午前
・電気泳動
・シーケンス結果整理
午後
・シーケンス結果整理
・自炊PDF化
昨夜、４月に投稿した論文の回答がきた。メールの文面ではMajorと書かれていたので、本日、気重な気分でサイトを確認したら、本質的については大きな指摘はなく、英語がひどい、のが大きな問題だった。
査読者の２名とも、違うネイティブにチェックしてもらえ、と指摘された。
今年最後？のPCR実験で、どうにか先が見えた、、、気がする。年明け早々にシーケンスに出して安心したい。
シーケンス結果整理は終わりそうにない。
年末恒例になってきた文献のPDF化も進める。
時折、雪が降っているが、平地では積もるほどではない。
2018年12月28日金曜日
2018年12月27日木曜日
コンタミ
午前
・シーケンス結果整理
・PCR実験
午後
・電気泳動
・PCR実験
・シーケンス結果整理
卒論を兼ねて２ヶ月間で１０plate分のシーケンスを行なった。その整理を進めるが、面白い結果だと思っていたサンプルが、コンタミが疑わしくなってきた。
焦って実験してもミスをしそうだな、と思いつつも、気になって仕方がないので、nestedPCRを行なってみる。
・シーケンス結果整理
・PCR実験
午後
・電気泳動
・PCR実験
・シーケンス結果整理
卒論を兼ねて２ヶ月間で１０plate分のシーケンスを行なった。その整理を進めるが、面白い結果だと思っていたサンプルが、コンタミが疑わしくなってきた。
焦って実験してもミスをしそうだな、と思いつつも、気になって仕方がないので、nestedPCRを行なってみる。
2018年12月26日水曜日
Lehtomäki et al. (2018) Diversity and Distributions
午前
・シーケンス結果整理
午後
・標本整理
・シーケンス結果整理
琉球大学の久保田先生グループの論文。
Spatial conservation prioritization for the East Asian islands: A balanced representation of multitaxon biogeography in a protected area network
Lehtomäki et al. (2018) Diversity and Distributions, 2, 18–137
愛知目標では2020年までに陸地の１７％を保護区とすることが求められているが、どのような基準で保護区を作成するのが良いのかは難しい問題である。
そこで、日本産脊椎動物（哺乳類、鳥類、両生類、爬虫類、淡水魚）、および、維管束植物の全種を対象に生態ニッチモデルを作成し、その多様性を効果的に保護する保護区について検討している。
ニッチモデリングに際しては、現在・最終氷河期の気温・降水量に加えて、地質の安定性の指標として沖積平野（河川の堆積物でできた平野）や火砕流（火山に由来する物質）、生物の移動の指標して大陸からの距離なども含めている。
多様性と環境要因の関係は、random‐forest regression analyses、で解析している。初めて知った方法だが、randomForestというRパッケージがある。
ちなみに、解析に用いたデータは、6325種、4,389,489４地点のデータ。
・シーケンス結果整理
午後
・標本整理
・シーケンス結果整理
琉球大学の久保田先生グループの論文。
Spatial conservation prioritization for the East Asian islands: A balanced representation of multitaxon biogeography in a protected area network
Lehtomäki et al. (2018) Diversity and Distributions, 2, 18–137
愛知目標では2020年までに陸地の１７％を保護区とすることが求められているが、どのような基準で保護区を作成するのが良いのかは難しい問題である。
そこで、日本産脊椎動物（哺乳類、鳥類、両生類、爬虫類、淡水魚）、および、維管束植物の全種を対象に生態ニッチモデルを作成し、その多様性を効果的に保護する保護区について検討している。
ニッチモデリングに際しては、現在・最終氷河期の気温・降水量に加えて、地質の安定性の指標として沖積平野（河川の堆積物でできた平野）や火砕流（火山に由来する物質）、生物の移動の指標して大陸からの距離なども含めている。
多様性と環境要因の関係は、random‐forest regression analyses、で解析している。初めて知った方法だが、randomForestというRパッケージがある。
ちなみに、解析に用いたデータは、6325種、4,389,489４地点のデータ。
2018年12月25日火曜日
GIMPの新しいヴァージョン2.10
午前
・系統解析
午後
・SEM撮影
・卒論指導
・シーケンス結果整理
お金を払ってPhotoshopを使いたくない人には必須？のフリーの画像編集ソフトGIMPの新しいヴァージョン2.10がリリースされていた。
何が新しくなったのか不明だが、悪い評判は無いようなのでインストール。見た目が結構違う。
最新の2.10のデフォルト。
これまで使っていた2.8。
そのうち慣れるのだろうけど、と思い、しばらく使っていたが、、、使いづらい。
「GIMP-2.10」⇒「設定」⇒「ユーザーインターフェイス」で、「テーマ」と「Icon Thema」を変更することで、見た目を変更できる。
