カエルに惹かれる人

午前
・授業準備

午後 ・個人ゼミ×２
・授業準備

授業のためカエルについて色々と勉強。

色々と分かってくると面白さが増す。カエルに惹かれる人の気持ちが少し分かった。

終了

午前
・授業
・授業準備

午後
・会議
・授業準備

今年の授業が終了！

年内にもう少し進めたい実験があるが、年明けの授業準備がまだ終わっていない。

実験か授業準備か、どちらを優先すべきか悩ましい、、、とか考えているうちに一日が終わった。

初積雪

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・個人ゼミ

午後
・個人ゼミ
・授業準備

今朝、車に初積雪を確認。ただ平地はほとんど積雪がない。

今日も昨日と同じようなスケジュールを過ごした。

来年の卒論の方向性がおおよそ決まってきた。これから先行研究調べたり、調査地を検討したりと、より具体的に話を進めていく。

期待と不安

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・個人ゼミ

午後
・個人ゼミ
・授業準備

新しい卒論のネタを検討。期待と不安が入り混じる。

今週は、ずっと話続けている印象。一人になると一気に眠くなる。

バタバタ

午前
・授業準備
・授業

午後
・生態学ゼミ
・授業準備
・データ整理

相変わらず、授業の日はバタバタして終わる。

滞っていた未処理データを忘れる前に少しだけ強引に進めた。

チェック

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・授業準備

午後
・授業準備
・論文書き（初稿チェック）

昨年から変更を加えた授業の準備にどハマり。

共同研究者に振ってほったらかしてしまった初稿チェックをどうにか済ませた。

終了

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・卒論手伝い（PCR実験）

午後
・卒論手伝い（電気泳動）
・PCR産物精製
・シーケンス準備
・授業準備

バタバタしたが、卒論のDNA実験が無事に終了。良い結果が出て欲しい、、、。

砂丘感

午前
・卒論手伝い（野外調査）×２

午後
・授業準備
・卒論手伝い（PCR実験）
・授業準備

３年生のRゼミの日だったけど、すっぽかしてしまった。

冬は緑がなくて砂丘感を存分に味わえる！

連結

午前
・授業
・Rゼミ

午後
・卒論手伝い（野外調査）
・授業準備
・会議
・PCR実験
・データ解析

複数バンドが出てしまったサンプルのタッチダウンPCRを試みる。

論文を見ると７段階ぐらい設定しているが、実験室のサーマルサイクラーはそこまで設定できないので３段階で試す。

で、設置後にきちんと調べたら、複数のプログラムファイルを連結できることが分かった、、、。

無敗優勝

午前
・授業
・Rゼミ

午後
・授業準備
・会議
・授業準備

昨日は１２月第１日日曜日、ということでラグビー早明戦。

早稲田は帝京を倒し、久し振りの無敗優勝を目指しての決戦。ライブ中継を見逃したのがショック、、、。

プレッシャーが強いのか、ファールやミスが多い印象だったけど、最後までドキドキする展開が続き、見事に早稲田が勝つ、という個人的には一番嬉しいシチュエーションだった。

明治との対戦成績を基準にすると、大学生選手権では帝京戦が心配だけど、選手権もこのまま優勝してほしい。

放置

午前
・授業準備
・授業

午後
・修論手伝い（室内実験）
・授業準備
・データ解析

授業が始まってしまった。

昨年からマイナーチェンジのつもりだったが、一つ変更すると派生して色々と変更せざるを得なくなり、自転車操業状態になってきた。

一気に時間がなくなった、、、１０〜１１月は結構研究を進めることができたが、しばらくは色々と放置することになりそう。

糞から

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・野外調査

午後
・卒論手伝い（室内実験）

卒論で糞からのDNA抽出に初挑戦。

うまくいくと良いけど。

時間オーバー

午前
・卒論手伝い（野外調査） ・PCR産物精製

午後
・データ解析
・資料作成

学会発表の準備。とりあえず、図の作成は終わった。あとはレイアウトを整理すれば完成。

最近の発表は時間オーバー気味で、最後バッサリと切って終わっているので、その辺りを気をつけたい。

充実

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・個人ゼミ

午後
・PCR実験
・個人ゼミ
・データ解析
・電気泳動

調査したり、実験したり、卒論のネタを考えたり、充実した一日だった。

地図データ

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・Rゼミ

午後
・個人ゼミ
・DNA抽出
・データ解析

学会発表の準備。

地図データを論文作成や発表のたびにコピペしていたけど、一箇所に保管してPATHを通せば良かったのか、とやっと気づいた。

密度

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・データ解析

学会発表&投稿論文用にデータ解析を進める。

分布を密度で表示するために「stat_density_2d( )」を使用していたが、凡例の意味がイマイチ理解できない。

（多分）理解できた「geom_bin2d( )」に変更しておこうかな、、、でも、見ずらいな〜とか悩んで終了。

心が晴れる

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・論文書き

午後
・個人ゼミ
・論文書き
・研究相談
・DNA抽出

論文を投稿！

投稿済ませると心が晴れる。

これで、停滞していた遺伝子解析に再び手を出せる。

気持ちの余裕

午前
・論文書き
・会議

午後
・卒論手伝い（野外調査）
・論文書き

授業開始まで１週間勘違いしていた。

一気に気持ちの余裕がなくなった。

共同研究者に投稿論文の確認をしてもらった。明日中には投稿してしまいたい。

オキナワキノボリトカゲの餌メニュー

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・論文書き

屋久島に持ち込まれたオキナワキノボリトカゲの餌メニューに関する論文が受理されました。

Maejima S., Honda M., Ota H., Kato H., Ueno A., Karasawa S. (in press)
Food habits of the exotic lizard Diploderma polygonatum polygonatum (Agamidae, Squamata, Reptilia) at a World Heritage site, Yakushima Island, Japan
Journal of Asia-Pacific Biodiversity, ???: ???–???

