完全制覇

午前
・標本整理

午後
・個人ゼミ
・論文書き

論文というか邦文、昨日修正した分を投稿。そして、放置してあったもう一本の修正を終えた。明日、再チェックして投稿できるか。

もう一つ、査読から戻ってきた論文がある。こちらも連休中に返却しなければ。

武豊騎手はホープフルSは勝てなかったようだ。真の完全制覇は来年の楽しみへ。

E. O. ウィルソンが亡くなられたそうだ。アリの研究の大家で、社会生物学の発展に大きな貢献をされた。私としてはロバート・マッカーサーとの「島の種数決定メカニズムの理論」や「生命の多様性」の著者としての馴染みが深い。

リベンジ

午前
・書類作成
・論文書き

午後
・データ解析

かなり充実した土日になった。吹雪の中の高速はかなり怖かったが。

本日は会議の予定だったが延期になった。

対抗戦から３週間、今月の２度目の早明戦は、明治がリベンジを果たした。まだ試合は観ていないが、点数は接戦だったようだ。

準決勝は、帝京vs京産、東海vs明治。このメンバーなら東海大の優勝をみてみたい。

タイト

午前
・授業準備
・授業

午後
・個人ゼミ×２
・卒論・修論手伝い（データ解析）

どうにか無事に今年の授業が終わった。年明け１回分はオンラインなので、次はその準備をしなければ。せっかく六脚の回なのに、、、。

平日以上にタイトなスケジュールとなった週末。大雪の可能性もありそうだが、無事に過ごしたい。

期待

午前
・授業

午後
・授業準備

大学院生向けの授業で電気泳動を行なった。期待していた結果は出ず。

金曜日の授業準備に余裕を持ち過ぎた。ギリギリ終わった。ミスが多そう、、、。

マダマダ

午前
・授業

午後
・研究発表ゼミ

卒論作成に向けた研究発表×４。

データは揃いつつあるが、まとめはマダマダ時間がかかりそう。

余裕

午前
・授業

午後
・個人ゼミ
・面談
・シーケンス準備
・授業準備

今年最後になる？シーケンスの準備を進めた。

昨日、本日と年末で授業が空くので余裕をみせて実験を進めたため、授業準備の余裕がなくなってしまった。焦って授業の準備を再開して終了。

マックのポテトのMとLサイズの販売が休止、、、マックに行く理由がなくなったが、輸出入はこんなにも混乱をしているのか。

完全制覇

午前
・標本整理

午後
・個人ゼミ×２
・論文書き

査読返却済みで放置している論文を、久しぶりに少し進められた。このまま忘れてそうで心配だったが、日本語の２編は今年中に決着をつけたい。

武豊騎手が朝日杯を勝った。JRAのミステリーと言われて久しかった「武騎手は朝日杯を勝てない」というジンクスがとうとう破られた。これで、最近GIに格上げとなったホープフルステークスの除いたGI完全制覇となった。

大学生時代、「武騎手はダービーに勝てない」と言われていたが、スペシャルウィークで勝つと次々に勝った、、、このままの勢いで今年のホープフルステークスも勝ちそうな気がする。

ライブで見逃したのが大きな心残り、、、。

手応え

午前
・授業準備
・授業

午後
・個人ゼミ×２

個人ゼミで卒論について色々と相談、、、どうにかまとめる方向性がみえてきたか？

ヒメフナムシの分類は、かなり混沌としているが、中国・四国は整理できそう、、、という手応えも出てきた。

いつの間にか

午前
・授業

午後
・生態学ゼミ
・授業準備

話すのは疲れる、ことを痛感した。授業準備をしながらいつの間にか寝ていた。

スライドまでどうにか終了したが、課題がまだ完成せず。

明日は、授業＋個人ゼミ×３、、、不安。

どうにか

午前
・授業準備

午後
・統計ゼミ×２
・卒論手伝い（データ解析）

授業の資料作成は終わった。スライドは全く手付かず。明日１日でどうにかせねば。

共同研究のシーケンス結果が帰ってきた。プライマーを変更したが、改善されたのは一部で、ダメなのはダメなままだった。核はいけてるので、新しいプライマーでどうにかなってほしい。

