解放

午前
・原稿書き

午後
・手伝い
・原稿書き

本日締切の書類をどうにか提出。

今週はこれに悩まされた。これで解放された。

しかし、金曜日から、とうとう始める授業×２の準備を本格的に始動しなければ。

天気予報も見事にあたり、一気に寒くなった。

修正

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・修論論文化手伝い
・個人ゼミ
・論文修正

査読から返ってきた論文×２の修正。

１本は修論の論文化で学生が対応しているので、チェックのみ。大幅修正が求められている。良い感じで修正できたと思うが、どうなることか。

もう１本は、学名の記載や引用文献の修正のみ。こちらは大丈夫、、、と思いたい。

盛り上がり

午前
・資料作成
・統計ゼミ
午後
・統計ゼミ
・個人ゼミ
・資料作成

王将戦は、藤井聡太王将　vs 羽生善治挑戦者、に決定したみたい。

タイトル戦、未だに無敗の藤井聡太さんに、１００タイトルを目指す羽生善治さんが挑む、、、これは盛り上がりそう。

面積を定量化

午前
・標本整理

午後
・データ解析
・会議

昨年からの悩みが、多少解決した。ただし、根本的な問題は解決できていない。

とある昆虫の砂丘内の分布データ。この分布の変化を定量的に評価したい、というのが昨年来の課題。

で例えば、geom_density_2d()を使ってカーネル密度推定を表示したり、

ggdensity::geom_hdr()を使ってhighest density regions (HDRs)を表示したり、

ggalt::geom_encircle()を使って輪郭を表示できることが分かった。

しかし、これらの面積を定量化する方法が分からなかった。

そこで、スマートな方法は諦めて、面積内を特定の色で塗りつぶして、そのピクセル数を計測する方法にたどり着いた。それはそれで面倒だったのだが、colorfindr::get_colors()というとても便利な方法を知った。

普通の散布図なら、グラフに使用していない色で塗りつぶせば良いのだが、上記のように地図上に描いている場合は、輪郭だけの図を作成した方が無難だろうと考えた。

その場合、地図の代わりに、空のラスタを準備して、そこに（例えば）黒色で塗りつぶした図を描く。

ちなみに、colorfindr::get_colors()は、一度、画像として保存して読み込まないと使えない（？）みたい。

プロットデータは、sf形式、平面直角座標のpointデータで、「Bn_2021_JGD2011」に入っているとする。

#枠となるラスタの作成
library(raster)
library(sf)
e <- raster::extent(-11000, -7000, -52500, -49500) #平面直角座標
sp_e <- as(e, "SpatialPolygons") #sp形式に変更
sf_e <- st_as_sf(sp_e) #sf形式に変更
st_crs(sf_e) <- "+proj=tmerc +lat_0=36 +lon_0=134.333333333333
		+k=0.9999 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0
		+units=m +no_defs +type=crs" #JGD2011；平面直角座標

#get_colors()は画像として一度保存する必要がある！
library(ggplot2)
png("Area_karnel.png", height=3000, width=3000)
ggplot() +
 	geom_density_2d_filled(aes(x=st_coordinates(Bn_2021_JGD2011)[,1],
  		y=st_coordinates(Bn_2021_JGD2011)[,2]), linewidth=0, col="white") +
	scale_fill_manual(values = c("white", "black", "black", "black", "black", "black", "black", "black")) +
	scale_x_continuous(limits = c(-11000, -7000)) +
 	scale_y_continuous(limits = c(-52500, -49500)) +
 	theme(panel.background = element_blank(), #背景を透明にする
		plot.background = element_blank(), #背景を透明にする
 		panel.grid.major = element_blank(), #グラフの線；邪魔なので白で消す
 		panel.border = element_blank(), #グラフの線；邪魔なので白で消す
		axis.title = element_blank(),
 		axis.text = element_blank(),
		axis.ticks = element_blank(), 
 		legend.position = 'none')
dev.off()

