古賀と久山の毎木

Koga-１、２、Haisayama-１、２、３の毎木終了。雪の中の調査だった。記入係だったので、指先がかじかんで大変だった。

共同研究者のオレンジ軍団。今月、足を手術した方も参加して下さいました。縫ったところが開いたとか、、、。

Koga-１、２でも新しい調査を開始。

記憶

学会のニューズレターを再校正して、印刷へ。

某ビッグネームにメールを書いたり、色々と作業をしていた一日。しかし、これといって何をしたのか覚えていない。

季節がらというか、卒論対応も増加。地道に進んでいくのだろう、、、か。

Cubaris論文が英文校閲から戻ってきた。ちょっとだけ修正。明日は、ヒノキ林調査なので、投稿は土曜日になるか。

青色ワラジムシの問題は実験ミスということが判明。再実験をして頂き決着。どうにか来週中に投稿まで。

日本のイリド

裏山登り、動画解析、ゼミ、合間に青色ワラジムシ論文を進める。

これまで日本から青色ワラジムシを報告した論文はない？というスタンスで論文を書いている。しかし、「ない」と言うのはナカナカ大変。色々と探していたら手元に下記の論文があることが判明。著者は九州大学の方々のようだ。

Serological comparison of a crustacean and two insect iridoviruses
Ohba et al. (1991) Appl Ent Zool, 26: 123-128

オカダンゴムシから抽出したIIV（論文中ではAvIV）とTIV、CIVの性質を免疫学的？に調べている。

１．AvIVは、Galleria属（ガの仲間、ブドウムシ？）の幼虫で増殖させる。

２．AvIVは、TIVやCIVとは異なる。

３．Federici（１９８０）とCole and Morris（１９８０）がともにオカダンゴムシから抽出したウイルスは異なるのでは、と指摘している（しかし、とくに議論はしていない）。

私の能力では、この論文の実験結果を正確には理解できない。現在では、IIV-３１（AvIV）、TIV、CIVは遺伝子レベルで異なることが証明されているので、２の結論は問題ないとして、３の結論が気になる。

Federici（１９８０）とCole and Morris（１９８０）が発見したウイルスは、現在では、ともにIIV-３１と認識されている（と思う）。本論文も含め、この３本論文では、免疫学？病理学？的な手法が利用されており、私がそれをほとんど理解できず、詳しいとこが良く分からないのが不安、、、。

私が本当に知りたかったのは、ウイルスの発見場所なのだが、AvIVがどこのオカダンゴムシから抽出したのかについては記述されていない。ただ、増殖方法は本人達の別論文が引用されているので、そっちに書かれているのかも。

卒論で挑戦している新しいテーマ。幸先良いスタートが切れた。

現状

お絵描きに没頭。

途中、動物実験に関する講義。動物の実験をする場合には、できる限り苦痛などを与えないようにする必要がある。そのための法律もあるのだが、日本の場合、飼育に関しては法律があり、実験そのものに関しては各研究機関で規定を制定することになっているらしい。アメリカスタイルなんだとか。色々な実験方法があるので、画一的に法律で取り締まるのが困難というのが理由。

規定の対象となるのは、ほ乳類、鳥類、爬虫類だけど、他の動物で実験するときも意識をしましょうと。「人もほ乳類だけど、その場合も規定の対象になるの？」と質問したところ、人で実験する場合は、倫理規定という別の規定の対象になると。

お絵描きの現状整理。

まず、日本のほこる海洋島から記載された３種。

小笠原から記載された種。

同じく小笠原から記載された別の種。

南大東島から記載された種。

八丈島から記載された種。

鹿児島から記載された種。

高知県から記載された種。

沖永良部島（鹿児島）から記載された種。

和歌山県から記載された種。

同じく和歌山県から記載された種。

さらに和歌山県から記載された種。

、、、１０種しかない。１１種いるはずだけど、、、と思い、昨日の表をみたら、B. okinawaensisがnoneになっているんだった。タイプ以外でお絵描きするしかないか。

嫌だ

Cubaris論文を英文校閲、学会のニューズレターを印刷へ。

ちょと用事があって、Facebookに挑戦してみるが、知らない人の名前が羅列されるのを見て、ここに載るのは嫌だなと、、、数分で退会手続き。

投稿間近で２本が牛歩状態なので、お絵描きを進める。Burmoniscus okinawanesis complexについては、とりあえず下書き終了（１１種）。ただ、タイプ標本だけでは網羅できないことも判明。このあたりは議論を進めながら検討。

小笠原から記載された種のパラタイプのお絵描き。

あと既知種２種を加えて、ひとまず論文にしてしまう予定。で、これ以外に未記載種が２種。これは別の論文になる予定で、これが終われば、日本産Burmoniscusはめでたく決着。

らぴゅた

やはり見直すと色々と問題が見つかる。久しぶりにSEM撮影をしてみる。先日の石垣サンプルが早速、役にたった。

お絵描き＋SEM写真で分かりやすくなった？

データが増えたので、系統樹も再計算。結果は変わらず。

ラピュタがジブリで最高かな。パズーが逆さになってシータを助けるシーンとか、見張りをしているパズーとシータの会話を他の船員はが盗み聞きしているシーンとか、名シーンの連続。巨人兵（ラピュタが巨人兵でナウシカが巨神兵？）も哀愁たっぷり。そして、欠点も見当たらない。

パズーの声、聞き覚えがあるな、と思ったら、田中真弓さんという人だった、、、ルフィーと同じなのか。

コナン、ルパン、ラピュタ、ワンピース、強力アニメが続いて、年末っポイ。ただ、９時から１１時の放送なわけで、視聴者の対象はどのあたりを狙っているかな。私は観てしまうわけだが、、、途中で寝るけど。

リアルに飛行石を作ってしまった人もいるそうで。もちろん、飛べるわけでなく、宇宙ステーションをレザーで指し続けるみたい。カッコいい。

コナン君の麻酔銃もあった。スゴい。

こんなのを作りながら、宇宙ステーションの軌道を計算したり、電子回路のメカニズムを調べたりとか、学校でやったら盛り上がりそうだけど、、、つまらない勉強をすることが良いと思っている人が多いので難しいだろうけど。

SeaViewの入れ換え

青色ワラジムシ論文は凍結になってしまったので、Cubaris論文を進める。先日、西表島で採集した標本のDNAデータを登録。明日見直して、英文校閲。これは来週中に投稿できそう。

私は、アライメント後の塩基配列の細かな修正には、SeaViewを使っている。アライメントを行うと、塩基配列の順番がぐちゃぐちゃになってしまい、その後の処理の際に困っていた。（以前、どこかのサイトで見たんだったと思うが）順番の入れ換え方法をメモ。

移動したい塩基配列を指定。ここでは黒塗りの１８番を赤矢印のところに移動したい。

で、controlを押しながら挿入した場所をクリックでOK。