Mahunkaさん

青空は出ているけど、時折、吹雪いたりする一日。

どうしても今日、と言う訳ではないが、明日は雨の予報なので、カメラの回収をしてしまう。

雪が降っているにも関わらず、手袋を忘れてしまい、、、手が。

大学に来てからはずっと顕微鏡を覗く。和歌山と奄美大島のコシビロの瓶別けが終了。奄美大島はほとんど採集できていなかった。

実体顕微鏡レベルでも、これと、

これは別種であることが分かるようになってきた。多分、属が異なる。

メールを見落としていた。世界的なササラダニ類の研究者である、Sandor Mahunkaさんが、亡くなったそうだ。ハンガリーという小さな国の方であるが、Baloghさんとともに、ササラダニ分類を牽引した偉大な研究者である。

一度も会ったことはないが、現在準備している記載論文の分類群が、Mahunkaさんが専門としていたこともあり、最近は論文を読む機会が多かった。学生に「Mahunkaさんの、、、」と話す機会もあり、何となく身近に感じていた。

基礎研究は、何時、何処で、誰の役に立つか分からないが、誰かが行わなければ、それ以上は進むことはない、、、と良く言われるが、ハンガリーの博物館で行われた研究は、今、福岡で重要な知見を与えてくれている。いつか、この記載論文も世界のどこかで役に立ってくれたら、と思う。早く投稿しないと。

ファイル

今日もバスが沢山止まっている。

ササラダニのBays系統樹を作成。MrBayesを使って解析すると、系統樹は.conというファイルとして保存される。当然、このファイルは色々なソフトで開くことができるのだが、最近、系統解析に良く利用するMEGAでは開けない。

MEGAの編集機能に慣れてしまったので、どうにかMEGAで開きたいと思い、Dendroscopeでファイルの種類を代えて保存してみるが上手くいかない。何か良いソフトは無いかなと調べていたら、下記の本でFigTreeというソフトが紹介されていた。このソフトの編集機能も高いし、.nwkで保存すればMEGAでも開けるようになる。

MEGAで編集した形式を残しておく場合は.mtsで保存しないといけない？


Phylogenetic Trees Made Easy: A How-To Manual

系統樹を眺めると、全体的には綺麗な樹形になったけど、肝心なところが不透明になってしまった。まっ、とりあえず、なんとな〜く文章を書いてみたけど、自分で読み返しても読めない英語になっている。

論文を書く際にいつも苦労する、同格のthat節をとれる名詞、を列挙してくれているサイトがあった。助かる。

今日も顕微鏡休息日。目が痛くなくってきた。顕微鏡の見過ぎだったのかな？

こういうのは男の人が観てもつまらないだろうな、と思いつつ、とりあえず観てみた、GIRL。３０代女性の仕事と女性の両立は、、、という話。予想通りの展開。ところどころ面白いシーンはあったけど、、、女性が観たら面白いと思うのかな？という感想。

必要悪

出遅れぎみに大学へ。

九州各地の高校バスケ部のバスがある。大会かな？

Pfingstlさんからメールの返信がきた。気にせず研究を進めて、、、と言葉を頂いた。もし、必要ならバミューダの標本もあげるよ、と言って頂いた。面白そうなことを思いついたが、これが終わったらしばらくはササラダニからは離れたい。

ということで、投稿論文に潮間帯性種の系統樹を入れても問題なくなったので、ML法で作成し、壁に貼付けて眺めてみる。データを加えたら綺麗な樹形になった。Baysも進める。明日には終わるかな。

るろうに剣心を観てみた。漫画の実写版だけど、漫画にそれほど思い入れがないので、その点は気にならず。でも、佐藤健の緋村剣心は結構、似合ってるのでは、と思った。

吉川晃司が原作に近いのかは分からないけど、映画では良かった。新撰組最強の剣客と言われた斎藤一が江口洋介。これは原作のイメージとちょっと違うかも。あと、香川照之は何処にでも出てくるな。

