年度末最後の日、ということで、ギリギリ提出を色々とこなす。
標本整理もすすめたが宮古島を脱出できず。
次の分類論文はタテジマ問題に定めたが、こればかりやり続ける自信はないので、並行して生態論文も進める。そのためのデータ入力をして終了。
あと、学生とも少しお話。
引き継いだPCにデータを移植。画面が大きくなった。メモリが8GBで現時点ではノートと同じ。倍増できるらしいが分解するのが怖いな。
2017年3月30日木曜日
不安定
標本整理で解剖。結構気合入れて調査した宮古島のサンプル。
それまでは島間の比較が目的だったので、とりあえず各島で標本が採れればよかったのだが、このときから、島内の調査をすることになり、これ以降、島ごとのサンプル数が一気に増えることとなった。
予算の計算ミスが発覚、、、やってしまった。
研究室の片付けと書類書きをして終了。情緒不安定な一日だった。
ipadの充電交換、正規店では対応してくれなかった。経年劣化は対応してくれないようで、もし、経年変化ではない異常でもバッテリー交換ではなく本体ごと交換になるとのこと。
ということで非正規店に依頼。無理矢理交換するそうで、多少、おかしくなっても文句は言わないこと、と宣誓させられた。
わずかに膨らみがあるがあるが、大きな問題はない。1万4千円かかった。
ほとんど、漫画本となっているので(私物です)、修理しなくても良いかなと思ったけど。PCとか携帯で読むのはしんどいし、、、。
それまでは島間の比較が目的だったので、とりあえず各島で標本が採れればよかったのだが、このときから、島内の調査をすることになり、これ以降、島ごとのサンプル数が一気に増えることとなった。
予算の計算ミスが発覚、、、やってしまった。
研究室の片付けと書類書きをして終了。情緒不安定な一日だった。
ipadの充電交換、正規店では対応してくれなかった。経年劣化は対応してくれないようで、もし、経年変化ではない異常でもバッテリー交換ではなく本体ごと交換になるとのこと。
ということで非正規店に依頼。無理矢理交換するそうで、多少、おかしくなっても文句は言わないこと、と宣誓させられた。
わずかに膨らみがあるがあるが、大きな問題はない。1万4千円かかった。
ほとんど、漫画本となっているので(私物です)、修理しなくても良いかなと思ったけど。PCとか携帯で読むのはしんどいし、、、。
2017年3月29日水曜日
2017年3月28日火曜日
2017年3月24日金曜日
保管
年度末ということで、色々と書類がたまりつつがある放置して標本整理へ。
ワラジムシ類を正確に同定するには解剖してプレパラート標本を作製する必要がある。乾燥させるために一時的に保管するマッペが一杯になってしまった。
解剖はお休みして、乾燥した標本から同定をして、プレパラートボックスに保管していく。
すぐに片付けられると思い、一時期気合いいれて解剖していた公園修論の標本。
Noduli lateralisという背面に生える毛の位置を調べる。
ということで、1個体ずつこんな感じで保管する。気合い入れて分類の研究をするときは、1個体につき20パーツぐらいに分けるので、プレパラートの数が多くなる。
午後、予算の計算間違いで、もう少しシーケンスができることが判明したのでその準備。
生活史論文を進める。TableとAppendixとの修正。もうそろそろ終わりにしたい。
ワラジムシ類を正確に同定するには解剖してプレパラート標本を作製する必要がある。乾燥させるために一時的に保管するマッペが一杯になってしまった。
解剖はお休みして、乾燥した標本から同定をして、プレパラートボックスに保管していく。
すぐに片付けられると思い、一時期気合いいれて解剖していた公園修論の標本。
Noduli lateralisという背面に生える毛の位置を調べる。
ということで、1個体ずつこんな感じで保管する。気合い入れて分類の研究をするときは、1個体につき20パーツぐらいに分けるので、プレパラートの数が多くなる。
午後、予算の計算間違いで、もう少しシーケンスができることが判明したのでその準備。
生活史論文を進める。TableとAppendixとの修正。もうそろそろ終わりにしたい。
2017年3月23日木曜日
2017年3月22日水曜日
たまたま
残り予算を計算しながらシーケンスの準備。計算間違いして赤字になったら自腹?
