leafletを画像保存

午前
・卒論指導（原稿修正）

午後
・卒論指導（原稿修正）
・データ整理

今日は、基本的に研究室にいる、という重要な役割があり、無事に遂行した。

ここしばらくの懸念材料だった、Rでleafletを画像保存する問題、、、無事に解決した。

具体的な問題は、htmlではカラーで出力されている円グラフが、png（jpeg、pdf）で出力すると真っ黒になること。

まず、保存の方法に問題があるのかと調べたが、

mapview::mapshot()

でも、

saveWidget()
webshot()

でも、関係なかった。

で、本日気づいた、、、問題点は色の指定にあった。今思えば、赤点や黒線は出力されているのだから、保存方法に問題ないことは明白だった、、、。

当初は、下記のように１０色を普段使っている「rainbow(10)」で指定していた。

m <- addMinicharts(m,
                   lng = latlon$lon2,
                   lat = latlon$lat2,
                   type = "pie",
                   width=100,
                   chartdata = spe_site[, 1:10],
                   colorPalette = rainbow(10)
                   )

これだとhtmlでは色は出るが、画像保存すると上図のように円グラフは真っ黒になる。

で、デフォルトの色指定に任せるだけで、、、問題解決！！

m <- addMinicharts(m,
                   lng = latlon$lon2,
                   lat = latlon$lat2,
                   type = "pie",
                   width=100,
                   chartdata = spe_site[, 1:10],
                   )

もちろん、色そのものを入力すれば指定することもできる。

m <- addMinicharts(m,
                   lng = latlon$lon2,
                   lat = latlon$lat2,
                   type = "pie",
                   width=100,
                   chartdata = spe_site[, 1:10],
                   colorPalette = c("#ff4b00", "#fff100", "#03af7a", "#005aff",
                                    "#4dc4ff", "#ff8082", "#f6aa00", "#990099",
                                    "#804000", "#84919e")
                   )

上級者だったらもっと綺麗なコマンドを書けるのだろうが、一応、上図はこのようにすればで作成できる。

村田諒太選手の次戦が、Pound For Poundに選ばれているカネロに決まったそうだ。ゴロフキンと並んで名前が上がっていたけど、まず対戦は無理だと思ってた。これは楽しみ。

井上尚弥選手は、WBO王者と統一戦らしい。こちらは４団体統一を期待。

目の奥

午前
・卒論指導（原稿修正）
・標本整理

午後
・卒論指導（原稿修正）
・会議
・卒論指導（原稿修正）


ずっと卒論修正をしていた。目の奥がズキズキする、、、。メガネがあっていないのか、最近、これが多くて辛い。

leafletに線を描くことができるようになった。相変わらず保存方法が分からない、、、。下記はRstudioから手作業で保存している。

１年ぶり

午前
・標本整理

午後
・書類作成

書類作成を頑張った一日。

１年ぶりに査読から戻ってきた、、、minor revision。英語の修正なので受理はされそうだ。

生態学会の準備も少しずつ始めないと。ということで、地図を作成するが、leafletに円グラフを描く良い方法が分からない。

()はダメ

午前
・卒論指導（原稿修正）
・個人ゼミ

午後
・卒論指導（原稿修正、データ解析）

卒論のデータ解析でハマった、、、。

data$speに種名が入っているデータがある。

生データでは成虫を「Branchiura sowerbyi」、幼虫を「Branchiura sowerbyi_m」としているので、このまま解析すると２種として計算されてしまう。

下記のようにすれば「Branchiura sowerbyi_m」を「Branchiura sowerbyi」に置換できる。

data["spe"] <- lapply(data["spe"], gsub,
 pattern = "Branchiura sowerbyi_m",
 replacement = "Branchiura sowerbyi")
data$spe <- factor(data$spe) #Factor型として使う場合は必要

しかし、今日は、これにハマった。

理由は、当初、幼虫が「Branchiura sowerbyi(m)」と書かれていたため。

この場合

data["spe"] <- lapply(data["spe"], gsub,
 pattern = "Branchiura sowerbyi(m)",
 replacement = "Branchiura sowerbyi")

としてもダメ。str_replace_all()を試したりとどハマりした。

どうやら「()」を文字情報として判断しないみたい。メタ文字？

ということで、()はダメ！

東京

午前
・卒論指導（原稿修正）

午後
・卒論指導（原稿修正）
・書類作成

卒論のことばかり考える一日だった。

土日は東京へ。とても楽しかった。

前日に雪で飛行機が飛ばないかもと通知が来たが、全く問題なかった。今日からの方が危険っぽい。

申請書

午前
・卒論指導（原稿修正・データ整理）
・学外会議

午後
・卒論指導（原稿修正・データ整理）
・書類作成

卒論発表が近づいてきた、、、。

１月ほど放置してしまった申請書の作成をやっと始めた。

日本産ワラジムシ亜目の分布データ

午前
・卒論指導（原稿修正）

午後
・データ整理
・会議
・卒論指導（データ整理）

年末から悩まされていたhtmlとかphpとかjavaとか問題、協力者の力を借りてどうにか解決。

日本産ワラジムシ亜目の分布データをweb公開しているが、以前はgoogle map APIを使っていた。

現実的には問題にならないだろうが、google map API規約が変更され、閲覧数が増えると費用が発生することになった。

そこで、フリー地図であるOpenStreetMapへ移行を進めようと思ったのがきっかけ。

leafletというJavaScriptを使うことで、OpenStreetMapを使った自分用のweb地図を作ることができる。ちなみに、leafletはR上でも動く。

しかし、検索システムを組み込むのに完全に頓挫してしまった。ただし、途中、単純に面白くなってハマったり、卒論用の地図作成を始めたり、とポジティブな回り道もしたけど。

数日前に協力者に相談し、ひとまず出力が可能に。しかし、プロット数が多いとほぼ停止状態になって困っていた。

そして、clusterという面白い機能を導入したことで、止まることもなくなったらし、見た目も良い感じになった、、、と個人的には思う。

分布データを登録して良いよ、という方がいたら連絡下さい。