筆頭著者は、鳥取大学農学部初代研究室の学生で、彼女の超地道な努力が形になって嬉しい！

この学年は4名全員が女性という初めての経験をした。この論文が受理されたことによって、全員の名前が論文に載った！

他の論文は下記、、、オキナワキノボリトカゲに加えて、フナムシ、マダニ_、シカでした。

太田風歌, 仲田彰男, 松田彩, 杉田幸司, 唐沢重考 (2024)
宍道湖，中海，および，浜名湖のフナムシ相 (Crustacea: Isopoda: Oniscidea) について—シンジコフナムシ Ligia shinjiensis Tsuge, 2008 の分布に注目して
Edaphologia, 114: 29–39

Karasawa S., Muto R., Harada M. (2023)
Relationship between abundances of hard ticks (Acari: Ixodida: Ixodidae) and distribution of sika deer (Cervus nippon) in Tottori Prefecture, Japan
Medical Entomology and Zoology, 74: 41–51

原田実樹, 武藤諒, 唐沢重考 (2022)
鳥取県東部のニホンジカの分布状況，および分布制限要因の推定
山陰自然史研究, 18: 1–9

生き物の｢居場所｣はどう決まるか

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・Rゼミ

午後
・大学業務
・会議
・資料作成

生き物の｢居場所｣はどう決まるか

タイトルの通り、生き物の「居場所」がどのようの決まるのか、という生態学の本質を研究史と併せて学べる本。

特に、ガウぜの競争排除則、すなわち、資源をめぐる種間競争が種の分布に影響するのか、という点（歴史的側面）についての説明に多くが割かれている。

高校でも勉強するこの法則は、自然界では、個体数は指数関数的に増加し、その結果として資源をめぐって競争が起こることを想定している。

しかし、草食動物や植食性昆虫の餌資源である植物は枯渇することなく、地球は緑の世界を維持できている。この事実は、これら動物は資源をめぐって競争していないことを示唆している。これは「緑の世界仮説」と呼ばれる。

実世界では、資源をめぐって競争が起こるほど個体数密度が増加する前に、捕食や撹乱によって個体数密度が低減されていることは様々な研究によって明らかになってきた。

つまり、密度の決定には、餌資源よりも、捕食者による捕食の影響が強いと考えられる。

このことから、生物にニッチは、対象とする生物種と天敵の相互作用によって、「天敵からの被害を少しでも軽減できる空間（天敵不在空間）」として占められる、という新しい考えが生まれた。

ちなみに、「天敵不在空間」は天敵が全くいない空間を指すのではなく、ある種が絶滅せずに個体数が維持できる環境を指す。

いわゆる、ボトムアップとトップダウン、どっちが大事？という問いである。

しかし、この本の面白いのは、この説明ではない。

１〜５章までかけて述べてきた「資源を巡る競争排除の否定」と「天敵による生息場所の制御」であるが、筆者自身がチョウの研究を通して「天敵不在空間」ではうまく説明できない現象を見つけてしまう。

そして、その説明のために、再度「競争」の概念を持ち出すことになる。しかし、資源を巡る競争ではなく、「繁殖」に関わる競争、すなわち「繁殖干渉」である。

生物の分布において繁殖干渉が（過去の影響も含めて）強く影響していると筆者は強調する。

ただし、資源を巡る競争も存在しないのではなく、条件が揃えば生じると記されている。なお、条件が揃うことは少ないので、資源を巡る競争はあまり生じないと示唆される。

新しい概念を紹介しているということではないが（むしろ、今では必須な考え？）、分布の決定要因という最も基本的なテーマについて、その歴史変遷も含めて学べるおすすめの一冊。特に、学術書よりも新書の方が読みやすいという方は手に取りやすいかと。

目次
第1章：「種」とは何か
第2章：生き物の居場所ニッチ
第3章：ニッチと種間競争
第4章：競争は存在しない
第5章：天敵不在空間というニッチ
第6章：繁殖干渉という競争
終章：たどり来し道

