ダッシュボード

午前
・学外会議

午後
・卒論手伝い
・資料作成
・授業準備

鳥取砂丘の調査結果のアウトプットの方法を考えていく中で、flexdashboardというR Markdownでダッシュボードを作成するパッケージを見つけた。

調査年と対象種を検索して表示する仕組みを作ってみた。コマンド練習のために作成したもので、データチェックなどをきちんとしてしていない試用版です！

細かな設定に苦戦したが、そもそも地図などを作成するコマンドが準備されていれば、ほとんど、そのまま使える。 しかし、RでダッシュボードといえばShiny！

こちらも細かな設定で苦労したが、どうにかできた。

Shinyの方が色々と設定できるらしいので、こちらを勉強した方が良いかな？

アンプリコン解析

午前
・卒論手伝い（添削）
・卒論手伝い（調査方法）

午後
・データ整理
・講習会
・データ整理

アンプリコン解析データの登録を試みるが、数多くの壁に阻まれて、ひとまず退却。

漫画家の鳥山明さんが亡くなられた。アラレちゃん、ドラゴンボール（初期の頃）は当然読んでいた。

そして、ドラゴンクエストのキャラクターも馴染み深い（１〜３まではやった）。

漫画が市民権を得る上で、とても大きな役割を果たしたことは間違いない。

シャーマントラップ

午前
・お絵描き
・研究発表会

午後
・研究発表会
・卒論手伝い（添削）

先日、恥ずかしながら令和5年度鳥取大学科学研究業績表彰を受け、その副賞として奨励金まで頂いた。

今後の研究たのめに、ということなので、機会があったら使ってみたいと思っていたシャーマントラップを購入した。

学術研究を実施するほどの数を購入することはできないので、学生実習レベルが限界だとは思うけど、、、密かに、卒論ネタになってくれたらと期待している。

でも、使用には許可申請が必要で、実際に何かをやろうとすると面倒、、、。

スゴい

午前
・お絵描き

午後
・お絵描き
・会議

最近、研究に関しては、系統や群集のデータ解析や論文書きを進めており、種分類に関する研究が完全にとまっていた。

ここ数年、多くの方々の協力で面白い種がたくさん見つかっており、いい加減、種分類の研究の進めないと思いつつ、「お絵描き」の億劫さに負けてほったらかしにしていた、、、そもそも、種分類が分からないというのもあるけど。

そんな中、ipadでお絵描きアプリを使った方法に興味をもち、すでに道具は揃えていたのだが手を出せていたなかった。

この機会に、ということで、作業をしてみた。画像の取り込み方や出力先が分からないなどipadの使い方に苦戦したが、１日作業した感じでは、慣れればかなりの時間短縮になりそう。

これまでは、鉛筆で下書きを描き、それをPCに取り込んでInkscapeで墨入れをしていた。

Inkscapeではマウスを使ってポチポチ線を描いたけど、上記の方法ではpencilを使って鉛筆で描くように作図できるので作業時間が短縮できそう。

一方で、Inkscapeの場合はポチポチなので手ブレなどの心配はないが、ipadの場合は、線は自分で描くので、そもそも図を綺麗に描く能力は必要となる。アプリに手ブレ補正機能はあるけど。

本日作成した下書き。

卒業生から驚き（嬉しい）報告があった。スゴい！

登録

午前
・電気泳動
・PCR産物精製

午後
・シーケンス準備
・データ整理

2nd PCRで複数のバンドが出た、、、。ダメなのか？

とりあえず、シングルバンドだったのはシーケンスに出してみる。

別の共同研究。こちらも数年滞っているが、どうにか配列データの登録まできた。

配列データの登録はなぜか緊張する。

nested

午前
・PCR実験
・会議

午後
・PCR実験
・データ整理
・PCR実験

２年前から苦しめられている共同研究の系統解析。今年度は実験はしないだろうな、と思っていたが、昨日、nested PCRで解決できるのは、とフと思いついた。

ということで早速実験。いきなり、1st PCRが増えない、、、以前は同じ条件なので実験ミスは明らか。ということで、再度実験して、1st PCRは無事に増えた。

バンドは１本なのだが、これでシーケンスに出すと綺麗な波形が得られない。２nd PCRのセット。これで綺麗なバンドが得られれば、ひとまず、シーケンスに出してみよう。

会議だらけ

午前
・会議
・書類作成

午後
・会議×３
・初稿チェック。
会議だらけの一日だった。