土と生き物: 2022

2022年12月28日水曜日

結果オーライ

午前
・学会業務（打ち合わせ）
・データ整理

午後
・会議
・データ整理
・研究相談

結構自身があったのだが、今年、リジェクトされた論文。そのおかげ？で三宅島のサンプルを入れることができたので、結果オーライ。

新しいハプロタイプが確認されたので、再解析が必要になったのが面倒だけど。

2022年12月27日火曜日

慣れない

午前
・標本整理

午後
・会議
・論文自炊
・データ整理

ggolot2は、色の設定とか、細かな調整がいつまで経っても慣れない。

2022年12月26日月曜日

FMラジオ

午前
・授業
・授業準備

午後
・会議
・データ整理

なぜか、授業がないつもりで大学に来てしまい、朝からアタフタしてしまった。

地元FMラジオに出してもらった、、、大学教員の持ち回り出演番組だけど。

曲のリクエストも経験した。

有馬記念が終わってしまった。今年、ほとんど競馬をみなかった。勝ったのは３歳馬イクイノックス。

天皇賞、有馬記念の連勝だが、ダービーは２着。で、ダービー馬は武豊が騎乗したドウデュースで、凱旋門賞に出た疲れか、やっと帰厩した段階だとか。

大阪杯で対決が見られるか？

で、昨日は、大学ラグビー選手権の準々決勝もあった。

筑波大 vs 東海大、はライブでみた。

筑波大を応援していたので勝ってよかったが、東海大が自滅した印象。

次戦は、帝京大との準決勝だが勝てる気があまりしない。でも、筑波大は帝京大キラーになることが多いので接戦になることを期待したい。

筑波大 vs 東海大、でプレイ以上に驚きだったのが、レフリーが現役の大学生だったこと。

ビデオ判定を取り入れたりと、ラグビーはサッカーよりも先進的な取り組みが多い印象。

準決勝のもう一試合は、京産大 vs 早稲田大。対抗戦の成績から、早稲田大は準々決勝（vs 明治大）で負けるかなと思っていたが、伝統の戦いはやってみないと分からない。

早稲田大の応援だが、打倒帝京大を考えると、京産大が勝った方が可能性が高そうな気もする。

2022年12月23日金曜日

予報

午前
・データ整理
・授業

午後
・卒論手伝い（野外調査）
・授業準備

最高気温０度、大雪、と予報が出ていたので、野外調査はとても心配だったが、雪は降らず。寒さも昨日とあまり変わらない感じで作業ができた（服装が厳重になったため？）。

今朝のニュースによると米子は降っていたようだが、鳥取市北部は現時点でも雪は降っていない。このまま過ぎてくれると良いが。

2022年12月22日木曜日

反則負け

午前
・授業準備
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・授業準備
・統計ゼミ
・文献整理

野外調査には適さない時期であることを実感した、、、が、明日も行くことになった。

プロの将棋で反則負けがあったようだ。先手、後手を間違えて指してしまったとのこと。

初めて１年間と通して大河ドラマを観た。

三谷幸喜＋鎌倉幕府、ということで楽しみにしていたが面白かった。最終回に出てきた御成敗式目、守護地頭など中学生のときに勉強した名称もよく出てきて役割をよく理解できた気がする。

タイトルの１３人も、合議制だけでなく、最後に成敗してきた人数とかけられていて、そこからの流れも良かった。

来年は、古沢良太脚本は面白そうだけど、家康にあまり興味が湧かない。幕末あたりでやってほしかった。

2022年12月21日水曜日

人生初

午前
・シーケンス準備
・生態学ゼミ

午後
・授業準備
・大学業務
・授業準備

人生初の体験をした１日となった。たったことのないことが、まだまだ沢山ある。

明日は、卒論手伝いで野外調査。雪予報だが、どうなることか。

2022年12月20日火曜日

サンキー図

午前
・標本整理

午後
・統計ゼミ
・データ整理

統計ゼミで勉強したサンキー図。

networkD3::sankeyNetwork( )で作成できるが、使用できるデータの様式に結構な癖があり、準備が難しい。

ゼミでは、超入門! Rでできるビジュアル統計学学会・論文発表に役立つデータ可視化マニュアル、を使って勉強した。

D3というJavaScriptが動いている？らしい。そのせいか、１/4名がエラーは出ないが、図が出力されなかった。

ネットではもっと綺麗な図のコマンドが紹介されている。また、networkD3で色々なネットワーク図が描ける。

networkD3:D3 JavaScript Network Graphs from R
35 フローチャート・サンキー図・タイムライン

2022年12月19日月曜日

受理

午前
・授業
・授業準備

午後
・会議×２
・論文書き

マダニとシカの関係を調べた論文がやっと受理された。気軽なつもりで投稿したが色々とあって苦戦した。

Karasawa S., Muto R., Harada M.
Relationship between abundances of hard ticks (Acari: Ixodida: Ixodidae) and distribution of sika deer (Cervus nippon) in Tottori Prefecture, Japan
衛生動物