井上尚弥戦のPPVを観ようか考えているうちに結果を知ってしまった。こうなると意欲はかなり下がってしまうことが分かった。

２重

午前
・野外調査

午後
・授業準備
・個人ゼミ
・授業準備

寒さはそれほどではなかったが、土を触っていると指先が冷たくなった。そろそろ手袋を２重にする必要があるか。

授業準備がまだ終わらない。あと、等脚目と端脚目だけだが、やはり等脚目は色々と書きたくなって収拾がつかない。

年明け

午前
・シーケンス準備
・学会業務

午後
・会議
・授業準備
・会議
・授業準備

授業準備が、、、。節足動物門前半、鋏角亜門、多足亜門、甲殻亜門のうち、多足亜門をあと少し残すまで終わった。

昆虫が年明けで本当に良かった。

朝のニュースでは、すごい寒くなる感じだったが、そこまでではなかった気もする、、、ずっと室内にいたのだが。

明日は、先月から始めた月一調査に行く予定だが寒いかな、、、。

知らない

午前
・授業準備
・授業

午後
・個人ゼミ
・授業準備

本日返ってくる（と予想していた）シーケンスデータを確認してPCRを行う予定だったが、結果が出なかった。

とういうことで、再来週に扱う節足動物門の準備を進めた。散々観察してきた動物だが、きちんと勉強すると形態についても知らないことだらけ。

安心

午前
・授業

午後
・大学業務
・授業準備


ギリギリで明日の授業準備が終わった。

投稿中の論文が返ってきた。久しぶりのminor revisionだった。まだ、詳しく見ていないが、ひとまず安心。

しかし、これとは別の日本語×２も編集担当から戻ってきたままで放置してある。年末年始にまとめて対応になるか。

シーケンス結果も戻ってきた。久しぶりにExoSAPで精製したサンプルだが、ナカナカ良い結果だった。以前、ほぼ全滅を味わって最近はカラム精製にこだわっていたが、原因が別だったのか？

