現実

サソリモドキ系統樹、ベイズも終了。樹形はMLとほぼ一致、ということで一件落着、といきたいのだが、、、。

これまでの同様の研究とは大きく異なる点が２つある。これが新発見と思いたいのだが、とあるミスが原因かも、、、という不安もある。核DNAも解析した方が良いのだろうけど、予算がないという現実。

考えていてもしょうがない、とナゼかコシビロに手を出す。

ラテン語解読を試みるが、ほとんど進まず。しかも、極めて怪しい、というか、ほとんど理解できない日本語訳が完成。ついでに、世界中のコシビロリスト作りを進めて、４００種を超えたところで終了。

踊る大走査線は好きだけど、４はイマイチかと。３は論外だけど。

博物館

サソリモドキのML系統樹が完成。修論の結果と同じ。

ベイズも開始。明後日ぐらいまでかかるか。

思いがけない人からメールが届く。博物館はGWは忙しいのかな。

サソリモドキの表作成。これも結構、苦戦を強いられる。

飽きてきたので、７月のコスタリカの準備。解析の前に、基本的な数学の勉強を開始するが、、、時間がかかりそう。

地名の整理

PCの電源を切って帰ってしまったため、系統樹作成が途中で止まってしまった。ということで、やり直し。結果は明日かな。

サソリモドキの採集地点が一括で表示できるようになった。こんなことにハマってたら、トある方からサソリモドキ情報が届いた。

奄美大島。

ついでに、採集地点の地名の整理。GPSに頼り切って地名の確認をおろそかにしているので、いつもここで苦しむ。

GPSデータから地名を確認するには、このサイトが使いやすい。dd.ddddd以外のデータだと、少しずれるのかな？

で、地名の漢字が読めないときは、このサイトで地道に調べる。

他に、CiNiiとかJ-STAGEとかに色々と質問してみたり。あまり充実感のない一日になってしまった。

地図

修論、卒論の調査用畑×３の草刈り。４月でも結構大変。

社会人となったとある学生が訪問してくれたのでお話。

学会の発表数が少なめなので発表することにした。ということで、急遽、講演要旨を作成。で、サソリモドキの本格的な解析も開始。とりあえず、MLで系統樹を作ってみる。完成は明日かな？

台湾と日本を含む地図が欲しかったのだが、あまり良いのが見つからず苦戦。これが良いかな。

胴長

朝一で授業。学会プログラムの準備して、明日、植えるお花を買いに行く。で、午後一で授業。

その後は、学会プログラムの準備しつつ、卒業研究の草刈りをお手伝い。

胴長を着て草刈り中。

で、これから新歓。

重要なのは

授業×２の準備。結構苦戦。

先週、進化の話をしたのだが、やはり、色々と誤解を生んでしまったり、理解できていなかったりと、、、。

質問を書いてもらったのだけど、進化にはどのぐらいの時間がかかるのか、と。どうも進化には長い時間がかかるという呪縛が外れていないようだ。遺伝子の構成割合が変化すれば良いので、条件が合えば親と子の関係でも起こりえる。

進化で重要なのは時間ではなく、集団内の遺伝的な変異であるということを理解して欲しいのだが、なかなか上手くいかない。

学会関係の業務が色々とあるのだが、コシビロの文献探しにはまった。見つからなかった書籍が、海外の古本屋でやっと発見。結構高いが諦めて購入。私費かな、、、。

皮を剥ぐ

昨日は、ここに行ってみた。虫好きというよりは、芸術好きな人向きでしょうか。

 

朝一でササラダニ論文を投稿。初めての学生がファーストの論文。どうにかアクセプトさせさたい。

Iseki A. and Karasawa S.

Description of **** from Mangrove forests, with datas on phylogenetic position of littoral oribatid mites.

