・データ解析
・卒論手伝い（PCR産物精製）
・卒論手伝い（Rの使い方）
午後
・卒論手伝い（PCR産物精製）×２
・データ解析
Rのlegend()で凡例のシンボルを二つ並べて描く方法、、、分からなかった。
背景を透明にして微妙にずらしながら並べた。
2020年10月30日金曜日
シンボルを二つ並べて描く
午前
・データ解析
・卒論手伝い（PCR産物精製）
・卒論手伝い（Rの使い方）
午後
・卒論手伝い（PCR産物精製）×２
・データ解析
Rのlegend()で凡例のシンボルを二つ並べて描く方法、、、分からなかった。
背景を透明にして微妙にずらしながら並べた。
・データ解析
・卒論手伝い（PCR産物精製）
・卒論手伝い（Rの使い方）
午後
・卒論手伝い（PCR産物精製）×２
・データ解析
Rのlegend()で凡例のシンボルを二つ並べて描く方法、、、分からなかった。
背景を透明にして微妙にずらしながら並べた。
2020年10月29日木曜日
観ない
午前
・大学業務
・統計ゼミ
午後
・生態ゼミ
・統計ゼミ
・個人ゼミ
・論文書き
ゼミだらけの木曜日。
このままではイカん！と、ここ数週間、完全に止まってしまった論文をどうにか投稿した。和文だけど。
さて、さらに放置していた２編の論文を今年中に片付けるぞ！
週末の井上尚弥戦、フジテレビでもやるようだ。ただ、試合は、日曜日の昼間に行われるが、フジテレビでの放送は２０：００から。ネットやニュースを観ないように過ごさなければ。
・大学業務
・統計ゼミ
午後
・生態ゼミ
・統計ゼミ
・個人ゼミ
・論文書き
ゼミだらけの木曜日。
このままではイカん！と、ここ数週間、完全に止まってしまった論文をどうにか投稿した。和文だけど。
さて、さらに放置していた２編の論文を今年中に片付けるぞ！
週末の井上尚弥戦、フジテレビでもやるようだ。ただ、試合は、日曜日の昼間に行われるが、フジテレビでの放送は２０：００から。ネットやニュースを観ないように過ごさなければ。
2020年10月27日火曜日
2020年10月26日月曜日
2020年10月23日金曜日
詰まっている
午前
・卒論手伝い（電気泳動×２）
午後
・論文書き
投稿寸前で立ち止まっている論文を進める。引用が多くて、チェックが面倒。
来週中には、と思うが、来週も予定が詰まっている、、、。
武豊、菊花賞は除外だったのか。
・卒論手伝い（電気泳動×２）
午後
・論文書き
投稿寸前で立ち止まっている論文を進める。引用が多くて、チェックが面倒。
来週中には、と思うが、来週も予定が詰まっている、、、。
武豊、菊花賞は除外だったのか。
2020年10月19日月曜日
初めての電気泳動
午前
・会議
・卒論手伝い（電気泳動）
午後
・会議
・個人ゼミ
・卒論手伝い（PCR実験）
キツキツのスケジュールだった。
卒論で初めての電気泳動。どうなるか心配だったサンプルは、増えたり、増えなかったり。色々と検討する必要がありそうで。
・会議
・卒論手伝い（電気泳動）
午後
・会議
・個人ゼミ
・卒論手伝い（PCR実験）
キツキツのスケジュールだった。
卒論で初めての電気泳動。どうなるか心配だったサンプルは、増えたり、増えなかったり。色々と検討する必要がありそうで。
2020年10月16日金曜日
2020年10月15日木曜日
2020年10月14日水曜日
2020年10月13日火曜日
クマの爪研ぎ
午前
・卒論指導（野外調査）
午後
・卒論指導（野外調査）
・メール書き
本日も１日ウロウロ。
アセビだけが林床に残っている。シカが嫌いな植物なので、シカの高密度地域ではこのような状況になる（らしい）。
何かに削られた痕を発見。クマの爪研ぎか、シカの角研ぎか、ヒトのナイフ研ぎか。クマかな？
・卒論指導（野外調査）
午後
・卒論指導（野外調査）
・メール書き
本日も１日ウロウロ。
アセビだけが林床に残っている。シカが嫌いな植物なので、シカの高密度地域ではこのような状況になる（らしい）。
何かに削られた痕を発見。クマの爪研ぎか、シカの角研ぎか、ヒトのナイフ研ぎか。クマかな？
2020年10月12日月曜日
孵化時期
午前
・卒論指導（野外調査）
午後
・卒論指導（野外調査）
・会議
・学会業務
ほぼ１日、学生と一緒に野外でウロウロしていた。
残念ながら、マダニの孵化時期にぶつかり幼虫に集られた、、、学生が。
・卒論指導（野外調査）
午後
・卒論指導（野外調査）
・会議
・学会業務
ほぼ１日、学生と一緒に野外でウロウロしていた。
残念ながら、マダニの孵化時期にぶつかり幼虫に集られた、、、学生が。