頑張った

午前
・PCR実験
・論文書き

午後
・PCR産物精製 ・論文書き
・データ整理

実験したり、再投稿の作図をしたりと頑張った気がする一日。

頭がボ〜っ

午前
・シーケンス準備
・標本整理

午後
・標本整理
・PCR実験
・論文書き

２plate分のシーケンス準備をして発注。さらに、１plate分のPCR実験を行った。

ピペット作業がある一定数を超えると頭がボ〜っとして、あの試薬入れたかな、とか、どのサンプルまで処理したかな、とか不安になり、非常に効率が悪くなる。

でも、やれる時にやってしまわないと放置されてしまう、、、。

あと１plate分PCR実験をしてシーケンスに出せれば一区切りなのだが。

京都競馬場の３コーナー

午前
・PCR実験
・論文書き

午後
・卒論手伝い（データ解析）
・PCR産物精製
・論文書き

投稿中の論文が査読から戻ってきた。minor！しかも、極めて軽微。

良かった、良かった。

執筆の波が激しかった分類論文もどうか英文校閲に出せた。

２plate分PCRと精製もした。明日、シーケンスにだせそう。

頑張った１日。

３夜連続で放送されたブラタモリ、２日目まで観た（３日目は録画）。

１日目も面白かったけど、２日目は見入ってしまった。

２日目は京都の淀。淀といえば京都競馬場。

そして、京都競馬場は３コーナーに坂がある（３コーナーにピークがある）独特な形状をしている。

この独特な形状の京都競馬場で行われる春の天皇賞は3200mという長距離レースであるため３コーナーを２回登る（１周半走るため）。

１週目の３コーナーの下りでスピードがついてしまうと最後まで持たなくなってしまう。

そこで、京都の３コーナーは「ゆっくり上り、ゆっくり下る」という格言がある。

と、京都競馬場の独特の形状は数多くの競馬のドラマを生み出してきたのだが、この３コーナーの盛り上がりは、豊臣秀吉が作った堤防の上に作られたため、とブラタモリで紹介されていた、、、！

豊臣秀吉の国づくりが、競馬のロマンに関係していたとは。良いことを学びました。

mac mini

午前
・野外調査
・生態学ゼミ（中間発表）

午後
・Rゼミ
・研究室片付け
・資料作成

Appleの新作が色々と公開された。

M4搭載のmac mini（16GBユニファイドメモリ、512GBSSD）は124,800円。

同じスペックのmac book proは248,800円（他のスペックが違うかも）。

mac miniが、かなりお手頃に感じる。手のひらサイズになったので、講義の際、ノートPCの代わりにmac miniを持ち運ぶことも現実的？

ただ、ストレージを256GBから2TBにすると＋120,000円なので、私には到底無理。ストレージは外付けで対応できるので、あまり大きな問題ではないか？

買う予定はないけど、mac mini派としては、何だか嬉しい。

幼稚園

午前
・野外調査
・論文書き

午後
・研究相談
・論文書き

あと少しで止まっていた論文書きを強引に進めた。どうにか完成。

データのチェック、微修正したら投稿できそう。来月中には投稿できるかな。

昨日は、昨年に続き幼稚園で出前授業。

今年は、サソリモドキ、アルビノダンゴムシを持参、、、喜んでくれた。

「チャイルドブック　かんがえる」2025年4月号の中の「ダンゴムシの生態」の監修をさせて頂きました。

昨日の幼稚園児も見るだろうか、、、。

geom_strip( )でイタリック

午前
・データ解析
・Rゼミ

午後
・野外調査
・データ整理

系統樹の描画には、library(ggtree)を使っている。

Cladeを示すOTUのannotationは、geom_strip( )で行っているが、学名をイタリックにすることに苦戦したのでメモ。

geom_text( )をベースとしている（?）ようなので、同じ方法でやれば良いみたい。

微妙なコマンドミスがあったようでエラーが出まくって諦めかけたけど、どうにか正解に辿りつけた。

本来はこんな感じで書く（必要な部分のみ）。

  geom_strip(label = "B. ocellatus") +
  geom_strip(label = "B. cf. purpura"))

すると学名が立体になる。

イタリックにするにはitalic( )を使うが、paste( )とparse=Tを合わせて使用する。また、テキスト部分はc(' ')で括る必要がある。

途中に立字を入れる場合、面倒だけど「italic( ), 立字, italic ( )」とする。

  geom_strip(label = c('paste(italic("B. ocellatus"))'), parse=T) +
  geom_strip(label = c('paste(italic("B. "), "cf. ", italic("purpura"))'), parse=T)

参考にしたサイト
・How to make R and p italic in geom_text()
・13 Gallery of Reproducible Examples

read.xlsx( )

午前
・卒論手伝い
・データ解析
・個人ゼミ

午後
・データ解析
・個人ゼミ
・研究相談

Rでxlsxファイルを読み込んだ時に生じた不具合メモ。

これまではcsvをread.csv( )やread_csv( )で読み込んでいた。

ただ、データがどうしても一つのファイルにまとめられない場合、csvだと複数のファイルとして保存せざるを得ない。2〜3つなら良いけど、それよりも多い場合は、xlsxのシートの方が整理しやすい。

ということで、最近はxlsxから直接読み込むことも多くなった。xlsxファイルを読み込みは、library(openxlsx)のread.xlsx( )を使っている。

使い方はread.csv( )と同じ。

library(openxlsx)
read.xlsx(data)

ただ、この方法で読み込んだデータをdplyr::filter( )で処理をすると「! Can't transform a data frame with duplicate names.」とエラーが出ることがある。

同じ名前が複数あったらダメなの？とか考えたけど、そいうことでもないもみたい。

このサイトによると、data.frame( )を介せば解消されるそうだ。

私も同様に改善された。ということで、最近は

library(openxlsx)
data.frame(read.xlsx(data))

として読み込んでいる。

参考にしたサイト
・can't transform a data frame with duplicate names mutate() function in dplyr

