午前
・標本整理
午後
・書類書き
・卒論手伝い（データ解析）
・データ解析
今年中に提出しなけばならない書類の作成が疲れた。
卒論も徐々に佳境に向かっている。
2019年12月27日金曜日
2019年12月26日木曜日
見切れてた
午前
・研究相談
午後
・会議
・データ整理
「MoonBoard」という世界中で共通の課題に挑戦する仕組みがある。
「ムーン」は月？と思っていたが、ベン・ムーンさんという伝説的なクライマーが考えたそうだ。
このシステムを使うと、世界各地のジムに居ながら世界大会を行うことができる。
「MoonBoard Master」と呼ばれるこの大会、今年行われた。
で、決勝に残った５名のうちの１名は、鳥取の体育館で参加していた。
大会の様子はYoutubeで観ることができる。たまたま挑戦する直前に体育館に行ってたので観てたのだが、、、見切れてたよ、と教えてもらったので確認。
・研究相談
午後
・会議
・データ整理
「MoonBoard」という世界中で共通の課題に挑戦する仕組みがある。
「ムーン」は月？と思っていたが、ベン・ムーンさんという伝説的なクライマーが考えたそうだ。
このシステムを使うと、世界各地のジムに居ながら世界大会を行うことができる。
「MoonBoard Master」と呼ばれるこの大会、今年行われた。
で、決勝に残った５名のうちの１名は、鳥取の体育館で参加していた。
大会の様子はYoutubeで観ることができる。たまたま挑戦する直前に体育館に行ってたので観てたのだが、、、見切れてたよ、と教えてもらったので確認。
2019年12月25日水曜日
2019年12月24日火曜日
森林と野生動物
午前
・論文書き
午後
・論文書き
修正原稿ができたので共著者に送る。
ここ数日は、卒論用も含めてRでの作図に悪戦苦闘、、、少しは成長した気がする。
森林と野生動物 (森林科学シリーズ 11)
「森林科学シリーズ」の１冊。野生動物となっているが、基本的には哺乳類が扱われている。
具体的には、ネズミ・ウサギ、ニホンジカ、ニホンカモシカ、ツキノワグマ、コウモリが各章で取り上げられている。
特徴としては、森林被害の側面の記述が多いことだろう。哺乳類は見た目の可愛らしさから保護対象として扱われることが多いが、人間と動物の共生を目指すには適切な管理方法も考えなければならない。可愛さに目を奪われず、科学的なデータに基づき必要であれば駆除もしなければならないことを教えてくれる。
また、都市化の影響や、島嶼生態系における外来哺乳類の話題も扱われている。さらに、リーモートセンシングやビックデータなど最新の研究手法についての解説もある。
基礎から応用まで簡潔にまとめられた読みやすい一冊。森林の獣害は授業でも扱っており、アンケートによると学生の関心が高い、、、自主学習で読んでくれると良いのだが。
もくじ
１．野ネズミ類とノウサギ類
２．ニホンジカ
３．ニホンカモシカ
４．ツキノワグマ
５．森林景観におけるコウモリの多様性と保全
６．農村・都市へ進出する野生動物
７．都市化と哺乳類の関係を探る
８．外来捕食者が島で引き起こす静かで大きな変化
９．情報化社会における哺乳類の空間解析・今後の展望
１０．変わりゆく森林・林業と野生動物
・論文書き
午後
・論文書き
修正原稿ができたので共著者に送る。
ここ数日は、卒論用も含めてRでの作図に悪戦苦闘、、、少しは成長した気がする。
森林と野生動物 (森林科学シリーズ 11)
「森林科学シリーズ」の１冊。野生動物となっているが、基本的には哺乳類が扱われている。
具体的には、ネズミ・ウサギ、ニホンジカ、ニホンカモシカ、ツキノワグマ、コウモリが各章で取り上げられている。
特徴としては、森林被害の側面の記述が多いことだろう。哺乳類は見た目の可愛らしさから保護対象として扱われることが多いが、人間と動物の共生を目指すには適切な管理方法も考えなければならない。可愛さに目を奪われず、科学的なデータに基づき必要であれば駆除もしなければならないことを教えてくれる。
また、都市化の影響や、島嶼生態系における外来哺乳類の話題も扱われている。さらに、リーモートセンシングやビックデータなど最新の研究手法についての解説もある。
基礎から応用まで簡潔にまとめられた読みやすい一冊。森林の獣害は授業でも扱っており、アンケートによると学生の関心が高い、、、自主学習で読んでくれると良いのだが。
もくじ
１．野ネズミ類とノウサギ類
２．ニホンジカ
３．ニホンカモシカ
４．ツキノワグマ
５．森林景観におけるコウモリの多様性と保全
６．農村・都市へ進出する野生動物
７．都市化と哺乳類の関係を探る
８．外来捕食者が島で引き起こす静かで大きな変化
９．情報化社会における哺乳類の空間解析・今後の展望
１０．変わりゆく森林・林業と野生動物
2019年12月23日月曜日
G１馬
午前
・PCR産物精製
・シーケンス準備
午後
・PCR産物精製
・シーケンス準備
・卒論手伝い（データ解析）
今年最後のシーケンス、卒論用の２プレート分を準備。
有馬記念は面白かった。G１馬が多いと盛り上がるな。
早稲田、次は天理か。面白い試合になりそう。明治vs関学は、明治圧勝かと思ったけど、結構な接戦になって面白かった。
・PCR産物精製
・シーケンス準備
午後
・PCR産物精製
・シーケンス準備
・卒論手伝い（データ解析）
今年最後のシーケンス、卒論用の２プレート分を準備。
有馬記念は面白かった。G１馬が多いと盛り上がるな。
早稲田、次は天理か。面白い試合になりそう。明治vs関学は、明治圧勝かと思ったけど、結構な接戦になって面白かった。
2019年12月20日金曜日
アカコッコマダニ
午前
・学外会議
・卒論手伝い（データ解析）
午後
・生態ゼミ
・統計ゼミ
・卒論手伝い（DNA抽出）
・PCR産物精製
鳥取で見られるマダニシリーズ１１。アカコッコマダニ若虫。
論文修正が進まない、、、。
・学外会議
・卒論手伝い（データ解析）
午後
・生態ゼミ
・統計ゼミ
・卒論手伝い（DNA抽出）
・PCR産物精製
鳥取で見られるマダニシリーズ１１。アカコッコマダニ若虫。
論文修正が進まない、、、。
2019年12月19日木曜日
ヤマトマダニ
午前
・個人ゼミ
・授業
午後
・研究相談
・会議
・個人ゼミ
・論文書き
鳥取で見られるマダニシリーズ１０。ヤマトマダニ♀成虫。
学生対応に追われた１日。査読から戻ってきた論文。今年中に返信をしなければならないが、少しだけ触れて終わり。
・個人ゼミ
・授業
午後
・研究相談
・会議
・個人ゼミ
