はじめまして

標本整理で終わった。やっと半分ぐらいか。大したことはしていないのに、予想以上に時間がかかることが分かった。

共同研究が本当に良い方向なのかを確かめるため、明日は忘年会前に名古屋でワラジムシ採りを、、、寒い上に、（都心部の公園なので）恥ずかしいが。一応、これが今年最後の研究かな。

これから、ほぼ全員、はじめまして、な人達の忘年会に参戦。どうなることか。

混雑状況

締切間近書類を無事に提出。次いで、青色ワラジムシ論文も投稿。これで、投稿中が３本になった。無事に受理されてくれれば良いけど。

忘年会参戦のため、新幹線のチケットを購入。指定席混雑状況。３０日小倉→名古屋は、窓側は満席で通路側は空きがある状態。３１日名古屋→小倉は、１５時ぐらいまで満席でした。私は、窓側の席が嫌いなので、こいうときは助かる。

午後は、標本整理の続き。１／４程度終わったかな。

終わるかな

締切間近の書類を作成。とりあえず完成。明日、見直して提出といきたい。

青色ワラジムシ論文の見直し。見直す度に、色々と修正点が出てくる。まだ、色々とありそうなので、一晩、頭を冷やして明日、もう一回読んで投稿、、、したい。

シークエンスの結果が返ってきた。COI問題は、どうもForwardのプライマーが変な場所に付着するのが原因みたい。試したいプライマーの組合わせはいくつかあるが予算が、、、。来年に（かなり）大きな宿題を残してしまった。

昨年の卒論の標本。力作なので、きちんと種同定して論文にしたい。しかし、私の手に負えない標本が多々あるので、共同研究者に送る必要があるのだが、どれが手に負えないのかが分からなくなってしまった。ということで、標本整理。今年もあと数日、これで終わるかな。

系統

今日は会議が３個あった。２個は絶対に出ないとマズいので（本当は全て出ないとマズいのだが）、それは出席するつもりだったが、青色ワラジムシ論文の修正に没頭していたら忘れてしまった。そのおかげで、とりあえず、青色ワラジムシ論文の修正は終了。

ただ、出席しなかった人は、年明けにもう一回やるので出席しなさいメールがきた。

生物の科学遺伝の2012年１月号が届いた。

新しく「講座」というコーナーができ、「生物の系統と新しい分類体系」について専門家が講義してくれるみたい。第１回は、「５界説から３ドメイン体系へ」でした。

分子データが蓄積され、新しい系統関係が構築されてきたので、このあたりで一般向けにも紹介していきましょう、という意欲的な取り組み。来年度から採用される高校生物の学習指導要領では、生物の系統については、分子情報に基づく系統解析の結果が広く採用されているんだとか。既存データを使えば、分子系統樹を作成すること自体は難しくない。この辺りを改良して、中高で使えるようにしたいが、、、。

次回は、「原生生物の系統分類とバクテリアおよびアーキア」だそうで。苦手なところなので、楽しみ。

昨日、競馬とスポーツで年末を実感してしまった。

有馬記念、スローだったので着差はあまりなかったが、３冠馬オルフェーブルの圧勝だった。強い馬が強い競馬をした。武騎手は残念だったけど、来年の競馬が面白くなりそうなので、まぁ〜良いでしょう。

大学生ラクビーは４強が決定。帝京、関東学院、天理、筑波、ということで、早稲田、明治、慶応のいずれも４強に残れないの初めてだそうで。早稲田ファンなのだが、、、今年は、国立勢発の４強、筑波に期待。

吉報がいくつか届いた。これからがスタートです、頑張って下さい。

そして、厄介書類は、徒労に終わった、と連絡が届いた。とりえず、終わったので、これも吉報か？

揃った

卒論直しな一日。研究とは関係ない事務作業に、何気に時間を取られたが。

青色ワラジムシが英文校閲から返ってきた。久しぶりの大幅修正。やはり、自分一人で書いた英語は酷いな、ということを痛感。今年中に投稿してしまいたが、、、。

外交官黒田耕康作シリーズ、アンダルシア女神の報復を観た。


アンダルシア 女神の報復　スタンダード・エディション [DVD]

