飽血マダニ

午前
・修論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・PC設定

ポケットwifiで再インストールはできたが、その後の管理者ログインができなくなったり、PC設定にハマりまくって終わった。再度、インストールを試みるが、設定中なのか、フリーズ中なのか、、、。

砂丘で飽血マダニを発見。３例目であるが、初めての生体。

モグラの痕跡

午前
・PC設定
・生態学ゼミ

午後
・修論手伝い（野外調査）
・データ解析

新しくmac miniを購入して依頼、大きな問題もなく順調に使えていたのが、とうとう（無駄に）悩まされることに。

BEASTを用いた解析でナカナカ収束しなかったのだが、さらに大きな問題としてTreeAnnonator.appが動かない状態に。

これはキットApple siliconのせいだと思い、ネット情報を頼りに色々と試したがダメ。そこで、古いPCでも試すが動かない。

なぜ？、、、過去のデータを実行したらApple siliconでも動いた。TreeAnnonator.appが動かないのは解析結果に問題があるらしい、と２日間の悪戦苦闘の末、気づいた。

さらに、久しぶりに古いのPCを使ったら動作が非常に重いので、この際に、クリーンインストールをすることにした、、、本日は、これに悩まされた。

OSを削除して再インストールのためにwifiに繋ごうとしても繋がらない。ネット情報によると再インストールの時は企業のネットワークなどに繋がらないことがあるとか。

バックアップはあるので元の状態には戻せるが、どうにか初期化したい。ポケットwifiを借りて繋ぐか、、、と思ったところで力尽きた。

夏は完全に干上がっていたオアシスも、最近、復活した。

その近くでモグラの痕跡を発見。こんなところまでくるのか？

暑すぎず、寒すぎず、

午前
・生態学ゼミ（中間発表）
・修論手伝い（野外調査）

午後
・資料作成
・データ入力

秋空の砂丘。体感で風は感じなかったが、海は白波が立っていた。

暑すぎず、寒すぎず、歩き易い季節になった。

収束しない

午前
・データ解析
・書類作成

午後
・会議×３
・論文書き手伝い（修論論文化）

BEASTを使った系統解析。先週から10000000、50000000を試したが収束しない。

IQ-TREE

午前
・データ解析
・生態学ゼミ（中間発表）

午後
・データ解析

ML法の系統樹作成にこれまでは、RAxMLを使っていたが、IQ-TREEだとモデル選択を一緒にやってくれて、しかも速い（速度が気になるほどでのデータではないが）、ということで試してみることにした。

ネット情報を参考にしてやったら大きな混乱もなくできた。

パーティション用のnexusファイルの設定が間違っていることにずっと気づかず、BEASTを実行しようとしてoverlapの警告で判明した。今後はこちらがメインになりそう。

心が折れた

午前
・解析指導
・修論手伝い（論文添削）

午後
・個人ゼミ
・PC設定

PCを購入して以来、大きな問題がなかった。

しかし、修論の添削に際して、解析をしようと思ってソフトのインストールを試みて、、、はまった。

半日費やして、根本的な解決はできなかった、、、というか、新しいPCでは（多分）動かせないことが分かった。

しかも、論文をきちんと読んだら、インストールを試みていたソフトは必須ではない、、、気がする（無くても動く？）。心が折れたので、今日は試すのを諦めた。

おしゃれ空間

午前
・学外会議

午後
・個人ゼミ×２
・データ整理

会議場所は、おしゃれ空間だった。