マルバルコウ

午前
・論文書き
・生態学ゼミ

午後
・卒論手伝い
・個人ゼミ
・DNA抽出

本日もお花実験用に採集。マルバルコウ。

イヌタデ、、、と思ったけど、似た種類がたくさんいることが分かった。葉や茎も観察しないとダメだった。

お花実験

午前
・論文書き
・会議

午後
・データ解析

英文校閲から返ってきた論文をチェック。再校閲をお願い。

別の論文の解析を進める。ハプロタイプネットワークをRを使って半自動的に作成できるようになったのが、ここ数年の成長！

昨年から始めたお花実験。昨年と同じく、花の時期が終わることになって焦って実験を始める。

覗いた

午前
・データ解析
・会議

午後
・標本整理
・DNA抽出
・データ解析

標本を提供して頂いたので久しぶりに顕微鏡を覗いた。

多分、あれかなーと思うけど、２種が含まれている感じもする。

結局、形態観察では結論が出せずDNA解析を行うことにした。

共同研究

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・資料作成
・データ整理

悪戦苦闘していた論文をどうにか英文校閲にだした。

ということで、次のネタの論文化に手を出す。

陶岩先生との共同研究の一つ目。１種のシノニムに関する論文。

陶岩先生が解剖とプレパラート作成、DNA実験をしてくれて、私はタイプ標本の検鏡を担当した。

短い論文なのでさっさと終わらせたい。

マイクロRNA

午前
・資料作成

午後
・PC設定
・研究相談

解析専用に購入したPCの設定に半日を費やした。そして、解決できず。

ノーベル生理学・医学賞はマイクロRNAだった。

報道がほとんどなかったので今週じゃないの？かと思った。

日本人の候補として特定の物質の発見者が挙げられていたが、最近は根本的な原理の発見じゃ無いとダメなのか〜と思ったけど2020年はC型肝炎ウイルスの発見だったのか。

一覧を眺めて色々なタイプの成果が選ばれているんだなと再認識。とくに、「絶滅したヒト族のゲノムと人類の進化に関する発見」が輝いている。

まさに、秋

午前
・資料作成
・Rゼミ

午後
・資料作成
・会議
・資料作成
・研究相談

凱旋門賞（残念でした）、そして、ノーベル賞ウィークに途中。まさに、秋！

昔は、これに加えて秋のGIシーズンだったけど、最近はあまり観なくなった。最近は、むしろ竜王戦か。

（個人的には）もう少ししたら、大学ラクビー（対抗戦）も盛り上がる。今年は、筑波大の評判が良いので早稲田大と合わせて期待したい。

本日は、急遽、必要になった調べ物のためにプリントアウトしまくって終わった。大学に学生が一般で、本格的に後期が始まったのを実感した１日だった。

成長

午前
・データ整理
・研究相談

午後
・データ整理

昨日の続きで修論論文化を進める。

昨日、色々とチェックをして、あとはDNA登録をして、文章の最終調整で終わる、、、はずだった。

DNA登録のためUMEでチェック、、、エラーが色々とでる。

マルチバイトが入っている、とか修正していった最後に、配列データに「-」があると、、、一気にやる気が失せた。

確かにありました。

欠損、、、なはずがない。ミスでしょうと、生データをチェックしたら、やはりミスだった。

解析を全てやり直し。ハプロタイプネットワークが微妙に変化した。

データ整形、解析、表作成など、できるだけコマンド作業できるようにしてきたので、本日１日で修正が終わった。成長した。。。

徒労

午前
・データ整理

午後
・データ整理

修論論文化。佳境に入りつつあるが、散見するデータセットの重なるチェック、、、徒労に終わった１日。

最多記録

午前
・ハンミョウ調査
・ネズミ調査

午後
・データ整理
・資料作成

３ヶ月間続いたハンミョウ調査がとうとう終了。

１０年目という節目の年だったけど、捕獲数は最多記録を更新した。

NMDSに環境データをバイプロット

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・データ解析

午後
・データ解析
・論文書き

NMDSに環境データをバイプロットする際にハマったのでメモ。

metaMDS( )でNMDSを実施し、envfit( )で関連のある環境データを抽出し、その座標データを「vector$arrows」で抽出してggpolt( )で作図すると、ordiplot( )とplot( )で作図した場合と環境データの表示が異なることが分かった。

下図は、Rによる群集組成の解析のデータを使わせて頂き、ordiplot( )とplot( )で作成した図。

環境データのベクトルよりも上部に点がある。そして、「vector$arrows」で抽出した座標データを用いてggplot( )で作成したのが下図。

環境データのベクトルが点よりも上部まで伸びている。多分、長さは全て同じなのだろう。

朧げな理解しかできていないが、「vector$arrows」は関係性の（座標上での）方向性のみの情報を有しており、関係性の強さが考慮されてないみたい。下記サイトによると、この座標データは「direction cosines」と記されている。

関係性の強さを加えて補正するには、r²のルートを書ければ良いそうだ。

もしくは、scores( )を使って座標を抽出すれば良い。下図はscores( )で抽出したデータを用いて作成した図。ordiplot( )とplot( )と同じ図になった！