織田裕二映画には娯楽を期待。外交官はあんなことしないでしょ、とかリアリティーを求めてはダメ。気楽には観られたが、イマイチ盛り上がりに欠けた印象。アクションはナカナカ面白いと思ったけど、トリックというか、サスペンスというか、大ネタがあまりハマりませんでした。何が原因なのか良く分からないけど、キャラは結構面白いので、（シリーズ化しそうなので）次は傑作を作ってほしい。

明日は、クリスマス有馬記念。武豊のGI連勝記録が止まると思われたが、最後に、チャンスが回って来た。横山騎手が騎乗停止となり、横山騎手が乗るはずだったペルーサに安藤騎手が乗り、安藤騎手が乗るはずだったレッドデイヴィスに武騎手が乗ることに。しかもペルーサは出走回避だとか。

JRAのCMはオグリキャップの奇跡の復活（これはCMではない；大川慶次郎さんの「ライアン」が懐かしい）。その鞍上は武豊。ということで、舞台は揃った感じ。ただ、相手は、３冠馬に史上屈指の牝馬。どうかな？

授業です

部屋を掃除してから呑気に大学に来たら学生が沢山。お〜卒論シーズンか、と、、、でも、２年生がいるぞ、と。

「何やってるの？」って聞いてみたら、「授業です」と、、、。それを聞いていた非常勤の先生が、「私もさっき普通に授業やってきましたよ」と。

今日は普段の金曜日日程だったようで。明日普段通りに来れば、プラスマイナスゼロ、ということでOK？

昨日思い出してしまったCOI問題を解決すべく新しいプライマーに挑戦。卒論の再実験（１６S）と合わせて１２０サンプルをシークエンスへ。

共同研究に向けて新しい勉強も始めないとマズい。

放置気味のクワガタに餌をあげてみたり。

結局

卒論で、COIがナカナカ厄介な状況。「放置しておくと忘れそうなのでメモ」って書いてあるけど、結局、完全に忘れてた。しかも、想像よりも複雑な状況に。コシビロは、、、。

自炊の続き。ワラジムシ関連で少数ページの論文は裁断まで終了。大物はしばらく重しを載せて、折り目を無くす。

スキャンが終わった論文たち。とりあえず、机の周辺で散乱していた論文がPCに取り込まれ、簡単に検索できるようになった。

裏山で発見した糞。洗ってみた。

植物の先生に相談したところ、ムベかな？と。わざわざ自宅から種子を持って来て頂き、比較したところ、ムベで間違いなさそう。

そして、何の糞でしょうかね、と聞いてみたら、タヌキはため糞と言って、同じところで糞をするよ、と。先日の裏山登山のとき、新しい糞がされていたので、タヌキということが判明。かなりの量を排泄するみたい。Wikiによると複数の個体が同一場所ですると書いてある。ここにカメラを設置すれば間違いなくタヌキが撮影できるか、、、ヒトが写ってたらショックだけど。

後退

自炊に没頭。途中、ゼミをしたり、動画解析について悩んだり。イリドウイルス関連、日本産ワラジムシ類の記載関連が終了。

共同研究は良い方向に進むかも、、、期待。

自炊がナカナカ進まない原因の一つに、PDFのページを確認するついでに、論文を読んでしまうことがある。部屋を片付けている最中に、忘れてた漫画を見つけてしまい、読むことに没頭してしまうのに似ている。


土壌動物学―分類・生態・環境との関係を中心に

日本の誇る名著、土壌動物学、にも沢山引用されている本。

The biology of the cryptic fauna of forests with special reference to the indigenous forests of south africa
Lawrence（1953）

