土と生き物: 9月 2022

2022年9月30日金曜日

トノサマバッタ

午前
・修論手伝い

午後
・DNA抽出
・PCR実験
・資料作成

甲虫、ツチバチのシーズンが終わり、バッタとクモのシーズンになってきた。

交尾中のトノサマバッタ。大きい方がメス。

2022年9月29日木曜日

午前
・資料作成

午後
・学外会議
・データ整理

いまいち実体が分からないKoreoniscus属だが、とうとうそれっぽいのを見つけた。

少なくともKoreoniscus racovitzaiとは明瞭に区別できる、、、が、本属はそもそも属の独立性に疑問が呈されている。

つまり、Koreoniscus属の未記載か、もしくは、Koreoniscus属が他の属（Lucasioides属との関係が難しい）のシノニムで、その属の一種なのかも知れない。

最近、採集したということではなく、真面目に検鏡せずにLucasioides属としていた標本の中に、Lucasioides属の表徴に一致しないのがおり、きちんと確認したらKoreoniscus属の可能性が高いことが発覚した。

実際は普通にいるのかも。

やはり全ての標本を解剖しないとダメなのか、、、。

2022年9月28日水曜日

オカメワラジムシ属（Exalloniscus）

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・資料作成
・DNA抽出
・資料作成

アリの巣に生息することで知られるオカメワラジムシ属（Exalloniscus）について勘違いしていた、、、真面目に論文を読んでいなかった。

時系列に整理すると、

１）日本からExalloniscus cortii Arcangeli, 1927（オカメワラジムシ）が報告された。

２）Taiti and Ferrara（1988）が、横浜市本牧の標本に基づき、Exalloniscus cortiiの図を描いた。

３）Kwon（1993）がExalloniscus cortiiのSyntypesの観察を行い、Heiji（韓国）のサンプルをLectotypeに指定した。また、この標本の形態は、Taiti and Ferrara（1988）の図とは異なることを指摘した。

４）Taiti and Gruber（2008）は、Taiti and Ferrara（1988）で観察した標本はExalloniscus cortiiではないことから、Exalloniscus japonicusとして記載した。
　ちなみに、この論文では「The characters of this species are illustrated in Taiti & Ferrara (1988: Fig. 6).」としてDescriptionやRemarksはない（こういう記載もできるの？）。HolotypeにはTaiti and Ferrara（1988）で用いた標本を指定している。

で、ここまでサラッと読んで、日本産のExalloniscus cortiiと同定された種はExalloniscus japonicusである、と理解していたが、、、

５）Taiti and Gruber（2008）に「However, also E. cortii is certainly present in Japan as confirmed by the examination of some speci- mens. 」と、日本にExalloniscus cortiiは確実にいる、と書かれていた。

ということで、日本には、
Exalloniscus cortii Arcangeli, 1927
Exalloniscus japonicus Taiti & Gruber, 2008
Exalloniscus tuberculatus Nunomura, 2000
がいることになる。