2020年10月9日金曜日
2020年10月8日木曜日
爆破予告
午前
・資料作成
・統計ゼミ
午後
・生態ゼミ
・卒論指導（研究相談）
・会議
色々と予定の詰まった一日だった。
大学に爆破予告があった。犯人が捕まると良いけど。
凱旋賞は、武豊騎乗で盛り上がるかと期待したら、騎乗馬が禁止薬物を使用して出走取り消し。
ディープインパクトのときのように、後から判明する良りはよかった。
ノーベル賞も日本人受賞なしで盛り上がらず。
でも、ここ数年、常に受賞候補に挙がっていた、CRISPR/Cas9を開発した２名がとうとう受賞。
石野良純博士も共同受賞者に入るのか、とか、特許でもめているのでどうなる、とか、意見があったけど、シャルパンティエ博士とダウドナ博士の２名での受賞となった。
2012年頃の成果なので、10年も経たずに受賞となった。それでインパクトがあったということだろう。
また、生理・医学賞でという予想もあったけど、化学賞での受賞だった。最近、生理・医学賞は治療に直結する業績が評価されている？
・資料作成
・統計ゼミ
午後
・生態ゼミ
・卒論指導（研究相談）
・会議
色々と予定の詰まった一日だった。
大学に爆破予告があった。犯人が捕まると良いけど。
凱旋賞は、武豊騎乗で盛り上がるかと期待したら、騎乗馬が禁止薬物を使用して出走取り消し。
ディープインパクトのときのように、後から判明する良りはよかった。
ノーベル賞も日本人受賞なしで盛り上がらず。
でも、ここ数年、常に受賞候補に挙がっていた、CRISPR/Cas9を開発した２名がとうとう受賞。
石野良純博士も共同受賞者に入るのか、とか、特許でもめているのでどうなる、とか、意見があったけど、シャルパンティエ博士とダウドナ博士の２名での受賞となった。
2012年頃の成果なので、10年も経たずに受賞となった。それでインパクトがあったということだろう。
また、生理・医学賞でという予想もあったけど、化学賞での受賞だった。最近、生理・医学賞は治療に直結する業績が評価されている？
2020年10月7日水曜日
グループ化
午前
・標本整理
午後
・書類書き
・論文書き
下記のようなデータがある。
siteごとのhaplotypeを取り出す方法。
グループ化と同時に重複を除いたり、ソートする方法は良くわからない。
・標本整理
午後
・書類書き
・論文書き
下記のようなデータがある。
data %>% group_by(site) %>% summarize(toString(haplotype))
2020年10月6日火曜日
共生微生物からみた新しい進化学
午前
・面談
・標本整理
午後
・会議
・書類書き
・標本整理
共生微生物からみた新しい進化学
節足動物の共生細菌について勉強になるかな、と思って購入したが、買って大正解だった。
まずは、生物の進化の歴史と、それに関わる共生関係の重要性が分かりやすく紹介される。
細胞が出現し、そして、多細胞が生まれるという進化の歴史は、（個人的には）あまり面白く感じないことが多いのだが、文章が上手いのか非常に理解しやすい。
また、その長い進化における細菌同士の共生の役割、すなわち、細胞内共生の適応的意義の説明も分かりやすい。
このような共生の進化は長い歴史で起こる稀な現象のように思われるが、５年間の培養下でアメーバと細菌が共生関係を構築したことが紹介されており、きっと、現在も頻繁に行っているだと再認識する。
続いて、様々な動物における微生物の関わりが紹介される。こんなことにも共生微生物が関係しているのか、と驚きの連発である。
例えば、ある細菌が出す酵素が、襟鞭毛虫という別の生物の有性生殖を誘引するそうだ。しかも、この細菌は、イカの体内に入ると発光することで、海面の月明かりに紛れ込ませ捕食防衛にも貢献している。
犬が飼い主を判別できるのは、ヒトの体表面の細菌が出す臭いのおかげ、とさらっと書いてあるなどネタの宝庫。
そして、共生細菌の王様と言えるであろう、腸内細菌叢、に話題はうつる。
ここでは、ヒトの健康に関する話題が多く、多様な腸内細菌叢を維持することの重要性を痛感する。また、マウスの実験では、腸内細菌が脳に影響を与え、さらには、性格にも関係していることが分かってきているそうだ。
ページを進めると、免疫系への影響にフォーカスされる。
よく耳にすることだが、綺麗な環境で生活していると病気（アレルギー）になりやすいという話だ。この本では衛生仮説と呼んでいる。
例えば、統一前の東西ドイツでは、経済的に裕福な西ドイツの方が花粉症に３倍なりやすいというデータがある。
