にしており、核の2領域は増えているので、濃度を薄めてみる。

増えない、、、。

分布報告原稿のためにアクセッション番号の取得手続き。番号が入手できたら投稿できるところまで準備できた。

久しぶりに修論論文化の標本整理をして、後回しになっている生活史論文に少し手を出して終了。今年度中にここまで投稿しておきたい。

先日の大雪から少し経った大山。雪が綺麗についている。

beeswarm()

さすがにまずい状況になった学会編集業務。頑張って、どうにか印刷業者へ。

シーケンス準備をしつつ、新たにPCRをセットして午前中が終了。

午後、PCR産物を泳動にかけるが、本日のPCRは全滅。年度予算であと１plateはシーケンスできそうだなのだが、肝心の実験がうまくいかない。

結構長引きそうなので修論論文化をひとまず休んで、卒論論文化を進めていたのだが、どうにか本日投稿へ。短報だけど、、、受理されると良いな。本当はさらに発展させる予定だったのだが、当分手をつけられそうにないので投稿してみた。

これであとは、データが揃っているのは１つだけ。修論だけで論文にできそうだったけど、卒論もくっつけることにした。吉と出るか、凶と出るか。

卒論だけど結果はなかなか面白い、、、でも、やはり穴がある。といっても、すぐに追加実験ができる内容でもない。

プロットデータ on 箱ヒゲ図、にはggplot2を使わないとダメか〜と思っていたが、beeswarm()で簡単に上乗せできた。

雪と氷の世界を旅して

taqを変えてPCR。昨日、PCRがうまくいかなったのはtaqのせいではなく、サンプルのせいだったようだ。

あとシーケンス結果が返ってきたので、その整理で午前中が終了。

午後、会議に出てから、新しいサンプルのPCR。文献整理をして終了。


雪と氷の世界を旅して: 氷河の微生物から環境変動を探る

この本の口絵に氷河のカラー写真があるが、一面真っ白、、、ということもなく、所々に黒い汚れが見られる。

排気ガス？などと思ったが、実は、これは微生物である。

筆者は、この氷河に生息する微生物の研究者である。

氷河や南極のような氷雪地帯の氷は、雪が積み重なることでできる。酸素安定同位体を使うと夏の水と特定できるそうで、その手法を用いることで夏が分かる、すなわち、積み重なった年数が分かる。

また、この氷の中には、当時の空気が閉じ込められているため、それを掘り起こし、化学分析することで、過去の大気の状態を知ることができる。このような研究により温暖化が科学的に証明されるのだが、筆者は、このような環境に生息する微生物に注目している。

なぜ、微生物なのか。低緯度や低標高の氷河では、夏に氷が溶け大気が閉じ込められないので、代わりに微生物が使えるのではないか、と考えたのである。

微生物は気温が高くなる、つまり、夏にバイオマスを増やすはずだ。そこで、数十mの氷の柱を掘り出し、深さごとに微生物の量を調べた結果、層状になっていることが分かった。

そして、様々データと突き合わせ、微生物が季節のマーカーとして利用できることを示した。

その後、世界各地の氷河の微生物を対象として、様々なアイデアで研究が展開されていく。とくに、鉱物により黒色微生物が増え、それが熱を吸収することで氷河溶けやすくなる、という仮説は、地球環境を考える上で重要テーマを提唱したと言える。

ちなみに、氷河にはコオリミミズというミミズが居て、雪氷藻類というこの環境ならでは藻類を食べるそうだ。

氷河を赤色に染める藻類など、もちろん知らないことも多く書かれていたが、微生物のマーカへの応用や黒色微生物による氷河の融解などは、とてもシンプルなアイデアでありながら、応用性の高さに感心する。

氷河の調査は寒くて大変そうだな、と容易に想像はつくが、このような辺境地の微生物調査では、自らが持ち込んだ微生物の混入（コンタミネーション）が結果に大きく影響してしまう。そこで、雪を掘って作った実験室では白衣を着て実験をするらしい。

論文を読んだだけでは絶対に分からない、氷河のフィールド調査の大変さを少しは理解できたかな。実際には、想像よりも遥かに大変だろうが。

筆者は、大学生活で目的を見つけられなかったが、氷雪生物学と出会い大きな目的に向かって邁進するようになった。ダラダラ生活している大学生、読んでみて下さい。それにしても、このシリーズはこんな感じの人が多いな。