「テーマ」を「System」、「Icon Thema」を「Legacy」にすると、2.8と同じっぽく見える？
アイコンが少し凛々しくなったきがする。左が2.8で右が2.10。
・系統解析
午後
・SEM撮影
・卒論指導
・シーケンス結果整理
お金を払ってPhotoshopを使いたくない人には必須？のフリーの画像編集ソフトGIMPの新しいヴァージョン2.10がリリースされていた。
何が新しくなったのか不明だが、悪い評判は無いようなのでインストール。見た目が結構違う。
最新の2.10のデフォルト。
これまで使っていた2.8。
そのうち慣れるのだろうけど、と思い、しばらく使っていたが、、、使いづらい。
「GIMP-2.10」⇒「設定」⇒「ユーザーインターフェイス」で、「テーマ」と「Icon Thema」を変更することで、見た目を変更できる。
「テーマ」を「System」、「Icon Thema」を「Legacy」にすると、2.8と同じっぽく見える？
アイコンが少し凛々しくなったきがする。左が2.8で右が2.10。
2018年12月21日金曜日
飛び飛び
午前
・電気泳動
・PCR実験
午後
・ゼミ
・電気泳動
・PCR実験
・書類書き
・シーケンス結果整理
今年中にあと１plate分はシーケンスに出したい。しかし、PCRがナカナカ上手くいかない。見事に飛び飛びに増えるサンプルとか、、、。
・電気泳動
・PCR実験
午後
・ゼミ
・電気泳動
・PCR実験
・書類書き
・シーケンス結果整理
今年中にあと１plate分はシーケンスに出したい。しかし、PCRがナカナカ上手くいかない。見事に飛び飛びに増えるサンプルとか、、、。
2018年12月20日木曜日
忘れか？
午前
・シーケンス
・PCR実験
午後
・電気泳動
・会議
・PCR実験
・書類書き
卒論データを見ていたら実験をやりたくなってしまい、急遽実験、、、欲張ってバタバタしながら実験をしたらミスしまくった。
確実に増えるはずのサンプルが、、、taq忘れか？
・シーケンス
・PCR実験
午後
・電気泳動
・会議
・PCR実験
・書類書き
卒論データを見ていたら実験をやりたくなってしまい、急遽実験、、、欲張ってバタバタしながら実験をしたらミスしまくった。
確実に増えるはずのサンプルが、、、taq忘れか？
2018年12月19日水曜日
2018年12月18日火曜日
ミス
午前
・授業
・卒論指導
午後
・卒論指導
・標本整理
・DNA抽出
卒論に使った標本を整理していたら、古い標本に大きな種同定ミスがあることを発見。この整理にかなりの時間を要した。
明日は、新卒論を兼ねて新しい調査を行う。天気予報は良さそうだけど。
・授業
・卒論指導
午後
・卒論指導
・標本整理
・DNA抽出
卒論に使った標本を整理していたら、古い標本に大きな種同定ミスがあることを発見。この整理にかなりの時間を要した。
明日は、新卒論を兼ねて新しい調査を行う。天気予報は良さそうだけど。
2018年12月17日月曜日
目白押し
午前
・DNA抽出
・ゼミ
午後
・会議
・授業準備
・シーケンス結果整理
焦って印刷したら、大量に間違って印刷してしまった。
ラクビー全日本選手権・大学選手権、甲子園ボール、と大きな大会が目白押しな土日だった、、、どれも観れなかった。
朝日杯は、武豊の初制覇＋STOP外国人ジョッキー、に期待したけどダメだった。今週も外国人ジョッキーが勝ちそうだし。
・DNA抽出
・ゼミ
午後
・会議
・授業準備
・シーケンス結果整理
焦って印刷したら、大量に間違って印刷してしまった。
ラクビー全日本選手権・大学選手権、甲子園ボール、と大きな大会が目白押しな土日だった、、、どれも観れなかった。
朝日杯は、武豊の初制覇＋STOP外国人ジョッキー、に期待したけどダメだった。今週も外国人ジョッキーが勝ちそうだし。
2018年12月14日金曜日
一安心
午前
・標本整理
午後
・ゼミ
・卒論指導
・DNA抽出
卒業研究に使用するために古い標本を整理していたら、色々と気なる標本を発見し、思わずDNA抽出にはまってしまった。
やっとスタッドレスに替え一安心。先週末の雪予報が不安だった。
・標本整理
午後
・ゼミ
・卒論指導
・DNA抽出
卒業研究に使用するために古い標本を整理していたら、色々と気なる標本を発見し、思わずDNA抽出にはまってしまった。
やっとスタッドレスに替え一安心。先週末の雪予報が不安だった。
2018年12月13日木曜日
2018年12月12日水曜日
2018年12月11日火曜日
Creeper
午前
・授業
・シーケンス
・SEM準備
午後
・SEM撮影
・PCR実験
久しぶりにSEM撮影をした。厳密にはSEMではないが。いまいち綺麗に撮影できない。
Haplophthalmus danicus。外来種。
背面に突起構造があるのが特徴。このような形態を持つ種をCreeperと呼ぶ。
基本的に小型種で、地中や洞窟などに多い。
突起構造は、水にトッラプされるのを防ぐためと考えられている。体が小さいので、水滴があると表面張力でトラップされてしまうのだろう。
参考
Eco-morphological strategies in terrestrial isopods
Schmalfuss (1984) Symp zool Soc Lond, 53: 49–63
・授業
・シーケンス
・SEM準備
午後
・SEM撮影
・PCR実験
久しぶりにSEM撮影をした。厳密にはSEMではないが。いまいち綺麗に撮影できない。