二値化の画像ができる。上記のカーネル密度推定は時計周りに回転させて、トリミングしているので一見異なるが、同じデータで作図している。

これを読み込んで、下記のようにget_colors()を実行すると、各色のピクセル数を計測できる。白と黒しかないのだが、他にもいくつか計測される、、、ごく僅か（ほとんど1ピクセル）なので無視して大丈夫だと思う。

library(colorfindr)
get_colors("Area_Bn_2021_karnel.png") #各色のピクセル数

これで算出できるのは、画像内の各色のピクセル数なので、比較する場合は、同じ大きさの画像で比較する必要がある。

（試していないが）面積そのものを計測したい場合は、例えば、100m²の方形区を作成して、そのピクセル数を基に計算すれば良さそう。

ただ、そもそも動物の分布を適切に表現できていないので、意味がないことも分かった。

三宅島の思い出②

午前
・資料作成
・生態学ゼミ

午後
・資料作成
・原稿書き

本日締切の資料をどうにか提出。次は、今月末締切の原稿（報告書）書き。

三宅島の思い出。

三宅島では2000年にも噴火をしている。このときは、継続的に噴火が続き、特に、有毒ガスの放出されたため全島避難となったそうだ。

島民の方の話だと、最初はすぐに帰るつもりだったそうだが、結果的に４年半の避難生活を強いられたとのこと。

都内の宿舎に住むことになったそうだが、島では鍵をかけたことがなかったので、オートロックで鍵を中に閉じこめてしまったとか、電車の乗り方が分からなかったとか、色々なネタを教えてもらいました。

1983年に比べると溶岩の量は少なかったそうだが、大量の火山灰が降り積り、それが山肌を削って流れた。

北東部でその影響を実感することができる。

一見すると何か分からないが、、、鳥居である。本来は普通の鳥居だったが、2000年の噴火による土石流で埋まってしまった。

また、当時は火山ガスの影響で樹木が枯れたそうだ。今でも、その痕跡を見ることができる。

したがって、三宅島の森林は全体的に若い印象。また、島の中央の山地は、草原生態系となっており、森林が成立していない。

三宅島の思い出①

午前
・データ整理

午後
・個人ゼミ
・資料作成

明日締め切りの発表用スライドの準備に追われる。

忘れる前にメモ。三宅島の思い出①。

11月13日AM5:00に到着、11月15日PM1:30に出発、の日程だった。

天気はあまり良くなく、ほとんど曇りで、時折雨、たまに晴れだった。ただ、昼間は強い雨は降らなかったので、調査はほぼ予定通りに出来た。

合計で22地点で調査を行った。

三宅島は火山の影響が強くみられる島であるが、桜島や雲仙とは、また、違った印象だった。

私が生まれてから、すでに２回の大規模な噴火が起こっているせいか、リアルタイムで噴火している印象を受けた。数では圧倒的に桜島の方が多いが。

1983年の噴火では、阿古地区が溶岩流に飲み込まれたそうだ。

噴火前。集落がみられる。

　噴火後。集落が消えているのが分かる。

溶岩流に飲み込まれた阿古小中学校が、火山体験場として保存されている。溶岩流の厚さは10mに達し、校舎の２階に達している。

噴火したのは10月3日。前日の2日が運動会だったため、当日は振替休日だったそうだ。集落は飲み込まれたが、人的被害はなかったとのこと。

あまりにも規模が大きすぎて、実際にみてもあまり実感が湧かない、というのが感想。

新澪池、という池は、噴火によって噴出したマグマと接し、水蒸気爆発を起こして１日で消えてしまった。以前は、こんな池だったようだが、現在は見ることができない。展望台に行ったが、草で見えなかった、、、。

これだけの被害が出ても、全島非難にはなっていない、ということも驚きである。

下から

午前
・野外調査

午後
・データ整理
・資料作成

土曜日に鳥取を出発して三宅島へ。今朝、東京から戻って、そのまま定期調査へ。

伊豆七島で、唯一データのなかった三宅島にとうとう上陸。

三宅島には船と飛行機で行くことができるが、飛行機は調布空港が使用されている。

船だと約６時間３０分かかる。ただ、東京→三宅島は、２２：３０発なので、すぐに寝られる。

一番安い部屋はかんな感じ。

空いている時期なのか８人部屋を一人占めだった。乗船客の大半は釣り人。

三宅島→東京は、１３：４５発で１９：５０着。今の時期だと完全に日は落ちているので、東京湾では綺麗な夜景が見られる。

レインボーブリッジを下から。