とても面白い。土壌動物の歩行速度とか、かなりマニアック。部分読みしかしていなけど、いつか、ちゃんと読まなければ。

とくに興味を持ったのが、Backward motion（後退）。

以前ササラダニ類の研究をしていたときは、土を取ってきて、ツルグレンに投入するだけだったので、実は、あまり野外で土壌動物を観察することはなかった。しかし、ワラジムシ類の研究をするようになって、野外で土壌動物を観察する機会が多くなった。

そこで、ずっと気になっていたのが、ムカデに刺激を与えると後退すること。このとき、お尻をフリフリするので、頭部の擬態？触角の役割？とか、考えて、まぁ〜言わずと知られた行動なのだろう、と思ってた。

で、夏頃から否応無しにムカデに興味を持ち始めて、色々と調べてみると、「ムカデは後退しない」と考えられており、戦国武将、伊達成美が兜の前立に使われている、ことが分かった。

おぉ〜、これは何か新しいことができるのでは、と密かに考えていた。ただ、家に出現するオオムカデをツンツンしてもより凶暴になるだけで、後退してくれない。ん〜、間違った印象だったのか、とか思ってたら、上記の本に、ジムカデの後退について書かれていた。

ムカデ、色んな意味で魅力的な動物のようで。

現在、とても大変な状況の福島県相馬市で行われている相馬野馬追では、下がりムカデ、が軍師の指物として指定されている、んだとか。

武田の百足衆、というのもあるのか。凶暴なイメージが、戦国武将に好まれたのかな？この旗の絵は、ナカナカ可愛いけど。

こういうネタは一般の人の話すときは受けが良さそう。上記の本も、５０年前の本なので、観察結果の記述だけで、大したことは書かれていない。きちんと解析してみる価値はあるかな？

Gimpで直線

青色ワラジムシ論文はどうにか英文校閲へ。見直してみると、図を結構修正する必要があった。心に余裕ができたので、自炊を進める。頻出論文がPDFになった。

Gimpで、パスを使って直線を引くことがよくあるのだが、引けたり、引けなかったり。何度かやってれば引ける、というスタンスでやっていが、少し検討してみた。

こんな感じかな？

まず、パスを選択する。

このとき編集モードは、作成になっていないとマーク（アンカーって言うのか？）できない。

左上でまずクリックし、その後、右下でクリックした状態。

ここで、編集モードを編集にする。

そして、始点、ここでは左上のマークをクリックすると、こんな感じになる。

で、これを選択。

その後、これを選択すると新しいウインド〜が現れるので、色々と設定してOKすれば、

直線が描ける。上のときに、選択範囲・・・が白抜きになっているとOK。

ただし、この方法でなくても、描けるときもある、、、多分。詳しいことは良く分からないが、この方法だと問題なく描ける。

停滞

金正日が亡くなったとか。何か変化があるかな。

卒論関係が多い一日だった。３年生が大学構内と森林公園にカメラを設置したり、４年生が論文を書き始めたりと。

青色ワラジムシ類論文も進める。どうにか今日中に英文校閲まで出したかったが、図の作り直しなど、結構やるべきことが多かった。少し停滞。

イリドウイルスの系統樹を書いてみたり（投稿前なのでぼかしてます）。アミノ酸配列。

塩基配列。

明日、予定されていたヒノキ林調査がなくなったので、どうにか、明日中には決着を付けられるだろう。

限界

Cubaris論文を見直し、最後の修正をして無事に投稿。頑張ってくれ。

数日前に出来上がったカエル論文の初稿を見直す。色々と書き直したいが、初稿なので、誤植の修正にとどめる。来週中に提出すれば良いので、しばらく放置後、見直して提出すれば良いだろう。

データを修正したので、青色ワラジムシ論文の再解析をしてみる。しかし、解析に使う部分は変わってないので、当然、結果もそのまま。少し文章を修正。月曜日にもう一度見直して、英文校閲に出せるか。

