土と生き物: 9月 2024

2024年9月13日金曜日

動画作成

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・卒論手伝い（データ解析）
・書類作成

学生向けにGIMPやImageJの使い方の動画を作成した。

「動画を作ってしまった方が後々、楽かな」と気軽に考えるられるようになったのはコロナ生活で得た良い経験。

ストレスの大きい書類作成に時間が取られ、論文書きは復活ならず。

2024年9月12日木曜日

センチコガネを襲うスズメバチ

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・データ整理

センチコガネを襲うスズメバチ。

スズメバチが動きを遅めて飛んでいたので巣があるのかなと見に行ったら、地面でウロウロしていたセンチコガネに攻撃を始めた。

センチコガネも頑張ってしばらくは取っ組み合いをしていたけど、最後はスズメバチに連れ去られていった。

2024年9月10日火曜日

止まった

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・データ整理

先週はなかなか良いペースで進んでいた論文書きがピタっと止まった。

2024年9月9日月曜日

午前
・卒論手伝い
・カメラ設定

午後
・カメラ設定

カメラの設定に半日をかけてしまった。

哺乳類の調査では自動撮影装置がしばしば用いられる。その多くは、赤外線センサーを発しておき、そこを熱源が通ると撮影する仕組みである。

したがって、外気温と温度差が小さい変温動物には適用できない。

最近、大学院生がタイムラプス撮影を用いて訪花昆虫の撮影を試みている。

この方法だと、（撮影時間によるが）数千〜万枚の画像が撮影され、そのうち数〜数１０枚に撮影されている昆虫を探すという作業が必要になる。

その労力を打開する方法として大きく２つがある。

一つは、人間が探すのではなくAIに探してもらう方法。多分、こちらが今どきだと思う。

もう一つは、昆虫が訪花したときだけ撮影する方法である。しかし、上記の通り、赤外線センサーを使った方法が使えない。

そこで、期待されるのがmotion detection（モーション検知機能）、つまり、画角に変化が生じた場合にシャッターを切るという方法である。

少し話は変わり、 Canon Hack Development Kit（CHDK）という仕組みを用いると、一時的にCanonのデジカメを改造することができる。

また、CHDKには、様々なスクリプトが公開されており、それらを実行することで機能を拡張させることができる。

そして、、、Motion Detect Plusという、motion detection（モーション検知機能）を実行するためのスクリプトが公開されている！

ということで、中古の格安PowerShot G9を購入し、本日、半日かかりで設置した。どうにか動くようにはなった。

緑グリットに変化が生じると撮影される。グリット数や位置へ設置できる。

昆虫に摸したペンが近づいてくる。この段階ではシャッターは切られない。

そして、もう少し右に進むと、パシャ、と！下記が自動で撮影された画像。

少しでも動くと撮影されてしまうので、野外で使えるかは不明。例えば、フラッシュ設定にしておくと、撮影前の調光？のシグナルに反応するのか、何も変化していないのに連続で撮影をしてしまう。

この辺りは設定でどうにかしないと、、、。

元ネタは、この論文。

Steen R. (2017)
Diel Activity, Frequency and Visit Duration of Pollinators in Focal Plants: In Situ Automatic Camera Monitoring and Data Processing.
Methods in Ecology and Evolution, 8: 203–13.

参考にしたサイト
・IXY 920 IS へのCHDKの導入・CHDK【カメラ】インターバル撮影改造

2024年9月6日金曜日

１個体だけ

午前
・PCR産物精製
・論文書き

午後
・会議
・シーケンス準備
・会議
・論文書き

群集論文の執筆を進める。

データを再確認していると、オオスナゴミムシダマシが１個体だけ採集されている。

採集されていても不思議でないが１個体だけなのが心配で見直したところ別種だった。

ということで、再び解析のやり直し。

2024年9月5日木曜日

draw.shape()で海面の色を指定

午前
・シーケンス準備
・PCR実験

午後
・論文書き（修論論文化）

死蔵になりそうな修論の論文化を強引に進める。

作図は随分前に終わっていたのだが、気になっていた点があった。

日本地図に円グラフを描くために、

ggplot() +
  geom_sf(地図データ) +
  geom_scatterpie(円グラフデータ)

を使っていたのだが、円グラフがやや縦長になってしまう。

緯度経度を同じ数値として扱ってしまうのかな〜と考えているのだが、改善方法が思いつかない。

このままで良いか、いやダメだ、と自問自答を繰り返した結果、作り直すことにした。

改善方法が思いつかないので、私が使っているもう一つの円グラフの作図方法「mapplots::draw.pie()」で対応した。

「mapplots::draw.pie()」は独特なデータ形式が使われるが、「mapplots::make.xyz()」で簡単に作成できる。

地図は、shpファイルを「mapplots::draw.shape()」で描く必要がある？

ここまでは他の論文のコピペなのですぐに終わったが、海面の色指定に苦戦してしまったのでメモ。海面をwhitesmoke、陸地をblackにする場合は下記のようにする。

jpn <- read.shapefile(PATH) #shpファイルの読み込み
xlim <- c(122.5, 147.5) #X軸の指定
ylim <- c(22.5, 47.5) #Y軸の指定

#ベースの指定；bgで海面の色を指定！
basemap(xlim, ylim, axes=F, xlab="", ylab="", bg="whitesmoke")

#地図=陸地の指定；colで陸地の色を指定！
draw.shape(jpn, col="black")

綺麗な円になった。