2022年12月16日金曜日

焦って

午前
・授業準備
・授業

午後
・野外調査
・授業準備
・資料作成

明日の発表。余裕をかましていたら前日になってしまった。焦って準備。

恒例の月一調査。

標高が少し高いので、先日降った雪が積もっていた。

林床も。

2022年12月14日水曜日

印象

午前
・標本整理
・生態学ゼミ

午後
・標本整理
・研究相談

オカメワラジムシ属（Exalloniscus Stebbing, 1911）の種分類について、実体顕微鏡下で理解できたつもりだったが、種表徴の第１腹肢内肢が立体構造をしており、プレパラートにすると印象が結構変わることが分かった。

つまり、標本の観察方法がかなり重要。

そもそも、記載論文に観察方法が書かれていないこともあるので、どう判断したら良いのか悩む。

2022年12月13日火曜日

ありがたい

午前
・標本整理

午後
・統計ゼミ
・面談
・研究相談

井上尚弥戦を観るには、dTVに登録しないといけないのか、どうしよう、と思っていたが、登録なしでも観られるとは。

ありがたい。

2022年12月9日金曜日

青木淳一先生

午前
・授業準備
・授業

午後
・データ整理
・講習
・授業準備

日本の土壌動物学における最大の貢献者の一人であり、また、世界的なササラダニ類の研究者でもある青木淳一先生が11月11日にご逝去された。

大学２年生のとき偶然、青木先生の講義を聞き、土壌動物、ダニに興味を持ったことがキッカケで研究者の道をすすむことになった。

昆虫少年ではなかった私がこのような道に進むとは、少なくとも大学１年生までは考えられなかった。

それほどまでに、衝撃的な出会い（授業）だったと言える。

４年間、同じ大学にいたが、学部が違っていたため、指導教員-学生、の関係になったことはない。

修士課程の時、沖縄で見つけたササラダニの線画を描き学会で発表した際に、青木先生から「新種の発表をしてみない」と声をかけて頂いたのをきっかけに、共同研究を行うことになった。

自宅に読んで頂き、奥さんと一緒に食事をしたことは本当に凄い体験だったと、今更ながら思う。

このとき、青木先生の文献を先生と一緒にコンビニでコピーさせて頂いたことが、青木先生の人柄を表しているように思う。

当時から、ほぼ伝説化しているような先生であったが、学生に対して気さくに声をかけ、質問に対しては優しく何でも答えてくれた。

また、自宅で聴かせて頂いた学生自体のエピソード、例えば、「コピー機がないから、図書館に行ったら文献を書き写さなければならない。それをやっていたらドイツ語を覚えた」とサラッと述べていたが、コピペばかりしている現在では考えられないことだ。

知の巨人の誕生には、やはり、努力があったことは間違い。この機会に我が身を振り返るとしよう。

色々なことを教えて頂いた先生方が少しずつ少なくなっていく。とても辛いことであるが、私自身が、さらに若い世代へ、何かを伝えなければならない歳になってきたのだろう。

ササラダニの研究は（ほぼ）やめてしまったが、土壌動物学の発展に少しでも貢献することで、青木先生へ恩返しをしていきたい。

青木先生との共著論文：

Aoki J. Karasawa S. (2007)
A New Species of the Genus Fenestrella (Acari: Oribatida) from Okinawa, Japan
Journal of the Acarological Society of Japan, 16: 5–9

Karasawa S., Aoki J. (2004)
Oribatid mites (Acari: Oribatida) found in a littoral environment in the Ryukyu Islands, Japan
Phytophaga, 14: 223–27

Karasawa S., Aoki J. (2005)
Oribatid mites (Arachnida: Acari: Oribatida) from the marine littoral of the Ryukyu archipelago, southwestern Japan
Species Diversity, 10: 209–23

Karasawa S., Nagata S, Aoki S, Yahata K, Honda M. (2015)
Phylogeographic Study of Whip Scorpions (Chelicerata: Arachnida: Thelyphonida) in Japan and Taiwan
Zoological Science, 32: 352–63