大学院生の授業で、解剖用カエルの皮を剥ぐ実習。

 

午後は、学会参加者の整理と世界中のコシビロの種の整理を交互に進める。

途中、廊下でばったりと卒業生に合う。充実した生活を送っているようで、良かった、良かった。

余裕が

ササラダニ論文が完成。投稿規定で制限されているファイルサイズをオーバーしている。ただ、これ以上画質を下げると図が見えなくなるので、編集委員に相談メールをしてみる。投稿は月曜日かな。

精神的に少し余裕が。早速、サソリモドキに取りかかるべきなのだが、GISの勉強とか、コシビロの勉強とかして終了。

来週からは、サソリモドキに集中といきたい。

マット交換

登録用のデータが届いたので、どうにかササラダニ論文が完成。見直すとやはり間違いが見つかる。もう一回見直したら投稿してみよう。

学生と一緒にカブトムシの飼育マット交換。カブトムシ飼育も何か良いアイデアを考えないと、と思いつつ放置している。飼育を止めても良いのだが、夏になると観察に使いたいと、数件連絡があるので。これで授業を考えた方が良いのか？？

学会はどうにか４０名を超えた程度。HPに間違えて２０日締切と書いてあったので、明日、沢山の応募があるだろう、と期待したい。

便乗

ササラダニ論文、アブスト書いたり、謝辞書いたり。博物館への保管とか、DNA登録とかの返事待ち。自分の頑張りではどうしようもない状況まできた。

修論の手伝いした後、卒論の指導をするつもりだったけど、少し勘違いしていることが判明。で、会議に出て、書類提出の準備して、トある人から送られてきたワラジムシ類の種同定をして、難解の大学生時間割の勉強。

昨日、送られてきたササラダニの論文。２ページの論文だけど、とても興味深い。

First report of phoresy by an oribatid mite (Trhypochthoniidae: Archegozetes magnus) on a frog (Leptodactylidae: Engystomops pustulosus)
Beaty et al. (2013) International Journal of Acarology, http://dx.doi.org/10.1080/01647954.2013.777783

phoresyは便乗の意味で、他の動物にくっついて移動する、と言う意味。ダニと聞くと、吸血や寄生、のイメージが強いが、土壌性のササラダニは、土壌の中をトボトボと歩き、微生物や腐植を食べて生きている。

そんなササラダニが１００匹以上くっついたカエルが発見されたのだとか。そのカエルは元気で、皮膚を観察しても傷は見られないらしい。つまり、ササラダニは、カエルに害を与えてはおらず、ただ乗っかって移動している。

これまでにザトウムシに便乗するササラダニの報告があるらしいが、カエルに便乗するのが見つかったのは初めてとのこと。とくに、興味深いのは、付着しているササラダニは、成虫だけでなく、若虫もいること。もしかして、繁殖しているのか？

土壌動物学会申込者、まだ３０名に達していませんよ、、、。

あとちょっと

朝一で授業×１。メールと書類書きして、午後一で授業。

博物館で保管してもらうササラダニ標本の整理して、大学生の時間割の仕組みを勉強して終了。

ササラダニ論文は、あとちょっとのとこまで来てるのだが、、、。

土壌動物の参加申込者がまだ３０名に届いていません。検討中の方々は是非、参加をお願いします。

卵

授業×２の準備。昨年までは午前中だった授業が、昼休み直後に変更になってしまった。お昼寝タイム対策として、プリントを修正してみるが、、、。

その後、卒論指導を少しして、ササラダニ論文に使った標本を博物館に保管させてもらうための準備。どうしても種同定が気になってしまうので、再度確認したりとか、結構苦戦。

Fortuynia rotundaのDNA抽出後の個体。タンパク質が消化されたせいか、体内がよく見える。体内の白い塊は卵。

Oribatula sakamoriiのDNA抽出後の個体。同じく卵が見えるが数が多い。本種は、撹乱環境に高密度で生息するが、産卵数と関係があるのかな。

au、iPhoneが不調らしい。この不調の影響なのかは不明だけど、アドレス帳がほとんど消えた。数名残ったのがむしろ不思議。

腰が

昨日は、投稿規定の改訂をするつもりだったが、思わず、アルゴと黄金を抱いて翔べを観てしまった。

アルゴは、１９７９年に起きたイランアメリカ大使館人質事件におけるカナダの策謀を映画化したもの。公開時に流れていた特報の内容そのまま。CIAが映画スタッフになりすまして大使館員を救出しよう、という大胆な話。実話と思って観ると余計に面白いかも。

全体を通しての緊張感が良かった。ただ、この映画については、イラン側から批判があるみたい。事実に基づいているとは言え、映画なのでデフォルメされているのは間違いなく、内容を信じ過ぎないのが大事かと。ちなみに、アルマゲドンのベン・アフレックが監督。