参考にしたサイト
Plotting envfit vectors (vegan package) in ggplot2
Rによる群集組成の解析

文献の勉強

午前
・卒論手伝い（野外調査）×２
・論文書き

午後
・会議
・論文書き

群集論文を進めるが、海岸生態系の知識があまりにも乏しくて細かな議論が全くできない。

一旦、文章を書くのを止めて関連文献の勉強を読み込む。

色々と研究されているな、、、と焦る

四分位数

午前
・ハンミョウ調査

午後
・資料作成
・論文書き

論文用に箱ヒゲ図をチェックしている最中にビックリしたこと。

例えば、「4,5,11,23,27,44,75,87,90,100」で箱ヒゲ図を描き、プロットを載せると下記のような図になる。

ちなみにコマンドは以下の通り。

a <- c(4,5,11,23,27,44,75,87,90,100)
b <- rep("B", 10)
ab <- data.frame(a,b)

ggplot(data=ab, aes(x=b, y=a)) +
  geom_boxplot() +
  geom_point(size=5, col="red")

データ数が１０個なので、中央値は下（or上）から５番目と６番目の値の平均値となる。

上記のデータでは「27, 44」の平均値で「35.5」となる。図から正確な数値は読み取れないが、中央値の線が点と点の真ん中にあることから、この考えが正しいことは分かる。

で、問題は第１四分位数と第３四分位数である。第１四分位数は下から数えて２５％、第３四分位数は７５％となるデータである。

データが偶数の場合は、半分に分けて、それぞれの真ん中の値が、それらに当たる。

この考えに基づくと、データが偶数で「箱ヒゲ図＋プロット」を描くと、箱の下線と上線にプロットが重なるはずである、、、が重なっていない。

昨夜、投稿用の図を眺めていて、このことに気づいてヒヤっとした。何かミスがある〜、と。

ただ、summary()で四分位数を算出すると、図の値と一致している感じ。私の認識が間違っているのか？

> summary(ab)
       a              b            
 Min.   :  4.0   Length:10         
 1st Qu.: 14.0   Class :character  
 Median : 35.5   Mode  :character  
 Mean   : 46.6                     
 3rd Qu.: 84.0                     
 Max.   :100.0    

答えを教えてくれるサイトがありました。「四分位数の違いについて～みんなちがってみんないい～」さん、ありがとうございます。

四分位数には、複数の考え方があるそうです。

私の認識は「文部科学省推奨の定義」だった。文部科学省の指導要領の下で勉強してきた成果か。

で、サイトに「ExcelやRで使われる、“計算機タイプの四分位数”」と書かれていました。

概念は分かりにくいのだが、大量のデータに対して効率よく計算できる仕組みだそうです。計算方法は下記サイトに書かれています。計算方法自体は簡単です。

参考にしたサイト
四分位数の違いについて～みんなちがってみんないい～

楽しみ

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・データ解析
・会議

午後
・卒論手伝い（野外調査）
・資料作成

ゼミの資料作成。

１１月にブラタモリが放送されるそうで。内村プロデュースに続いて楽しみが増えた。

動画作成

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・卒論手伝い（データ解析）
・書類作成

学生向けにGIMPやImageJの使い方の動画を作成した。

「動画を作ってしまった方が後々、楽かな」と気軽に考えるられるようになったのはコロナ生活で得た良い経験。

ストレスの大きい書類作成に時間が取られ、論文書きは復活ならず。

センチコガネを襲うスズメバチ

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・データ整理

センチコガネを襲うスズメバチ。

スズメバチが動きを遅めて飛んでいたので巣があるのかなと見に行ったら、地面でウロウロしていたセンチコガネに攻撃を始めた。

センチコガネも頑張ってしばらくは取っ組み合いをしていたけど、最後はスズメバチに連れ去られていった。

止まった

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・データ整理

先週はなかなか良いペースで進んでいた論文書きがピタっと止まった。

Motion Detect Plus

午前
・卒論手伝い
・カメラ設定

午後
・カメラ設定

カメラの設定に半日をかけてしまった。

哺乳類の調査では自動撮影装置がしばしば用いられる。その多くは、赤外線センサーを発しておき、そこを熱源が通ると撮影する仕組みである。

したがって、外気温と温度差が小さい変温動物には適用できない。

最近、大学院生がタイムラプス撮影を用いて訪花昆虫の撮影を試みている。

この方法だと、（撮影時間によるが）数千〜万枚の画像が撮影され、そのうち数〜数１０枚に撮影されている昆虫を探すという作業が必要になる。

その労力を打開する方法として大きく２つがある。

一つは、人間が探すのではなくAIに探してもらう方法。多分、こちらが今どきだと思う。

もう一つは、昆虫が訪花したときだけ撮影する方法である。しかし、上記の通り、赤外線センサーを使った方法が使えない。

そこで、期待されるのがmotion detection（モーション検知機能）、つまり、画角に変化が生じた場合にシャッターを切るという方法である。

少し話は変わり、 Canon Hack Development Kit（CHDK）という仕組みを用いると、一時的にCanonのデジカメを改造することができる。

また、CHDKには、様々なスクリプトが公開されており、それらを実行することで機能を拡張させることができる。

そして、、、Motion Detect Plusという、motion detection（モーション検知機能）を実行するためのスクリプトが公開されている！

ということで、中古の格安PowerShot G9を購入し、本日、半日かかりで設置した。どうにか動くようにはなった。

緑グリットに変化が生じると撮影される。グリット数や位置へ設置できる。

昆虫に摸したペンが近づいてくる。この段階ではシャッターは切られない。

そして、もう少し右に進むと、パシャ、と！下記が自動で撮影された画像。

少しでも動くと撮影されてしまうので、野外で使えるかは不明。例えば、フラッシュ設定にしておくと、撮影前の調光？のシグナルに反応するのか、何も変化していないのに連続で撮影をしてしまう。

この辺りは設定でどうにかしないと、、、。

元ネタは、この論文。

Steen R. (2017)
Diel Activity, Frequency and Visit Duration of Pollinators in Focal Plants: In Situ Automatic Camera Monitoring and Data Processing.
Methods in Ecology and Evolution, 8: 203–13.