青木先生に献名したした種

Symbioribates aokii Karasawa & Behan-Pelletier, 2007

2022年12月7日水曜日

準備

午前
・シーケンス準備
・生態学セミナー

午後
・シーケンス準備
・大学業務
・面談
・データ整理

２plate分のシーケンスを準備。良い結果が出ると良いけど。

首の痛みは和らいだが、背中全体に広がった。こうして消えて行けば良いが。

2022年12月6日火曜日

イリドウイルス感染

午前
・標本整理

午後
・統計ゼミ
・研究相談

iNaturalistやBugGuideを用いたイリドウイルス感染ワラジムシ類の報告した論文を見つけた。

シーケンスも行っている。

Douch J.K., Poupa A.M. (2021)
Citizen science data opens multiple avenues for iridovirus research and prompts first detection of Invertebrate iridescent virus 31 in Australia
Journal of Invertebrate Pathology, 183: 107619

2022年12月5日月曜日

首の付け根

午前
・授業

午後
・書類作成
・授業準備
・研究相談

土日は、卒論手伝いで京都、福井で調査。

天気は悪かったが、雪が降らなくて助かった。

寒くなったので、採集は難しいかと思ったが、調査地点全てでも対象動物を確認できた。

本日、大学に来て椅子に座ったとたん、首の付け根が寝違えたように痛くなった。

土日の長距離の運転の疲れが出たか？

2022年12月2日金曜日

リニューアル

午前
・授業準備
・授業

午後
・授業準備
・発表練習
・授業準備

久しぶりに県別マップルを購入したら表紙がリニューアルされていた。

西日本はコンプリートか？

2022年12月1日木曜日

月一恒例

午前
・授業準備
・学会発表練習

午後
・授業準備
・多様セミナー

月一恒例（にしたい）研究セミナー。本日は、蛾の性フェロモンの話。

少ない物質で複雑な世界を作り出す、自然の魅力満載の話だった。

授業用の資料作成では、markdwonの言うことを聞かなくなり手間取った。

2022年11月30日水曜日

解放

午前
・原稿書き

午後
・手伝い
・原稿書き

本日締切の書類をどうにか提出。

今週はこれに悩まされた。これで解放された。

しかし、金曜日から、とうとう始める授業×２の準備を本格的に始動しなければ。

天気予報も見事にあたり、一気に寒くなった。

2022年11月24日木曜日

修正

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・修論論文化手伝い
・個人ゼミ
・論文修正

査読から返ってきた論文×２の修正。

１本は修論の論文化で学生が対応しているので、チェックのみ。大幅修正が求められている。良い感じで修正できたと思うが、どうなることか。

もう１本は、学名の記載や引用文献の修正のみ。こちらは大丈夫、、、と思いたい。

2022年11月22日火曜日

盛り上がり

午前
・資料作成
・統計ゼミ
午後
・統計ゼミ
・個人ゼミ
・資料作成

王将戦は、藤井聡太王将　vs 羽生善治挑戦者、に決定したみたい。

タイトル戦、未だに無敗の藤井聡太さんに、１００タイトルを目指す羽生善治さんが挑む、、、これは盛り上がりそう。

2022年11月21日月曜日

面積を定量化

午前
・標本整理

午後
・データ解析
・会議

昨年からの悩みが、多少解決した。ただし、根本的な問題は解決できていない。

とある昆虫の砂丘内の分布データ。この分布の変化を定量的に評価したい、というのが昨年来の課題。

で例えば、geom_density_2d()を使ってカーネル密度推定を表示したり、

ggdensity::geom_hdr()を使ってhighest density regions (HDRs)を表示したり、

ggalt::geom_encircle()を使って輪郭を表示できることが分かった。

しかし、これらの面積を定量化する方法が分からなかった。

そこで、スマートな方法は諦めて、面積内を特定の色で塗りつぶして、そのピクセル数を計測する方法にたどり着いた。それはそれで面倒だったのだが、colorfindr::get_colors()というとても便利な方法を知った。

普通の散布図なら、グラフに使用していない色で塗りつぶせば良いのだが、上記のように地図上に描いている場合は、輪郭だけの図を作成した方が無難だろうと考えた。

その場合、地図の代わりに、空のラスタを準備して、そこに（例えば）黒色で塗りつぶした図を描く。

ちなみに、colorfindr::get_colors()は、一度、画像として保存して読み込まないと使えない（？）みたい。

プロットデータは、sf形式、平面直角座標のpointデータで、「Bn_2021_JGD2011」に入っているとする。

#枠となるラスタの作成
library(raster)
library(sf)
e <- raster::extent(-11000, -7000, -52500, -49500) #平面直角座標
sp_e <- as(e, "SpatialPolygons") #sp形式に変更
sf_e <- st_as_sf(sp_e) #sf形式に変更
st_crs(sf_e) <- "+proj=tmerc +lat_0=36 +lon_0=134.333333333333
		+k=0.9999 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0
		+units=m +no_defs +type=crs" #JGD2011；平面直角座標

