座節

生態学会に向けてのポスター準備。

とりあえず必要そうな図を貼付けてみるが、何だかバランスがおかしい。

GISネタだけでは不安なので分類の話も、、、というのが良くのなのだろう。と分かってはいるのだが、不安なので。

分類説明用に久しぶりにSEMを撮った。

oki2と読んでいる種で、多分、台湾〜沖縄島に分布する未記載種。

この種を他の日本産コシビロと区別するには、雄の７脚の座節を観察すると良い。

毛が密生している。これは性的二型で、雄だけに見られるので、交尾に使われるのだろう。ただし、この形質は他の種でも見られるので、種の区別に使えるのは、日本に限ってである。

勉強

一日中、勉強。午前中は系統地理関係。

コマンドラインを使えばmacでも動かせるらしい、トあるソフト。色々と試行錯誤したが結局上手くいかず、古いWinで解析をすることに。低性能のせいかシュミレーションを使った解析を行うと止まってしまう。

午後はGIS関係。

土地区分と分布の関係を調べたいのだが、そもそも土地の区分の仕方に疑問が生じてきた。

色々な組み合わせでAICを求めてみたりするが。どうなんだろうか、と悩んだところで終了。

理解

午前中は入試の手伝い。

午後は、共同研究者に教えて頂いたサソリモドキに関するとある解析について勉強。多少、理解が進んだところで、これは生態学会でも使える、と言うか、やらないとマズそうな解析であることが分かった。

ということで早速、ソフトをダウンロードして解析に取りかかるが、かなり手こずり、半日がかりで入力データを作成して、とりあえず解析したところで終了。

結果は、全く予想外。理解が間違っているのか？

金印

サソリモドキのBays系統樹を解析してくれていたPCが止まっている、、、。日曜日に停電があったのか？

ショックを受けながら、再度、解析を始める。

コシビロのシークエンス結果が返ってきたので、早速、確かめて解析へ。むっむっむっ、と。何やら嫌な予感が、、、。

ということで、使えそうなデータのみを取り出してざっと解析。色々とやるべきことが頭の中をぐるぐるしており、集中できずに解析していたら失敗を連発してしまった。アライメントせずに系統樹を作ってしまったりとか、、、結果にかなりビビった。

どうにかML系統樹を作成して、ポスターに貼付けてみた。

生態学会では、系統地理＋分類とGISが見事に融合する予定だったのだが、どちらも中途半端になりそうな悪寒。

系統樹作成後は、GIS関連に苦しめられて終了。明日は入試の手伝いで大半が潰れる。

福岡にいるなら行かねばと、昨日、金印公園に行ってみた。

中学生の頃？に習う、あの金印が発見された場所。かんの、わの、なの、こくこう、という響きと、純金で出来ている、ということでナゼか良く覚えている。ただ、この公園には金印の実物はなく、印の模型と説明があるのみ。本物は、福岡市博物館にあるようだ。

志賀島というところなのだが、海越しにみる福岡市内のビルはナカナカ見応えがあるので、一度ぐらいは行っても良いのかも。海が綺麗なので、夏は結構人気スポットなのだろう、片側１車線の道路で渋滞になったら最悪だな、とか思いながら帰ってきた。

帰り道、金印公園とともに行かねば、と思っていた、食べても減らないと噂の牧のうどんに寄ってみた。こちらは二度と行くことはなさそう。やはりうどんはウエストだなと。

お手紙

昨日は、遅くまで起きていた甲斐があった。本当に感動的だった。

寝不足だけど、頑張って大学に来て、今日が期限の成績入力。

その後、生態学会用コシビロの種同定。疑問種が確認されたので、再度、全サンプルを見直す。その後、生データを学生に渡して入力と整理を任せる。

学会の編集業務、大東島ワラジムシ類の２稿修正。この作業中に学生からデータが戻ってきた。

共同研究者と意思の疎通を図るために、早速このデータを予備解析し、お手紙書いて終了。

SeaView

PCR産物の精製を終えた頃に、ちょうどシークエンス結果が戻ってきた。サソリモドキはイマイチ。ワラジムシ類はまあまあか。

すぐにでも手を出したいが、サソリモドキのデータ解析を進める。コドンごとにモデルを選択して、ベイズ系統樹の作成を試みる。もう少し改善が必要そうだけど、概要は分かってきた、、、気がする。