参考にしたサイト
・IXY 920 IS へのCHDKの導入 ・CHDK【カメラ】インターバル撮影改造

１個体だけ

午前
・PCR産物精製
・論文書き

午後
・会議
・シーケンス準備
・会議
・論文書き

群集論文の執筆を進める。

データを再確認していると、オオスナゴミムシダマシが１個体だけ採集されている。

採集されていても不思議でないが１個体だけなのが心配で見直したところ別種だった。

ということで、再び解析のやり直し。

draw.shape()で海面の色を指定

午前
・シーケンス準備
・PCR実験

午後
・論文書き（修論論文化）

死蔵になりそうな修論の論文化を強引に進める。

作図は随分前に終わっていたのだが、気になっていた点があった。

日本地図に円グラフを描くために、

ggplot() +
  geom_sf(地図データ) +
  geom_scatterpie(円グラフデータ)

を使っていたのだが、円グラフがやや縦長になってしまう。

緯度経度を同じ数値として扱ってしまうのかな〜と考えているのだが、改善方法が思いつかない。

このままで良いか、いやダメだ、と自問自答を繰り返した結果、作り直すことにした。

改善方法が思いつかないので、私が使っているもう一つの円グラフの作図方法「mapplots::draw.pie()」で対応した。

「mapplots::draw.pie()」は独特なデータ形式が使われるが、「mapplots::make.xyz()」で簡単に作成できる。

地図は、shpファイルを「mapplots::draw.shape()」で描く必要がある？

ここまでは他の論文のコピペなのですぐに終わったが、海面の色指定に苦戦してしまったのでメモ。海面をwhitesmoke、陸地をblackにする場合は下記のようにする。

jpn <- read.shapefile(PATH) #shpファイルの読み込み
xlim <- c(122.5, 147.5) #X軸の指定
ylim <- c(22.5, 47.5) #Y軸の指定

#ベースの指定；bgで海面の色を指定！
basemap(xlim, ylim, axes=F, xlab="", ylab="", bg="whitesmoke")

#地図=陸地の指定；colで陸地の色を指定！
draw.shape(jpn, col="black")