・論文書き
鳥取で見られるマダニシリーズ１０。ヤマトマダニ♀成虫。
学生対応に追われた１日。査読から戻ってきた論文。今年中に返信をしなければならないが、少しだけ触れて終わり。
2019年12月18日水曜日
2019年12月17日火曜日
オオトゲチマダニ
午前
・標本整理
・PCR実験
午後
・編集作業
・個人ゼミ
・PCR産物精製
鳥取で見られるマダニシリーズ８。オオトゲチマダニ成虫♀。
マダニ感染症のSFTSの感染者が、初めて１００名／年を超えたそうだ。これから増えるのかな、、、。
PCが修理から戻ってきた。嫌な予感はしていたのだが、症状が再現できないので、修理なしだった。
嫌な予感というのは、修理に出す前日は全く電源が入らなかったのに修理に出す当日に電源が入るようになったので、もしかしてと思っていた。
稀に起きる現象（スリープ or 電源OFFから復活できない）なので困った。
他のデバイスの磁気でスリープしたり、ヘヤピンでもスリープすることがあるらしい。
マグネット付きのPCケースに代えてから起こるようになった気もする。可能性は低そうだが、昔使ってたPCケースをしばらく使ってみるか。
・標本整理
・PCR実験
午後
・編集作業
・個人ゼミ
・PCR産物精製
鳥取で見られるマダニシリーズ８。オオトゲチマダニ成虫♀。
マダニ感染症のSFTSの感染者が、初めて１００名／年を超えたそうだ。これから増えるのかな、、、。
PCが修理から戻ってきた。嫌な予感はしていたのだが、症状が再現できないので、修理なしだった。
嫌な予感というのは、修理に出す前日は全く電源が入らなかったのに修理に出す当日に電源が入るようになったので、もしかしてと思っていた。
稀に起きる現象（スリープ or 電源OFFから復活できない）なので困った。
他のデバイスの磁気でスリープしたり、ヘヤピンでもスリープすることがあるらしい。
マグネット付きのPCケースに代えてから起こるようになった気もする。可能性は低そうだが、昔使ってたPCケースをしばらく使ってみるか。
2019年12月16日月曜日
フタトゲチマダニ
午前
・DNA抽出
・PCR産物実験
午後
・会議
・PCR産物精製
・書類書き
バンドは綺麗に見えるがシーケンスだめ問題。カラムを使った精製を行うと改善されることが判明。
原因が分かったのは良いが、酵素を使った精製に比べて時間かかるのが難点。
鳥取で見られるマダニシリーズ７。フタトゲチマダニ成虫♀。 日本国内では広範囲で優占種となるマダニ界の大エース。
関東対抗戦３位の帝京大が、関東リーグ戦３位の流経大に負けた。試合をやっていることに気づいたのが残り１５分くらいで、帝京大がリードしていた。
あまり点差がついてないな〜と思ってたら立て続けてに２トライで流経大が逆転勝ち。
武豊が勝っていない朝日杯。直線で半ばで、とうとう勝利か、と思ったけど残念。他に、甲子園ボウルもあったりと忙しい日曜日だった。
・DNA抽出
・PCR
午後
・会議
・PCR産物精製
・書類書き
バンドは綺麗に見えるがシーケンスだめ問題。カラムを使った精製を行うと改善されることが判明。
原因が分かったのは良いが、酵素を使った精製に比べて時間かかるのが難点。
鳥取で見られるマダニシリーズ７。フタトゲチマダニ成虫♀。 日本国内では広範囲で優占種となるマダニ界の大エース。
関東対抗戦３位の帝京大が、関東リーグ戦３位の流経大に負けた。試合をやっていることに気づいたのが残り１５分くらいで、帝京大がリードしていた。
あまり点差がついてないな〜と思ってたら立て続けてに２トライで流経大が逆転勝ち。
武豊が勝っていない朝日杯。直線で半ばで、とうとう勝利か、と思ったけど残念。他に、甲子園ボウルもあったりと忙しい日曜日だった。
2019年12月13日金曜日
2019年12月12日木曜日
2019年12月11日水曜日
タイワンカクマダニ
午前
・PCR実験
・標本整理
午後
・個人ゼミ（電気泳動）
・PCR産物精製
・シーケンス準備
・データ整理
鳥取で見られるマダニシリーズ４。タイワンカクマダニ幼虫。
マダニは、幼虫、若虫、成虫の３世代を持つ。若虫と成虫は生殖口の発達具合を覚えないと区別できないが、幼虫は判断するのが簡単、、、脚が３対６本しかない！
これはダニ類に共通した特徴である。
・PCR実験
・標本整理
午後
・個人ゼミ（電気泳動）
・PCR産物精製
・シーケンス準備
・データ整理
鳥取で見られるマダニシリーズ４。タイワンカクマダニ幼虫。
マダニは、幼虫、若虫、成虫の３世代を持つ。若虫と成虫は生殖口の発達具合を覚えないと区別できないが、幼虫は判断するのが簡単、、、脚が３対６本しかない！
これはダニ類に共通した特徴である。
2019年12月10日火曜日
タカサゴキチマダニ
午前
・標本整理
・個人ゼミ（電気泳動）
午後
・個人ゼミ（PCR実験）
・データ整理
鳥取で見られるマダニシリーズ３。タカサゴキチマダニ若虫。
「タカサゴ」には「キララマダニ属Amblyomma」と「キチマダニ属Haemaphysalis」がいるので注意。
成虫と若虫は生殖口の発達具合で区別できる。
・標本整理
・個人ゼミ（電気泳動）
午後
・個人ゼミ（PCR実験）
・データ整理
鳥取で見られるマダニシリーズ３。タカサゴキチマダニ若虫。
「タカサゴ」には「キララマダニ属Amblyomma」と「キチマダニ属Haemaphysalis」がいるので注意。
成虫と若虫は生殖口の発達具合で区別できる。
2019年12月9日月曜日
2019年12月6日金曜日
タカサゴキララマダニ
午前
・標本整理
午後
・生態ゼミ
・統計ゼミ
・個人ゼミ（電気泳動）
・標本整理
朝、車に雪が積もった。初雪。明日からは少し気温が上がるようだ。
マダニ写真に苦戦。しかも低画質で保存してた、、、。
タカサゴキララマダニ若虫。
・標本整理
午後
・生態ゼミ
・統計ゼミ
・個人ゼミ（電気泳動）
・標本整理
朝、車に雪が積もった。初雪。明日からは少し気温が上がるようだ。
マダニ写真に苦戦。しかも低画質で保存してた、、、。
タカサゴキララマダニ若虫。
2019年12月5日木曜日
写真撮影
午前
・授業
午後
・個人ゼミ（PCR）
・標本整理
マダニの写真撮影に挑戦するが良い方法が分からない。
どうせ小さな写真になるから、少しぐらいピンボケでも良いか、、、と考え始めたので良い方法が思いつかないまま終了。
・授業
午後
・個人ゼミ（PCR）
・標本整理
マダニの写真撮影に挑戦するが良い方法が分からない。