昼、シークエンスサンプルを発送に行くが、雪の影響で数日遅れるかも知れません、と。データが遅れるのはさほど問題ないが、予算の期限に間に合わないと自腹になるのが心配。

午後、大学院生にDNAデータの取扱いを教える。会議に１時間ほど拘束された後、またまた大学院生と相談。WinでSeaViewが上手く動いてくれない。簡単に解析してみるが、予想外の結果が出た。色々と考えないとダメそう。卒論じゃなくて良かった。

結構マズい状況に陥っている生態学会準備。学生と分担作業の相談。どうにか来週中には大まかな完成を目指したいところだが。

最後に少しだけシークエンスデータを調べて終了。

頭がぐるぐると回転した一日だった。色々と書類の準備を任されていた気もするが、全て放置。

宅配

本日中に、と言われていた提出書類があったのだが、本当は昨日までに提出した方が良かったらしく、朝一で担当の先生と相談することになった。

修論発表会を拝聴。６／７名が化学の内容で、とても難しかった。

忘れていたコシビロをPCRにかけて、本日締切の書類や成績付けを片付ける。その後、勉強しながらサソリモドキの解析を進めつつ、PCRが終了したコシビロを泳動に流してみるが、結果がイマイチ。焦りは禁物と言い聞かせて終了。

某宅配が、２回連続で予定日に届かない。しかも、今回はサンプルが壊れてしまったらしい。発送先は東京だけど、遅延は雪の影響なのかな？

Warburg博士

コマンドを使用してのソフトのインストールに思いっきりハマった。普通の人なら数分の作業を半日掛けてやっとできた。

午後からは研究室の大掃除。

その後は集中力がかなり欠けてしまい、しょうもうないミスをひたすら繰り返し、コドンごとのモデル選択のやり方が何となく分かっただけの一日。

明日は、修論発表会を眺めて大半が終わりそう。

陸生ワラジムシ類の研究を行う上で、欠かせない本の一つ。


Evolutionary Biology of Land Isopods

１５０ページ程度の薄い本だが、形態、生理、生態を進化と絡めて記述した名著。少なくとも日本には、このような本は無い。出版が１９９３年なので、古い内容のところもあるが、陸生ワラジムシ類の研究をするなら手の届く所においておくべき一冊。

この本の著者であり、ワラジムシ類の生態学的研究を牽引し続けた、Michael R. Warburg博士が２月９日に亡くなったとのこと。

Warburg博士の発見の上に何か新しい発見が乗せられたら、と思いを馳せて終了。

困った

PCR産物の精製。これまではキットを使用していたが、薬品に代えてみる。しかし、試しのサンプルに、綺麗に増えるか分からないサンプルを使ってしまったため、失敗したときは原因が分からない、、、。

待ち時間にCOIと28Sのデータを眺めるが、かなり予想外の結果が出ていることに気づく。

タテジマコシビロダンゴムシは、かなりの数のシノニムを含むと考えており、それはほぼ間違いないのだが、どうやら形態的に非常似た未記載種も含まれているのだろう、ということが分かった。つまり、、、困った。

シークエンスサンプルの整理をしていたら、なぜか最も必要なサンプルが含まれていないことに今気づいた。ギリギリもう一回シークエンスをする予算はありそうだが微妙。さすがに自腹は嫌だな。

風樹館

放置業務の改善を目指す一日。

本日が締切の、学生アンケートについて考える、を午前中一杯考えるが終わらず。

午後は、修論発表会の要旨集の作成。私は準備だけして、印刷は大学院の１年生に任せる。その間に、どうにかアンケート考察が終わったので提出。

提出を済ませた頃、要旨集も無事に完成。

その後、月曜日締切の放置業務、時間割の校正に取りかかる。一通り確認したが、結構、修正点が見つかる。すぐに提出しようかと思ったが、心配なので、一度頭を切り替えて、あとで再確認をしようと、コシビロ種同定を始める。こちらは無事に終了。

