展翅用教材

午前
・データ解析
・資料作成

午後
・授業準備
・授業

普段、生き物を扱っていない学生に昆虫標本作製を教える授業。

豊田ホタルの里ミュージアムで開発された展翅用教材を練習してから実物の蝶で作業する流れを試してみた。

翅を留めるところにコツが必要かも。元の設定とは違うやり方だったか？

色々とアイデアグッズが開発されている。

プチ・パークナビ

午前
・データ解析
・学外会議

午後
・データ整理
・大学業務
（５月25日分）

少しだけ手伝ったプチ・パークナビが発刊されたそうです。

調査日和

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・個人ゼミ

晴天だったけど、気温は上がり過ぎずの調査日和だった。

初対戦

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・データ整理
・授業準備

ナカナカ配列の決定ができなかった共同研究者のサンプルが、やっと綺麗な配列データを得ることができた。有名な論文のプライマーで問題なかった。

羽生 vs 藤井、の再戦を期待したが、王位戦の挑戦者は佐々木大地さんに決定した。棋聖→王位、と連続で同じ組み合わせ。

タイトル戦では初対戦なので、こちらの対戦も十分に楽しみだ。

まだ5月

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・実験指導
・卒論手伝い（研究計画）
・授業

久しぶりに砂丘ウロウロ。

30度近くまで上がるという予報だったが、さすがにまだ5月。気持ち良いぐらいだった。車内は暑かったけど。

脱したい

午前
・授業
・授業準備

午後
・授業

論文書きが完全に止まってしまった。この悪い流れから、どうにか脱したいが難しい。

先週の多様性セミナーはカワネズミの話だった。

知らないことだらけで、とても勉強になった。講演者も今後の研究の方向性も見えたそうで、このセミナーを初めて良かったと実感できた。

判断

午前
・資料作成（学会発表準備）

午後
・資料作成（学会発表準備）
・授業準備

明日の学会発表用スライドが無事に完成。

もう少し細かく解析をしようかと思ったが、発表時間がオーバーするので解析しても残念ながら含めることができない、と判断して終了。

登録する時、要項をまじめに読まず対面だと思って登録したのだが実際はオンラインだった。

それに気づいた時はやる気がなくなったのだが、今週の惨状を考えると、移動しないで済むのはとても助かった。

手抜き

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・卒論手伝い（PCR実験）
・授業
・データ解析

GWで余裕に終わるはずだった発表準備がこんなことになるとは。

全く余裕がなくなってきた。所々、手抜きで進めていくしかない、と割り切った。

最重要となる系統樹が完成した。

あとは分布ができれば、ほぼ完成。これまでの成長の証をみせて、あっさりと終わらせたい。

OTU名のみ色を変更

午前
・授業
・授業準備

午後
・授業準備
・データ解析

魔の火曜日だが、週末の準備を進めなければ。

以前から、絶対にやる方法があるはずだと思いつつ、これまで出来ていなかった、ggtree()を用いて系統樹を描く際にOTU名のみ色を変更する方法が、やっと分かった。

groupOTU()を使う方法や、もっとカッコいい方法もあったけど、理解できたのはこれ。

#読み込み方で形式が異なるの注意
tree <- read.beast("AAA.nex") 

#サンプル数が124の場合
#OTU名の列（label）と、blackだけの列（color）を作る；blackに意味はない
d <- data.frame(label=tree@phylo$tip.label, color=c(rep("black", 124)))

#変更したいOTU名（下記だと96、97）のcolor列のblackをmagentaに変更する
#厳密な意味で色指定ではなくグループ指定に過ぎない
dd <- d %>%
  mutate(color =case_when(
    label == 96 ~ "magenta",
    label == 97 ~ "magenta"))
    
 #上記のコマンドを実行すると指定しない行のcolor列にNAが入る
 #NAをblackに変更する
ddd <- dd %>% replace_na(list(color= "black"))

#作図
ggtree(tree, size=2.5) %<+% ddd +
  geom_tiplab(fontface='bold', size=8, aes(col=color), geom="text") +
  scale_color_manual(values=c("black", "magenta")) +  #実際の色はここで指定
  theme(legend.position = "none")

「%<+% 」でphyloデータにデータフレームを加えることができるみたい。

それを利用することで、ggplotと同じように扱えるようになる。

コマンドを流れを整理すると、、、

まず、OTU名とグループ名を含むデータフレームを作成する。

その後、case_whenを使って、変更したOTU名のグループ列の名称を変更する。上記は色を名称に使っているけど、グループにすぎないので適当な名前で良い。

（カッコ悪いやり方だけど）case_whenを使用すると、変更の指定をしてない行がNAになってしまう。そこで、NAを適当な名称に置換する。

geom_tiplab()のaes()でグループ名の列をcol=で指定して、scale_color_manual()で色を指定する。実際の色の指定はここで行う。グループ名のアルファベット順に色を指定する。

着用

午前
・資料作成
・研究室ゼミ

午後
・資料作成
・授業準備
・データ解析

とうとう本学もマスクの着用が個人判断になった。ほとんどの学生が着用しているので、本当に外しても良いのか不安になったけど。

GWの間に論文書きなどは飛躍的に進むはずだったが、終わってみたら、叡王戦の中継に熱中したことしか覚えていない。

そして、随分前に終わっているはずの今週末の学会発表の準備が、やっと解析が終わっただけ。今週はすでに予定が詰まってしまった。かなりまずい状況に、、、。

波よ聞いてくれ、が面白い。マンガ原作モノらしいが、マンガも面白いのか。買うべきか悩ましい。

期待して

午前
・標本整理

午後
・PCR実験 ・授業準備
・電気泳動
・データ整理

共同研究というか依頼された研究。どうしても綺麗なダブルピークが出てしまう。

同じ系統を思われるサンプルは同様の症状を示すか、もしくは、バンドが２本確認できる。偽遺伝子があるのかな？

あっさり解決を期待して、いくつかプライマーを試したところ綺麗な１本のバンドが確認された。これで決着してくれたら良いけど。

競争中止

午前
・データ整理

午後
・データ解析相談
・授業準備

卒業生が研究室を訪問してくれた。良い職場のようで良かった。

新装された京都競馬場で初めてのG1、天皇賞。

残念ながら２頭が競争中止になった。うち１頭はダントツ一番人気で、先頭を逃げている最中だった。

ズルズルと下がっていく姿を見て、サイレンススズカを思い出した。あれほどの大逃げではなかったけど。

どちらとも現時点では予後不良ではないようなので、その点は安心した。