#get_colors()は画像として一度保存する必要がある！
library(ggplot2)
png("Area_karnel.png", height=3000, width=3000)
ggplot() +
 	geom_density_2d_filled(aes(x=st_coordinates(Bn_2021_JGD2011)[,1],
  		y=st_coordinates(Bn_2021_JGD2011)[,2]), linewidth=0, col="white") +
	scale_fill_manual(values = c("white", "black", "black", "black", "black", "black", "black", "black")) +
	scale_x_continuous(limits = c(-11000, -7000)) +
 	scale_y_continuous(limits = c(-52500, -49500)) +
 	theme(panel.background = element_blank(), #背景を透明にする
		plot.background = element_blank(), #背景を透明にする
 		panel.grid.major = element_blank(), #グラフの線；邪魔なので白で消す
 		panel.border = element_blank(), #グラフの線；邪魔なので白で消す
		axis.title = element_blank(),
 		axis.text = element_blank(),
		axis.ticks = element_blank(), 
 		legend.position = 'none')
dev.off()

二値化の画像ができる。上記のカーネル密度推定は時計周りに回転させて、トリミングしているので一見異なるが、同じデータで作図している。

これを読み込んで、下記のようにget_colors()を実行すると、各色のピクセル数を計測できる。白と黒しかないのだが、他にもいくつか計測される、、、ごく僅か（ほとんど1ピクセル）なので無視して大丈夫だと思う。

library(colorfindr)
get_colors("Area_Bn_2021_karnel.png") #各色のピクセル数

これで算出できるのは、画像内の各色のピクセル数なので、比較する場合は、同じ大きさの画像で比較する必要がある。

（試していないが）面積そのものを計測したい場合は、例えば、100m²の方形区を作成して、そのピクセル数を基に計算すれば良さそう。

ただ、そもそも動物の分布を適切に表現できていないので、意味がないことも分かった。

2022年11月18日金曜日

三宅島の思い出②

午前
・資料作成
・生態学ゼミ

午後
・資料作成
・原稿書き

本日締切の資料をどうにか提出。次は、今月末締切の原稿（報告書）書き。

三宅島の思い出。

三宅島では2000年にも噴火をしている。このときは、継続的に噴火が続き、特に、有毒ガスの放出されたため全島避難となったそうだ。

島民の方の話だと、最初はすぐに帰るつもりだったそうだが、結果的に４年半の避難生活を強いられたとのこと。

都内の宿舎に住むことになったそうだが、島では鍵をかけたことがなかったので、オートロックで鍵を中に閉じこめてしまったとか、電車の乗り方が分からなかったとか、色々なネタを教えてもらいました。

1983年に比べると溶岩の量は少なかったそうだが、大量の火山灰が降り積り、それが山肌を削って流れた。

北東部でその影響を実感することができる。

一見すると何か分からないが、、、鳥居である。本来は普通の鳥居だったが、2000年の噴火による土石流で埋まってしまった。

また、当時は火山ガスの影響で樹木が枯れたそうだ。今でも、その痕跡を見ることができる。

したがって、三宅島の森林は全体的に若い印象。また、島の中央の山地は、草原生態系となっており、森林が成立していない。

2022年11月17日木曜日

三宅島の思い出①

午前
・データ整理

午後
・個人ゼミ
・資料作成

明日締め切りの発表用スライドの準備に追われる。

忘れる前にメモ。三宅島の思い出①。

11月13日AM5:00に到着、11月15日PM1:30に出発、の日程だった。

天気はあまり良くなく、ほとんど曇りで、時折雨、たまに晴れだった。ただ、昼間は強い雨は降らなかったので、調査はほぼ予定通りに出来た。

合計で22地点で調査を行った。

三宅島は火山の影響が強くみられる島であるが、桜島や雲仙とは、また、違った印象だった。

私が生まれてから、すでに２回の大規模な噴火が起こっているせいか、リアルタイムで噴火している印象を受けた。数では圧倒的に桜島の方が多いが。

1983年の噴火では、阿古地区が溶岩流に飲み込まれたそうだ。

噴火前。集落がみられる。

　噴火後。集落が消えているのが分かる。

溶岩流に飲み込まれた阿古小中学校が、火山体験場として保存されている。溶岩流の厚さは10mに達し、校舎の２階に達している。

噴火したのは10月3日。前日の2日が運動会だったため、当日は振替休日だったそうだ。集落は飲み込まれたが、人的被害はなかったとのこと。

あまりにも規模が大きすぎて、実際にみてもあまり実感が湧かない、というのが感想。

新澪池、という池は、噴火によって噴出したマグマと接し、水蒸気爆発を起こして１日で消えてしまった。以前は、こんな池だったようだが、現在は見ることができない。展望台に行ったが、草で見えなかった、、、。