大物

午前
・シーケンス準備
・DNA抽出

午後
・個人ゼミ
・修論手伝い（データ解析）
・授業準備

今日中に今週の授業の準備終わる予定だったが、予想以上に進まなかった。

とはいえ、どうにか、大物、軟体動物と環形動物が終わった。

plate４枚分をシーケンスに出せそうなのは良いが。

カラフル

午前
・会議
・シケーンス準備

午後
・授業準備

軟体動物の資料作成。ウミウシ類のカラフルさは不思議だ。

大学ラグビーの早明戦は早稲田が勝利。スクラムで押されまくってでダメだと思ったけど、ディフェンスで前に出る展開が印象的だった。

当初は明治の優勝かと思ったけど、帝京が久しぶりに優勝。大学生選手権は、天理-明治の勝者が早稲田、という熾烈な組み合わせになった。

落ち着いた

午前
・授業準備
・授業

午後
・DNA抽出
・PCR産物精製

久しぶりの授業が始まった。初担当の科目なのでどんな感じで進めるか悩んでいたが、どうにか方向性で決まって、少し落ち着いた。

心に余裕ができたので、久しぶりに実験もできた。新しいDNA抽出方法にも挑戦。

午前
・授業
・授業準備

午後
・生態ゼミ
・修論手伝い（DNA精製）
・授業準備

入国制限

午前
・授業準備
・特別授業

午後
・統計ゼミ
・授業準備

１回目の授業スライドがどうにか完成。

Rmarkdownを使ってhtmlで資料、reveal.jsでスライドを作成している。htmlの方ができたので、あとは微修正でスライドができるハズ、、、と期待。

外国人の入国制限、、、12月14日の井上尚弥選手の対戦相手はすでに入国なので問題なさそう。良かった。

12月29日の村田諒太選手の対戦相手「ゴロフキン！」は入国していないのでダメかも。井岡一翔選手も大晦日にやるのか。

新口動物

午前
・授業準備

午後
・個人ゼミ
・資料作成
・修論手伝い（DNA精製）
・卒論手伝い（DNA精製）
・授業準備

どうにか、新口動物に到達。棘皮動物まできて、ウニ、ナマコを残して疲労困憊。

ただし、年明けに扱う予定の大物、節足動物と脊索動物は手付かず。

暫定版

午前
・学会業務
・資料作成
・個人ゼミ

午後
・会議
・標本整理
・授業準備

とても貴重な標本を頂いた。早く観察をしたいが、授業準備がかなりまずい状況なので、エタノールに保管しただけで諦める。

授業資料は完成には程遠いが、動作確認ために暫定版をアップ。

脱皮動物

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・授業準備

来週から始まる授業、、、まずい。脱皮動物まで進んだが、節足動物だけで数日は必要。

大量の研究用標本を引き継いだ。早く研究を進めたいが、授業準備が終わるまでは手出しできない。

良い時間

午前
・標本整理
・学外面談<オンライン>
午後
・標本整理
・発表ゼミ
・標本整理

修論の中間報告、学会発表の練習で、ゼミっぽいゼミだった。

オンラインで企業の方と面談。卒業生も一緒で良い時間になった。

寒く

午前
・修論手伝い（作図）

午後
・統計ゼミ
・授業準備

午前中に野外作業をする予定だったが、雨のため延期。寒くなる前に終えておきたがったが、放置していたら寒くなってしまった。

来週から始まる授業準備がまずい状況になってきた。軟体動物と環形動物は別枠で扱うとして、螺旋卵割動物はどうにか終了。次は、脱皮動物。

全巻

午前
・手伝い業務
・データ整理

午後
・会議
・統計ゼミ
・授業準備

土日に、マイホームヒーローを全巻買ってしまった。面白かった、、、完結していないけど。

微顎動物門

午前
・資料作成
・会議

午後
研究室片付け
・授業準備

微顎動物門は１種のみで構成されているのか。授業準備はとても勉強になるな〜と感じつつも、終わりがみえない焦りが大きくなってきた。

体力切れ

午前
・修論手伝い（PCR）

午後
・生態ゼミ
・修論手伝い（電気泳動）
・授業準備

ずっと学生に説明をして終わった。授業準備を進めたいが体力切れなので終了。

将棋の日

午前
・卒論手伝い（PCR）

午後
・統計ゼミ
・卒論手伝い（電気泳動）
・資料作成

学生指導で終わった。卒論の締め切りが近づいてきたことを実感する。

毎朝、車のエンジンをかけると、ナビが今日は￥が何の日か教えてくれる。今日は、将棋の日。

The second contact

午前
・修論手伝い（添削）
・野外調査

午後>
・個人ゼミ×２
・DNA抽出

フとしたことから、他大学の１年生を開始した共同研究のために野外調査へ。良い調査地は発見した。

ザ・ファブル The second contact、がとうとう発売された。アザミとユーカリが仲間になったので、組織と対立する感じで進むのか？

２．５歩

午前
・PCいじり
・資料作成
・会議

午後
・授業準備
・会議
・授業準備

バッテリー修理おすすめサインが出た。Appleに相談したところ故障ではないとのこと。

保証期間なのでバッテリ交換だけなら無料ということでお願いすことにしたが、重要データを削除したり、修理に出す間に使うための古いPCのセットアップなどに時間を費やした。

