葉面積の測定

午前
・標本整理

午後
・データ解析

総説を書く必要があり、次いでに昔のデータも解析して載せちゃおうと考えている。

１０年以上前、まだ、西表島の住民だった頃に行った、Burmoniscus ocellatusによる４樹種の落葉の摂食実験。

日毎の摂食量は葉面積で評価する。したがって、葉面積の測定を行う必要がある。ImageJとか専用のソフトとか色々な方法があるのだが、せっかくなのでRで、と考えたのが間違いだった？

すぐに、「LeafArea」パッケージという便利そうなものを発見した。

使い方は簡単で、こんな感じの画像をデスクトップの「data」というフォルダに入れたとする。画像はjpegかtiffでなければならない。ちなみに、jpegの拡張子がjpgだと警告が出た。

下記を実行すればよい。

#install.packages("LeafArea", repos="http://cran.ism.ac.jp/") 
library(LeafArea)
ex.dir <- eximg()
res <- run.ij(set.directory = "~/Desktop/data//", #winだと少し違う
    distance.pixel = 2480, #画像の幅に含まれるpixel数
    known.distance = 21, #画像の幅のcm 
    save.image = TRUE, #2値化を残すか
    log=TRUE)  #ログを残すか
res

このデータの黒色の pixel 数から面積が計算される。

ただ、それぞれ独立した図形の面積は出力されるのだが、各数値がどの図形を指しているのかが分からない。

色々と悩んだあげく、ImageJを動かして分かったのだが、結果 (「res」の中身) ではなく、解析の途中で出力される下記の「XStart」と「YStart」が左上からの座標を示しているッポイ、ということがやっと分かった。

ただ、これはデータとして出力されない (？) ので、コピペで残すしかなく、それぞれ対応づけをする必要もあるので、あまり良い方法ではない。合計の面積を調べるものみたい。