黄金を抱いて翔べは、面白い気もするけど、、、。銀行から金塊を強奪するために集まる人。それぞれには色々な背景がありまして、、、といことで、その背景に絡んだ話が１：３０続く。残りの３０分で金塊強奪をするだが、そこは結構雑。オーシャンズ１１シリーズみたいに、強奪の部分をもっと面白くしてくれれば良かったのに。

ということで、今日は、投稿規定の改訂してたら、急遽、修論の手伝い。これで結構疲れてしまい、午後はだらけた上に腰が痛い。ササラダニ論文に使った標本を博物館に保管しないといけないので、その整理をボチボチして終了。

４０００

ササラダニを終えるぞ、という意気込みで大学に来たけど、メールや書類を書いているうちに意気消沈。

まず、台湾ソーティングを終えてしまうことに。残っていた２地点を終えて、瓶別け作業は終了。Burmoniscusは４０００個体を超えた。いつになったら解剖は終わるのだろうか。

実験台がすっきりしたので、ついでに掃除したりしているうちに、なんとなく終了。

明日は、投稿規定の改訂をしないとな、、、。

007スカイフォールを観た。Mは死んだということで良いのかな。次回作であっさり復活しそうな気もするけど。定番の面白さ。年末ぐらいにはテレビでやりそうだな。

几帳面

朝から授業×１。

事務手続きして、ササラダニ論文修正。一通り終了。週末に細かいところ見直して、終えたいが、、、。

結構、苦労してしまった放置標本の発送準備。これもどうにか終了。

夕方からは卒論の手伝い。スポーツマンな２名が、キャベツと花の種を植える図。２名とも几帳面なのが良く分かる。

これで新規卒論はひとまずスタートがきれた、、、夏に全てをかける卒論が一つ、、、。

畑仕事

朝から卒論指導。

寒い上に、雨がちらほら。畑仕事卒論。

その後は、ササラダニ論文修正と保管用標本の整理。保管用標本の整理はとりあえず終わった。

受け入れ

朝から授業。終了後、学会の会場関係で事務の方々とお話して、卒論で使う苗を購入に。

で、午後になって授業×２。終わったらちょっと脱力。

脱力からの復活後、ササラダニ論文の本文修正。疲れたとこで、標本を整理してたら、先日の標本とは別に、保管をしていない標本があることが発覚。いよいよ本格的にマズい。こんなことしてたら、もう受け入れてくれなくなる、、、。ということで、標本を抜き出したところで終了。

先日、台湾サンプルをソーティングしてたら発見した、青色Burmoniscus属の一種。日本のイリドウイルスと比較する予定、、、あの娘が。

卒論

朝一ソーティングで台湾１地点を片付ける。あと２地点。

明日から、トウトウ授業が始まる。ということで準備。

午後は、卒論の指導というか、手伝いというか、、、。

昨日は、こんな感じだった。

その後は、ササラダニお絵描き修正に取りかかる。どうにか終了。あとは文章。

透明加工

昨日、悩んだepsファイルで綺麗に保存できないんですが問題。スッキリと解決。

Inkscapeで線画を描き、ベクタ形式のepsで保存をすると、拡大をしてもカクカクならないのだが、ナゼか、カクカクしてしまう、というのが悩みだった。

で、情報処理の先生に相談したり、イラストレーターとしても活躍している幼なじみと朝から電話したりとか。

色々と探っていくと、私が作成したsvgファイルをIllustratorでepsに保存すると問題ないことが判明。どうも、Inkscapeの保存に問題があるのだろうと。で、どうも着色している部分に問題が発生しているなと気づき始めたころ、情報処理の先生から、ぼかしなどの処理をすると上手く保存できないらしい、と情報をもらう。

ということで、着色方法を見直すと、

CMYK形式なのにAという項目が、、、このAは、透明加工を行うのに使用する。そう、私は透明加工でグレーを作っていた。

そこで、Aを100にして（透明でなく、色をそのまま使用）、 CMYKの組合せで色を作ると、、、

  

無事に、綺麗な画像が保存できました。

他には、朝一で台湾サンプルを１地点処理。その後、ヒノキ林調査の打ち合わせをしてから、ずっと卒論と修論指導。ナカナカ楽しかった。

eps

最近、ごくたまにだけど、車のエンジンがかかりにくいときがある。本当の原因は良く分からないけど、初めてのバッテリー交換に挑戦。＋と−の端子を外して、バッテリーを入れ替えて、端子を繋ぐだけだった。作業は簡単だったけど、バッテリーを捨てるのが面倒だということが判明。