綺麗な円になった。

ただ、円グラフの位置が微妙ずれてしまい、微調整に２〜３時間かかった。

やり直し

午前
・ハンミョウ調査

午後
・データ整理
・論文書き

群集の論文書きを進めていたら、ハマベツチカメムシの３サンプル分の目をコウチュウとしていた、、、ということで、解析を全てやり直し。

調査並みのエフォート

午前
・PCR産物精製
・論文書き

午後
・PCR実験
・会議
・書類作成

調査をするための申請書作成に調査並みのエフォートがかかる、、、。

それに追い討ちをかけるかのように、久しぶりのシーケンス結果がイマイチだった。

１日交代

午前
・ハンミョウ調査

午後
・授業準備
・データ解析
・論文書き

本日は、群集論文を進める。論文書きは一度悩むとやる気がなくなるので、リフレッシュを兼ねて分類、群集を１日交代でやったらどうか、、、と考えた。

良い感じ（と信じている）の図はできている。

予想通り

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・データ整理

午後
・論文書き
・PCR実験
・PCR産物精製
・データ整理

論文書きの続き。NJで系統関係をひとまず確認しておく、、、予想通りで良かった。

一寸の虫にも魅惑のトリビア

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・書類作成

午後 ・書類作成
・論文書き

ザトウムシの本とほぼ同時に出版された鶴崎先生の本。

一寸の虫にも魅惑のトリビア: 進化・分類・行動生態学60話

元は鳥取県版の新聞に書かれていた記事で、書籍にするにあたり書き直したそうだ。

タイトルにあるように、60の虫（昆虫ではなく小型の動物の意味）を様々な角度から紹介している。

「様々な角度」がこの本の醍醐味で、単なる形態は生活史の紹介ではなく、副題にある進化や行動生態学的な観点から説明がなされている。

そのため、紹介されている動物は、比較的身近なものが多いが（と言っても私は見たことない種が多い）、「そうなのか」と新しい発見が数多くある。

未解明のネタも書かれているので、研究ネタを見つけるのにも参考になるかも。

実際に研究で扱ったり、学生が興味を持ちそうな動物を選んでいるらしい。このように身近な動物を用いて、面白い話ができると良いなと痛感した。

新聞で紹介するにあたり、わざわざ生態写真の撮影を試みた種もいるそうだ。すぐにネット画像で誤魔化そうとする姿勢を反省した。

目次は長いので省略（60話分ある）。

GLMの多重比較

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・データ解析

午後
・会議
・データ解析

GLMの多重比較に試行錯誤中。

multcompパッケージのglht()を使うのが多いようだが、変数の組み合わせごとにAICを算出する方法もあるそうだ。

参考サイト
glmの多重比較（ロジスティック回帰編）
glmにおける多重比較（カウントデータ編）
モデル選択に基づく多重比較: 正規分布に従わないデータを例に

予定の通り

午前
・卒論手伝い（野外調査）
・PDF自炊

午後
・論文書き
・データ整理

朝立てた予定の通りには、ナカナカ進まないな〜と実感して１日が終了。

ハマダンゴムシの雌雄

午前
・ハンミョウ調査
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・資料作成

砂丘から戻って、そのままネズミ観察。暑かった。そして、午後、気づいたら寝てた。

ハマダンゴムシの雌雄について質問を受けたのでメモ。

他のワラジムシ亜目と同様に、基本的にはオスの生殖器官を確認することになるが、オカダンゴムシと比べると非常に見づらいので注意が必要。

腹部を腹面から観察すると、メスは真ん中に隙間が見えるが、オスには白い構造物が詰まっていることが分かる。これは第２腹肢内肢で、メスの生殖孔への挿入に使用されるらしい。

第２腹肢内肢を挿入に使用するのは祖先系統の形質らしく、ヒメフナムシ属も同じである。一方、オカダンゴムシなど派生系統では、第１腹肢内肢も発達している。ちなみに、第２腹肢内肢も細長い構造をしており、挿入の詳しい仕組みは（私には）良く分からない。

相変わらず

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・論文書き

久しぶりに形態分類に関する論文を書きすすめる。

研究室に訪問してくれていた陶岩先生との共同研究の一つ。早く形にしたい。

日が沈むのは随分と早くなった、、、が、昼間の暑さは相変わらず。

ザトウムシ：ところ変われば姿が変わる森の隠遁者

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・授業手伝い
・データ整理

ザトウムシ：ところ変われば姿が変わる森の隠遁者

丸ごと一冊、鶴崎先生の専門であるザトウムシを扱った本。

ただし、単にザトウムシの分類や生態を紹介しただけの本ではない。

鶴崎先生自身の調査結果を、繁殖戦略や群集生態、マクロ分布パータンの法則などと照らし合わせて議論・解析がされている。とても勉強になった。

鶴崎先生の主な研究手法は、広範囲のサンプリングで得られた標本の形態観察と（染色体の）核型分析である。飼育実験も行われているが、前者が主であることは間違いない。

染色体観察という必殺技はあるものの、分布調査と形態観察は誰にでもできる。しかし、多くの場合、「●●に▲▲が居た」や「▲▲は■■の形態をしている」と単に事実を記載して終わってしまう。

一方、本書では、ザトウムシ研究を通して発見した地理的分布のパターンや特殊な形態を作り出す進化メカニズムに言及しており、とても読み応えのある一冊となっている。

しかも、その議論の範囲は広く、雄・雌先熟、地理的単為生殖、オスの2型、クライン・交雑帯と種認識、マクロ分布の法則（逆ベルクマンの法則、ラポポート則、種数-標高、種数-面積）、ミューラー型擬態、排他的分布と繁殖干渉、形質置換など、様々な角度から自ら見つけたパターンの説明を試みている。

加えて、染色体の変異に関する議論も行われている。

このように議論をするには、当たり前だが、これらの知識を持ち、深くその意味を理解していなければならない。

逆に捉えると、このような知識を持っていれば、単に生物の分布を調べたり、形態を観察するだけでも、様々な疑問が生まれ、そして、それを解く面白さを体験することができる。

生物の多様性を深く理解するには、生物の観察だけでなく、文献を読み知識をつけることが非常に重要であることを痛感させられる。

ザトウムシの一般的な形態的特徴や生活史の説明もあるが（30種のカラー写真や採集・保管方法の解析もある！）、本書はザトウムシを紹介した本というよりも、ザトウムシを通して、生物の多様化メカニズムに迫る本という印象を持った。

生物地理（分類？進化？）の研究者が、どのように生物を観察しているのか実感できる一冊。ザトウムシに興味がある人だけでなく、生物採集や生物観察から学術研究にステップアップしたい人にもおすすめ。

目次
第1章：ザトウムシとは
第2章：１年をどのように過ごすか
第3章：地理的変異と分布
第4章：日本のザトウムシ研究の開拓者
第5章：ザトウムシ雑学
第6章：採集の方法と標本の作り方
第7章：日本産ザトウムシ30種のプロフィール
　

オカダンゴムシの遺伝構造

人生初のMRIを体験して、特に異常はないことが分かった。良かった。

和文+短報ですが、論文が受理された。卒論x２をまとめたもの。

大瀧由香・猪野真也・唐沢重考 (印刷中)
日本におけるオカダンゴムシArmadillidium vulgare (Latreille, 1804) の遺伝構造
Edaphologia

