滞在

午前
・野外調査

午後
・授業準備
・手伝い
・授業準備

中国から滞在研究者が到着。外国からの研究者を始めて受け入れる、、、そもそも、日本人の研究者も受け入れたこともないが。

住民票とか、年金とか、健康保険とか、色々と手続きが大変だった。

土の中の生き物たちのはなし

午前
・データ解析（卒論、修論論文化）
・統計ゼミ

午後
・授業準備
・個人ゼミ
・授業ゼミ

授業の準備でチョウ標本を扱ったが、翅が壊れたり、鱗粉が付いたり、やはり苦手。液浸が使える動物が安心。

少しだけ書かせて頂いた書籍が発刊されました。

土の中の生き物たちのはなし
もくじ
第１章．土壌動物とは
第２章．土壌に生息する生物
第３章．土壌動物の機能
第４章．土壌動物ときのこ—森のきのこレストラン—
第５章．ミミズの分類から土壌動物の活用まで
第６章．ヤスデの暮らし方
第７章．系統解析と生物地理　※担当
第８章．土の中の化学戦争
第９章．ヤスデとダニの化学防衛
第１０章．土壌動物の適材適所—群集生態学—
第１１章．土壌動物を活用した学校教育プログラムの提案

竜舌蘭

午前
・修論手伝い（野外調査）

午後
・生態学ゼミ
・授業準備

テキーラの原料となる竜舌蘭（リュウゼツラン）。

数十年単位で花が咲くそうなのだが、大学に植えられてる個体に花が咲いた！

良いことだらけ

午前
・修論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・論文書き
・授業準備

修論手伝いで砂丘へ、、、温度計が５０度を指していた。

ビロードテンツキ。葉の触感が気持ちいい。

週末は、２年ぶりに対面の学会に参加。

久しぶりの雰囲気。人が集まると、ふと瞬間の会話にとても重要な情報がある。

しかも、シンポジウムで存分に話をさせていて、良いことだらけの学会だった。

研究室から参加できるオンラインも良さはあるが、やはり対面には対面の良さがあると痛感した。

４０℃

午前
・野外調査

午後
・データ整理
・学会準備

砂丘で、学生にも手伝ってもらって調査。帰る際には、温度計が４０℃を指していた。

学会の準備もだいたい終わった。

心配のタネ

午前
・学会会議準備
・統計ゼミ

午後
・卒論手伝い（野外調査）
・会議
・学会会議準備

ここ数日の心配のタネだった会議が終わった。あとは、明日の午前中の野外調査が終われば、学会に集中できる。

あと少し

午前
・授業準備
・授業

午後
・生態学ゼミ（文献紹介）
・面談
・生態学ゼミ（中間発表）
・学会会議準備

単発の授業と、文献紹介の担当が終わった。文献紹介は日本語だったけど、普段、勉強していない分野だったので難しかった。

懸念材料の多かった１日が終わった。学会発表の準備もあと少しのところまできた。

最悪の１週間

午前
・授業準備

午後
・会議
・授業準備
・会議
・学会発表準備
・会議
・学会発表準備

学会発表はスライドの調整の段階まできた。

野外演習、オムニバス授業、ゼミ発表、学会発表、会議、卒論手伝い（野外調査）、と色々と噛み合ってしまった最悪の１週間に突入したが、忙しさのピークを超えたのか、何かを忘れているのか、ひと段落した気になっている。