もくじ
１．氷雪生物学との出会い
２．はじめての氷河観察
３．再びアイスコア掘削へ
４．赤い氷河とさまざまな氷雪生物
５．砂漠の中の茶色い氷河
６．極北に広がる黒い氷河
７．消えゆく熱帯の氷河生態系

間違って

報告原稿書きと学会編集業務で、ほぼ一日が終わった。

合間にPCR。間違って購入したtaqを試してみるがイマイチな結果。困った。

報われそう

卒論とか修論とか、色々と終わって、少し研究のことを考える余裕ができた。

学会編集業務に取り組む。想像よりも時間がかかった。筆者に相談メールをして、午前中が終了。

久しぶりにPCR。特に根拠もなくReverseプライマーを色々と検討してダメだったサンプル、Forwardプライマーが届いたので試す、、、

問題はここだったのか、、、。

ここ数ヶ月の苦労が報われそう。

あとは論文を読みとか、少し原稿書いたりして終了。

Empty

一昨日は、最終の特急に乗り遅れる大失態。急遽、車で福岡へ。

スタッドレスの影響か燃費が悪く、山口県に入ったあたりでガソリンのEmptyランプが点滅。

次のSAが良くわからないので、高速でガス欠を避けるため一度、高速から降りるが、すでに深夜１時。携帯で24時間営業のガソリンスタンドを探し、ヒヤヒヤしながら給油。

２時過ぎに福岡に到着。

修論発表。実験がうまくいかず大きな変更があったため、まとめにくい内容だったけど、うまい流れで発表をしていた。

滞在約１２時間、往復約１４時間でした。

今日は、鳥取で卒論の審査。

横から

貯めてしまったデスクワークを処理する日々。

横から観たCubaris murina。

明日、鳥取で卒論発表を聞いてから福岡に移動。明後日は福岡で修論発表を聞く。

救出

デスクワークに没頭した一日。

途中、スカイプで修論発表を聞いた。あと、昼休みに雪に閉じ込められた車の救出作業もしたか。リアウインドウのワイパーが変な方向を向いてしまった。

明日から数日は気温が上がるようなので、これで雪が溶けるかな。

降り続く

雪が降り続く。

バスも電車もほとんど運休。道路も立ち往生や通行止めとか。山陽側に出ることすら難しい状況。

用事があったので徒歩で大学へ。

昨夜、大学に置いて帰った車はこんな感じ。

来週は掘り出すのは無理かも。

大雪警報

昨夜、県内全域に大雪警報が出た。

日中、少し青空が出たけど、ずっと降り続いている。

日曜日まで続くらしい。ということで、環境基本計画フォーラム 「宗像の自然環境を考える」、は欠席させてもらうことにした。

会議が１時間ほどあったが、昨年、共同利用施設に導入された特殊なSEMを使わせてもらったり、

結構、研究のことを考える時間が多い一日になった。

別件で調べ物をしていたら、すぐに発表した方が良さそうな標本があることに気づいた。。

植物をたくみに操る虫たち

つまらないデスクワークの一日。途中、会議にも参加した。

しかし、あまりにもつまらないので、報文用の写真撮影をする。綺麗に撮れないな。

某所で初めて見つかったCubaris murina。99.5%エタノール保管標本。

フィールドの生物学シリーズが色々と出版されていたのだが見落としていた。


植物をたくみに操る虫たち: 虫こぶ形成昆虫の魅力

植物の葉を見ていると、異形の構造物を見つけることがある。あれは、虫こぶとかゴールと呼ばれるもので、昆虫やダニの何らかの作用によって作り出されている。

虫こぶは幼虫の住処である。そこに住む幼虫は、餌に適した植物細胞を食べることができ、さらには、外部からの攻撃からも守られる。

筆者は、この虫こぶを作り出す昆虫の分類、生態、進化を研究している。

エゲノキを利用するオトシブミの発生時期と利用する葉の関係、シロダモを利用するタマバエの空間分布（樹冠部vs下枝）の地理的変異、ランやバラなどの栽培植物を利用するタマバエ、イネを利用するヨコバイなどなど、著者が携わった様々な研究が紹介されている。