どうせ小さな写真になるから、少しぐらいピンボケでも良いか、、、と考え始めたので良い方法が思いつかないまま終了。
2019年12月4日水曜日
力作
午前
・標本整理
午後
・論文書き + 投稿！
・授業準備
力作の卒論をやっと投稿できた。地方紙 + 和文だけど。とはいえ、重要な基礎データなので、これをスタートにして発展が期待できる。初めてのマダニ論文。
明日、授業があることを学生に教えてもらった。焦って準備を進める。
・標本整理
午後
・論文書き + 投稿！
・授業準備
力作の卒論をやっと投稿できた。地方紙 + 和文だけど。とはいえ、重要な基礎データなので、これをスタートにして発展が期待できる。初めてのマダニ論文。
明日、授業があることを学生に教えてもらった。焦って準備を進める。
2019年12月3日火曜日
zoteroに鞍替え
午前
・個人ゼミ（データ解析）
午後
・PCR産物の精製
・論文書き
・シーケンス準備
これまで論文整理にはPapersを利用していたが、macOSのアップデータに際して不具合（対応版が既に出ているみたいだが）が出たのでzoteroに鞍替えした。
他にも、Pepersは日本語への対応が弱く、日本語名の雑誌が勝手に変更されてしまったり、管理されているPDFファイル名が意味不明だったりなどの問題があった。
そこで、無料で使える文献管理ソフトで検索した結果、見つけたのがzoteroだった、、、結果的にはお金を払うことになったが。
zoteroは本来web上のアカウントで文献を管理するシステム？だが、PC上で動くスタンドアローン版をインストールすることで、ネットのつながらない環境でも使える。
ただし、この場合もネット環境でweb上の自分のアカウントデータと同期が行われる。
Papersからzoteroに移行して最も戸惑ったのは、前者がPDFそのものに情報を付加するのに対して、後者は文献情報（題目、著者名など）を整理するシステムであること。
したがって、zotero単体では文字情報のみの整理しかできない。これだけで使う人もいるのか？
そこで、zotfileというソフトをプラグインするとPDFを紐づけできるようになる。また、PDFの管理フォルダをクラウド上に置くことでPC間で同期することもできる。
この作業には、このサイトを参考させてもらいました。
予想外だったのは（当たり前なのかも知れないが）、当初はPapersからPDFデータも含めて一気に移行できるだろうと考えていたが、移行できるのは文献情報のみで、PDFについては１編ずつ紐づけしなければならかなった（良い方法があるのかも）。
約５０００編の紐付けを終えるのに１ヶ月かかってしまった。
日本語の対応は問題ない。著者名に日本語を入れることもできるが、この時の並び順が良く分からない。著者名はアルファベットにしておくのが無難かと。
移行が終わって数日だけど大きな欠点はない。ただ、Papersから変更して良かった点も、日本語がスムーズに使えることと、PDFのファイル名が「著者_年号_タイトル」で分かりやすく階層的に保管されることぐらいかな。
これまた予想外だったのが、無料で使えることでzoteroを選んだのだが、web上のアカウントで無料で使えるのは３００MBだけである。ただし、これにはPDFの容量は含まれていない。
３００MBがどの程度なのか実感が湧かないが、少なくとも約５０００編の文献データを入力することはできなかった。年間２０ドルで２GBを利用している。現在のところ７８８MBを使っている。２GBを超えることはないと思う。
PapersはStudentで３ドル／月、Academicで５ドル／月なので、zoteroの方が微妙に安いぐらい。
・個人ゼミ（データ解析）
午後
・PCR産物の精製
・論文書き
・シーケンス準備
これまで論文整理にはPapersを利用していたが、macOSのアップデータに際して不具合（対応版が既に出ているみたいだが）が出たのでzoteroに鞍替えした。
他にも、Pepersは日本語への対応が弱く、日本語名の雑誌が勝手に変更されてしまったり、管理されているPDFファイル名が意味不明だったりなどの問題があった。
そこで、無料で使える文献管理ソフトで検索した結果、見つけたのがzoteroだった、、、結果的にはお金を払うことになったが。
zoteroは本来web上のアカウントで文献を管理するシステム？だが、PC上で動くスタンドアローン版をインストールすることで、ネットのつながらない環境でも使える。
ただし、この場合もネット環境でweb上の自分のアカウントデータと同期が行われる。
Papersからzoteroに移行して最も戸惑ったのは、前者がPDFそのものに情報を付加するのに対して、後者は文献情報（題目、著者名など）を整理するシステムであること。
したがって、zotero単体では文字情報のみの整理しかできない。これだけで使う人もいるのか？
そこで、zotfileというソフトをプラグインするとPDFを紐づけできるようになる。また、PDFの管理フォルダをクラウド上に置くことでPC間で同期することもできる。
この作業には、このサイトを参考させてもらいました。
予想外だったのは（当たり前なのかも知れないが）、当初はPapersからPDFデータも含めて一気に移行できるだろうと考えていたが、移行できるのは文献情報のみで、PDFについては１編ずつ紐づけしなければならかなった（良い方法があるのかも）。
約５０００編の紐付けを終えるのに１ヶ月かかってしまった。
日本語の対応は問題ない。著者名に日本語を入れることもできるが、この時の並び順が良く分からない。著者名はアルファベットにしておくのが無難かと。
移行が終わって数日だけど大きな欠点はない。ただ、Papersから変更して良かった点も、日本語がスムーズに使えることと、PDFのファイル名が「著者_年号_タイトル」で分かりやすく階層的に保管されることぐらいかな。
これまた予想外だったのが、無料で使えることでzoteroを選んだのだが、web上のアカウントで無料で使えるのは３００MBだけである。ただし、これにはPDFの容量は含まれていない。
３００MBがどの程度なのか実感が湧かないが、少なくとも約５０００編の文献データを入力することはできなかった。年間２０ドルで２GBを利用している。現在のところ７８８MBを使っている。２GBを超えることはないと思う。
PapersはStudentで３ドル／月、Academicで５ドル／月なので、zoteroの方が微妙に安いぐらい。
2019年12月2日月曜日
2019年11月28日木曜日
2019年11月27日水曜日