卒論を少しだけ修正したところで、目が限界に達したので終了。

古賀と久山の毎木

Koga-１、２、Haisayama-１、２、３の毎木終了。雪の中の調査だった。記入係だったので、指先がかじかんで大変だった。

共同研究者のオレンジ軍団。今月、足を手術した方も参加して下さいました。縫ったところが開いたとか、、、。

Koga-１、２でも新しい調査を開始。

記憶

学会のニューズレターを再校正して、印刷へ。

某ビッグネームにメールを書いたり、色々と作業をしていた一日。しかし、これといって何をしたのか覚えていない。

季節がらというか、卒論対応も増加。地道に進んでいくのだろう、、、か。

Cubaris論文が英文校閲から戻ってきた。ちょっとだけ修正。明日は、ヒノキ林調査なので、投稿は土曜日になるか。

青色ワラジムシの問題は実験ミスということが判明。再実験をして頂き決着。どうにか来週中に投稿まで。

日本のイリド

裏山登り、動画解析、ゼミ、合間に青色ワラジムシ論文を進める。

これまで日本から青色ワラジムシを報告した論文はない？というスタンスで論文を書いている。しかし、「ない」と言うのはナカナカ大変。色々と探していたら手元に下記の論文があることが判明。著者は九州大学の方々のようだ。

Serological comparison of a crustacean and two insect iridoviruses
Ohba et al. (1991) Appl Ent Zool, 26: 123-128

オカダンゴムシから抽出したIIV（論文中ではAvIV）とTIV、CIVの性質を免疫学的？に調べている。

１．AvIVは、Galleria属（ガの仲間、ブドウムシ？）の幼虫で増殖させる。

２．AvIVは、TIVやCIVとは異なる。

３．Federici（１９８０）とCole and Morris（１９８０）がともにオカダンゴムシから抽出したウイルスは異なるのでは、と指摘している（しかし、とくに議論はしていない）。

私の能力では、この論文の実験結果を正確には理解できない。現在では、IIV-３１（AvIV）、TIV、CIVは遺伝子レベルで異なることが証明されているので、２の結論は問題ないとして、３の結論が気になる。

Federici（１９８０）とCole and Morris（１９８０）が発見したウイルスは、現在では、ともにIIV-３１と認識されている（と思う）。本論文も含め、この３本論文では、免疫学？病理学？的な手法が利用されており、私がそれをほとんど理解できず、詳しいとこが良く分からないのが不安、、、。

私が本当に知りたかったのは、ウイルスの発見場所なのだが、AvIVがどこのオカダンゴムシから抽出したのかについては記述されていない。ただ、増殖方法は本人達の別論文が引用されているので、そっちに書かれているのかも。

卒論で挑戦している新しいテーマ。幸先良いスタートが切れた。

現状

お絵描きに没頭。

途中、動物実験に関する講義。動物の実験をする場合には、できる限り苦痛などを与えないようにする必要がある。そのための法律もあるのだが、日本の場合、飼育に関しては法律があり、実験そのものに関しては各研究機関で規定を制定することになっているらしい。アメリカスタイルなんだとか。色々な実験方法があるので、画一的に法律で取り締まるのが困難というのが理由。

規定の対象となるのは、ほ乳類、鳥類、爬虫類だけど、他の動物で実験するときも意識をしましょうと。「人もほ乳類だけど、その場合も規定の対象になるの？」と質問したところ、人で実験する場合は、倫理規定という別の規定の対象になると。

お絵描きの現状整理。

まず、日本のほこる海洋島から記載された３種。

小笠原から記載された種。

同じく小笠原から記載された別の種。

南大東島から記載された種。

八丈島から記載された種。

鹿児島から記載された種。

高知県から記載された種。

沖永良部島（鹿児島）から記載された種。

和歌山県から記載された種。

同じく和歌山県から記載された種。

さらに和歌山県から記載された種。

、、、１０種しかない。１１種いるはずだけど、、、と思い、昨日の表をみたら、B. okinawaensisがnoneになっているんだった。タイプ以外でお絵描きするしかないか。