これだけの被害が出ても、全島非難にはなっていない、ということも驚きである。

2022年11月16日水曜日

下から

午前
・野外調査

午後
・データ整理
・資料作成

土曜日に鳥取を出発して三宅島へ。今朝、東京から戻って、そのまま定期調査へ。

伊豆七島で、唯一データのなかった三宅島にとうとう上陸。

三宅島には船と飛行機で行くことができるが、飛行機は調布空港が使用されている。

船だと約６時間３０分かかる。ただ、東京→三宅島は、２２：３０発なので、すぐに寝られる。

一番安い部屋はかんな感じ。

空いている時期なのか８人部屋を一人占めだった。乗船客の大半は釣り人。

三宅島→東京は、１３：４５発で１９：５０着。今の時期だと完全に日は落ちているので、東京湾では綺麗な夜景が見られる。

レインボーブリッジを下から。

2022年11月10日木曜日

USBカメラ

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・資料作成
・修論論文化手伝い
・多様性セミナー

随分前に投稿した論文が査読から戻ってきた。リジェクトだった。良いところもあるが、致命的な問題があると。

致命的な部分を除けば掲載される可能性はあるとのこと。今週末に調査に行くので、それも追加して、じっくりと書き直すか。

今月から始めた研究セミナー、通称、多様性セミナー。第１回目の講演者。時間短すぎるかなと思っていたが、思いっきりオーバーした。

PC不調問題は、ひとまず改善されたっぽい。しかし、大きな問題が。

macOS MontereyはUSBカメラを認識しないみたい。mac miniはモニターがないので、当然、内臓カメラがない。iPhoneが接続できるそうだが、持っていない。どうしよう、、、。

2022年11月9日水曜日

メイリオ

午前
・生態学ゼミ
・資料作成

午後
・資料作成

明日のセミナー用のスライドが無事に完成。

PC不調問題。mac miniはThunderbird、Firefoxアンインストール以来、調子が良い。

macbook airは結局、同じ症状が出て、クリーンインストールをした、、、。Thunderbirdが直接の原因ではなかったようだ。クリーンインストール後は調子が良い。

いつのまにかメイリオが使えなくなっていたので、Font Book.appにメイリオを入れてみた。フォントってどうやって制御されているのか不思議。可能性のある全ての文字データが入ってるのか？

2022年11月8日火曜日

アンタッチャブル

午前
・PC設定
・会議

午後
・データ解析
・資料作成

セミナー用にデータ解析したり、資料を作成したり、頭の中を整理する良い機会となった。やはり、たまに発表をしないとダメだなと痛感。

アンタッチャブルだった動物群。昨年の卒論、他大学の大学院の研究によって、先が見えてきた。

2022年11月7日月曜日

フリーズ

午前
・PC設定

午後
・SEM撮影
・資料作成

作業をしているとフリーズしてしまう。

Mac mini (M1, 2020)、macOS Monterey、と、MacBook Air (13-inch, 2017)、macOS Big Surともに似た症状。

色々と試してみた。

MacBook Airで、アクティビティモニタをチェックしたところ、mds_storesが大きそうな感じ。

mds_storesはスポットライトのインデックスの作成をしてるらしい。スポットライトは使わないのでOFFにすることにした。

ターミナルで「$ sudo mdutil -a -i off」を実行すれば良いそうだ。ここやここを参照しました。

で、結局、改善されず。

２台のPCの調子が悪いことを考えると、何か同期システムが働いているのかと疑い、調べてみるが判明せず。

２台の共通点を考えてみる。CleanMyMacをインストールした、Thunderbird、Firefoxをアップデートした。

CleanMyMacの評判は悪くなく、インストールしてからしばらく立つので、これが原因とは考えにくい。

ということで、Thunderbird、Firefoxをアンインストール。代わりに、Google ChromeとMacメールを使うことにした。

Google Chromeは特に設定の必要ないが、Macメールは設定が必要、、、と思ったら、細かな設定はほとんど必要なかった。

しばらく、Thunderbirdを使っていたので、まだ慣れない。

添付ファイルがデフォルトでは、本文中に貼り付けられてしまうのが気持ち悪い。ここやここを参照して、ターミナルに「$ defaults write com.apple.mail DisableInlineAttachmentViewing -boolean yes」を実行すれば、アイコンだけの表示にできる。 Google Chromeって重い印象だったけど、使っているとそれほどでもなかった。