2019年11月26日火曜日
考えたところ
午前
・個人ゼミ（データ解析）
午後
・書類書き
・授業準備
・授業
授業の担当分が無事に終了。
実験が上手く進まない卒業研究について、いい加減真面目に考えないと、と考えたところで終了。
・個人ゼミ（データ解析）
午後
・書類書き
・授業準備
・授業
授業の担当分が無事に終了。
実験が上手く進まない卒業研究について、いい加減真面目に考えないと、と考えたところで終了。
2019年11月25日月曜日
揉め事
午前
・手伝い
・標本整理
午後
・会議
・個人ゼミ（DNA抽出）
・授業準備
ネリは体重オーバー。WBCはバンダム級での戦いを認めない方針。揉め事が減って良かった。
対抗戦は、早稲田と明治で全勝で今週末の早明戦へ。明治有利な雰囲気だけど、久しぶりに緊張感漂う最終戦になりそうで楽しみ。
・手伝い
・標本整理
午後
・会議
・個人ゼミ（DNA抽出）
・授業準備
ネリは体重オーバー。WBCはバンダム級での戦いを認めない方針。揉め事が減って良かった。
対抗戦は、早稲田と明治で全勝で今週末の早明戦へ。明治有利な雰囲気だけど、久しぶりに緊張感漂う最終戦になりそうで楽しみ。
2019年11月22日金曜日
こじれそう
午前
・標本整理
午後
・生態ゼミ
・統計ゼミ
・授業準備
・DNA抽出
今週末は、WBCバンダム級ロドリゲスvsネリ。井上尚弥に負けたロドリゲスと、ドーピングやウエイトオーバーなどの問題を起こしながら山中慎介と戦ったネリ。ネリが勝つと、色々と話がこじれそう。
ラグビー対抗戦は、早慶戦、明帝戦。このうち成績では慶應はやや差がついているが、とうとう佳境に入ってきた感が強い。
・標本整理
午後
・生態ゼミ
・統計ゼミ
・授業準備
・DNA抽出
今週末は、WBCバンダム級ロドリゲスvsネリ。井上尚弥に負けたロドリゲスと、ドーピングやウエイトオーバーなどの問題を起こしながら山中慎介と戦ったネリ。ネリが勝つと、色々と話がこじれそう。
ラグビー対抗戦は、早慶戦、明帝戦。このうち成績では慶應はやや差がついているが、とうとう佳境に入ってきた感が強い。
2019年11月21日木曜日
2019年11月20日水曜日
散々
午前
・PCR実験
・書類書き
午後
・書類書き
・電気泳動
・PCR産物精製
・DNA抽出
・書類書き
溜め込んでいる自分のサンプルの処理を進められた。
ただ、PCRの結果は散々。抽出にミスがあったか？焦って実験をしてはいけない。
・PCR実験
・書類書き
午後
・書類書き
・電気泳動
・PCR産物精製
・DNA抽出
・書類書き
溜め込んでいる自分のサンプルの処理を進められた。
ただ、PCRの結果は散々。抽出にミスがあったか？焦って実験をしてはいけない。
2019年11月19日火曜日
なぜ？
午前
・卒論手伝い（PCR実験）
午後
・講習
・授業準備
・授業
・電気泳動
PCRで苦戦が続くマダニ卒論。
うっすら増えてきたが、色々と問題山積み、、、なぜ？
流石にやり慣れたダンゴムシは成績が良い。しかし、シーケンスは汚いことが多い、、、なぜ？
・卒論手伝い（PCR実験）
午後
・講習
・授業準備
・授業
・電気泳動
PCRで苦戦が続くマダニ卒論。
うっすら増えてきたが、色々と問題山積み、、、なぜ？
流石にやり慣れたダンゴムシは成績が良い。しかし、シーケンスは汚いことが多い、、、なぜ？
2019年11月18日月曜日
オカメワラジムシ
午前
・卒論手伝い（PCR実験）
午後
・会議
・授業準備
・PCR実験
・論文書き
マダニPCR、なかなか良い結果が出ない。
先日の愛媛採集でアリの巣内でオカメワラジムシと思われる種を見つけた。赤矢印がアリで、水色矢印がワラジムシ。コンデジで撮影してみたが、地面にピントがあってしまった。
・卒論手伝い（PCR実験）
午後
・会議
・授業準備
・PCR実験
・論文書き
マダニPCR、なかなか良い結果が出ない。
先日の愛媛採集でアリの巣内でオカメワラジムシと思われる種を見つけた。赤矢印がアリで、水色矢印がワラジムシ。コンデジで撮影してみたが、地面にピントがあってしまった。
2019年11月14日木曜日
大量
午前
・標本整理
午後
・論文書き
・授業準備
先月、愛媛と高知で採集した標本の瓶分け作業が終わった。
模式産地で狙った種が少なくとも２種は採れていなかった。一方で、現地では小さくで判別できず、多分、違うだろうなと思っていた種が、狙っていた種だった。
何度か足を運ぶ必要がありそうだ。
先月のマダニ卒論調査での一枚。秋はフタトゲチマダニの繁殖シーズンにあたり、林内で布を引きずるとこんな感じで大量に幼虫が採集できる。この写真の種がフタトゲチマダニなのかは分からないが、、、。
・標本整理
午後
・論文書き
・授業準備
先月、愛媛と高知で採集した標本の瓶分け作業が終わった。
模式産地で狙った種が少なくとも２種は採れていなかった。一方で、現地では小さくで判別できず、多分、違うだろうなと思っていた種が、狙っていた種だった。
何度か足を運ぶ必要がありそうだ。
先月のマダニ卒論調査での一枚。秋はフタトゲチマダニの繁殖シーズンにあたり、林内で布を引きずるとこんな感じで大量に幼虫が採集できる。この写真の種がフタトゲチマダニなのかは分からないが、、、。
2019年11月13日水曜日
2019年11月12日火曜日
本格化
午前
・卒論指導（PCR実験）
午後
・論文書き
・授業準備
・授業
・PCR産物精製
卒業研究がやっと本格化してきた。その結果、自分のサンプルが放置されるのだが、、、。
Macbookairで、ディスプレイを閉じてスリープした後に立ち上がらなくなる現象が稀に起こる。今日も午前中に起こった。
しばらく（１時間〜半日）すると復活するが、授業で使うPCなので非常に怖い。
先日は、数日経っても復活せず修理してもらった。
・Apple Diagnosticsで問題なし。
・First Aidで問題なし。
意味があるのか分からないが、ネットで書かれていたので
・SMCリセット
・PRAMリセット
をしておいた。
・卒論指導（PCR実験）
午後
・論文書き
・授業準備
・授業
・PCR産物精製
卒業研究がやっと本格化してきた。その結果、自分のサンプルが放置されるのだが、、、。
Macbookairで、ディスプレイを閉じてスリープした後に立ち上がらなくなる現象が稀に起こる。今日も午前中に起こった。
しばらく（１時間〜半日）すると復活するが、授業で使うPCなので非常に怖い。
先日は、数日経っても復活せず修理してもらった。