そして標本整理。今日は台湾と茨城の標本。全く関係のない地域だったのが、この2地点を連続で観察したおかげで、取り扱い不明だった種の所属がなんとなく分かってきた。
系統地理的に面白そうなsp_TAIWAN-1。形態と遺伝子データから日本産の近縁種が推定できており、琉球列島の系統地理の議論に使いたい。
遺伝子データでは、あまり形態が似ていない(と思っていた)日本産種と近縁関係が示唆されていたsp_TAIWAN-3。
たまたま、その近縁関係が示唆された種が茨城産だったので、解剖しながら観察していたら共通の形質があることが分かった。属の表徴の見直しが必要になりそう。
論文書きのために集めた文献の整理に時間を費やして終了。あと講習会にも参加した。
そして標本整理。今日は台湾と茨城の標本。全く関係のない地域だったのが、この2地点を連続で観察したおかげで、取り扱い不明だった種の所属がなんとなく分かってきた。
系統地理的に面白そうなsp_TAIWAN-1。形態と遺伝子データから日本産の近縁種が推定できており、琉球列島の系統地理の議論に使いたい。
遺伝子データでは、あまり形態が似ていない(と思っていた)日本産種と近縁関係が示唆されていたsp_TAIWAN-3。
たまたま、その近縁関係が示唆された種が茨城産だったので、解剖しながら観察していたら共通の形質があることが分かった。属の表徴の見直しが必要になりそう。
論文書きのために集めた文献の整理に時間を費やして終了。あと講習会にも参加した。
2017年3月21日火曜日
偶然
もう少しシーケンスができそうなのでPCRをセット。
その後は標本整理。今日は宮古島と屋久島のサンプルが中心。
宮古島の種。石垣島、西表島でも確認されることから、sp_SAKISHIMA-1と呼んでいる。
熱帯の広域分布種もいた。未報告種なので学名は書けないが、日本でも広く分布する上に、いくつかのシノニムがある。
分かっているならすぐに報告すれば良いのだが、遺伝子データが不思議な結果となっており、そう単純ではないのかも、、、と悩んでいる。
こちらは屋久島で見つけた種。sp_KAGO-1と呼んでいる種。最初に鹿児島本土で見つけたのでこのように呼んでいるが、この種は分布が興味深い。近縁種との関係も含めて系統地理学的に面白そうだと思っている。
形態分類でいちばんやっかいそうなのがこの種。sp_AKUSA-2としている。これは最初、天草産の種を卒論で遺伝子解析したときに気づいた種なので、このような名前になった。
当初、福岡で見つかるsp_FUKU-1と形態と遺伝子で明瞭な違いがあったので別種と考えていたが、その後、形態では明瞭に区別できないことが分かってきた。
分布域もかなり広く、どう扱って良いものか、、、。
午後、PCR産物を泳動。バンドが薄い。古いサンプルだからかな?
生活史論文書きの引用文献を読んでいたら、面白くなり、直接関係ない論文集めなどをしてしまった。結果的に少しだけ進めて終了。
鳥取大学は昨日が卒業式だった。研究室の卒業生はいないのだが、ある学生が挨拶に来てくれた。まだ鳥取に来る前に参加した学会で偶然会った学生。
その後は標本整理。今日は宮古島と屋久島のサンプルが中心。
宮古島の種。石垣島、西表島でも確認されることから、sp_SAKISHIMA-1と呼んでいる。
熱帯の広域分布種もいた。未報告種なので学名は書けないが、日本でも広く分布する上に、いくつかのシノニムがある。
分かっているならすぐに報告すれば良いのだが、遺伝子データが不思議な結果となっており、そう単純ではないのかも、、、と悩んでいる。
こちらは屋久島で見つけた種。sp_KAGO-1と呼んでいる種。最初に鹿児島本土で見つけたのでこのように呼んでいるが、この種は分布が興味深い。近縁種との関係も含めて系統地理学的に面白そうだと思っている。
形態分類でいちばんやっかいそうなのがこの種。sp_AKUSA-2としている。これは最初、天草産の種を卒論で遺伝子解析したときに気づいた種なので、このような名前になった。
当初、福岡で見つかるsp_FUKU-1と形態と遺伝子で明瞭な違いがあったので別種と考えていたが、その後、形態では明瞭に区別できないことが分かってきた。
分布域もかなり広く、どう扱って良いものか、、、。
午後、PCR産物を泳動。バンドが薄い。古いサンプルだからかな?