2022年11月4日金曜日

ARMに適したJava

午前
・データ解析
・生態学ゼミ

午後
・データ解析

ここまで調子のよかったPCが少しずつ不調になってきた。

すでに改善されたが、Mac mini (M1, 2020)、macOS Montereyで、Rのlibrary(OpenStreetMap)を実行するとエラーがでた。

library(OpenStreetMap)は結構扱いが面倒なのだが、詳細は理解できていないが、Javaが動くので、その設定が重要らしい。

検討の流れ。

まず、ARM向けのRもリリースされていたので、ダウンロートしてインストール。

ここで、/Library/Frameworks/R.frameworkの古いversionのlibraryをフォルダごと新しいversionに移動したらおかしくなった。

ということで、再度、Rをインストール。

地道にパッケージのインストールを行うが、library(OpenStreetMap)で、やはりエラーがでる。rJavaが何たら、と書かれている。

ARMに適したJavaというのがあるらしいので、それをインストールする必要があると判断。ターミナルで「$ java --version」を実行するとインストールされているJavaが分かる。

Javaのインストール方法は色々とあるようだが、このサイトで「Java 17、ARM 64-bit、JDK。.dmg」をダウンロートして解凍することでインストールした。

openproj()でエラーがでることがあるが、何度か実行すると消えて、地図は表示されるようになった。

他に、PCがフリーズすることが多くなった。Thunderbirdと関係がある気がしたので、新しくインストールしてみたが、やはりフリーズした。

OSを最新のVenturaにしてみた、、、これはむしろ不安の大きいが。具合については来週以降に明らかになる。

2022年11月2日水曜日

収束しない問題

午前
・生態学ゼミ
・データ解析

午後
・データ解析
・会議
・データ解析

ベイズ（BEAST2）が収束しない問題は結局、解決できなかった。

clock rateの指定ミスが発覚したので、淡い期待をしたが関係なかった。

諦めて他の方法で作成。来週の発表用とか、学生用とか作成。

2022年11月1日火曜日

管理者がいない

午前
・PC設定
・データ解析

午後
・データ解析・個人ゼミ
・データ解析
PC設定で苦戦した原因が理由がわかった。

iMac 27-inch, Mid 2010のクリーンインストールをしたら、まず、ターミナルでソフトのインストールができなくなった。

この時点では、私のプログラムの記入ミスだと思っていた。

続いて、ホームディレクトリの名前がタイプミスでカッコ悪かったため修正しようとしたができないことが判明。

具体的には、ログイン名とパスワードを認証してくれない。記入ミスだと思い、ひたすら記入しまくるが改善できず。

色々と試した結果、「ユーザーとグループ」で「このコンピュターの管理を許可」にチェックが入っていないことに気づいた。つまり、PCに管理者がいない状況になっていた。

High Sierraでは、まあまあ生じるエラーのようで、ネットには色々と対処法がある。ただ、設定？によってうまくいくものと、いかないものがある。

私は先のサイトを参考にして頂いた。

MACで消し飛ばした管理者権限を復活させる方法

上記の方法で新しいユーザーを作成はできたが、今度は、不要なユーザーが消せなくなった。これについては、下記を参考にした。

【Mac】ユーザーアカウントの削除方法！削除できない対処法も解説！

これで無事に設定完了。現在は、頑張ってMCMCで解析をしてくれている。

昨日の砂丘で発見した糞。アキグミの実が入っている。

このように実が分散されるため、砂丘内に点在している。

2022年10月31日月曜日

飽血マダニ

午前
・修論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・PC設定

ポケットwifiで再インストールはできたが、その後の管理者ログインができなくなったり、PC設定にハマりまくって終わった。再度、インストールを試みるが、設定中なのか、フリーズ中なのか、、、。

砂丘で飽血マダニを発見。３例目であるが、初めての生体。

2022年10月28日金曜日

モグラの痕跡

午前
・PC設定
・生態学ゼミ

午後
・修論手伝い（野外調査）
・データ解析

新しくmac miniを購入して依頼、大きな問題もなく順調に使えていたのが、とうとう（無駄に）悩まされることに。

BEASTを用いた解析でナカナカ収束しなかったのだが、さらに大きな問題としてTreeAnnonator.appが動かない状態に。

これはキットApple siliconのせいだと思い、ネット情報を頼りに色々と試したがダメ。そこで、古いPCでも試すが動かない。

なぜ？、、、過去のデータを実行したらApple siliconでも動いた。TreeAnnonator.appが動かないのは解析結果に問題があるらしい、と２日間の悪戦苦闘の末、気づいた。