・Apple Diagnosticsで問題なし。
・First Aidで問題なし。
意味があるのか分からないが、ネットで書かれていたので
・SMCリセット
・PRAMリセット
をしておいた。
2019年11月11日月曜日
もう１本
午前
・授業準備
・データ整理
午後
・論文書き
やや放置ぎみだった論文書きを進める。おおよそ書き終わった。データの細かなところや、引用文献などをチェックしたら共同研究者に送れるか。今年中にもう１本投稿したいのだが。
対抗戦。全勝対決だった早稲田 vs 帝京は、最後の最後に飛び込みながらのトライ、と結果は劇的だった。早稲田の勝利もかなり久しぶりだった。
ただ、帝京がキックを結構はずしたり、早稲田がここぞというとこでミスしたり、と得点差のわりには興奮しなかった。
・授業準備
・データ整理
午後
・論文書き
やや放置ぎみだった論文書きを進める。おおよそ書き終わった。データの細かなところや、引用文献などをチェックしたら共同研究者に送れるか。今年中にもう１本投稿したいのだが。
対抗戦。全勝対決だった早稲田 vs 帝京は、最後の最後に飛び込みながらのトライ、と結果は劇的だった。早稲田の勝利もかなり久しぶりだった。
ただ、帝京がキックを結構はずしたり、早稲田がここぞというとこでミスしたり、と得点差のわりには興奮しなかった。
2019年11月8日金曜日
懸念が払拭
午前
・標本整理
午後
・生態ゼミ
・統計ゼミ
・書類作成
PCがおかしくなり、その普及に結構な時間を取られた。
昨日の井上戦は緊迫の３６分間だった。KOは見られなかったが、打たれ弱いのでは、という懸念が払拭された試合だった。
「足にきているのでは」という香川照之のコメントを長谷川穂積が参考にしていたけど、香川照之すごい。
ドネアが、パワーはそこまでではない、と言っているので、ランクを上げたらどうなるのか。幸か不幸か分からないが、WBCを狙うという目標ができたので、とりあえずは３団体統一を目指すか。
・標本整理
午後
・生態ゼミ
・統計ゼミ
・書類作成
PCがおかしくなり、その普及に結構な時間を取られた。
昨日の井上戦は緊迫の３６分間だった。KOは見られなかったが、打たれ弱いのでは、という懸念が払拭された試合だった。
「足にきているのでは」という香川照之のコメントを長谷川穂積が参考にしていたけど、香川照之すごい。
ドネアが、パワーはそこまでではない、と言っているので、ランクを上げたらどうなるのか。幸か不幸か分からないが、WBCを狙うという目標ができたので、とりあえずは３団体統一を目指すか。
2019年11月7日木曜日
2019年11月6日水曜日
2019年11月5日火曜日
充実
午前
・卒論指導（研究計画）
午後
・論文書き
・授業準備
・授業
久しぶりの授業で緊張した。
ラグビーW杯が終わったと思ったら、明日明後日は井上尚弥戦。土曜日だと勘違いしていたので気づいて良かった。フジテレビ系で放送があるようで安心した。NHKもBS8Kで放送するらしい。
大学ラグビーも週末から再開。対抗戦は、早稲田、明治、帝京が順調に無敗のまま。これから直接対決が始まるが、筑波大を基準にすると早稲田が有利か？
天皇賞のアーモンドアイにも驚かされたし、充実のスポーツの秋。
・卒論指導（研究計画）
午後
・論文書き
・授業準備
・授業
久しぶりの授業で緊張した。
ラグビーW杯が終わったと思ったら、
大学ラグビーも週末から再開。対抗戦は、早稲田、明治、帝京が順調に無敗のまま。これから直接対決が始まるが、筑波大を基準にすると早稲田が有利か？
天皇賞のアーモンドアイにも驚かされたし、充実のスポーツの秋。
2019年11月1日金曜日
2019年10月31日木曜日
愛媛、高知版
午前
・標本整理
午後
・標本整理
・データ整理
先週末から昨日まで、四国の模式産地で採集、、、愛媛、高知版。
高知では過去に２回採集をしたことがあったが、愛媛は初めての採集。2013年に愛媛から数多くの種が記載されたので、DNAデータ蓄積のために採集に行くことになった。
最大の目的であった模式産地では、ほとんどの場所でそれっぽい種が採れたが、全体的にコシビロが採集できなかった。特に高知は酷かった。時期が良くなかった可能性が高いが、分布から一つ興味深い仮説を考えた。
この標本を整理する前に、提供して頂いた標本を整理しなければ、、、と頑張ったところで終わった。
初めての自動車での瀬戸大橋越え。
・標本整理
午後
・標本整理
・データ整理
先週末から昨日まで、四国の模式産地で採集、、、愛媛、高知版。
高知では過去に２回採集をしたことがあったが、愛媛は初めての採集。2013年に愛媛から数多くの種が記載されたので、DNAデータ蓄積のために採集に行くことになった。
最大の目的であった模式産地では、ほとんどの場所でそれっぽい種が採れたが、全体的にコシビロが採集できなかった。特に高知は酷かった。時期が良くなかった可能性が高いが、分布から一つ興味深い仮説を考えた。
この標本を整理する前に、提供して頂いた標本を整理しなければ、、、と頑張ったところで終わった。
初めての自動車での瀬戸大橋越え。
2019年10月24日木曜日
進化で読み解く バイオインフォマティクス入門
午前
・標本整理
午後
・統計ゼミ
進化で読み解く バイオインフォマティクス入門
著者を偶然知ったので買ってみたのだが、大正解だった。
バイオインフォマティックスとは生命情報科学などと訳され、生命現象を数学的に扱う分野である。
タイトルに「進化で読み解く」とあるが、決して、進化学だけで扱われる分野ではなく、医学などでも非常に重要な分野で、最もホットな研究分野の一つである。
具体的には遺伝子やタンパク質データをコンピューターを使って解析をしていくのだが、当然、そこには高度な数学能力やPCを使いこなす能力が必要となる。
しかし、高校までの、生物学=暗記、と信じてきた私のような人間にとって、数学もコンピューターも扱うことは苦手である。
そこで、数学的なことは置いておいて、、、と、How to本を見ながら、なぜ、こうなるのか良く分からないが結果が出たので良しとしようと逃げ道を探ることになる。エンドユーザーと呼ばれることもある。
じゃー、頑張って勉強するかと専門書を開くと、、、難しい数式のオンパレードで挫折してしまう。
このような私が、最低限のバイオインフォマティックスの知識を学ぶのに適しているのが本書である。
数式は最低限に抑えられながら、非常に幅広い分野を簡潔に説明されている。例えばアライメントなどはしょっちゅう行っているのだが、その理論についてはほとんど分かっていなかったが、本書のおかげで理解できた。
