幼稚園

午前
・野外調査
・論文書き

午後
・研究相談
・論文書き

あと少しで止まっていた論文書きを強引に進めた。どうにか完成。

データのチェック、微修正したら投稿できそう。来月中には投稿できるかな。

昨日は、昨年に続き幼稚園で出前授業。

今年は、サソリモドキ、アルビノダンゴムシを持参、、、喜んでくれた。

「チャイルドブック　かんがえる」2025年4月号の中の「ダンゴムシの生態」の監修をさせて頂きました。

昨日の幼稚園児も見るだろうか、、、。

geom_strip( )でイタリック

午前
・データ解析
・Rゼミ

午後
・野外調査
・データ整理

系統樹の描画には、library(ggtree)を使っている。

Cladeを示すOTUのannotationは、geom_strip( )で行っているが、学名をイタリックにすることに苦戦したのでメモ。

geom_text( )をベースとしている（?）ようなので、同じ方法でやれば良いみたい。

微妙なコマンドミスがあったようでエラーが出まくって諦めかけたけど、どうにか正解に辿りつけた。

本来はこんな感じで書く（必要な部分のみ）。

  geom_strip(label = "B. ocellatus") +
  geom_strip(label = "B. cf. purpura"))

すると学名が立体になる。

イタリックにするにはitalic( )を使うが、paste( )とparse=Tを合わせて使用する。また、テキスト部分はc(' ')で括る必要がある。

途中に立字を入れる場合、面倒だけど「italic( ), 立字, italic ( )」とする。

  geom_strip(label = c('paste(italic("B. ocellatus"))'), parse=T) +
  geom_strip(label = c('paste(italic("B. "), "cf. ", italic("purpura"))'), parse=T)

参考にしたサイト
・How to make R and p italic in geom_text()
・13 Gallery of Reproducible Examples

read.xlsx( )

午前
・卒論手伝い
・データ解析
・個人ゼミ

午後
・データ解析
・個人ゼミ
・研究相談

Rでxlsxファイルを読み込んだ時に生じた不具合メモ。

これまではcsvをread.csv( )やread_csv( )で読み込んでいた。

ただ、データがどうしても一つのファイルにまとめられない場合、csvだと複数のファイルとして保存せざるを得ない。2〜3つなら良いけど、それよりも多い場合は、xlsxのシートの方が整理しやすい。

ということで、最近はxlsxから直接読み込むことも多くなった。xlsxファイルを読み込みは、library(openxlsx)のread.xlsx( )を使っている。

使い方はread.csv( )と同じ。

library(openxlsx)
read.xlsx(data)

ただ、この方法で読み込んだデータをdplyr::filter( )で処理をすると「! Can't transform a data frame with duplicate names.」とエラーが出ることがある。

同じ名前が複数あったらダメなの？とか考えたけど、そいうことでもないもみたい。

このサイトによると、data.frame( )を介せば解消されるそうだ。

私も同様に改善された。ということで、最近は

library(openxlsx)
data.frame(read.xlsx(data))

として読み込んでいる。

参考にしたサイト
・can't transform a data frame with duplicate names mutate() function in dplyr

マルバルコウ

午前
・論文書き
・生態学ゼミ

午後
・卒論手伝い
・個人ゼミ
・DNA抽出

本日もお花実験用に採集。マルバルコウ。

イヌタデ、、、と思ったけど、似た種類がたくさんいることが分かった。葉や茎も観察しないとダメだった。

お花実験

午前
・論文書き
・会議

午後
・データ解析

英文校閲から返ってきた論文をチェック。再校閲をお願い。

別の論文の解析を進める。ハプロタイプネットワークをRを使って半自動的に作成できるようになったのが、ここ数年の成長！

昨年から始めたお花実験。昨年と同じく、花の時期が終わることになって焦って実験を始める。

覗いた

午前
・データ解析
・会議

午後
・標本整理
・DNA抽出
・データ解析

標本を提供して頂いたので久しぶりに顕微鏡を覗いた。

多分、あれかなーと思うけど、２種が含まれている感じもする。

結局、形態観察では結論が出せずDNA解析を行うことにした。

共同研究

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・資料作成
・データ整理

悪戦苦闘していた論文をどうにか英文校閲にだした。

ということで、次のネタの論文化に手を出す。

陶岩先生との共同研究の一つ目。１種のシノニムに関する論文。

陶岩先生が解剖とプレパラート作成、DNA実験をしてくれて、私はタイプ標本の検鏡を担当した。

短い論文なのでさっさと終わらせたい。

マイクロRNA

午前
・資料作成

午後
・PC設定
・研究相談

解析専用に購入したPCの設定に半日を費やした。そして、解決できず。

ノーベル生理学・医学賞はマイクロRNAだった。

報道がほとんどなかったので今週じゃないの？かと思った。

日本人の候補として特定の物質の発見者が挙げられていたが、最近は根本的な原理の発見じゃ無いとダメなのか〜と思ったけど2020年はC型肝炎ウイルスの発見だったのか。

一覧を眺めて色々なタイプの成果が選ばれているんだなと再認識。とくに、「絶滅したヒト族のゲノムと人類の進化に関する発見」が輝いている。

まさに、秋

午前
・資料作成
・Rゼミ

午後
・資料作成
・会議
・資料作成
・研究相談

凱旋門賞（残念でした）、そして、ノーベル賞ウィークに途中。まさに、秋！

昔は、これに加えて秋のGIシーズンだったけど、最近はあまり観なくなった。最近は、むしろ竜王戦か。

（個人的には）もう少ししたら、大学ラクビー（対抗戦）も盛り上がる。今年は、筑波大の評判が良いので早稲田大と合わせて期待したい。

本日は、急遽、必要になった調べ物のためにプリントアウトしまくって終わった。大学に学生が一般で、本格的に後期が始まったのを実感した１日だった。

成長

午前
・データ整理
・研究相談

午後
・データ整理

昨日の続きで修論論文化を進める。

昨日、色々とチェックをして、あとはDNA登録をして、文章の最終調整で終わる、、、はずだった。

DNA登録のためUMEでチェック、、、エラーが色々とでる。

マルチバイトが入っている、とか修正していった最後に、配列データに「-」があると、、、一気にやる気が失せた。

確かにありました。

欠損、、、なはずがない。ミスでしょうと、生データをチェックしたら、やはりミスだった。

解析を全てやり直し。ハプロタイプネットワークが微妙に変化した。

データ整形、解析、表作成など、できるだけコマンド作業できるようにしてきたので、本日１日で修正が終わった。成長した。。。