さらに、久しぶりに古いのPCを使ったら動作が非常に重いので、この際に、クリーンインストールをすることにした、、、本日は、これに悩まされた。

OSを削除して再インストールのためにwifiに繋ごうとしても繋がらない。ネット情報によると再インストールの時は企業のネットワークなどに繋がらないことがあるとか。

バックアップはあるので元の状態には戻せるが、どうにか初期化したい。ポケットwifiを借りて繋ぐか、、、と思ったところで力尽きた。

夏は完全に干上がっていたオアシスも、最近、復活した。

その近くでモグラの痕跡を発見。こんなところまでくるのか？

2022年10月26日水曜日

暑すぎず、寒すぎず、

午前
・生態学ゼミ（中間発表）
・修論手伝い（野外調査）

午後
・資料作成
・データ入力

秋空の砂丘。体感で風は感じなかったが、海は白波が立っていた。

暑すぎず、寒すぎず、歩き易い季節になった。

2022年10月24日月曜日

収束しない

午前
・データ解析
・書類作成

午後
・会議×３
・論文書き手伝い（修論論文化）

BEASTを使った系統解析。先週から10000000、50000000を試したが収束しない。

2022年10月21日金曜日

IQ-TREE

午前
・データ解析
・生態学ゼミ（中間発表）

午後
・データ解析

ML法の系統樹作成にこれまでは、RAxMLを使っていたが、IQ-TREEだとモデル選択を一緒にやってくれて、しかも速い（速度が気になるほどでのデータではないが）、ということで試してみることにした。

ネット情報を参考にしてやったら大きな混乱もなくできた。

パーティション用のnexusファイルの設定が間違っていることにずっと気づかず、BEASTを実行しようとしてoverlapの警告で判明した。今後はこちらがメインになりそう。

2022年10月20日木曜日

心が折れた

午前
・解析指導
・修論手伝い（論文添削）

午後
・個人ゼミ
・PC設定

PCを購入して以来、大きな問題がなかった。

しかし、修論の添削に際して、解析をしようと思ってソフトのインストールを試みて、、、はまった。

半日費やして、根本的な解決はできなかった、、、というか、新しいPCでは（多分）動かせないことが分かった。

しかも、論文をきちんと読んだら、インストールを試みていたソフトは必須ではない、、、気がする（無くても動く？）。心が折れたので、今日は試すのを諦めた。

2022年10月19日水曜日

おしゃれ空間

午前
・学外会議

午後
・個人ゼミ×２
・データ整理

会議場所は、おしゃれ空間だった。

2022年10月18日火曜日

汚い

午前
・資料作成
・統計ゼミ

午後
・統計ゼミ
・発表準備
・個人ゼミ
・データ解析

来月の発表に向けて準備を少しすすめた。せっかくなので卒論データの再解析を試みる、、、と思ったが、データがどこにあるか分からず、その整理でほとんど終わった。

予備解析をしてみた。もっと綺麗な結果がだった気がしていたが、こんなに汚いとは。

2022年10月17日月曜日

数回

午前
・解析指導

午後
・会議
・資料作成
・会議
・論文書き

焦って資料作成⇒ミス発見⇒やり直し、を数回繰り返した。

査読返りの論文も、どうにか書き直して再提出。

2022年10月14日金曜日

タカラダニ類？

午前
・書類作成
・生態学ゼミ（中間発表）

午後
・野外調査
・データ解析

昨日、学生の手伝いをしたときに発見。ハマベノギクに付着するタカラダニ類？

井上尚弥選手の次戦が１２月に決まった。とうとう４団体の統一戦が行われる。

これまで４団体統一が行われたのはライト級以上で、軽量級、アジア人で達成すれば初めての快挙となるとか。

2022年10月13日木曜日

イタリック

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・論文書き

ggplotで作成した軸名に学名が記されており、それをイタリックにするように指摘があった。

投稿時点で気づいていたが、やり方が分からず悩んでいるうちに修正することを忘れていた。

expression()を使うことでイタリックにはできるのだが、そもそも軸名をボールド表記するようにtheme()で指定してあるので、少し面倒だった。

ylab("No. of H. megaspinosa larvae")

とすると、ボールドの立字体となる。

そこで、次のようにする！

ylab(expression(paste(
    bold("No. of "),
    bolditalic("H. megaspinosa"),
    bold(" larvae"))))

イタリックかつボールドはbolditalic()で指定する。

expression()を実行するとtheme()の指定が消える？ので、bolditalic()以外のところはbold()で指定しないと普通の書体になってしまう。