論文の図を見る限り、Exalloniscus cortiiとExalloniscus japonicusは、確実に別種っぽい。

ただし、Exalloniscus tuberculatusと上記２種との関係については微妙かと。

2022年9月27日火曜日

やっと手を出す

午前
・研究室片づけ
・初稿修正

午後
・資料作成

調査予定だったが雨天のため中止。

初稿の修正、極めて簡単な報告書（２ページ）の提出をした。

今月末締切の原稿にやっと手を出す。

2022年9月26日月曜日

AIでイラスト

午前
・修論（野外調査）

午後
・会議
・資料作成

晴天の砂丘。

Stable Diffusion（デモバージョン）というAIでイラストを作成するサイトで「sand dune」と入力して作成したイラスト。これはすごい。

ダンゴムシの英語である「pillbug」で作画すると、かなり気持ちの悪い絵になったけど、方向性は理解できる。

本当にすごい機能。今年は大きな転換期になるもかも。ルーチン作業の多い新種記載はAIで論文書けるのでは、と思ってきた。

2022年9月22日木曜日

楽

午前
・修論、卒論手伝い（野外調査）

午後
・標本整理
・資料作成

かなり涼しくなった鳥取砂丘をウロウロ。調査は楽になったが、動物がいなくなってしまった。

半日野外調査をすると、ドッと疲れが出るようになってしまった。顕微鏡を覗きなら何度か寝てしまった。

2022年9月21日水曜日

有線+HDD

午前
標本整理

午後
・修論手伝い（データ解析）
・PC設定

やはり、新しいPCは楽しい。このまま簡素化を続けられると良いのだが。

前PCは解析用のソフトを残して、大部分を削除。

ファイルの移行に際して、wifi+クラウド、よりも、有線+HDD、の方が圧倒的に安定で速かった。

2022年9月20日火曜日

クラウドと同期

午前
・資料作成
・会議

午後
・PC設定

今日の会議を終えて、動画通信がしばらく無いので、先日、購入したmac miniの設定を始める。

前PCは訳わからずインストールしまくったでの、データ移行を行わず、必要なものを随時、インストールしていくことにした。

ということで、しばらくは、２台体制をとる。

古い方は移行が済んだら、最低限のソフトを残して解析用PCとなる。

これまでの数多くの失敗で色々と学び、順調に設定ができた。クラウドと同期の凄さを痛感した一日だった。

2022年9月16日金曜日

分化

午前
・野外調査

午後
・標本整理
・データ整理

シーケンス結果が返ってきた。小笠原と琉球のサンプルが予想外の結果だった。持ち込みだと思っていたのだが、分化していた！

2022年9月15日木曜日

ヘッドセット

午前
・標本整理

午後
・資料作成
・標本整理

ヘッドセットを使用すると、ビデオ通話やネット動画止まるようになった。

外すと動くのでPC本体の故障ではなくヘッドセットの影響と思われる。USBで繋ぐとビデオがおかしくなる、とういうのも少し考えにくい気もするが。

授業は対面になったが、オンライン会議は引き続き行われるので、新しい購入せざるをえない。

2022年9月14日水曜日

annotation_map_tile( )

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・資料作成

学生用の作図コマンド作成で、OpenSteetMapから国土地理院タイルに変更するのに思いっきりハマってしまった。

国土地理院タイルの全国最新写真（シームレス）を「annotation_map_tile()」で使う場合、「/{z}/{x}/{y}」を「/${z}/${x}/${y}」にする必要がある。

ggplot() +
  annotation_map_tile(zoomin = -1,
  type="https://cyberjapandata.gsi.go.jp/xyz/seamlessphoto/${z}/${x}/${y}.jpg")

エラーでずっと指摘されていたのが、意味が分からなかったのが、そのままだった。

2022年9月13日火曜日

放置

午前
・PCR
・授業参観

午後
・電気泳動
・シーケンス準備
・資料作成

昨日失敗したサンプルを再PCR。全て成功だった。

PCR前に4時間９５℃で放置したらダメになる、ということが証明された。

2022年9月12日月曜日

CleanMyMac

午前
・DNA抽出
・PCR

午後
・会議×３
・電気泳動
・資料作成

ホットスタートPCRをやろうとして、最初の熱変性でHOLDして解除するのを忘れていた。４時間以上95℃で放置してしまった。電気泳動してみたが全滅だった。
できるだけ軽量のまま使用してきたMac Book Airの立ち上がりが結構遅くなってきた。

評判の良さそうな、CleanMyMac、を購入してみた。

林檎マークが消えるまでの時間は、あまり変わらない気がするが、消えてから使用できるまでの時間は短縮された、、、気がする。

クリーンアップ、セキュリティー、高速の３つを対処してくれる。imacでウイルスが発見された、、、広告が出て誘導されるものらしい。

こんな感じで不要なものを教えてくれる。

アプリを削除したのちに、残ったファイルなど関連ファイルを探して教えてくれるのは、とても良い気がする。高速化にどれほど効果的なのか分からないけど。

スペースレンジという、フォルダ、ファイルを視覚化する機能が、全てのファイルやフォルダを整理して表示されているだけだと気付かず、表示されたファイルが不要なファイルと勘違いして、必要なappを削除してしまった。その再インストールや設定に時間を取られた。

Zoteroを削除したときには焦った。ソフトを再インストールして同期で無事に対応できた。

どれぐらい早くなっているのかキチンと計測はしていないが、整理をして爽快な気持ちにはなれる！上記のように、間違って必要なものも消してしまう可能性があるので、冷静な判断が必要。

このappを作成している会社はウクライナのキエフにある（ウクライナへの寄付も募っている）。データはAmazon Web Services、支払いシステムはUKにあるから心配しないで！とのこと。