具体的な解析に関するHow toは少ないが、各章末にソフトの紹介がされており、実際に解析をする際には役に立ちそう。
系統解析の作業について、学生から質問されたら、ひとまずこれを読んでみてと、自身を持って勧められる一冊。
系統解析のエンドユーザーは必読の一冊。ちにみに、筆者が授業で使用している資料はHPから入手できるみたい。
もくじ
１．分子・ゲノムに関する基礎知識
２．遺伝と進化に関する基礎知識
３．集団内・種内の配列解析法
４．種間の配列比較法
５．配列のアライメントと相同性検索法
６．分子系統樹作成法
７．機械学習による予測法
８．遺伝子配列決定法とアセンブル法
９．遺伝子発現情報解析法
１０．タンパク質解析法
１１．データベースへのアクセスとその利用法
・標本整理
午後
・統計ゼミ
進化で読み解く バイオインフォマティクス入門
著者を偶然知ったので買ってみたのだが、大正解だった。
バイオインフォマティックスとは生命情報科学などと訳され、生命現象を数学的に扱う分野である。
タイトルに「進化で読み解く」とあるが、決して、進化学だけで扱われる分野ではなく、医学などでも非常に重要な分野で、最もホットな研究分野の一つである。
具体的には遺伝子やタンパク質データをコンピューターを使って解析をしていくのだが、当然、そこには高度な数学能力やPCを使いこなす能力が必要となる。
しかし、高校までの、生物学=暗記、と信じてきた私のような人間にとって、数学もコンピューターも扱うことは苦手である。
そこで、数学的なことは置いておいて、、、と、How to本を見ながら、なぜ、こうなるのか良く分からないが結果が出たので良しとしようと逃げ道を探ることになる。エンドユーザーと呼ばれることもある。
じゃー、頑張って勉強するかと専門書を開くと、、、難しい数式のオンパレードで挫折してしまう。
このような私が、最低限のバイオインフォマティックスの知識を学ぶのに適しているのが本書である。
数式は最低限に抑えられながら、非常に幅広い分野を簡潔に説明されている。例えばアライメントなどはしょっちゅう行っているのだが、その理論についてはほとんど分かっていなかったが、本書のおかげで理解できた。
具体的な解析に関するHow toは少ないが、各章末にソフトの紹介がされており、実際に解析をする際には役に立ちそう。
系統解析の作業について、学生から質問されたら、ひとまずこれを読んでみてと、自身を持って勧められる一冊。
系統解析のエンドユーザーは必読の一冊。ちにみに、筆者が授業で使用している資料はHPから入手できるみたい。
もくじ
１．分子・ゲノムに関する基礎知識
２．遺伝と進化に関する基礎知識
３．集団内・種内の配列解析法
４．種間の配列比較法
５．配列のアライメントと相同性検索法
６．分子系統樹作成法
７．機械学習による予測法
８．遺伝子配列決定法とアセンブル法
９．遺伝子発現情報解析法
１０．タンパク質解析法
１１．データベースへのアクセスとその利用法
2019年10月23日水曜日
綺麗に
午前
・卒論手伝い（DNA抽出） ・PCR産物精製
午後
・卒論手伝い（野外調査）
・査読
・シーケンス準備
バンドは見えるが波形が汚い標本に、昨日、新しいプライマーを試す。とりあえずバンドは出た。綺麗に読めてくれ、、、。
・卒論手伝い（DNA抽出） ・PCR産物精製
午後
・卒論手伝い（野外調査）
・査読
・シーケンス準備
バンドは見えるが波形が汚い標本に、昨日、新しいプライマーを試す。とりあえずバンドは出た。綺麗に読めてくれ、、、。
2019年10月21日月曜日
熱狂に隠れて
午前
・卒論手伝い（野外調査）
午後
・卒論手伝い（野外調査）
・会議
・標本整理
・書類作成
先週、雨天延期となった卒論調査。無事に終了。
ラグビーの熱狂に隠れてしまったが、武豊が菊花賞制覇。最年少勝利と最年長勝利、昭和-平成-令和での勝利、と中々の記録的な勝利だった。そして、ディープインパクトの子で、（京都競馬場で生で観た）ディープインパクト以来の勝利。
最内に入って最短コースを通り、最後の直線で１馬分外に出てからの一気の伸び、はカッコ良かった。
さらに、隠れてしまったがメロディーレーン。牝馬なのだが、驚きべきことに体重が３４０キロ！
４５０ー５００キロが一般的なので超小柄。勝ち星を挙げた最軽量馬らしい。アイドルホースになるかも。
・卒論手伝い（野外調査）
午後
・卒論手伝い（野外調査）
・会議
・標本整理
・書類作成
先週、雨天延期となった卒論調査。無事に終了。
ラグビーの熱狂に隠れてしまったが、武豊が菊花賞制覇。最年少勝利と最年長勝利、昭和-平成-令和での勝利、と中々の記録的な勝利だった。そして、ディープインパクトの子で、（京都競馬場で生で観た）ディープインパクト以来の勝利。
最内に入って最短コースを通り、最後の直線で１馬分外に出てからの一気の伸び、はカッコ良かった。
さらに、隠れてしまったがメロディーレーン。牝馬なのだが、驚きべきことに体重が３４０キロ！
４５０ー５００キロが一般的なので超小柄。勝ち星を挙げた最軽量馬らしい。アイドルホースになるかも。
2019年10月18日金曜日
何も無くなった
午前
・PC復旧
・授業準備
午後
・PCR実験
・研究相談
・査読
・書類書き
最後の卒論手伝い（野外調査）に行く予定だったが、残念ながら雨で延期。
昨日、macOS Catalinaをアップロードして、不具合が出たので、ダウングレードしようと思ったら初期化ミス。インターネットリカバリーが必要だけど、大学のwifiに繋がらないという状況に陥った。
最終的には、以前使っていたwifiルーターを経由したらネットにつながったのだが、この使い方を完全に忘れており、昨日の半分は、この対応に割く羽目になった。
昨日は、毎月恒例の水田調査にも行った。１年間継続する調査で１１ヶ月目。
調査を開始した昨年の１２月は何も無かった。
水田に入水が始まった３月。実験のため早く水を入れている。
８月には腰の高さまで成長。
そして、昨日、何も無くなった。
・PC復旧
・授業準備
午後
・PCR実験
・研究相談
・査読
・書類書き
最後の卒論手伝い（野外調査）に行く予定だったが、残念ながら雨で延期。
昨日、macOS Catalinaをアップロードして、不具合が出たので、ダウングレードしようと思ったら初期化ミス。インターネットリカバリーが必要だけど、大学のwifiに繋がらないという状況に陥った。