生活史論文書きの引用文献を読んでいたら、面白くなり、直接関係ない論文集めなどをしてしまった。結果的に少しだけ進めて終了。
鳥取大学は昨日が卒業式だった。研究室の卒業生はいないのだが、ある学生が挨拶に来てくれた。まだ鳥取に来る前に参加した学会で偶然会った学生。
2017年3月19日日曜日
落ち葉の下の小さな生き物ハンドブック
学会編集業務が終了。どうにか年度内に間に合った。
著者から頂いた。
落ち葉の下の小さな生き物ハンドブック
著者はプロの写真家なので、綺麗な写真で広範な土壌動物群が紹介されている。
紹介されているのは各動物群につき数種であるが、代表的な種が紹介されているので、まず、これを同定できるようにして、それ以外を専門の図鑑で調べるのが土壌動物同定の近道かも。
すでに刊行されている下記のハンドブック版という扱いのようで、こちらの方が(大型本なので)各動物群ごと記述が多い。こちらの本には私の名前も紹介されている。
落ち葉の下の生きものとそのなかま (ずかん)
ちなみに大型本の方は漢字に振り仮名が付られており、小学生でも読めるだろう。ただハンドブックは写真のウェイトが大きいので、漢字が読めなくても特には大きな問題はないが。
(著者にも連絡したが)ハンドブック版のP45で、白色のワラジムシ(Porcellio scaber)として紹介されている種は、P. scaberではない。
著者から頂いた。
落ち葉の下の小さな生き物ハンドブック
著者はプロの写真家なので、綺麗な写真で広範な土壌動物群が紹介されている。
紹介されているのは各動物群につき数種であるが、代表的な種が紹介されているので、まず、これを同定できるようにして、それ以外を専門の図鑑で調べるのが土壌動物同定の近道かも。
すでに刊行されている下記のハンドブック版という扱いのようで、こちらの方が(大型本なので)各動物群ごと記述が多い。こちらの本には私の名前も紹介されている。
落ち葉の下の生きものとそのなかま (ずかん)
ちなみに大型本の方は漢字に振り仮名が付られており、小学生でも読めるだろう。ただハンドブックは写真のウェイトが大きいので、漢字が読めなくても特には大きな問題はないが。
(著者にも連絡したが)ハンドブック版のP45で、白色のワラジムシ(Porcellio scaber)として紹介されている種は、P. scaberではない。
2017年3月17日金曜日
sp
標本整理。未解剖ゾーンが終わり、種同定をしながら進められるようになった。
本日は和歌山のサンプルが多かったのだが、中国地方でもよく見られる2種が確認された。この頃の。
sp_SK-2014と呼んでいる種で、昔はこれをセグロを呼ぶ人が多かった。多分、この形質をきちんと確認していないと思うけど。
SK-2014は、Karasawa et al. (2014, Edaphologia, 93: 11–27) でSpherillo sp.とした種だから。ちなみに属はSpherilloではない可能性が高い。多分、未記載種ではないのだが、学名の特定には大きな問題がある。
もう一種は、sp_SHI-1と呼んでいる種。
これは、唐沢・川野 (2014, ホシザキグリーン財団研究報告, 17: 19–54) でSpherillo sp. shi-1としたから。学名は上種よりは早く決着つくかと、、、。
sp_SK-2014は日本で最も分布域が広く、sp_SHI-1は中国地方では普通に見られるが、九州では見られない。
シーケンス結果が返ってきたが、なかなか良い成績。あとは、生活史論文書きを進めて、Resultが終わりDiscussionを少し書いたところで終了。
本日は和歌山のサンプルが多かったのだが、中国地方でもよく見られる2種が確認された。この頃の。
sp_SK-2014と呼んでいる種で、昔はこれをセグロを呼ぶ人が多かった。多分、この形質をきちんと確認していないと思うけど。
SK-2014は、Karasawa et al. (2014, Edaphologia, 93: 11–27) でSpherillo sp.とした種だから。ちなみに属はSpherilloではない可能性が高い。多分、未記載種ではないのだが、学名の特定には大きな問題がある。
もう一種は、sp_SHI-1と呼んでいる種。
これは、唐沢・川野 (2014, ホシザキグリーン財団研究報告, 17: 19–54) でSpherillo sp. shi-1としたから。学名は上種よりは早く決着つくかと、、、。
sp_SK-2014は日本で最も分布域が広く、sp_SHI-1は中国地方では普通に見られるが、九州では見られない。
シーケンス結果が返ってきたが、なかなか良い成績。あとは、生活史論文書きを進めて、Resultが終わりDiscussionを少し書いたところで終了。
2017年3月16日木曜日
2017年3月15日水曜日
2017年3月14日火曜日
2017年3月13日月曜日
2017年3月11日土曜日
Real time PCR
