2019年12月3日火曜日

zoteroに鞍替え

午前
・個人ゼミ(データ解析)

午後
・PCR産物の精製
・論文書き
・シーケンス準備


これまで論文整理にはPapersを利用していたが、macOSのアップデータに際して不具合(対応版が既に出ているみたいだが)が出たのでzoteroに鞍替えした。

他にも、Pepersは日本語への対応が弱く、日本語名の雑誌が勝手に変更されてしまったり、管理されているPDFファイル名が意味不明だったりなどの問題があった。

そこで、無料で使える文献管理ソフトで検索した結果、見つけたのがzoteroだった、、、結果的にはお金を払うことになったが。

zoteroは本来web上のアカウントで文献を管理するシステム?だが、PC上で動くスタンドアローン版をインストールすることで、ネットのつながらない環境でも使える。

ただし、この場合もネット環境でweb上の自分のアカウントデータと同期が行われる。

Papersからzoteroに移行して最も戸惑ったのは、前者がPDFそのものに情報を付加するのに対して、後者は文献情報(題目、著者名など)を整理するシステムであること。

したがって、zotero単体では文字情報のみの整理しかできない。これだけで使う人もいるのか?

そこで、zotfileというソフトをプラグインするとPDFを紐づけできるようになる。また、PDFの管理フォルダをクラウド上に置くことでPC間で同期することもできる。


この作業には、このサイトを参考させてもらいました。

予想外だったのは(当たり前なのかも知れないが)、当初はPapersからPDFデータも含めて一気に移行できるだろうと考えていたが、移行できるのは文献情報のみで、PDFについては1編ずつ紐づけしなければならかなった(良い方法があるのかも)。

約5000編の紐付けを終えるのに1ヶ月かかってしまった。

日本語の対応は問題ない。著者名に日本語を入れることもできるが、この時の並び順が良く分からない。著者名はアルファベットにしておくのが無難かと。

移行が終わって数日だけど大きな欠点はない。ただ、Papersから変更して良かった点も、日本語がスムーズに使えることと、PDFのファイル名が「著者_年号_タイトル」で分かりやすく階層的に保管されることぐらいかな。

これまた予想外だったのが、無料で使えることでzoteroを選んだのだが、web上のアカウントで無料で使えるのは300MBだけである。ただし、これにはPDFの容量は含まれていない。

300MBがどの程度なのか実感が湧かないが、少なくとも約5000編の文献データを入力することはできなかった。年間20ドルで2GBを利用している。現在のところ788MBを使っている。2GBを超えることはないと思う。


PapersはStudentで3ドル/月、Academicで5ドル/月なので、zoteroの方が微妙に安いぐらい。