しかし、近年では、「汚い環境で生活する」ことが重要ではなく、「進化の中で獲得してきた細菌が取り除かれたことが問題」という旧友仮説が台頭してきているのだとか。
この仮説は、共生細菌と共進化をしてきたと考えれば、直感的には納得しやすい。ノーベル賞の対象となったピロリ菌は、胃潰瘍や胃がんなど重篤な病気を引き起こすため、最近では、ピロリ菌は駆除するが、ピロリ菌を駆除するとアレルギーを発症しやすくことが分かってきたそうだ。
抗生物質や滅菌処理によって、何でもかんでも微生物を消失させると、大きなしっぺ返しを食うのかも知れないと痛感した。
このように微生物との共生は、生物が生きていく上で不可欠な存在であるが、微生物も自然選択の下で利己的に生きているため、時には宿主を熾烈な戦いが起こる。
で、ダンゴムシが登場！ボルバキアによる性転換が紹介されている。キタキチョウやハリガネムシなど、宿主操作の話題が続く。
植物の陸上進出における共生微生物の重要性があっさりと紹介されたのち、反芻動物、昆虫、そして、発酵食品へと話題がうつる。
最後に、菌塚、という菌に対する感謝の碑が紹介されている。この本を読み、私たちの生活は微生物に支えられていることを知ったら、一度は訪れたいと思うだろう！
期待していた昆虫の共生微生物は、シロアリ、ゴキブリ、アリ、カメムシが扱われており、当初期待していたところは知っている内容だったが、興味深い内容が分かりやすい文章で書かれており、一気に読めるオススメの一冊。
もくじ
１．微生物に満ちあふれる地球
２．生命進化最初の30億年—単細胞微生物の時代
３．動物と微生物の関わり
４．腸内細菌叢
５．「脳-腸-微生物叢」相関
６．腸内微生物叢と免疫系の働き
７．共生微生物と宿主のせめぎ合い
８．生物が陸上に進出するにあたって共生が果たした役割
９．反芻動物と共生微生物
１０．昆虫の共生微生物
１１．発酵食の歴史
・面談
・標本整理
午後
・会議
・書類書き
・標本整理
共生微生物からみた新しい進化学
節足動物の共生細菌について勉強になるかな、と思って購入したが、買って大正解だった。
まずは、生物の進化の歴史と、それに関わる共生関係の重要性が分かりやすく紹介される。
細胞が出現し、そして、多細胞が生まれるという進化の歴史は、（個人的には）あまり面白く感じないことが多いのだが、文章が上手いのか非常に理解しやすい。
また、その長い進化における細菌同士の共生の役割、すなわち、細胞内共生の適応的意義の説明も分かりやすい。
このような共生の進化は長い歴史で起こる稀な現象のように思われるが、５年間の培養下でアメーバと細菌が共生関係を構築したことが紹介されており、きっと、現在も頻繁に行っているだと再認識する。
続いて、様々な動物における微生物の関わりが紹介される。こんなことにも共生微生物が関係しているのか、と驚きの連発である。
例えば、ある細菌が出す酵素が、襟鞭毛虫という別の生物の有性生殖を誘引するそうだ。しかも、この細菌は、イカの体内に入ると発光することで、海面の月明かりに紛れ込ませ捕食防衛にも貢献している。
犬が飼い主を判別できるのは、ヒトの体表面の細菌が出す臭いのおかげ、とさらっと書いてあるなどネタの宝庫。
そして、共生細菌の王様と言えるであろう、腸内細菌叢、に話題はうつる。
ここでは、ヒトの健康に関する話題が多く、多様な腸内細菌叢を維持することの重要性を痛感する。また、マウスの実験では、腸内細菌が脳に影響を与え、さらには、性格にも関係していることが分かってきているそうだ。
ページを進めると、免疫系への影響にフォーカスされる。
よく耳にすることだが、綺麗な環境で生活していると病気（アレルギー）になりやすいという話だ。この本では衛生仮説と呼んでいる。
例えば、統一前の東西ドイツでは、経済的に裕福な西ドイツの方が花粉症に３倍なりやすいというデータがある。
しかし、近年では、「汚い環境で生活する」ことが重要ではなく、「進化の中で獲得してきた細菌が取り除かれたことが問題」という旧友仮説が台頭してきているのだとか。
この仮説は、共生細菌と共進化をしてきたと考えれば、直感的には納得しやすい。ノーベル賞の対象となったピロリ菌は、胃潰瘍や胃がんなど重篤な病気を引き起こすため、最近では、ピロリ菌は駆除するが、ピロリ菌を駆除するとアレルギーを発症しやすくことが分かってきたそうだ。
抗生物質や滅菌処理によって、何でもかんでも微生物を消失させると、大きなしっぺ返しを食うのかも知れないと痛感した。
このように微生物との共生は、生物が生きていく上で不可欠な存在であるが、微生物も自然選択の下で利己的に生きているため、時には宿主を熾烈な戦いが起こる。