昨日は、Real time PCRの講習会だった。実験自体は(キットなので)難しくはなかったが、検討しなければならないことが色々とあるようで、すぐに1人ではできないかな(そもそも予算がないが)。
とはいえ、実験の流れが分かっただけでも収穫。
今日は、予定よりも大幅に遅れている学会編集業務を片付ける、という意気込みで大学へ。しかし、PCR産物の精製や生活史論文に手を出してしまう。
あっさり終えるはずの生活史論文がに手こずっている。また図を作ってしまった。
編集業務もどうにか終えて、印刷業者へ入校したところで終了。
とはいえ、実験の流れが分かっただけでも収穫。
今日は、予定よりも大幅に遅れている学会編集業務を片付ける、という意気込みで大学へ。しかし、PCR産物の精製や生活史論文に手を出してしまう。
あっさり終えるはずの生活史論文がに手こずっている。また図を作ってしまった。
編集業務もどうにか終えて、印刷業者へ入校したところで終了。
2017年3月9日木曜日
2017年3月8日水曜日
雑草防除用生物資材
標本整理で40個体ほど解剖と放置業務の処理で午前中が終了。
今年度最後のPCR、、、のはずだったのだが、泳動をしている最中に、核を増やす予定だったのに、ミトコンで実験したことに気づいた、、、ショック。
査読結果を踏まえて修正して英文校閲へ出して終了。
オカダンの興味深い論文を発見。著者は繁殖干渉の研究で有名な方。
雑草防除用生物資材としてのオカダンゴムシArmadillidium vulgareの有効性
高倉 (2016) Jpn J Environ Zool, 27: 81-87.
圃場にエンクロージャーを設置し、オカダンゴムシによる雑草の抑制効果を調べている。また、エンクロージャー内には作物としてダイズが植えられており、その収穫量への影響(被害)も検討している。
結果は明瞭で、オカダンを加えた処理区は対象区よりも雑草が少なくなった。単子葉と双子葉ともに影響は見られるが、特に、双子葉の抑制効果は大きいようだ。
一方、ダイズの収穫量への影響は見られなかった。
ワラジムシ類が生葉を食べることは知っていたが、このような可能性があるとは考えもしなかった。オカダンによる種子食の引用があり、それも興味深い。
今年度最後のPCR、、、のはずだったのだが、泳動をしている最中に、核を増やす予定だったのに、ミトコンで実験したことに気づいた、、、ショック。
査読結果を踏まえて修正して英文校閲へ出して終了。
オカダンの興味深い論文を発見。著者は繁殖干渉の研究で有名な方。
雑草防除用生物資材としてのオカダンゴムシArmadillidium vulgareの有効性
高倉 (2016) Jpn J Environ Zool, 27: 81-87.
圃場にエンクロージャーを設置し、オカダンゴムシによる雑草の抑制効果を調べている。また、エンクロージャー内には作物としてダイズが植えられており、その収穫量への影響(被害)も検討している。
結果は明瞭で、オカダンを加えた処理区は対象区よりも雑草が少なくなった。単子葉と双子葉ともに影響は見られるが、特に、双子葉の抑制効果は大きいようだ。
一方、ダイズの収穫量への影響は見られなかった。
ワラジムシ類が生葉を食べることは知っていたが、このような可能性があるとは考えもしなかった。オカダンによる種子食の引用があり、それも興味深い。
2017年3月7日火曜日
2017年3月6日月曜日
2017年3月3日金曜日
2017年3月2日木曜日
キレックス
ほとんどの時間を標本データの整理に費やした。色々と記入間違えがあることが判明したので、原本と見比べっこ。
以前、キレックスを用いたDNA抽出を学生と試したのだが、PCRが全く増えなかった。
濃度とか、真面目に検討しないとダメなのかな、とほっておいたが、最近のPCR失敗の経験から、マルチプレックスPCRの条件で実験すると、かなり増幅されやすいことが分かったので、こちらでトライ。
増えた。
増えてないのはプライマーが合っていないのが原因と思われる。(2名の間で)増えにくくて有名なグループ。薄いのは小型種かな?
ということで、気軽にやっても問題ないことが分かった。
他に生活史論文の原稿書きと標本整理、会議にも参加して終了。
以前、キレックスを用いたDNA抽出を学生と試したのだが、PCRが全く増えなかった。
濃度とか、真面目に検討しないとダメなのかな、とほっておいたが、最近のPCR失敗の経験から、マルチプレックスPCRの条件で実験すると、かなり増幅されやすいことが分かったので、こちらでトライ。
増えた。
増えてないのはプライマーが合っていないのが原因と思われる。(2名の間で)増えにくくて有名なグループ。薄いのは小型種かな?
ということで、気軽にやっても問題ないことが分かった。
他に生活史論文の原稿書きと標本整理、会議にも参加して終了。
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