幕末から明治時代の時代劇なので、殺陣があるのだが、時折でる必殺技以外はかっこ良かったと思う。

幕末に人切りとして恐れられた剣心は、人切りを辞めていたのだが、正義のために人切りをするのか、というのが大きなテーマ。

まっ、必要悪を認めるのか、という話で、ワンピースのゼットも、バットマンも、正義と悪の曖昧さを体現しているキャラだったりする。シャーロックでも、モリアーティー教授は、ホームズの正義の裏にある悪の部分を攻めてくる。こういう映画が好きなんだなと気づかされた一作。

宿

久しぶりに本格的な雨。でも、温かい一日だった。

ササラダニのシークエンス結果が返ってきたが、上手く読めておらず使えない。

現状データで系統樹を作成してみるが、イマイチな感じ。ということで、GenBankからデータを取り込んで、再度、系統樹作り。結局、一日中これに関わることになった。合間にサソリモドキの系統樹も作ってみたり。

さらにその合間にPDF論文を整理しながら、論文読みをして終了。顕微鏡休息日となった。

ヤシガニはヤドカリの仲間なのだが、小さいころはちゃんと宿を持つのだとか。大きな宿があれば、成長したヤシガニも宿を背負うのでは、と思い、ヤシガニが入れそうな容器を入れてみる。

結局

本日より、Brumoniscusを取り除いた和歌山、宮古島、奄美大島の標本瓶からコシビロダンゴムシ取り出し作業に取りかかる。

和歌山は、こんな感じのばかり。

ナゼか昨日から目が痛い。顕微鏡の見過ぎということではなく、エアコンのせいで空気が乾燥しているのが原因だろうと思うけど、一応、顕微鏡観察の時間を短縮。

標本データのPC入力をしてみるが、これも目が痛い、、、。

まとまりそうでまとまらないサソリモドキ修論、、、急がば回れ状態に。

自作したPDF化論文をPCに入れ、iPadに移動するが、なんだかおかしなかことになってしまい、その復旧作業にかなりの時間を割いたところで終了。

結局、観に行ってしまった。夜遅い時間だったので、ほぼ貸切状態だった。千巻ももらえた。

内容は、完全にファン向けで、初めて観た人は全く面白くないと思う。漫画を読んでる人は、期待に応えてくれるのでは。キャラの立ちがスゴく、みんなかっこ良く描かれている。海軍を辞めた青雉が頻出し、とても良い感じなキャラになってきた。魚人島とパンクハザードの間の出来事らしい。

Kwon（１９９５）

宮古島サンプルの整理。どうにかBrumoniscusの瓶別けは終了。あとコシビロの瓶別けをしてから解剖を行う。他の種類は、いつか研究をする機会まで放置しておくことに。

午後からは、厄介書類についての面談と話し合い。２時間弱拘束。

サソリモドキのシークエンス結果が返ってきたので、学生と解析に入る。ナカナカ解釈が難しい結果が出てきたけど、とりあえず、全分布域を網羅した。

島根産ワラジムシ類の種同定に向けて、記載論文の整理を進める。とりあえず、取り寄せ文献のPDF化は終了。

日本産ワラジムシ類の分類は難しい、、、。

地道に勉強するしかない。ということで、下記の論文で、日本産の幾つかの種のシノニムを扱っているのでメモ。１９９９年の図鑑でKwon（１９９５）の学名を使用していない理由は、色々と論文にあたる必要があるが、まだできていない。

Terrestrial isopoda (Crustacea) from Cheju Island, Korea
Kwon (1995) The Korean Journal of Systematic Zoology, 11: 509-538

日本産土壌動物（青木，１９９９）で使用されている学名⇒この論文で変更した学名

Koshiniscus notojimensis⇒Armadilloniscus hawaiianus
Armadilloniscus hoshikawai⇒Armadilloniscus ellipticus
Armadilloniscus amakusaensis⇒Armadilloniscus ellipticus
Agnera awaensis（＊Protracheoniscus）⇒Agnera pannuosus
Agnera gotoensis（＊Nagurus）⇒Agnera pannuosus
Agnera izuharaensis（＊Nagurus）⇒Agnera pannuosus

ギリギリ

昨日かけて帰ったササラダニのPCR産物を泳動で確かめる。１／３でバンドが確認。

直後に２時間ほど会議に拘束。

復活後、バンドが確認できたサンプルを精製してシークエンスへ。今年中に結果がでるか、、、ギリギリ。

色々と事務作業が入ってしまったので、今日は、標本の取扱い作業は諦めて、取り寄せた文献の自炊を地道に進めてみたり。

外事警察を観てみた。震災で被害を受けた大学の研究室から、核関係の設計図が盗まれ、また、北朝鮮からウランが流出したことから、誰かが核爆弾を作ろうとしているのを防がねば、という話。