授業準備は２歩下がって、２．５歩前に出た、、、修正ばかりでほとんど進まず。

珍無腸動物

午前
・標本整理
・DNA抽出

午後
・授業準備

久しぶりに脊椎動物を扱った。臭うな。

授業の準備は、非左右動物と珍無腸動物が終了、、、と思ったら、珍無腸動物は、水腔動物につくのか。

優先

午前
・標本整理

午後
・生態学ゼミ
・資料作成

１ヶ月で３つの査読がきた。この英語は読めるだろうか、と不安になったが３つ目をsubmit。これで授業準備に集中できる。

締め切り間近の書類もどうにかチェック段階まできた。

出張の制限がやや緩和された。離島に行けるかもとやる気が出てきたが、手元の標本、データの処理が優先な気もする。悩ましい。

近影が必要になったので携帯で撮影。色々とテカっているがこれで良し、、、submit。

飼育の練習

午前
・標本整理

午後
・統計ゼミ
・卒論手伝い（試験場訪問、室内作業）

県立の試験場でこの出演者の１名に会ってサンプルをもらってきた。

これから飼育の練習。

悩ましい

午前
・標本整理
・データ整理

午後
・授業準備

砂丘に行くつもりで大学に来たが、採集しても結局、処理はできないだろうと思い返し急遽中止。

そのおかげで半日、授業の準備に充てられてが、初担当の授業準備で未だにフォーマットが決まらず。悩ましい。

mtDNA

午前
・標本整理

午後
・会議
・修論手伝い（実験）
・Rゼミ
・データ整理

シーケンス結果が返って来た。mtDNAがいまいち、、、。プライマーを作成しないとダメみたいだ。

和名

午前
・標本整理

午後
・個人ゼミ
・授業準備

動物の系統樹に和名を書き込むだけで、かなりの時間を割いてしまった。聞いたことのない名称が沢山。

SPY×FAMILY

午前
・データ整理
・標本整理

午後
・生態学ゼミ
・個人ゼミ
・原稿書き・投稿

雑文？を書き上げて投稿。どうにか締め切りに間に合った。

関東対抗戦、早稲田は帝京に負けたのか、、、観るのを忘れた。

SPY×FAMILYの最新が出た、、、アニメ化が決定したのか。

どうにか投稿

午前
・PCR産物精製

午後
・原稿書き
・研究相談
・原稿書き・投稿
・シーケンス準備
・学会業務

報文だけど、どうにか投稿にこぎつけた。締め切り間近のレッドリストの作成に必要だった。

久しぶりにシーケンス２plates＋αを準備。良い結果が出てくれ、、、。

綺麗

午前
・面談
・DNA抽出

午後
・PCR実験
・授業準備
・統計ゼミ
・電気泳動

共同研究のPCR。以前は古い標本でことごとく失敗したが、今回は新しく採集してもらった標本。全て綺麗に増えた！

すべてのメール

午前
・資料作成

午後
・個人ゼミ
・授業準備

２６〜２８日の野外調査は天気にも恵まれて順調だった。

Thunderbirdを更新してから不調だった原因が、何となく判明。

Gmailを使っているが、「すべてのメール」のダウンロードが終了せず、これをダウンロードし続けることが原因だったようだ。

ということで、Gmailを開いて、「右上の歯車マーク」、「すべての設定を表示」、「ラベル」で、「すべてのメール」の「IMAPで表示」のチェックを外すことで改善された。

停止状態

午前
・標本整理

午後
・論文書き
・会議
・資料作成

Thunderbirdを更新したら、無茶苦茶重くなった。色々と試した結果、MacBookAirは改善されたが、iMacはほぼ停止状態。

明日からしばらく野外調査漬け。

夕方

午前
・標本整理

午後
・面談
・会議
・個人ゼミ
・研究室片付け
・学会業務

夕方にドット疲れが出た。

すっきり

午前
・雑業務
・資料作成

午後
・生態学ゼミ（ガイダンス）
・個人ゼミ
・論文書き

報文に使うため、DNAデータの登録を行った。ただの報告文章なのだが、すっきりとした文章が書けず。さっさと終わらせたいのだが。

羽生棋士が３連勝。

コマツヨイグサ

午前
・学外会議

午後
・統計ゼミ
・個人ゼミ
・研究室片付け

一気に気温が下がった。砂丘は風も強く寒かった。

コマツヨイグサ。外来種とのこと。

外来種トリオ

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・個人ゼミ
・資料作成
・標本整理

卒論の野外調査が一つ終わった。

報文用の写真撮影。外来種トリオ。

飛ばしそう

午前
・メール書き
・会議

午後
・会議
・資料作成
・会議
・資料作成
・標本整理

今週は特殊な予定が（急に）次々に舞い混んでいる。予定を飛ばしそうで、不安な１週間が始まった。

OS

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・面談
・修論手伝い（標本作成）
・原稿書き

MacBook Airがシャットダウンできなくなってしまった。OSを更新（Big Sur）したら復活、と思ったら、また新しいOSが公開されるのか。

切羽詰まっている原稿書きを進めて終了。来週中には、どうにか決着をつけたい。

モグラ

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・文章添削
・面談×２
・査読
・原稿書き

砂丘へ飛び出してしまったモグラはどうなったのか、、、。

連敗していた羽生棋士が２連勝。しかも、連敗が続いていた豊島竜王に勝った。ここから連勝が続くと良いけど。

敗退

午前
・野外調査

午後
・標本整理
・文章添削

卒論手伝いの予定だったが、急遽、中止になってので、レッドリスト用の写真撮影に挑戦、、、敗退。見つけらなかった。

過去の鳥取県以外で１〜２回しか発見したことのない種なので無理だろうとは思っていたが。

博物館にお願いをしてみるか。

エイや

午前
・資料作成
・会議

午後
・会議
・面談×２
・論文投稿
・資料作成

福岡時代のデータをどうにか投稿にこぎつけた。最後の方は集中力が切れて、エイや、になってしまったのが心配。

こちらも放置していた、来週の会議の報告資料を作成。A4、1.5枚だけど、、、ひとまず完成。明日、提出できそうだ。

sf形式+openstreetmap

午前
・勉強兼卒論手伝い（データ解析検討）
・会議

午後
・勉強兼卒論手伝い（データ解析検討）
・個人ゼミ
・勉強兼卒論手伝い（データ解析検討）

GPSで取得したトラッキングデータを地図に表示する方法に悪戦苦闘した１日。

具体的には、gpxをst_readで読み込み（geometry type: MULTILINESTRING）、openstreetmapに合わせたかった。つまり、sf形式+openstreetmap。