こんな感じの図。

短報だけど、結構、良いデータだと思っている。本当は海外のデータもたくさん入れるつもりだったけど、色々とあって諦めた。

閃輝暗点

午前
・標本整理

午後
・論文書き ・機器修理

朝、大学に来て、30分ほどPCを観て、エアコンのボタンを押すために立ち上がって、再度、机に戻ってPCを観たら、何とくなく見ずらい。何だか眩しい。

最初は、気のせいか？と思ったけど、落ち着いて色々な方向を眺めてみても見ずらい。

さらに、冷静になると視野の一部がプリズムのようにキラキラ輝いて眩しく感じていることも分かってきた。

これぐらいから、まずい状況では、とドキドキした。

片目ずつ閉じたり、両目を閉じたりしてみても、状況が変わらないので、眼球ではなく、神経・脳の方で何かが起こっていそうだなと考えた。

ネットで検索すると、まずヒットしたのが「光視症」。ただ、光が一瞬見える状態ということなので、少し違う。

さらに検索を続けると「閃輝暗点（せんきあんてん）」がヒット。

まさに、こんな感じやこんな感じ！

１時間ぐらいすると消えていく、ということで少し安心したが、その後に、強烈な頭痛や吐き気がでることがあるということで再びドキドキ。

どんなに強い頭痛が起こるのか心配していただけど、特に、頭痛は起こらなかった。

良かった、良かった、と思っていたら、中高年で閃輝暗点のみで頭痛が伴わない方が注意が必要ということ。検査してもらおう。

２ヶ月

午前
・ハンミョウ調査

午後
・資料作成
・標本整理

久しぶりに少しだけ標本を整理。

前期のテスト期間も終わり夏休みに突入。

ということで、ここから２ヶ月が研究シーズン。

夏は終わり

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・Rゼミ
・研究相談
・授業準備

砂丘をウロウロすると、昆虫の遺体を見る機会が多くなった。まだまだ暑いが、すでに夏は終わりに向かっている。

オオヒョウタンゴミムシ。

再び、シロスジコガネも発見。

シロスジコガネ

午前
・卒論手伝い（野外調査）x2

午後 ・生態学ゼミ
・標本整理
・データ解析

朝から頑張った。その結果、午後はボーとしていた。

シロスジコガネの残骸。

コカスリウスバカゲロウ

午前
・ハンミョウ調査

午後
・Rゼミ
・データ整理

モゾモゾして身動きが取れなくなっていたコカスリウスバカゲロウ？の幼虫（すり鉢状の巣穴を作らないアリジゴク）。

砂丘で、このようにモゾモゾしている場合、経験的に地中のアリジゴクに捕まっていると思われる。

貴重な場所

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・データ解析

系統解析は全然、先が見えていなかった。色々とチェックしていたら意味のないことをやっていた気がしてきた。

簡単には採集に行けない非常に貴重な場所の標本を送ってもらった。

久しぶりに顕微鏡を覗くか。

彷徨

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・会議
・データ解析

彷徨っていた共同研究の解析が、やっと先が見えてきた。

タカサゴキララマダニ

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・生態学ゼミ
・授業準備

野外調査中（マダニ調査ではない）に見つけたタカサゴキララマダニ。３〜４個体を見つけた。

オオスバカゲロウ

午前
・ハンミョウ調査

午後
・Rゼミ
・データ整理

先日、修論手伝いで夜中の砂丘をウロウロしたときに発見した。ウスバカゲロウっぽいけど、デカいよねと言って写真を撮った。後日、別の学生に聞いたらオオスバカゲロウではないかと教えてもらった。

幹

午前
・データ解析

午後
・授業
・論文書き

２ヶ月以上前に戻ってきていた論文を、やっと再投稿。

雨がよく降っているためか、桜の木の幹に大量のダンゴムシ、ワラジムシが登っていた。

悩ましい

午前
・ハンミョウ調査

午後
・Rゼミ
・データ整理・解析

iPadにカバーシートを上手く貼れない。もう一枚買う羽目に、、、悩ましい。

NGSデータの解析。どハマり中。こちらも悩ましい。

ケカモノハシに留まるコメツキの仲間。

黄色のは小穂（しょうすい）というものらしい。

フナムシ論文について

午前
・データ解析

午後
・データ解析
・学外会議
・データ解析

初めてのNGSデータに挑戦。どうにかプログラムを実行できるようになった。

私たちが書いたフナムシ類の論文（太田ほか, 2024）と、最近、出版されたAriyama and Hiki（2024）の関係について質問があったので整理してみた。

太田ほか（2024）では、宍道湖に生息するLigia shinjiensisと（旧）Ligia exoticaが独立した種であることを示した。

この2種には比較的明瞭な形態差が示されていたのだが、Ligia shinjiensisは（旧）Ligia exoticaに比べて小さいことから、（旧）Ligia exoticaが低塩分濃度の環境において成長が阻害されたのがLigia shinjiensisではないかと疑ったのが発端である。

で、結果的には、遺伝的にも形態的にも独立した種であることが示された。ただし、（旧）Ligia exoticaの小型個体とLigia shinjiensisを形態で区別することは極めて難しいことも分かった。

さて、Ariyama and Hiki（2024）では、Ligia shinjiensisが（旧）Ligia exoticaの新参異名であると扱っているのだが、これは、太田ほか（2024）で独立した2種と示した種が同一種だった、ということではない。

これまで（旧）Ligia exoticaと呼んでいた種には、以前から大きな遺伝的分化があることが知られており、Ariyama and Hiki（2024）はこれら遺伝的分化した集団のうち2つを新種として記載した。つまり、太田ほか（2024）で（旧）Ligia exoticaとして扱った種は、この2種のいずれか（もしくは、さらに別種）である。

そして、太田ほか（2024）でLigia shinjiensisとしていた種を（新）Ligia exoticaに変更したことになる。

ちなみに、Ligia exoticaのタイプ標本は行方不明とのこと。

ということで、太田ほか（2024）とAriyama and Hiki（2024）では、学名の扱いには違いがあるが、種の分け方については大きな相違はない。