最終的には、以前使っていたwifiルーターを経由したらネットにつながったのだが、この使い方を完全に忘れており、昨日の半分は、この対応に割く羽目になった。
昨日は、毎月恒例の水田調査にも行った。１年間継続する調査で１１ヶ月目。
調査を開始した昨年の１２月は何も無かった。
水田に入水が始まった３月。実験のため早く水を入れている。
８月には腰の高さまで成長。
そして、昨日、何も無くなった。
2019年10月16日水曜日
糞
午前
・卒論手伝い（野外調査）
午後
・卒論手伝い（野外調査）
順調に進んで、残り３地点。天気が持ってくれ。
これはシカの糞？俵状に細長いらしい。
で、こちらは細長くないのでウサギの糞？
中間程度のあったりと、経験不足を露呈した。
・卒論手伝い（野外調査）
午後
・卒論手伝い（野外調査）
順調に進んで、残り３地点。天気が持ってくれ。
これはシカの糞？俵状に細長いらしい。
で、こちらは細長くないのでウサギの糞？
中間程度のあったりと、経験不足を露呈した。
2019年10月15日火曜日
折り返し
午前
・卒論手伝い（野外調査）
午後
・卒論手伝い（野外調査）
折り返しに入った卒論野外調査。曇天模様だったが、どうにか雨は降らずに助かった。
目的ではないがイノシシ？の足跡。
目的ではないがヤマアカガエル？。森林の調査だが、カエルが飛び回っているのが印象的。
・卒論手伝い（野外調査）
午後
・卒論手伝い（野外調査）
折り返しに入った卒論野外調査。曇天模様だったが、どうにか雨は降らずに助かった。
目的ではないがイノシシ？の足跡。
目的ではないがヤマアカガエル？。森林の調査だが、カエルが飛び回っているのが印象的。
2019年10月11日金曜日
分かってきた
午前
・卒論手伝い（野外調査）
午後
・卒論手伝い（野外調査）
総出の卒論調査３日目。大学に戻ったら、締切ギリギリの書類の作成依頼が、、、。
キノコが好きなヒトの気持ちが少しずつ分かってきた。
・卒論手伝い（野外調査）
午後
・卒論手伝い（野外調査）
総出の卒論調査３日目。大学に戻ったら、締切ギリギリの書類の作成依頼が、、、。
キノコが好きなヒトの気持ちが少しずつ分かってきた。
2019年10月10日木曜日
2019年10月9日水曜日
2019年10月8日火曜日
2019年10月7日月曜日
2019年10月4日金曜日
青色Ligidium
午前
・標本整理
午後
・書類書き
・標本整理
PCが修理から返ってきた。５月に購入したPCが立ち上がらなくなった。ロジックボードを交換したそうだ。
現場では気づかなったが、先日の山口県の調査で、青色Ligidiumを採集していたことが判明。
凱旋門賞に出走する予定だった武豊。騎乗馬の出走取り消しという話だったが、別の騎乗依頼があり出走することになったらしい。
ノーベル賞＋凱旋門賞で盛り上がる一週間となりそうだ。
・標本整理
午後
・書類書き
・標本整理
PCが修理から返ってきた。５月に購入したPCが立ち上がらなくなった。ロジックボードを交換したそうだ。
現場では気づかなったが、先日の山口県の調査で、青色Ligidiumを採集していたことが判明。
凱旋門賞に出走する予定だった武豊。騎乗馬の出走取り消しという話だったが、別の騎乗依頼があり出走することになったらしい。
ノーベル賞＋凱旋門賞で盛り上がる一週間となりそうだ。
2019年10月3日木曜日
アマミサソリモドキ
午前
・標本整理
午後
・標本整理
・書類書き
ここ数日で、貴重な標本をたくさん送って頂いた。ありがとうございます。
これまで入手できていなかった某県のサソリモドキ。アマミサソリモドキだった。
・標本整理
午後
・標本整理
・書類書き
ここ数日で、貴重な標本をたくさん送って頂いた。ありがとうございます。
これまで入手できていなかった某県のサソリモドキ。アマミサソリモドキだった。
2019年10月2日水曜日
iDNA
午前
・標本整理
午後
・標本整理
・書類書き
近年、ヒル、マダニ、蚊などの吸血性無脊椎動物の体内に保持されている脊椎動物の血液DNAから、哺乳類の生息状況を調べる研究が行われている。
このような手法は、通称、iDNA（invertebrate‐derived DNA）を呼ばれている。
現在、卒業研究でもiDNAの研究を行なっているが、塩基配列が決定できる確率はそれほど高くない。
ヒルを使うと良いらしいが、当然ながら、ヒルがいない（低密度）地域では、他の動物を使うことになるが、それぞれに一長一短がある。
これに関連して、昆虫などのモニタリングとして採集された標本をiDNAに使おう、という論文が発表された。
トラップで採集された標本をまるごと非破壊でDNAを抽出し、そのDNAで哺乳類（もちろん、昆虫のDNAも得られる）を調べるというもの。非破壊抽出なので標本も保管できる。
PCRの成功率はあまり高くないが、昆虫モニタリングに１ステップとして組み込むことができれば、成功率が多少低くても数で補えるかも。
Vertebrate diversity revealed by metabarcoding of bulk arthropod samples from tropical forests.
Lynggaard et al. (2019) Environmental DNA, 00: 1–13.
・標本整理
午後
・標本整理
・書類書き
近年、ヒル、マダニ、蚊などの吸血性無脊椎動物の体内に保持されている脊椎動物の血液DNAから、哺乳類の生息状況を調べる研究が行われている。
このような手法は、通称、iDNA（invertebrate‐derived DNA）を呼ばれている。
現在、卒業研究でもiDNAの研究を行なっているが、塩基配列が決定できる確率はそれほど高くない。
ヒルを使うと良いらしいが、当然ながら、ヒルがいない（低密度）地域では、他の動物を使うことになるが、それぞれに一長一短がある。
これに関連して、昆虫などのモニタリングとして採集された標本をiDNAに使おう、という論文が発表された。
トラップで採集された標本をまるごと非破壊でDNAを抽出し、そのDNAで哺乳類（もちろん、昆虫のDNAも得られる）を調べるというもの。非破壊抽出なので標本も保管できる。
PCRの成功率はあまり高くないが、昆虫モニタリングに１ステップとして組み込むことができれば、成功率が多少低くても数で補えるかも。
Vertebrate diversity revealed by metabarcoding of bulk arthropod samples from tropical forests.