途中、ちょっとしたどんでん返しがあったり、最終的には、国レベルの陰謀だったのか、と思わせるとこもあったりと、ストーリーは面白い感じなんだけど、何だか入り込めず終わった。映画作りって難しいな、と思った一作。

夜行性

連休は大荒れになるという予報だったけど、雪がたまに舞う程度ですんだ。

宮古サンプルの続き。で、昨日、一昨日と同じく、午後からはプレパラートの種同定に変更し、これは全て終了。ただ、プレパラートにすらなっていない標本が多数あるのだが、、、。

Brumoniscusのシークエンス結果を整理し、簡単に解析したら予想外の結果になった。年明け早々にも投稿したい論文だけど、どうやって考察するか。

相変わらず、ジッとしているヤシガニ。しかし、バナナが異臭を放ち始めたので、餌をミカンに代えてみる。先日の写真と比べると場所が違うのが分かる。バナナにも食べ痕があったのだが、単純に夜行性なので、昼間は活動が見られないだけのようだ。

ササラダニのDNAを抽出し、PCRに設置したとこで、やる気が切れたので終了。

有馬記念は、最後の直線で出遅れた２頭がスゴい勢いで突っ込んできて、ナカナカ見応えのあるレースだった。有馬は３歳が強い、の格言通りの結果だった。

ノーランのバットマン３部作の第１段、バットマンビギンズを３部作の最後に観てみた。この映画が公開されたとき、渡辺謙を絶賛する人が多かったけど、まだまだ出番は少ない感じ。でも、この後に、インセプションでほぼメインキャラになったことを考えると、この映画でノーランの信頼を得たんだなと、そんなことも考えてしまう映画。ノーラン・バットマン、段々と面白くなる希有なシリーズ物だと思う。

あっ

昨日の帰り際に届いた論文を読んでみる。

Carinozetes Nov. Gen. (Acari: Oribatida) from Bermuda and remarks on the present status of the family Selenoribatidae
Pfingatl and Schuster (2012) Acarologia, 52: 377–409

潮間帯性ササラダニの代表的な科の一つSelenoribatidaeに、新属を設立し２種の新種を記載した論文。記載は良いとして、個人的に勉強になったのは、科の記載者名の問題や属の分類の混乱について丁寧に議論しているとこ。

とくに、SelenoribatidaeとFortuyniidaeの中間的な種が見つかっており、この２科は一つの科なのでは？という議論は興味深い。この議論は、ササラダニ修論の分子系統の結果と絡めて利用できそう（しないと）。

ちなみに、Karasawaは論文（ドイツ語？）を読み間違えている、、、と書かれてしまった。恥ずかしい。

上記の論文で引用されていた論文。こちらもざっと目を通す。

First record of the littoral genus Alismobates (Acari: Oribatida) from the Atlantic ocean, with a redefinition of the family Fortuyniidae based on adult and juvenile morphology
Pfingatl and Schuster (2012) Zootaxa, 3301: 1–33

Fortuyniidaeの新種の記載。Fortuyniidaeの科の特徴を整理している。上記の論文でも触れているが、この仲間は水中で呼吸するための器官を持っている、ことが示されている。

良いアイデアが浮かんだので、ササラダニのDNA抽出を急遽始める。

同じようなマニアックな研究している人がいるな、Pfingatlさんか、、、あっ。昨年、日本産のSelenoribatidaeとFortuyniidaeを見直したいので、標本を送ってくれないか、と相談を受け、良いよ、と返事した人だ。忘れてた、、、。

と言っても、今年の夏にしか採集に行けてないので、どちらにせよ、最近になってしか送ることはできないのだが。しかし、黙って論文を投稿するわけにもいかず、とりあえずメールを。

その後、昨日の続きで与那国サンプルを整理し終えたところで昼。午後からは、プレパラート標本の種同定。集中力が切れたところで、今夏の池間島、来間島、宮古島のサンプルに取りかかる。