Leafletだと簡単。

しかし、印刷に手こずることが多い。ということで、ggplotでどうにかしようと思ったのだが、、、苦戦した。

まず、普段opensteetmapを描画するのに使っているlibrary(OpenStreetMap)で試したのだが、geom_sf()の描画方法が分からなかった。

で、色々と探した結果、library(ggspatial)、でいけることが判明。しかし、範囲の設定に一苦労。ネットを検索しまくって、どうにかやり方が分かったところで力尽きた。

範囲指定は、coord_sf()で良かった、、、。

参考にしたサイト。
Section 3 Exercise #1: Loading Spatial Data
ggplot2 で地図を描くとき sf 以外のオブジェクトも簡単に扱えるようになったので試してください

撮り直す

午前
・標本整理

午後
・個人ゼミ
・データ整理
・個人ゼミ
・授業準備

久しぶりに授業動画の撮影。久しぶりでスタートがうまくきれず、何度も撮り直す羽目になった。

すでに

午前
・野外調査

午後
・野外調査

原稿書きのために、野外調査と風景写真撮影しながら県内をウロウロ。移動中の車内でお菓子を食べ過ぎた。

凱旋門賞、そして、ノーベル賞ウィーク、、、すでに年末気分。

再開

午前
・標本整理

午後
・取材
・研究相談
・標本観察（お絵描き）

共同研究でほったらかしにしていたお絵かきを久しぶりに再開。

Burmoniscus mauritiensis

午前
・学外会議

午後
・学外会議
・個人ゼミ
・データ整理

以前から気になっていたが、下記論文で、Burmoniscus dasystylusがBurmoniscus mauritiensisの新参異名であることが指摘されている。

ただし、Burmoniscus dasystylusのタイプの観察はしていない。決着をつけてしまおう。

Zeng, X., Wang, J., Yang, J., Li, W. (2021)
Integrative taxonomy reveals a new species of the genus Burmoniscus (Isopoda, Philosciidae) from the Xuefeng Mountains, China.
ZooKeys, 1055: 123–134.

歩行経路

午前
・野外調査

午後
・個人ゼミ
・文章添削

恒例だった火曜日調査が終了。

６月から毎週、研究室のみんなで調査を行なった。調査中の歩行経路。

名前と顔

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・個人ゼミ×２
・文章添削

卒業研究に、新しく配属された３年生にも同行してもらった。まずは、名前と顔を覚えなければ。

マツノマダラカミキリ

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・データ整理

卒論手伝いでマツ林周辺をウロウロしてたら、マツノマダラカミキリ？を発見。授業で話す機会があったけど、野生個体を見るのは初めてだった。

簡易な解析を行って共同研究者へ報告もした。

結局

午前
・講習会

午後
・書類作成
・会議
・データ整理


至急、投稿しなければならない原稿作成に向けてデータ整理を進めた。結局、標本を見直す必要がありそうだ。

大急ぎ

午前
・野外調査兼卒論手伝い（野外調査）

午後
・卒論指導（室内実験）
・訪問対応
・データ整理
・資料作成


今月は色々と締め切りがあった。その準備をしていたら、助成金の中間報告書の締め切りも今月末であることが判明。大急ぎで書く。

晴天の砂丘。

不発

午前
・学外会議

午後
・学外会議
・シーケンス準備

会議から帰ってきたら重要なメールが大量に届いてた。

共同研究用のシーケンスが返ってきた。約半分がPCR不発。バンドが確認できた約半分が汚い、、、困った。

オサムシモドキ

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・卒論手伝い（室内実験）
・PCR実験
・PDF自炊
・標本整理

