気になって

午前
・卒論中間発表

午後
・卒論中間発表

卒論中間発表がどうにか終わった。それは良かったのだが、４月に購入したMacbook airが立ち上がらなくなった、、、こっちが気になって、気になって。

保証期間なので、無料で直してもらえるだろうけど、鳥取県にはAppleの正規ショップがないので、郵送での修理となる。２週間くらいかかるか。

土日は山口で学会に参加。

昨日のアンビリバボーは感動した。

終わらず

午前
・標本整理

午後
・標本整理

合間に、少しだけ会議に出たり、明日に迫った卒論中間発表の相談もした。

結果、共同研究者に送る標本整理は終わらず、、、。

重要

午前
・標本整理

午後
・標本整理

随分前に、標本を送る、と連絡してからかなり放置してしまった標本の整理で１日が終わった。あと１日は必要そうだ。

そして、シーケンスの結果が届いたが、重要な標本が綺麗に読めていない、、、。

おまけ

午前
・書類書き

午後
・書類書き
・要旨集作成
・卒論手伝い（発表練習）
・学会業務

ラグビーで盛り上がっているうちに、武豊が凱旋門賞に不参戦という悲しいニュースが。厳密には、武豊が騎乗する馬が不参戦だけど。

オブライエン厩舎の馬で出走する、という突然のニュースで驚いたのに残念。

やっと読めたキングダム５５巻、おまけが面白い。

異なる

午前
・卒論手伝い（電気泳動）
・学会業務

午後
・書類書き
・会議
・書類書き

卒業研究でバンドを確認した。増えてはいるが、サイズが異なる気も、、、。

良い成績

午前
・電気泳動
・学会業務

午後
・卒論手伝い（PCR実験） ・学会業務

来週末の学会に向けての準備でバタバタして終わった。

昨日のPCRは良い成績だった。

素敵

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・卒論手伝い（野外調査、解析相談） ・PCR実験

月一水田調査。

稲刈り前、最後の調査。倒れている稲が多いが、原因は色々とあるそうだ。とても勉強になった。

週末は、大阪→福岡と移動。福岡では結婚式に参加。素敵な式でした。

式以外でも卒業生にたくさん会えて、とても良い時間を過ごせた。

RICHO THETA＋Rによる樹冠開空度

午前
・大学業務

午後
・卒論手伝い（DNA実験，添削）
・学会業務

鳥取には影響がなかったので実感がわかないが、先日の台風は、茨城、千葉はかなり大変だったそうだ。オールブラックスが千葉県（松戸？）で合宿するみたいだけど、大丈夫なのかな？

RICHO THETA＋Rによる樹冠開空度を計測は、とても楽だった。

まず、THETAで写真を撮る。学生が撮影したので、撮り方の詳細は不明だが、多分、ボタンを押すだけ。

するとこんな感じの写真が撮れる。これは、cylindrical projection（中央円筒図法？）と呼ばれるそうだ。

RICHOのサイトから専用のappをダウンロードすると、このように変換できる。

Rでの解析に必要なのは、cylindrical projectionの方で、これを使ってGitHubのコマンドを実行するだけ。

Rでequal-area projection（等積投影図法？）に変換した画像、

それを二値化した図。閾値などの詳細も設定できる。

で、この白ピクセルと黒ピクセルの数から、空の面積割合を計算してくれる。

equidistant projection（正距離図法？）の図も出力できる。多分、この図を用いた計算もできる。

カメラも軽く、頂点も自動で合わせてくれるので非常に楽です。論文では、既存の方法と比較して大きな差はないことが示されている。オススメ！

レベル

午前
・標本整理

午後
・卒論手伝い（添削） ・標本整理
・書類書き

一応、ミニバスケット少年だったということで、日本vs米国を観てみたが、やっぱりレベルが違うもんだなと痛感する一戦だった。

水泳、クライミング、柔道、バスケット、そして、ラクビーと世界レベルの試合が観られ、楽しい日々が続く。

マラソンのMGCが来週末なのだが、全く盛り上がっていないのが心配だ。

少しずつ

午前
・標本整理

午後
・論文書き
・卒論手伝い（標本整理）
・データ整理

今月末の卒論の中間発表に向けて、少しずつ忙しくなってきた、、、か？

樹冠開空度

午前
・標本整理

午後
・論文整理

林内の光環境の測定に、樹冠の空き具合（樹冠開空度）を計測することがある。

樹冠開空度の測定には魚眼レンズを用いて撮影した画像が必要なのだが、魚眼レンズ＋それを設置するカメラが結構高価で、普段あまり使わない身としては購入を躊躇してしまう。

そこで、RICHOが販売している３６０度の撮影が可能なTHETAで撮影した画像から樹冠開空度を計測する方法が、以下の論文で開発された。しかも、Rでできる！

Sky view factor measurement by using a spherical camera.
Honjo et al. (2019) Journal of Agricultural Meteorology, 75: 59-66.

まだ、やっていないので、どれぐらい難しいかは分からないが、論文を読んだ感じだとそれほど難しくはなさそう。

ドーナツ図

午前
・標本整理

午後
・標本整理
・論文書き

論文書きで泥沼にはまった。

卒論にこんな感じの図がある。個体数の割合なのだが、この中央に合計個体数を書きたい。卒論発表会では、そのような図を使っていたのだが、パワポで作成していた。

何か良い方法があるだろうと調べたら、中央が空いた円グラフをドーナツ図（donut chart）と言うことが分かり、ggplot2を用いたPieDonut()やggdonutchart()で、いけそうだ、、、と思ってから半日が過ぎることに。

まず、GitHubからのパッケージのインストールで１時間ほど四苦八苦してしまった。Parsonal Accession Tokenというのを取得したら、問題が解決された。

これでいけるぞ、と思ったのだが、方向（clockwise）の指定ができなかったり、色ぬりの指定がうまくいかず、、、。

イライラが頂点に達したので、最初から思っていたのだが、（かっこ悪いと感じていた）円グラフの中に円を描く方法に変更、、、あっさり終わった。

pie(tab_all[,1], clockwise=TRUE, labels="", col=colpal, border="white") #円グラフを描く
par(new=TRUE)
pie(1, radius=0.4, col="white", border="white", labels="") #数字を書き込むための白円を描く
sum<-sum(tab_all[,1]) #合計個体数の計算
text(0, 0, labels=sum) #数字を書き込む

イライラが爆発する前に完成した！

勉強

午前
・標本整理

午後
・学会業務
・標本整理
・論文書き

卒論論文化。データはそのままに、文章はゼロから書き始めていたが、卒論の出来が良いので文章もほぼそのまま使った方が良いことに気づいた。学生の方がよく勉強していた、、、。