録画してきたのに、有馬記念の結果をネットで観てしまった〜。

使った

放置されたサンプル処理に取りかかる。まずは、石垣島（Ishi）、与那国（Yona）、久米島（Kume）のサンプルのようだが、コシビロだけはすでに取り出してあるようだ。

久米島のラベルを見ると、２０１０年とのこと。大学院生がサソリモドキの調査に行ったついでに採集してきたモノ。このとき採集したサソリモドキは、修論で重要な発見となる予定。

石垣も２０１０年か。バタバタしながら出発したときか。２０１０年、、、コシビロだけ抜かれたのは、この人が卒論で使ったためのようだ。

半日同じ作業を続けたら集中力が切れ、ラベルの入れ間違いを頻発し始めたので、プラパート標本の種同定に変更。で、夕方になると、またまた集中力が切れたので、シークエンス結果の整理に変更して、一日が終了。

帰り際にメールを確認したら、とても参考になる論文が届いた。修論でも使えそう。

バナナ

午前中は島根サンプルに集中。４３０瓶に分けたところで終了。といっても、瓶分けが終わっただけで、解剖して種を同定するのはこれからなのだが。

事務仕事を色々とこなす。来年の５月に開催予定の土壌動物学会。まだ余裕があると思っていたが、例年通りなら４月に参加申込の締切で、その案内を２月発刊のニューズレターに掲載しなければならない。で、その原稿締め切りは１月上旬、、、。ということで、急遽、振込口座を作ることに。

以前、作ったことがあるので、３０分ほどであっさりと終わった。ただ、これから審査があるらしいが。

郵便局から帰って、ササラダニ修論の中間発表を聞く。分類、というか、新種記載の内容なので、発表は苦労しそう。早く投稿してしまいたい。

サソリモドキ修論で最も重要な標本のPCR産物を泳動、、、増えた。早速、シークエンスへ。これで綺麗に読めれば、とりあえずデータは揃う。

相変わらず元気のないヤシガニ。餌としてバナナを挙げてみる。

今日で授業は終わり。明日から、溜めまくったサンプル処理とか、論文読み書きとか、やりたいことが沢山。年明け早々に屋久島も控えているので、今年は恒例の名古屋忘年会を欠席。

とはいえ、年末の楽しみでもある映画鑑賞用に色々と探しているのだが、シャーロックは既に見終わってしまい、楽しみにしてたダークナイトも、沖縄の飛行機内で観てしまった、、、かなり面白かった。

ワンピースはまだ、２、３本しか観てないけど、古いのはイマイチなことが分かってしまったし、、、。

元気

会議を１時間ほど挿みつつ、ササラダニの記載論文を進める。とりあえず、形態の記述は終わったが、色々と不備が見つかった。自分では理解しているが、やはり、他人に説明するには、もっと丁寧に調べる必要があるな、と。

文章書き、というか、英語書きに疲れたので、ワラジムシ類とサソリモドキのDNA抽出に手を出す。ついでに、どうしても必要なサソリモドキをPCRにかけ、島根のサンプルを１地点整理したところで、一日が終了。

ヤシガニが元気なくなってしまった。寒さのせいか？餌をあげてないからか？狭いのか？

プラスチックだと滑って歩きづらそうだったので、石を敷いてみた。しかし、相変わらず、元気はない。

ヤシガニ

土曜日から昨日まで、沖縄で遊んでしまった、、、。ちょっとだけ採集もしてみたり。

メール書いて午前中が終了。島根サンプルを１地点整理して、修論の中間発表。頑張ればどうにかなるだろう、という手応えはあった。

シークエンスの結果が出た。自分の分は良い感じ。ハナダカは予想通りの結果。恩師に報告して、これ以上は関わらないことにしよう。Brumoniscusは論文に使えそう。修論サンプルはまあまあ、という感じか。