嫌だ

Cubaris論文を英文校閲、学会のニューズレターを印刷へ。

ちょと用事があって、Facebookに挑戦してみるが、知らない人の名前が羅列されるのを見て、ここに載るのは嫌だなと、、、数分で退会手続き。

投稿間近で２本が牛歩状態なので、お絵描きを進める。Burmoniscus okinawanesis complexについては、とりあえず下書き終了（１１種）。ただ、タイプ標本だけでは網羅できないことも判明。このあたりは議論を進めながら検討。

小笠原から記載された種のパラタイプのお絵描き。

あと既知種２種を加えて、ひとまず論文にしてしまう予定。で、これ以外に未記載種が２種。これは別の論文になる予定で、これが終われば、日本産Burmoniscusはめでたく決着。

らぴゅた

やはり見直すと色々と問題が見つかる。久しぶりにSEM撮影をしてみる。先日の石垣サンプルが早速、役にたった。

お絵描き＋SEM写真で分かりやすくなった？

データが増えたので、系統樹も再計算。結果は変わらず。

ラピュタがジブリで最高かな。パズーが逆さになってシータを助けるシーンとか、見張りをしているパズーとシータの会話を他の船員はが盗み聞きしているシーンとか、名シーンの連続。巨人兵（ラピュタが巨人兵でナウシカが巨神兵？）も哀愁たっぷり。そして、欠点も見当たらない。

パズーの声、聞き覚えがあるな、と思ったら、田中真弓さんという人だった、、、ルフィーと同じなのか。

コナン、ルパン、ラピュタ、ワンピース、強力アニメが続いて、年末っポイ。ただ、９時から１１時の放送なわけで、視聴者の対象はどのあたりを狙っているかな。私は観てしまうわけだが、、、途中で寝るけど。

リアルに飛行石を作ってしまった人もいるそうで。もちろん、飛べるわけでなく、宇宙ステーションをレザーで指し続けるみたい。カッコいい。

コナン君の麻酔銃もあった。スゴい。

こんなのを作りながら、宇宙ステーションの軌道を計算したり、電子回路のメカニズムを調べたりとか、学校でやったら盛り上がりそうだけど、、、つまらない勉強をすることが良いと思っている人が多いので難しいだろうけど。

SeaViewの入れ換え

青色ワラジムシ論文は凍結になってしまったので、Cubaris論文を進める。先日、西表島で採集した標本のDNAデータを登録。明日見直して、英文校閲。これは来週中に投稿できそう。

私は、アライメント後の塩基配列の細かな修正には、SeaViewを使っている。アライメントを行うと、塩基配列の順番がぐちゃぐちゃになってしまい、その後の処理の際に困っていた。（以前、どこかのサイトで見たんだったと思うが）順番の入れ換え方法をメモ。

移動したい塩基配列を指定。ここでは黒塗りの１８番を赤矢印のところに移動したい。

で、controlを押しながら挿入した場所をクリックでOK。

できず

一日中会議。何も出来ず。

青色ワラジムシ論文は、データに大きな問題？が発覚。再検討が必要、ということで、もうしばらく時間がかかる様相。私には調べることができないので、共同研究者にお願いするしかないのだが、、、。

プロがいた

青色ワラジムシ論文を進める。DNAの登録もどうにか終了。公開にはなっていません。今年中に投稿を目指して、、、。

そうこうしているうちにシークエンスの結果が返ってきた。自分の分は、１種を除いて、ほぼ問題なし。大量の卒論データは処理できるのだろうか。

共同研究を２つ始めることになった。１つは、始めるかどうかの予備実験の段階だけど。

もう１つは、西表島のワラジムシ相を徹底的に解明しよう、というもの。西表島の場合、海岸にハマダンゴムシ科とAlloniscus属、人工環境にホソワラジムシ、Burmonicus属、コシビロダンゴムシ科、トウヨウワラジムシ科、そして、森林環境にリュウキュウヒメフナムシ、Burmoniscus属、コシビロダンゴムシ科、および、トウヨウワラジムシ科、が生息している。

