2011年4月29日金曜日

COIと16Sの不一致

今日から3連休。晴天は今日のみということで、やるべきことが多々。

出遅れ気味に大学にきて、シークエンスチェック。その後、簡単に系統樹を描いてみる。困ったことを発見。すぐに再実験をしたいところだが、昨日の時点で予算を使い切ったことが判明しているので、どうしようもない。放置しておくと忘れそうなのでメモ。

左が16S、右がCOI

基本的にはCOIと16Sで各クレード含まれるサンプルは一致しているけど、COIの右下のクレードがおかしい。16Sでは3つのクレードに含まれるサンプルが1つのクレードを形成している。形態を考慮にいれると16Sの系統樹が正しいと考えられるので、多分、偽遺伝子を読んだのだろう。今回は2つの領域を読んでいたので気づいたが、1領域しか読んでいなかったら間違った考察をしていたかも。サソリモドキはCOIのみなので、ちょっと怖くなってきた。

ミトコンが終わったら核も解析したいが、当分無理そう、、、。

ただ、16Sの結果が正しいとすると、なかなか面白い結果になっている。(連休明けに届くと思われる科研費の結果次第だけど)再実験は当分できそうにないので、学会では、怪しいデータを除いて発表することになりそう。

DNA-82-91、DNA-106・7・9・11がおかしい。プライマーを変えて実験?

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