沖縄のとある市場で食用に売られていたヤシガニを購入。これは最小サイズで３０００円。ヤドカリの仲間で、陸生の甲殻類としては、世界最大種。

もちろん標本にするのが目的なのだが、しばらく飼育しみることに。小型とはいえ、鋏にはさまれたらかなり痛そう。片側の腹脚？が折れているみたい。詳しい形態観察は後日。

甲殻類なので、触角が２対

絶滅危惧種なので、地域によっては条例などで捕獲禁止になっている。この個体がどこで採集されたものなのかは不明だけど、外国産かも、という疑問も。

の人

何だか、バタバタした一日。

島根サンプル、卒論・修論の相談、卒論中間発表、をやった気がするけど、、、。

取り寄せをお願いしていた文献が、一気に届いた。島根サンプルを整理するついでに、コシビロ、Burmoniscus以外の分類群の勉強をしたい。年末年始は、ワラジムシ類の人、になれると良いけど。

明日から沖縄。

越えた

ワラジムシ修論と自分のPCR産物を朝一で準備して、シークエンスに出す。

その後、クワガタ卒論、鳥卒論の手伝いをしてたら昼を過ぎてしまい、そのまま厄介書類面接へ。終了後に、サソリモドキ修論を手伝いながらパン食べて、会議に参加、、、３時間拘束。

ワラジムシ修論について少し相談して、島根サンプルの整理を少し進めたところで疲れたので終了。島根サンプルは３００を越えた。あと１０地点くらいか。

サソリモドキ修論で、とある実験のために動画を撮影しているが、イマイチな感じ、、、。明日も撮影かな。

斜体

授業の準備と卒論修正、で午前中終了。

午後からは、授業、修論についての相談、ゼミ、卒論についての相談、SEM標本作り、で一日が終了。

明日、厄介書類について面接があるのだとか、、、。会議もサボれない雰囲気だし、、、。何もできそうにない。

帰ろうと思ったけど、卒業生紀要の点検を明日に回すと忘れそうだなとフと思い、やってしまうことに。編集担当者が気を使ってくれたのか、科の学名が全て斜体になっていた。

アーティスティック

ササラダニ投稿論文書きで午前中が終了。

午後は今年最後のアーティスティックな学生向け授業。相変わらずの好リアクションで助かる。で、島根サンプル処理をしてたら、フと、完全に忘れていたことを思いだす。

ということで、急遽、衛星画像とか調べる。

目がチカチカしてきたところに、大学院生が紀要の初稿を持ってきたので、私も読み直してみる。これはこれで良し。卒業生の分もあるが、これは後日へ。

多分、必要になるであろうワラジムシ類のSEMの準備をしながら、ワラジムシ類修論の電気泳動を確認。やはりダメだった。とりあえず、できたところだけシークエンスに出すことに。

シークエンスに出すには、私のPCR産物も精製しないと、ということで作業開始。どうにか終了。沖縄に行く前にシークエンスに出せそうで良かった。

で、卒論原稿をちょっとだけ読んでみたけど、さすがに疲れた。

国民審査

メールのやり取りに結構な時間を費やし、島根サンプルの処理をして午前中が終了。

某大学の紀要に掲載されることになった論文。メールの添付で、ファイルは送っているのだが、印刷業者から、ナゼか最終原稿はCDで送ってほしい、と連絡が。ということで、郵便を発送したりとか。

ちょっと手を付けては、英語が書けず放置、を繰り返していたササラダニの記載論文を、いい加減真面目に取組むことに。記載か、科のcomplexか、系統進化か、どれを前面に出すか悩み、introを書き終えたところで終了。

次の日曜は沖縄にいるので、昨日、期日前投票に行ってみた。最高裁判所裁判官の国民審査って意味あるのかな、、、。

潮間帯性

昨日、設置して帰ったPCR産物を電気泳動で流してみる。COI、１６S、１２S、全てでバンドが綺麗に！未だに投稿できていないBurmoniscus論文第２段に使うデータと先日の神戸サンプル。

溜めたメールを処理。来年の８月に中学校の先生向けの講義をすることに。遥か先なので、直前になってバタバタする作戦に。

で、卒論原稿を読んだり、文献整理したりしてたら、ふっと、ササラダニのSEMを、撮影しよう、としてしていないことを思い出した。

Arotrobates granulatus。潮間帯性で、日本では沖縄からのみ報告されている。

Fortuynia elamellata。日本で最初に見つかった潮間帯性の種。これまでは愛媛からしか報告が無かったけど、、、。

Thalassozetes shimojanai。沖縄の潮間帯で発見し、私と青木先生で新属新種として記載した種。属は変更になり、設立した属は、今は無効となっている。

