・データ解析
午後
・データ解析
消耗品が切れてしまったので、一日中データ解析。数ヶ月待たせてしまったが、共同研究者にやっとdraft reportができた。
ここ数日苦戦したのが、haplotype networkの描画。結局、解決はしていないけど。
library(pegas) を使った方法だと、プロットのサイズの制御ができなかった。１枚だけなら良いのだが、今回は６つのサブグループがあり、グループ間でサイズの統一ができず断念。
library(haplotypes) では、プロットの配置の際に、シミュレーション？が行われているようで、出力するたびに微妙に配置が異なる。
完全な制御はできていないが、
coo1 <- plot(p, net=1, mode="fruchtermanreingold",,,,) plot(p, net=1, coord=coo1, label.pos=5,,,,)とすると、大きくズレることはない気がする？気のせいかも。
とはいえ、どうにかこうにか、haplotipe network図を作成し、