学生の手伝い、自分の研究、時間に追われて過ごした。

オサムシモドキ。

明日は学外会議で一日中拘束される。

前途多難

午前
・電気泳動
・野外調査

午後
・卒論手伝い（DNA抽出）
・PCR産物精製
・シーケンス準備

何かに急かされるように実験をしている。大きなミスをしているような不安が募る。

共同研究者の標本、、、前途多難。

全滅

午前
・標本整理

午後
・会議
・資料作成
・会議
・DNA抽出
・PCR実験

メールの返信が多かった。

シーケンス結果が出た。古いサンプルが多かったせいか、半分ぐらいが汚かった。ただ、全滅かと思っていたので、まあまあ読めていた方か、、、。

乾燥した標本

午前
・標本整理

午後
・DNA抽出
・PCR実験
・データ整理
・資料作成
・原稿書き
・電気泳動

久しぶりの電気泳動。一度乾燥した標本はやはり増えないか。

極めて短い報文を書き終えて共著者へ。

Armadilloniscus

午前
・標本整理

午後
・シーケンス準備
・標本整理

共同研究者の標本を整理していたら、１地点から複数のArmadilloniscusが確認された。

Armadilloniscus brevinaseus。

Armadilloniscus ellipticus。Armadilloniscus japonicusとの関係については、検討の必要があるが、同一種の可能性が高い。Armadilloniscus brevinaseusとの分類では、頭部前方が尖る or 四角が使われるが、本種はかなり変異が大きいので注意が必要。第二触角の形質も合わせて確認する必要がある。

Armadilloniscus hawaiianus。Armadilloniscus notojimensisとの関係については、検討の必要があるが、同一種の可能性が高い。

四苦八苦

午前
・卒論手伝い（標本整理）
・標本整理

午後
・標本整理
・DNA抽出
・PCR実験
・DNA抽出

放置していた学生実習で作成した昆虫標本の整理。普段は液浸しか扱っていないので、これでだけでも四苦八苦。

共同研究者の標本のDNA抽出。状態の悪いが多い。

色々な景色

午前
・野外調査

午後
・資料作成
・標本整理

調査中、暇だったのでウロウロ。砂丘にも色々な景色がある。

戻る

午前
・標本整理

午後
・DNA抽出
・データ整理

ほとんど貢献できなかったが、実行委員として関わった学会が無事に終了。

これまでに開催で関わった学会と比べると数倍の大きさで、しかも延期、オンライン化と中心として活動された先生方は本当に大変そうだった。ほんとど力になれませんでした。

徐々にオンライン大会の運営のノウハウが蓄積され、長所も短所も分かってきた。地方在住でお金のない私としては、オンライン大会は交通費がかからないメリットがかなり大きい。

しかし、オンラインだと必要最低限の会話しかしないので、交流やアイデアを広げるという意味では効果が非常に小さいと感じる。

また、開催する側は、通信が途切れたらどうしよう、という不安が常にあるので、やはり、今後はオンサイトに戻るかな。

参加

午前
・資料作成

午後
・学会（発表：オンライン）
・データ整理

オンラインで学会で参加しながら、色々と作業を進める１日になった。

無事に終了

午前
・標本整理

午後
・資料作成
・学会（進行担当：オンライン）

明日から始まる学会（オンライン）のプレ集会に参加。オンラインが移動しなくて良いが、システムが動かなくなったらどうしよう、という不安が常に頭の片隅にある。

無事に終了。あとは担当になっている懇親会を無事に乗り切れれば。

いつものことだが、学会発表を聞くとやる気が湧く。このまま論文投稿の準備を進めていきたい。

火山灰

午前
・野外調査

午後
・個人ゼミ（オンライン）
・資料作成
・データ整理

砂丘にも色々な場所がある。表層の砂が吹き飛んで過去に堆積した火山灰が露出した場所。

痒い

午前
・学会業務

午後
・個人ゼミ（オンライン）
・会議
・資料作成

何もできず。

土日はワクチンの副反応に苦しめられた。腰痛が悪化し、横になっているのがしんどくなったのがキツかった。

現在は、注射跡が猛烈に痒い。

反射神経

午前
・学会業務
・資料作成

午後
・個人ゼミ（オンライン）
・学会業務
・データ整理

来週の会議、学会の準備が大詰め。考えを整理する時間もなく、反射神経で対応をし続けた１日だった。色々とミスをしていそうで心配。

Spatial Ecology and Conservation Modeling: Applications with R

午前
・学外会議

午後
・学外会議
・学会業務


Spatial Ecology and Conservation Modeling: Applications with R

まだ全然読んでいないけど（６章のみ）、メモとして。

複数の森林で、動物の個体数や種数などを調べ、その大小を決定する要因を調べることは、生態学では最も普通に行われる調査方法だろう。

この時、個体数や種数は独立していること、つまり、地点（森林）で関係がないことが前提となる。

例えば、動物の個体数が多い地点の近くの地点で個体数が多い、もしくは、少ない地点の近くでは少ない、という関係があるとまずい。このような関係性を空間的自己相関という、、、らしい。