Haplophthalmus danicus。外来種。
背面に突起構造があるのが特徴。このような形態を持つ種をCreeperと呼ぶ。
基本的に小型種で、地中や洞窟などに多い。
突起構造は、水にトッラプされるのを防ぐためと考えられている。体が小さいので、水滴があると表面張力でトラップされてしまうのだろう。
参考
Eco-morphological strategies in terrestrial isopods
Schmalfuss (1984) Symp zool Soc Lond, 53: 49–63
2018年12月10日月曜日
2018年12月7日金曜日
雪予報
午前
・シーケンス結果整理
午後
・ゼミ
・DNA抽出
・データ整理
シーケンスの成功率が高くて安心した。
簡易の系統樹を作成してみるが、結果は良さそう。
土日は雪予報。今週は積もらないで欲しい。
・シーケンス結果整理
午後
・ゼミ
・DNA抽出
・データ整理
シーケンスの成功率が高くて安心した。
簡易の系統樹を作成してみるが、結果は良さそう。
土日は雪予報。今週は積もらないで欲しい。
2018年12月6日木曜日
どツボ
午前
・何をしたのか覚えていない
午後
・会議
・論文化（修論）
（学生の）修論データの論文化に向けて再解析を進めるが、完全にどツボにハマってしまった。どうにか解決策を見つけたッポイがかなり不安なので、相談メールを出して終了。
疲れた。
・何をしたのか覚えていない
午後
・会議
・論文化（修論）
（学生の）修論データの論文化に向けて再解析を進めるが、完全にどツボにハマってしまった。どうにか解決策を見つけたッポイがかなり不安なので、相談メールを出して終了。
疲れた。
2018年12月5日水曜日
無駄のない時間
午前
・電気泳動
・PCR産物の精製
午後
・シーケンス
・学外で研究相談
・文献整理
タイトなスケジュールの一日。ほとんど無駄のない時間を過ごした。毎日こうなら、もっと効率的なのだろうが。
・電気泳動
・PCR産物の精製
午後
・シーケンス
・学外で研究相談
・文献整理
タイトなスケジュールの一日。ほとんど無駄のない時間を過ごした。毎日こうなら、もっと効率的なのだろうが。
2018年12月4日火曜日
The Symposium on the Biology of Terrestrial Isopods
午前
・シーケンス結果整理
・卒論指導
午後
・シーケンス結果整理
・標本整理
・PCR実験
・データ整理
初めの次世代シーケンサー、、、不発。そう簡単にはいかないか。
応募しようとしていた助成金、、、今年は新規応募なしになった。
The Symposium on the Biology of Terrestrial Isopods（国際陸生等脚類会議）の特集記事がZookeysで公開された。
いわゆるプロシーディングとは若干異なり、会議に参加していない人も投稿している、、、私がそう。
Local and landscape effects on species compositions of terrestrial isopods in public parks of a commuter town in Japan
Nasu, Kitagawa, Karasawa (2018) ZooKeys, 801: 389–399
内容はこちら。
・シーケンス結果整理
・卒論指導
午後
・シーケンス結果整理
・標本整理
・PCR実験
・データ整理
初めの次世代シーケンサー、、、不発。そう簡単にはいかないか。
応募しようとしていた助成金、、、今年は新規応募なしになった。
The Symposium on the Biology of Terrestrial Isopods（国際陸生等脚類会議）の特集記事がZookeysで公開された。
いわゆるプロシーディングとは若干異なり、会議に参加していない人も投稿している、、、私がそう。
Local and landscape effects on species compositions of terrestrial isopods in public parks of a commuter town in Japan
Nasu, Kitagawa, Karasawa (2018) ZooKeys, 801: 389–399
内容はこちら。
2018年12月3日月曜日
興奮
午前
・PCR実験
・ゼミ
午後
・成績付け
・卒論指導
・成績付け
苦戦が続いたある分類群だが、良いプライマーが見つかった。今年中は、共同研究者に結果を送れそうで一安心。
早明戦は、早稲田大が勝利。
明治大が帝京大戦とは違って、攻撃がイマイチだなと思って観ていたけど、これが「防御を鍛えてきた」という早稲田大の強さなんだなと、試合後に思った。
１トライ差まで詰め寄って、最後の明治大の攻撃と早稲田大の防御の攻防は、とても興奮した！
・PCR実験
・ゼミ
午後
・成績付け
・卒論指導
・成績付け
苦戦が続いたある分類群だが、良いプライマーが見つかった。今年中は、共同研究者に結果を送れそうで一安心。
早明戦は、早稲田大が勝利。
明治大が帝京大戦とは違って、攻撃がイマイチだなと思って観ていたけど、これが「防御を鍛えてきた」という早稲田大の強さなんだなと、試合後に思った。
１トライ差まで詰め寄って、最後の明治大の攻撃と早稲田大の防御の攻防は、とても興奮した！
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