明日の授業とゼミ発表を終えれば、学会モードになれるか。

過去と現在

午前
・授業（野外実習）

午後
・授業（野外実習）
・データ解析

一日中、実習で野外をウロウロ。

ぼ〜とする頭で、学会発表の準備を進める。

良いオチだと思っていたが、本当に面白いのか？と不安になってきた。

過去と現在の生息適地モデルを作成したりと、解析自体は楽しいけど。

ぽちぽち

午前
・データ解析
・生態学ゼミ（中間発表）

午後
・データ解析

学会準備、ぽちぽち画像を貼ってスライドを作成する段階まできた。

明日と明後日が、一日中、野外なのが痛い。

オチ

午前
・授業準備

午後
・生態学ゼミ（中間発表）
・健康診断
・授業準備
・データ解析

Expanded Bayesian Skyline Plotを描いてみる。

１万年前あたりから急激に個体数を増やしことが分かった。

どうにか、学会発表のオチが決まった。

ひっくるめて

午前
・データ解析

午後
・会議（オンライン）
・データ解析
・会議
・データ解析

学会発表用のデータ解析。自分でも良くわからず、なぜか本州と南西諸島に分けて解析をしていた。ひっくるめて再解析。

思ったよりも良い感じ。結構、早く論文にできそうな気がしてきた。

金曜日の演習、来週のオムニバス担当、ゼミ発表、の準備が完全に停止状態。

セキュリティーを解除

RStudioの挙動がおかしくなったので、再インストールを行なったときの問題。

installerの中では実行できるが、アプリケーションに移動すると「壊れているため開けません。ゴミ箱に入れる必要があります。」と出てしまう。

「右クリック」⇒「開く」でも同じ。

Appleのセキュリティーの問題のようで、一度、セキュリティーを解除すれば良いらしい。

$ sudo spctl --master-disable

セキュリティーを戻すにはこうする。

$ sudo spctl --master-enable

こことか、ここを参照。

信じたい

午前
・学生対応
・データ解析

午後
・データ解析
・授業
・データ解析

学会発表の準備で、簡単に系統解析をやってみる。

こんな系統樹でも、色々と考えさせられる。方向性は決まった。過去のコマンドを持ち出して、コピペしまくればどうにかなる、、、と信じたい。

ボルダリングユース日本選手権は、明日と明後日だったのか。登りに行こうと思っていたが、気づいて良かった。

ギチギチ

午前
・授業準備
・手伝い

午後
・書類作成
・データ解析

授業担当が終わって余裕ができると思ったが、６月は既に予定がギチギチになってしまった。

学会発表の準備も匍匐前進なみ。野外実習の大雨時のネタを考える必要がでてきたりと、一つの問題をクリアすると、新しい問題が出現。

溜まった業務の消化には、まだまだ時間がかかりそう。

ファイルを検索して移動

午前
・論文書き
・データ解析

午後
・データ解析
・卒論手伝い
・データ解析

３月に修了した学生の修論一部、および、伊豆諸島ネタ論文を英文校閲へ。両方とも今月中には投稿できるか。

今月末の学会準備に関連して、（mac）ターミナルを使ったファイルを検索して移動する方法を勉強した。

塩基配列データはこんな感じで、サンプルIDと遺伝子領域、をファイル名にしている。

ここから、「COI」データを取り出したいときは、ターミナル（mac）で下記を実行すれば良い。

$ find ./AAA -type f -name "*COI*" -print | xargs -J% cp % ./BBB

「./AAA」は塩基配列データのあるフォルダを示しており、この場合、カレントディレクトリに「AAA」フォルダに配列データがある場合を想定。

「./BBB」は移動したいフォルダで、この場合、カレントディレクトリに「BBB」フォルダに配列データがある場合を想定。

「cp」はコピーで、移動したい場合には「mv」とすれば良い。

これまではポチポチ、コピペをしていたので、それと比べると成長した感じがする。

夜間調査

午前
・資料作成

午後
・授業
・資料作成

昨夜の夜間調査を踏まえて報告の作成。

夜の鳥取砂丘は涼しくて気持ち良かった。面白い発見も色々とあったが、カメラを忘れた。

リベンジ

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・PCR産物精製
・資料作成
・シーケンス準備
・野外調査

学生の手伝いのついでに、昨年失敗した実験のリベンジのためハマボウフウの花を採集。

そして、滅多に行わない、夜間調査へ。