空間的自己相関の指標として、最も有名なのが、モランのI統計量（Moran's I）である。詳しい計算式はこことか、ここを参照。

数式を完全に理解できたわけではないが、各地点の偏差を地点間の距離を踏まえて乗したものと考えると分かりやすい？

つまり、隣り合う２地点が、ともに平均値よりも個体数が多い（or少ない）場合、２地点の偏差の掛け算は正の大きな値をとる。一方、平均値よりも多い地点と小さな地点の偏差の掛け算はマイナスとなる。

Moran's Iは、-1 < I < 1、をとり、大きな値ほど空間的に集合しており（空間的自己相関がある）、小さな値ほど離散していると解釈できる。

Rではいくつかの方法があるようだが、library(spdep) を使った方法が一般的みたい。

で、ここまでは、随分前に勉強したのだが、最近、悩んでいたのが、任意の空間スケールごとにMoran's Iを求める方法。

論文でよく見るこんなグラフを作りたかった。

で、見つけたのが上記の本。

第６章に自作関数（icorrelogram）というが紹介されている。下記で動くが、座標データは平面直角座標系でなければならない（N35.12、とかはダメ）。

icorrelogram (locations=座標データ,
	z=解析対象データ,
    binsize=区切る距離（m）,
    maxdist=最大範囲（m）)

ちなみに、この本に書かれているコマンドは、ここから取得できる。

ただ、（まだ読んでいない）第５章で紹介されている、library (pgirmess) の correlog () で一撃かも？

もくじ
1．Introduction to Spatial Ecology and Its Relevance for Conservation
Part I Quantifying Spatial Pattern in Ecological Data
2．Scale
3．Land-Cover Pattern and Change
4．Spatial Dispersion and Point Data
5．Spatial Dependence and Autocorrelation
6．Accounting for Spatial Dependence in Ecological Data
Part II Ecological Responses to Spatial Pattern and Conservation
7．Species Distributions
8．Space Use and Resource Selection
9．Connectivity
10．Population Dynamics in Space
11．Spatially Structured Communities
12．What Have We Learned? Looking Back and Pressing Forward

どさくさに紛れて

午前
・野外調査

午後
・会議
・論文投稿
・学会業務

研究室に戻ると用事が発生する、を繰り返した。そして、重要なことを忘れていたことに気づき大急ぎで対応。

そして、どさくさに紛れて？論文を投稿した、、、ミスが多そう。

シーケンス結果が返ってきた。早急に欲しかったサンプルは綺麗に読めていそう。汚いのものあるが、古いサンプルか？

何の幼虫

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・標本整理
・書類作成
・学会業務

砂丘で大小の個体を数匹発見。何の幼虫だろうか。

巨大化

午前
・シーケンス準備
・野外調査

午後
・書類書き
・会議
・標本整理

延期が続いた定期調査をやっと実行できた。少し雨に降られたけど。

数日続いた大雨の影響で、砂丘の水たまりも巨大化。

いつもは湿っているだけの場所にも、大きな水溜り。

ハマゴウの葉に入り込んだナナホシテントウ。

行けず

午前
・PCR実験
・資料作成

午後
・電気泳動
・論文書き
・会議
・資料作成
・PCR産物精製

野外調査に行く予定だったが、雨で行けず。

久しぶりにPCRを行った。全て綺麗にバンドが確認できた。無事にシーケンスに出せそう。

英文校閲から返ってきた原稿を修正して、再度、チェックをしてもらう。こちらは今月中に投稿までいけるか。

優越感

午前
・標本整理

午後
・DNA抽出
・授業準備
・学会関連業務

恒例の野外調査の日であったが、雨で中止。おかげで溜まっていた業務を少しだけ進めることができた。

随分と放置していた卒論論文化原稿を連休中に書き上げ、英文校閲に出せたのは良かった。今月中には投稿してしまいたい。

そして、随分前に１巻だけ購入して放置していたフラジャイルを読み進めて連休が終わった。

サンプルを床に落として、コナダニが付着して誤診する、というネタに「流石にありえないだろう」と突っ込みながらも、プレパラートは実験台に放置して乾燥させていたら、チャタテムシが封入液にトラップされていることを思い出し、同じようなものかと思ったり、

SFTSがネタの回では、私の方が先に気づいたと優越感に浸ったり、

とナカナカ楽しめる。

原子の力を解放せよ

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・授業準備

２日連続で砂丘へ。

NHK BSで偶然やっていた「原子の力を解放せよ」を観た。途中からだけど。

原爆投下、そして、敗戦によって、様々な被害を受けた京都大学の研究者に関する内容だった。

映画「太陽の子」の基となったそうだ。

この番組で、枕崎台風を初めて知った。

終戦から約１ヶ月後の9月１７日に、京都大学の教員や学生は原爆の被害を調査するため広島に向かった。この時、昭和の三大台風と呼ばれる大型台風（枕崎台風）が日本に直撃していた。