種同定をしたら、放置業務に復活する意欲が減退したので、PCR産物の精製を行う。その後は、さすがに観念して放置業務に復活し、時間割を再確認したのち提出。

まだ、放置業務が残っているが、今日はこれで終了。

明日、シークエンスに出して、来週中頃にデータ解析か。学生待ちの状況まで持ち込んだので、来週は少しサソリモドキに手を出せるか、、、。

北大東島のワラジムシ類に関する論文は無事に受理された。学名を扱っている論文なので、詳しいタイトルはまだ書けないけど、、、まっ、シノニムです。

***** (Crustacea: Isopoda: Oniscidea) from southern Japan, a junior synonym of *****.
Karasawa and Goto (in press) Zookeys

共著者は、琉球大学時代の後輩。所属は違ったのだが、お互い頻繁に風樹館に出入りしており、そこで知り合いなった仲。風樹館は、私の人生に大きな影響を与えた場所の一つ。

虚しい気持ち

コシビロの初稿と学会の編集業務を片付け、北大東島ワラジムシ論文の審査結果への対応にとりかかる。

北大東島論文は電子投稿なのだが、間違った原稿をアップロードしてしまった。本当は、修正が確認できるファイルをアップしなければならないのだが、完成原稿のPDFをアップしてしまい、、、修正ができない。

アップをし直せ、と言ってくれるのを期待するしかないのだが、リジェクトされたら虚しい。虚しい気持ちを引きずりつつDNA抽出を片付けたところで午前中が終了。

午後は、まず、コシビロとサソリモドキをPCRに掛ける。で、放置業務の一つ、学生向けアンケートについて考える、を開始。ナカナカ興味深いことに、結構、微妙な質問においても以前の結果とほぼ同様の傾向となっており、入試は似た人格の選択として強力に働いているのかな、と思った。

さすがにアンケート結果をずっと眺めていることに馬鹿馬鹿しくなってきたので、PCR産物を泳動で流し、コシビロが全滅であることを確認して、意気消沈したところで終了。

提出

放置しているうちに期限ギリギリになってしまった北大東島のワラジムシ論文の審査への回答準備。

その後、コシビロ論文の初稿と編集業務を進める。これが予想以上に大変。どちらも明日には提出したいところだが、、、。

途中、来週に迫った修論発表のプログラムの作成・配布と新しく始まる修論の相談をして終了。

ウサギ

朝一でDNA抽出を終えたところにシークエンスの結果が返ってきた。

色々と重要連絡が届くが、それらを全て放置して、シークエンス結果の確認に没頭。ナカナカの成績で読めているが、どうしても必要な地点のサンプルが読めていない。

ということで、追加４サンプルのDNA抽出を始める。

合間に中学生向け実験の話合いと会議で少し拘束。重要連絡を少し眺めて、、、色々とヤラネバと頭の中でぐるぐるしているが、コシビロの種同定を少し進めて終了。

昨日、どうやら登山をしていたらしい先生から「ウサギの死体があるよ」と連絡がきたので、早速、回収に行ってきた。お尻が何ものかにえぐられているが、これは死後に食べられたもので、（状況から）死因は交通事故で間違いないだろう。