で、大学へ。やっとササラダニ論文に手を出す。先日、ビックネームに指摘されたことを参考に色々と見直すと、結構、修正点が見つかる。

久しぶりにササラダニの標本を観察したりと、どうにか全体図は終了。しかし、epsファイルで上手く保存ができず。結構、悩んだ末、詳しそうな人に相談メールを送って終了。

図を作成

朝一ソーティングで、台湾１地点を終了。欲しいな、でも難しいだろうな、と思っていた種が採れた。しかも大量に。おかげで今日は１地点しか処理できなかった。

で、ササラダニを片付けようかと思ったら、土壌動物学会の発表の準備をしなければいけないことを思い出した。今年は、色々な業務に時間を取られそうなので、自分では発表しないのだが、とある人にデータを渡さないと。

ということで、こんな図を作成してみた。もう少し検討が必要だけど、まあまあか。

属

朝一ソーティングで、今日も台湾２地点を終える。

どうやら台湾では、このコシビロが普通らしい。屋久島で見つけたとの同じかな？

第４のダンゴムシと書いたけど、それは間違いの可能性が高いことが分かった。第４というのは、日本には、オカダンゴムシ科、コシビロダンゴムシ科、そして、ハマダンゴムシ科の３科が生息しているのだけど、世界には、これ以外の科も存在している。で、この、これ以外の科かな、と思ったけど多分違うかな。

ただ、この種、本州で見ることのできるコシビロとは、明らかに属が異なることが、この倍率でも分かる。屋久島でも見つかったとなると、琉球列島のサンプルは、かなり見落としてるかな？まだまだ時間がかかるな。

ソーティングの後は、卒論の相談、お客さんとお話、標本整理と発送の準備、そうこうしてたら、卒業生がカブトムシの幼虫を持って登場。

さて、土日でササラダニを片付けるか。

ネタ

朝一ソーティングで、台湾２地点を終える。解剖しなくても見たことのない属だ、と分かるコシビロを発見。写真を撮ったのに、下記の記念撮影の時に消してしまった。

今日は入学式。大学院新入生担当ということで、色々な先生からお話を頂いたりとか、学生証を配ったりとか、業務。知らないことだらけで、なかなか大変だった。集合写真を撮影、、、で、このときコシビロの画像を消してしまった。

その後、学部の同じような行事に参加。先生方の色々なお話ネタに感心。

午後は、新年度業務の処理と整理で、ほぼ終了。しかも簡単な英語のメールを出すだけに、とても苦労してしまった。

ササラダニ論文が、ビックネームから返ってきた。かなり修正されたが、内容は良いのでは、と評価してもらえた。週末で片付けたいが。

多発中

年度始め業務が多発中。朝一ソーティングしか、研究らしいことはできない。やっと台湾のサンプルを観察、２地点を終える。

白色の小型ワラジムシ類。同じ白色でも、先日、屋久島で発見したのとは異なり目があるのが分かる。

新しい修論の調査方法について少し検討したあとは、会議に出たり、お客さんに合ったり、明日の新入生説明会の準備したりして終わり。なんだかな、、、。でも、卒業生が登場したので、ちょっとお話してみたり。

ちなみに、科研は落ちました。いい加減マズいな。少しテーマを変えた方が良いのかな？

もがいて

屋久島サンプル処理が終了。予想外の発見があった、というか、これまで大きな見落としをしてたのかも。第４のダンゴムシ発見かも、、、？

で、洗い物したり、新年度業務の準備して、サソリモドキデータ・標本整理に取りかかる。整理は終わった気がするが、データが上手く使いこなせず、そのまま一日中もがいて終わり。

イマイチな一日だった。

問題発覚

洗い物して、屋久島のサンプルをちょっとだけソーティング。

その後はずっと新年度業務の準備。色々と溢れ出てくる。

夕方から、いい加減サソリモドキを本格始動するかと思い、データを見てみる。色々と問題発覚。ということで、標本を見てみる。さらに、問題発覚。ということで、地道にデータの修正。

ついでに緯度経度の一斉変換の方法を模索。良い方法を思いついた、、、と思ったが、最後は地味にdelete。どうにか、全データをdd.dddddに変換終了。

今日から働き始めている卒業生が忘れ物を届けに来てくれた。