で、ダンゴムシが登場！ボルバキアによる性転換が紹介されている。キタキチョウやハリガネムシなど、宿主操作の話題が続く。
植物の陸上進出における共生微生物の重要性があっさりと紹介されたのち、反芻動物、昆虫、そして、発酵食品へと話題がうつる。
最後に、菌塚、という菌に対する感謝の碑が紹介されている。この本を読み、私たちの生活は微生物に支えられていることを知ったら、一度は訪れたいと思うだろう！
期待していた昆虫の共生微生物は、シロアリ、ゴキブリ、アリ、カメムシが扱われており、当初期待していたところは知っている内容だったが、興味深い内容が分かりやすい文章で書かれており、一気に読めるオススメの一冊。
もくじ
１．微生物に満ちあふれる地球
２．生命進化最初の30億年—単細胞微生物の時代
３．動物と微生物の関わり
４．腸内細菌叢
５．「脳-腸-微生物叢」相関
６．腸内微生物叢と免疫系の働き
７．共生微生物と宿主のせめぎ合い
８．生物が陸上に進出するにあたって共生が果たした役割
９．反芻動物と共生微生物
１０．昆虫の共生微生物
１１．発酵食の歴史
2020年10月5日月曜日
下地島
午前
・標本整理
・卒論手伝い（標本処理指導）
・書類作成
午後
・書類作成
・面談
・論文書き
金曜日の卒論調査は、採集できないだろうと諦めていたのだが、予想外に順調に採集ができた。本日、その処理についても指導。ここまでは順調。
週末は、倉吉市で、スポーツクライミング・ジャパンカップツアーが開催された。
日本一を決めるジャパンカップに出場するためには、このツアーで上位に入る必要があるそうだ。ボルダリング、リード、スピードの３種目があり、倉吉ではリードとスピードが行われた。
無観客開催だったので（？）、試合の様子はyoutubeで観ることができる。
神戸空港から宮古島（下地島）に飛行機が飛んでいる、、、今年の１０月２５日就航らしい。これは嬉しい！！
・標本整理
・卒論手伝い（標本処理指導）
・書類作成
午後
・書類作成
・面談
・論文書き
金曜日の卒論調査は、採集できないだろうと諦めていたのだが、予想外に順調に採集ができた。本日、その処理についても指導。ここまでは順調。
週末は、倉吉市で、スポーツクライミング・ジャパンカップツアーが開催された。
日本一を決めるジャパンカップに出場するためには、このツアーで上位に入る必要があるそうだ。ボルダリング、リード、スピードの３種目があり、倉吉ではリードとスピードが行われた。
無観客開催だったので（？）、試合の様子はyoutubeで観ることができる。
神戸空港から宮古島（下地島）に飛行機が飛んでいる、、、今年の１０月２５日就航らしい。これは嬉しい！！
2020年10月1日木曜日
Library
午前
・授業準備
・個人ゼミ
午後
・卒論手伝い（野外調査）
・授業準備
卒論×２、、、サンプルが採れない。
Machintosh HD/Library/..
Machintosh HD/User/ホームディクレトリ／Library/..
で混乱。
dismoでmaxentと実行するには、dismo/java/maxent.jar、にmaxent.jarを保管する必要がある。
で、このフォルダの場所はimacとbookairで異なっていて、imacでは、Machintosh HD/Library/...に、bookairでは、Machintosh HD/User/ホームディクレトリ/Library/...にあった。
また、bookairでは、User/ホームディクレトリ/Library/、を見るには、「Finder」⇒「移動」で「Option」を押すと出てくる。
・授業準備
・個人ゼミ
午後
・卒論手伝い（野外調査）
・授業準備
卒論×２、、、サンプルが採れない。
Machintosh HD/Library/..
Machintosh HD/User/ホームディクレトリ／Library/..
で混乱。
dismoでmaxentと実行するには、dismo/java/maxent.jar、にmaxent.jarを保管する必要がある。
で、このフォルダの場所はimacとbookairで異なっていて、imacでは、Machintosh HD/Library/...に、bookairでは、Machintosh HD/User/ホームディクレトリ/Library/...にあった。
また、bookairでは、User/ホームディクレトリ/Library/、を見るには、「Finder」⇒「移動」で「Option」を押すと出てくる。
登録:
投稿 (Atom)