Lynggaard et al. (2019) Environmental DNA, 00: 1–13.
2019年10月1日火曜日
2019年9月27日金曜日
気になって
午前
・卒論中間発表
午後
・卒論中間発表
卒論中間発表がどうにか終わった。それは良かったのだが、４月に購入したMacbook airが立ち上がらなくなった、、、こっちが気になって、気になって。
保証期間なので、無料で直してもらえるだろうけど、鳥取県にはAppleの正規ショップがないので、郵送での修理となる。２週間くらいかかるか。
土日は山口で学会に参加。
昨日のアンビリバボーは感動した。
・卒論中間発表
午後
・卒論中間発表
卒論中間発表がどうにか終わった。それは良かったのだが、４月に購入したMacbook airが立ち上がらなくなった、、、こっちが気になって、気になって。
保証期間なので、無料で直してもらえるだろうけど、鳥取県にはAppleの正規ショップがないので、郵送での修理となる。２週間くらいかかるか。
土日は山口で学会に参加。
昨日のアンビリバボーは感動した。
2019年9月26日木曜日
2019年9月25日水曜日
重要
午前
・標本整理
午後
・標本整理
随分前に、標本を送る、と連絡してからかなり放置してしまった標本の整理で１日が終わった。あと１日は必要そうだ。
そして、シーケンスの結果が届いたが、重要な標本が綺麗に読めていない、、、。
・標本整理
午後
・標本整理
随分前に、標本を送る、と連絡してからかなり放置してしまった標本の整理で１日が終わった。あと１日は必要そうだ。
そして、シーケンスの結果が届いたが、重要な標本が綺麗に読めていない、、、。
2019年9月24日火曜日
おまけ
午前
・書類書き
午後
・書類書き
・要旨集作成
・卒論手伝い（発表練習）
・学会業務
ラグビーで盛り上がっているうちに、武豊が凱旋門賞に不参戦という悲しいニュースが。厳密には、武豊が騎乗する馬が不参戦だけど。
オブライエン厩舎の馬で出走する、という突然のニュースで驚いたのに残念。
やっと読めたキングダム５５巻、おまけが面白い。
・書類書き
午後
・書類書き
・要旨集作成
・卒論手伝い（発表練習）
・学会業務
ラグビーで盛り上がっているうちに、武豊が凱旋門賞に不参戦という悲しいニュースが。厳密には、武豊が騎乗する馬が不参戦だけど。
オブライエン厩舎の馬で出走する、という突然のニュースで驚いたのに残念。
やっと読めたキングダム５５巻、おまけが面白い。
2019年9月19日木曜日
2019年9月18日水曜日
2019年9月17日火曜日
素敵
午前
・卒論手伝い（野外調査）
午後
・卒論手伝い（野外調査、解析相談） ・PCR実験
月一水田調査。
稲刈り前、最後の調査。倒れている稲が多いが、原因は色々とあるそうだ。とても勉強になった。
週末は、大阪→福岡と移動。福岡では結婚式に参加。素敵な式でした。
式以外でも卒業生にたくさん会えて、とても良い時間を過ごせた。
・卒論手伝い（野外調査）
午後
・卒論手伝い（野外調査、解析相談） ・PCR実験
月一水田調査。
稲刈り前、最後の調査。倒れている稲が多いが、原因は色々とあるそうだ。とても勉強になった。
週末は、大阪→福岡と移動。福岡では結婚式に参加。素敵な式でした。
式以外でも卒業生にたくさん会えて、とても良い時間を過ごせた。
2019年9月10日火曜日
RICHO THETA＋Rによる樹冠開空度
午前
・大学業務
午後
・卒論手伝い（DNA実験，添削）
・学会業務
鳥取には影響がなかったので実感がわかないが、先日の台風は、茨城、千葉はかなり大変だったそうだ。オールブラックスが千葉県（松戸？）で合宿するみたいだけど、大丈夫なのかな？
RICHO THETA＋Rによる樹冠開空度を計測は、とても楽だった。
まず、THETAで写真を撮る。学生が撮影したので、撮り方の詳細は不明だが、多分、ボタンを押すだけ。
するとこんな感じの写真が撮れる。これは、cylindrical projection（中央円筒図法？）と呼ばれるそうだ。
RICHOのサイトから専用のappをダウンロードすると、このように変換できる。
Rでの解析に必要なのは、cylindrical projectionの方で、これを使ってGitHubのコマンドを実行するだけ。
Rでequal-area projection（等積投影図法？）に変換した画像、
それを二値化した図。閾値などの詳細も設定できる。
で、この白ピクセルと黒ピクセルの数から、空の面積割合を計算してくれる。
equidistant projection（正距離図法？）の図も出力できる。多分、この図を用いた計算もできる。
カメラも軽く、頂点も自動で合わせてくれるので非常に楽です。論文では、既存の方法と比較して大きな差はないことが示されている。オススメ！
・大学業務
午後
・卒論手伝い（DNA実験，添削）
・学会業務
鳥取には影響がなかったので実感がわかないが、先日の台風は、茨城、千葉はかなり大変だったそうだ。オールブラックスが千葉県（松戸？）で合宿するみたいだけど、大丈夫なのかな？
RICHO THETA＋Rによる樹冠開空度を計測は、とても楽だった。
まず、THETAで写真を撮る。学生が撮影したので、撮り方の詳細は不明だが、多分、ボタンを押すだけ。
するとこんな感じの写真が撮れる。これは、cylindrical projection（中央円筒図法？）と呼ばれるそうだ。
RICHOのサイトから専用のappをダウンロードすると、このように変換できる。
Rでの解析に必要なのは、cylindrical projectionの方で、これを使ってGitHubのコマンドを実行するだけ。
Rでequal-area projection（等積投影図法？）に変換した画像、
それを二値化した図。閾値などの詳細も設定できる。
で、この白ピクセルと黒ピクセルの数から、空の面積割合を計算してくれる。
equidistant projection（正距離図法？）の図も出力できる。多分、この図を用いた計算もできる。
カメラも軽く、頂点も自動で合わせてくれるので非常に楽です。論文では、既存の方法と比較して大きな差はないことが示されている。オススメ！
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