しかし、原爆によって広島気象台が破壊されていたため、京都大学関係者は、その情報がつかめず、台風直撃による土砂崩れによって１０名が亡くなったそうだ（のちに、さらに１名が亡くなる）。

太陽の子の特集で、広島に調査に行くことは知っていたが、このような事故があったことは知らなかった。

番組では、京都大学の原子核物理学研究室が話題の中心だったので、この事故で、その研究室の教員と学生が亡くなったことが紹介されていた。１名は婚約（結婚？）直後だったそうだ。

また、この研究室では、その後、原子核を研究するための加速器であるサイクロトンが軍事目的であるとされGHQに破壊され、さらに、実験ノートまでも没収されたそうだ。

このとき、医学部の学生（？）が、GHQに対して、この施設は軍事目的ではなく基礎科学のためのものであり、医学の進歩に不可欠である、という趣旨の手紙が送ったことが紹介され、強く心を打たれた。

結局、破壊されてしまったのだが、米国でもこの破壊について疑問の声があがり、後に、これらの施設は基礎科学のための施設であり、この破壊は間違いであったことが認められたとのこと。

純粋に学問を追求していた研究者、学生が、時代に振り回された悲劇を痛感する番組だった。初めから見直しておきたい。

砂に埋もれ

午前
・標本整理

午後
・野外調査
・授業準備

昨日の台風の影響で、砂丘の植物や駐車場が砂に埋もれていた。

オリンピックも終わり、台風で外に出ることもできず、暇だったので、罪の声、を観た。グリコ森永事件をベースとした推理もの、、、と思いきや、ある正義感から子供に大きな重荷を背負わせてしまった、というヒューマンストーリーだった。

個人的には推理もののままで終わって欲しかったが面白かった。

オスばかり

午前
・研究ゼミ（研究計画）

午後
・研究ゼミ（研究計画）
・授業準備

卒論、修論の研究計画×７の発表で終わった１日。

サソリモドキの標本を提供して頂いた。何回も提供頂いているが、成体オスばかりが発見される不思議な場所。

重要な標本

午前
・標本整理
・資料作成

午後
・授業準備
・会議

重要な標本をたくさん預かり、その一方で、たくさん発送した。

鳥取県からのアマミサソリモドキの初報告

午前
・野外調査

午後
・データ整理
・標本整理
・授業準備

火曜日恒例調査。

ツチバチが潜っていくところ。跡形もなくなかった。巣を作るだけでなくて、このように完全に潜ることもあるのか。

サソリモドキの論文が出版された。鳥取県からのアマミサソリモドキの初報告。

唐沢重考・緒方則彦・三浦大樹・粂川義雅・長田諭実・本多正尚 (2021)
アマミサソリモドキ Typopeltis stimpsonii (Wood, 1862) の分布状況および系統地理学的考察
Edaphologia, 109: 19–31.

ウロウロ

午前
・PCR実験
・授業準備

午後
・卒論手伝い（野外調査）
・電気泳動
・授業準備
・文献読み

昨日、抽出したDNAはひとまずPCRは増えていた、、、上手くいくか？

卒論手伝いでウロウロ。シオヤアブ？による狩りや、オオヒラタシデムシの交尾しながらの採餌も見たり。

成功したら成功

午前
・標本整理

午後
・個人ゼミ×２
・DNA抽出

昨日、採集したサンプルを使って新しい実験を試す。ひとまずDNA抽出、、、というか、これが成功したら成功なのだが。

ハマゴウ

午前
・統計ゼミ
・野外調査

午後
・授業準備
・文献読み

新しい実験のためにサンプル採集。ハマゴウの雄しべと雌しべ。上手くいったら嬉しいが、どうなることか。

泡状の卵塊

午前
・野外調査

午後
・データ整理
・授業準備
・修論手伝い（研究計画）
・授業準備

泡状の卵塊を発見。どうやらシオヤアブで良いみたい。

シオヤアブ？

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・授業準備

晴天の砂丘。

先月ぐらいから、生・枯に関係なく産卵行動？をするアブ。シオヤアブ？か、、、ネットによると泡状の産卵をするそうだが、そのようなものは確認できない。