あと、" "の中にスペースを入れる必要がある。

2022年10月12日水曜日

追加

午前
・生態学ゼミ（中間発表）
・会議

午後
・資料作成
・会議
・論文書き

査読から返ってきて、ほったらかしにしていたら、締切が近づいてしまった。

指摘された追加の解析を行なったり。簡単に修正できると思ったが、結構大変そう。

2022年10月11日火曜日

飛行機

午前
・資料作成
・統計ゼミ

午後
・統計ゼミ
・シーケンス準備
・資料作成

発表と調査のため、３年ぶり？に飛行機を乗ることになった。

未上陸の島にもやっと行ける。

2022年10月7日金曜日

初ゼミ

午前
・実験指導
・生態学ゼミ
・午後
・資料作成
・データ整理

一気に涼しくなった、というか寒い。来週は暑くなるらしいが。

３年生も配属され、新体制での初ゼミ。

2022年10月6日木曜日

超えた

午前
・実験指導
・授業準備

午後
・授業
・面談×２

久しぶりの授業、そして、学生、卒業生と色々な会話。先週の会話時間を１日で超えた。

2022年10月4日火曜日

進化学

午前
・授業準備
・統計ゼミ

午後
・統計ゼミ
・資料作成

８月に投稿した論文が審査から返ってみた。再審査必要だったが、指摘はそれほどシビアではない。

７月に投稿した方がまだ連絡がこない。こちらはまあまあイケるだろうと思っていたのだが。

ノーベル生理・医学賞が全く話題になっていないが、進化学が受賞対象になるとは！

事前には、mRNAワクチン開発という超応用研究が話題になっていたけど、真逆をいくような基礎研究だった。ノーベル賞の守備範囲の広さに驚かされた。

ノーベル賞とセットの凱旋門賞、、、レースは観ていないが、結果をみるだけだと全く歯が立たなかったようだ。

2022年10月3日月曜日

動画作成

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・授業準備

研究室紹介動画。久しぶりの動画作成。操作を色々と忘れていた。

2022年9月30日金曜日

トノサマバッタ

午前
・修論手伝い

午後
・DNA抽出
・PCR実験
・資料作成

甲虫、ツチバチのシーズンが終わり、バッタとクモのシーズンになってきた。

交尾中のトノサマバッタ。大きい方がメス。

2022年9月29日木曜日

Koreoniscus属

午前
・資料作成

午後
・学外会議
・データ整理

いまいち実体が分からないKoreoniscus属だが、とうとうそれっぽいのを見つけた。

少なくともKoreoniscus racovitzaiとは明瞭に区別できる、、、が、本属はそもそも属の独立性に疑問が呈されている。

つまり、Koreoniscus属の未記載か、もしくは、Koreoniscus属が他の属（Lucasioides属との関係が難しい）のシノニムで、その属の一種なのかも知れない。

最近、採集したということではなく、真面目に検鏡せずにLucasioides属としていた標本の中に、Lucasioides属の表徴に一致しないのがおり、きちんと確認したらKoreoniscus属の可能性が高いことが発覚した。

実際は普通にいるのかも。

やはり全ての標本を解剖しないとダメなのか、、、。

2022年9月28日水曜日

オカメワラジムシ属（Exalloniscus）

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・資料作成
・DNA抽出
・資料作成

アリの巣に生息することで知られるオカメワラジムシ属（Exalloniscus）について勘違いしていた、、、真面目に論文を読んでいなかった。

時系列に整理すると、

１）日本からExalloniscus cortii Arcangeli, 1927（オカメワラジムシ）が報告された。

２）Taiti and Ferrara（1988）が、横浜市本牧の標本に基づき、Exalloniscus cortiiの図を描いた。

３）Kwon（1993）がExalloniscus cortiiのSyntypesの観察を行い、Heiji（韓国）のサンプルをLectotypeに指定した。また、この標本の形態は、Taiti and Ferrara（1988）の図とは異なることを指摘した。

４）Taiti and Gruber（2008）は、Taiti and Ferrara（1988）で観察した標本はExalloniscus cortiiではないことから、Exalloniscus japonicusとして記載した。
　ちなみに、この論文では「The characters of this species are illustrated in Taiti & Ferrara (1988: Fig. 6).」としてDescriptionやRemarksはない（こういう記載もできるの？）。HolotypeにはTaiti and Ferrara（1988）で用いた標本を指定している。

で、ここまでサラッと読んで、日本産のExalloniscus cortiiと同定された種はExalloniscus japonicusである、と理解していたが、、、

５）Taiti and Gruber（2008）に「However, also E. cortii is certainly present in Japan as confirmed by the examination of some speci- mens. 」と、日本にExalloniscus cortiiは確実にいる、と書かれていた。

ということで、日本には、
Exalloniscus cortii Arcangeli, 1927
Exalloniscus japonicus Taiti & Gruber, 2008
Exalloniscus tuberculatus Nunomura, 2000
がいることになる。

論文の図を見る限り、Exalloniscus cortiiとExalloniscus japonicusは、確実に別種っぽい。

ただし、Exalloniscus tuberculatusと上記２種との関係については微妙かと。