私が同定できるのは、Burmoniscus属とコシビロダンゴム科だけなので、他は、他の人に任せることに。特に、トウヨウワラジムシ科をどうにかしないといけないのだが、、、ちょうど、トウヨウワラジムシ科のプロがいた。承諾を得られた。生態学会の登録を忘れたので、来年の土壌動物学会を目指す。

世界中の熱帯〜温帯で見られるホソワラジムシ。西表島の人工環境で最も多くみることができる。ちなみに、オカダンゴムシはいない。甲虫は種名は分からず。

埋め込み

午前中、メールのやり取りが激しかった。何だか疲れてしまったので、午後はずっと自炊。順調に進むが、、、極めて重要な論文を上書きで消してしまった。

西表の思い出。

石垣から西表に渡る際の船内。可愛いネコが注意喚起。

いわゆるイエネコ（生物学的にノネコっていうのかな？）はイリオモテヤマネコと交尾することができるんだったかな？詳しいことは分からないが、病気を持ったイエネコがヤマネコに出会うと色々と厄介なので、西表でネコを飼育するにはとても注意が必要。ということで、飼育の際にはマイクロチップを埋め込まないといけないのだとか。

捨てたらだめ

初体験。クライミングコンペに出てみた。

エキスパート、ミドル、ビギナーの３クラスがあって、当然、私はビギナー。普段は気楽に登っているだけなので、コンペのルールというか常識が分からず、あたふたし続けた一日。

予選は、ボルダリングとルートクライミング。

ボルダリングってのは、やや低い壁をロープなしで登る競技。登れなければ、落下するのみ。１時間で何本登れるか、という勝負だった。こんな感じで、皆で相談しながら登って良い。

ルートクライミングってのは、命綱を付けて登る競技。１回限りの挑戦で、どこまで登れるか、という勝負。こちらは登り始める直前まで別室にいて、壁の前に立ってルートを見た瞬間から３分間の勝負。

で、５名が決勝進出。ボルダリング８／１２、ルートクライミング完登で、３位タイで決勝へ。

決勝は、ボルダリング壁を使って、課題ルートをどこまで登れるか、という勝負。持ち時間４分で何度でも挑戦して良い。ビギナーは完登者ゼロでした。私は、まぐれくさく準優勝でした。この２、３ヶ月、豆腐とササミを食べ続けたかいがあった？

最も会場を湧かせた瞬間。ミドルクラス決勝。ミドルクラスの決勝ってのは、私が普段、この人スゲーなー、って思っている人達が予選通過するのも難しいレベル。その決勝、ほとんどの人が中間点で落下。そんな中、一発で完登！一撃、というらしい。なんと、、、小学校６年生。

さらにその上のエキスパートは、あれは体を浮かすのも無理だろう、という感じの課題ルート。優勝者はやはり一撃してたけど。

小学生も女性も沢山参加してました。九州はクライミング熱が高い地域なんだとか。

オリンピック種目にノミネートされているとか。１０年後ぐらいに正式種目になれば、彼が参加しているかも。そうなれば、一緒に登った、とキット自慢するだろう。一緒の会場にいただけだけど。

クライミング繋がりで、岳を観てみた。まあまあ、と言った感じか。

岳-DVD-通常版

漫画は全巻読んでるけど、全体の雰囲気は似てる。漫画の実写化としては成功しているのでは。ただ、そもそも、この漫画が映画に向いていなかった気がする。大まかには、ボランティアで山岳救助をしている三歩が遭難者を助ける話なんだけど、この漫画の良いところは、遭難者があまり助からず、結構、あっさりと死んでしまうところ。で、山って、恐かったり、面白かったり、楽しかったり、寂しかったり、と色々な面があるんだと、三歩は教えてくれる。したがって、話の盛り上がりはそれほど無い、、、それがリアリティーを出して面白いわけで、無理に盛り上げようとすると良さが無くってしまう。そこは海猿に任せましょう。

三歩（小栗旬）が久美ちゃん（長澤まさみ）にクイズを出す「山に捨てていけないものは？」。答えは、「ゴミ」と「命」でした。