合間にワラジムシ修論のPCRの結果を聞いてみるが、やはりダメだった。もう少し試行錯誤が続く。

曲者

朝一でDNA抽出。丁度おわったところに学生が登場。流れで、PCRを指導。午後から卒論の中間発表（日程的には終盤だけど）。ナカナカ上手にまとめていたので、方向性は安心。

で、ゼミ終了後にPCR産物の泳動、、、やはり、ナカナカの曲者だった。

修論で使用するワラジムシ類のサンプルなのだか、ササラダニ修論、サソリモドキ修論と比べて長い領域を扱っているので苦労するだろうな〜と思ってはいたんだけど、、、。まっ、色々と条件を変えて実験をするしかないのだが。

先日返ってきたシークエンス結果を少しだけ確認。コシビロでナカナカ良い結果が出てるみたいなのは嬉しいのだが、久米島のどうにも、こうにも手に負えない感じ。

完全に忘れていたのだが、１月に中学校で授業をしなければ。しかも３クラス分、、、同じネタで良いらしいので安心した。

吸血

授業の準備、ワラジムシ類のDNA抽出、授業、ワラジムシ類のDNA抽出、ゼミ、な一日。

授業中に見つけた、吸血後のマダニ（左）。普段が右のような状態。種名については、良く分からないが、多分、別種。

高校

島根サンプルの処理と卒論原稿の返却。

来年から関係するかも知れないので、午後からは、とある高校まで、研究発表会を聞きに行く。

放置

ワラジムシ類の記載論文、とりあえず必要そうな２１本の取り寄せを図書館にお願いする。

卒論原稿を読んだり、卒論の手伝いとか。そして、ササラダニ修論で気になった形質の相談、、、どうにか解決。

修論で必要になるデータ、文献、標本を学生に渡して、しばらく修論は放置。と、学生業務でほぼ一日が終了。しばらくはこんな感じか。

屋久島行きは、１月６ー９日の予定。

国立大学

サソリモドキのお腹写真撮影会。とりあえず、私の分担分は終了。データを学生に渡せば、サソリモドキはしばらく放置。

使えることが分かってきたが、サンプルが足りないことも分かった。投稿するには、もう一回サソリモドキ調査をしないとだめかな。

単独で観察すると分からなくなるけど、比較すると違いが見えてくる。しかし、ササラダニの横顔と口、ワラジムシ類の交尾器とか、頭が混乱気味。

卒論をちょっと読んだところで、疲労。島根サンプルを片付けるのに、記載論文を新しく収集する必要があり、これも週末に片付けたかったが、もう無理。

ラクビー関東大学対抗戦、３大学の同時優勝なのだとか。７試合やって６勝１負だったのだが、
筑波大：明治大に負け
帝京大：筑波大に負け
明治大：帝京大に負け
という結果。筑波大は、国立大学として、初めての対抗戦優勝か。選手権でも活躍して欲しい。

何となく、大学選手権での国立大学の優勝について気になったので、メジャーどころを調べてみる。

全日本大学野球選手権：国立大の優勝なし。
全日本大学生サッカー選手権：東京大が第１回大会で、筑波大（東京教育大学時代も）が何回も優勝している。
甲子園ボール（アメフトの頂上決戦）：京都大が何回も優勝している。
全日本ラグビーフットボール選手権：国立大の優勝なし。

この４つのスポーツに限れば、東京大、京都大、そして、筑波大しかないのか。

ホームズ

PCR産物の精製をして、シークエンスに出す。今回は約２００サンプル。大半がサソリモドキ修論のデータ、、、これで決着がつくとよいが。

島根サンプルを地道に進める。ナカナカ面白い種を発見したが、世界には、こんな形のダンゴムシがいるらしい。もう、ダンゴではないが。

（Schmalfuss，１９８４）＊図はダメかな？

iTunesストアーでワンピースの劇場版がレンタルできることを知ってしまった。

しかし、先週、神戸に行く際に新幹線内で観る映画を探しているときに発見した、このシャーロック・ホームズシリーズがかなり面白かったので、とりあえずはこちらをやっつける。

厄介書類はすぐに終わった。月曜日に提出ということで、今回は、あまり厄介にならず。