決心

DNA抽出を終えたが、どうしても台湾のサンプルが気になるので、新しくDNA抽出を開始。

投稿中の論文が審査結果と初稿として戻ってきた。どちらも早く返したいが、、、と決心だけして終了。

コゲラ

成績付け、中学生向け実験の相談、学会業務で午前中が終わった。

午後からは修論発表会の掲示板作って、散乱中の標本を片付けたら顕微鏡を覗く気が失せたので、記載論文の整理をして終了。

植物の先生にもらった倒木の一部。林床に落ちていたらしい。コゲラが掘ったのではないだろうかと。

穴の大きさが授業や卒業研究で使用している巣箱の穴の大きさと大体同じ。放棄されたこのような穴をシジュウカラは使うのかな？

毛

来週、もう一回ぐらいシークエンスに出せそうなので、与那国、西表島、沖縄島のコシビロ計６個体のDNA抽出を始める。

その後、コシビロの解剖を進め、どうにか終了。数年前の卒業研究で採集した標本が大半だったのだが、思ったよりも多かった。

午後は、文部省の官僚のお話と会議。その後、解剖したコシビロの種同定を少しだけ進めて終了。

種同定と言っても学名の決定はできず、とりあえず区別できる形態に便宜的な名前を付けるだけ。

便宜名russoi。第１胸脚に沢山の毛が生えている（下のAkusaと比較すると良く分かる）のが特徴。ただし、この特徴は様々なグループに見られる。

Akusa-1とあだ名を付けられた種。russoiでは毛が密生しているところに、長い毛が４、５本生えていることで区別できる。

もちろん他の形質も調べる必要があるのだが、今回の調査地の種については、これまでに色々な形質について調べて、とりあえず、この形質を見れば区別できることが分かっている。

２２２２

忙しい一日だった。年度末に向けて、ずっとこんな感じかな。

先日、上手くいかなかったPCRを濃度を１／２、１／１０、１／１００で試してみる。

今年は大学院の係なので修論発表会の準備を少しだけ進めてから、テストの採点の準備をするが、論文とプリントが研究室内に散乱しており、間違ってテストを捨てると厄介なのでまずは掃除をする。その後、採点。

昼頃、PCRが終わったので泳動にかけたところ、１／１０と１／１００で綺麗なシングルバンド。どうやら濃度が濃過ぎたみたい。

９月の中学生向け授業について少し文章が必要、とのことなので、無理矢理に言葉をひねり出し送信。

生態学会の講演要旨を考えて提出、、、と思ったら、、、締切られていた。とってもマズいがどうしようもない。発表はできるんだよね、キット。

学生と統計の勉強をした後、コシビロの解剖をして終了。コシビロ解剖はあと１日で終わりそうなとこまできた。この勢いで台湾のサンプルもやりたいが、さすがにその時間はないな。

コシビロのプレパラートが２２２２を達成。目指せ３３３３枚。

手が勝手に動いている感じの一日だったが、新しい共同研究のメールもあったのは良かった。

スッキリ

コシビロの解剖。昼にシークエンスPrimerが届いたので、早速、準備をしてシークエンスへ。

どうやら試験週間に入ってしまったようで。この時期、学生はもちろん大変なのだが、沢山の人の成績を付けなければならず、しかも間違えられないので教員も結構大変。締切間近でバタバタしないように準備をするかとPCに向かうが、、、

古い論文整理兼学生に渡す論文の抽出にハマってしまった。論文を読むと色々とやりたいことが頭に浮かぶのだが、それがなかなか実行にうつせない。

PDF化された論文はとりあえず放置。机の上から論文が消えてスッキリした気はする。

属名

学会業務。それにともないコシビロの属について考えるが、調べれば調べるほど分からなくなる。今度出版される論文の属名、間違っているのかも、、、。属全体のレヴューをしないと決着がつきそうないので、海外の研究者といっきに調べてしまいたい。

シークエンスPrimerが本日届くはずだったのだが、結局、届かず。ということで、コシビロの解剖を続けて終了。どうにか今週中には終わるかな。

シーズン

卒論発表会を行っているところが幾つかある。シーズンだな。

コシビロの解剖を地道に続けた。沖縄県内で広く見つかる種がいるのだが、その形質は世界的な広域分布種に非常に良くている。

しかし、１カ所のみ異なる形質が見られ、それが種内変異なのか、別種とすべきなのか、ずっと悩み続けている。今日の解剖で西表島にも分布することが分かったのだが、分布状況等も考慮に入れると、種内変異と考えるのが妥当なのかな、、、今年中には決着を付けたいな。