各研究の目的、そして、その学術的な意義・興味が簡潔かつ明瞭に説明されているため、分野外の私でも研究結果を理解しやすかった。

元々は、高校時代に調べていたカゲロウで卒業研究をするつもりだったが、指導教員の湯川先生の助言で虫こぶを作る昆虫の研究をすることになったそうだ。テーマを与える、という、指導者としての力の重要性を考えさせられた。

２章を使って大学教員としての生活を綴っており、とても参考になった。とくに、明確なビジョンをもって研究室を運営されている姿勢を見て、ただ反省をしてしまった。

学振や台湾の公募で受けた理不尽な扱いを良い経験として進む姿勢は、社会を生きて行く上で大事な力だなと思った。

また、いくつかの訃報についても触れておられ、いつか私も同じような経験をするときが来るんだろうなと思うと、日々を大事に過ごさなければと、またまた反省した。

いつものことながらおススメの一冊。

もくじ
１．なんとなく生物部
２．運命のたより
３．未知への挑戦
４．虫こぶの世界へ
５．謎の生活史と種分化のメカニズム
６．植物をたくみに操る
７．新たな地平へ
８．虹色の研究室
９．ゴールからのスタート

ダメ

先日、届いた新しいプライマーでPCR。いくつか増えたが、大幅改善とはいかない。

そして、いくつかのサンプルで複数バンドが確認された。Forwardプライマーを検討した方が良いのかな、、、。

意気消沈した後、成績評価のための提出物の採点を始める。結構受講生が多いので余裕を持って始める。

飽きてきたところで、修論論文化の作図。見た目はかっこ悪くなったけど、データとして正しい図ができた。ただ、比率じゃなくて実数が必要なのでは、、、と気付いてしまった。

この図で修論の解析結果の再図示化が終わったのだが、もう一つ解析を加えた方が良さそうだ、と気付いたところで終了。

今年のスーパーボールはかなり面白かったようだ。観たいが、日テレで７日再放送とあるが鳥取では放送がない？J SPORTSもダメぽいな。

作成できずに終了

朝一で授業。テストだったので、これで終わり。

週末の準備。１０分だけなので、先日使った資料に少しだけ手を加えて、すぐに終わるはず、、、が、半日ほどかかった。

予算を確認したら、あと１プレート分シーケンスに出せそうなので、何を実験するかを整理してから会議に参加。

会議に行く前は、終了後に実験する意気込みだったが、参加しているうちにやる気が失せた。

ということで、修論論文化のデータ整理に手を出すが、先週に引き続きまたまた手間取った。ggplotと日付データの扱いに悪戦苦闘し、結局、狙い通りの図を作成できずに終了。

方針を変更

授業の準備をしてから、来週の発表の準備、、、のはずが、昨日苦戦したグラフが気になってしまい手を出す。

午前中いっぱい悪戦苦闘の末、狙いのグラフが完成しない上に、そもそもこのグフラではダメでは、と気づく。

方針を変更して新しい（昔学生が作った）図を作成する。微妙に見栄えの修正をしていたら、半透明の判例がepsで保存できない、とか、微妙な仕様に苦戦し、ほぼ一日かけてしまった。

ひとまず完成。

少しだけ発表の準備を進めて終了。あと、来週締め切りの報告書があることが判明した、、、。

宗像の自然環境を考える

緊急の用事ではない修論論文化に向けて図の作成をしてしまった。

簡単に終わるはずが、ほぼ一日を使った、、、そして、ミスに気づいた。

改善策を検討するが、時間だけが過ぎていく。

諦めて、修論の修正。

結構まずそうな、来週末の宗像市　環境基本計画フォーラム 「宗像の自然環境を考える」、の準備をしなければ、と思ったが疲れたので終了。

真面目に

３日連続で朝一授業、、、今日は厳密には授業ではないが。

その後、会議に出席のため県庁へ。昼に大学に戻って会議。

卒論の相談と本読みゼミをして終了。

とりあえず卒論のテーマが決まった。結構、真面目に考えたので、大丈夫だろう、、、。

あと、密かに準備していた卒論x３を１本の論文にまとめて投稿（短報だけど）。どうなるか分からないが、投稿までこぎつけられたのは大きい！この調子で次も。