2014年3月31日月曜日

不遡及

修論手伝いでワラジムシ類採集。

昼から会議。年度末の最終日に、、、。色々と話題になっている(こことかこことかここを、参照)本学の学長が、なかなかの提案を、、、。

規定を遡って変更したいようなのだけども、、、どう考えても、法の不遡及では?で、何気に教員に分配される予算も半減になりそう、という情報も。

どっと疲れて研究室に戻る。しばしの放心状態を経て、ワラジムシ類を用いた実験系の修論の相談をしてから、チョウの卒論と修論の相談の準備をして終了。

2014年3月29日土曜日

放置気味

放置気味の修論、卒論に関連して、蝶の論文を幾つか読んで修了。

2014年3月28日金曜日

送別会

修論手伝いでワラジムシ類採集。5地点で採集を行った。

昼食時、いつも無理難題を解決して頂いた事務職員の方の送別会に参加(一応、調査着から着替えた)。写真の掲載について、誰にも許可をとっていないが、記念なので掲載しておこう、、、。


やっかいな書類書きやweb入力だけでなく、締切を過ぎた書類をいつもどうにかしてくれて、本当に助けられた。いわゆる5年雇い止めの影響のようで、、、。

2014年3月27日木曜日

混合分布

修論手伝いで市内のワラジムシ類探し。野外調査は室内実験に比べて楽と思われがちだけど、研究目的にあった調査地点選びはナカナカ難しい。

現実的に作業ができる所と、研究目的を考慮して決める必要があるが、これには経験と研究内容の「深い」理解が必要。もうしばらくは付き添いが必要そう。

昨夜、テレビを観ながら、国外に行ってしまった旧大学院生のまとめ方についてボーと考えてたら重要なことに気づいたのでメモ。

ワラジムシ類の生活史を調べており、体長の頻度分布からコホートを推定しなければならない。

例えば、体長のヒストグラムがこのようになった場合、ピーク(コホートのモードと考える)が2つと考えて良いのかは悩ましいところである。


しかし、この区切り方で、結論が大きく変わってしまいそうなので、何か説得力のある方法を考えないとマズいな、と気づいた。

そこで、資源として重要な魚類とか、同じ甲殻類のプランクトンとかの研究で使用されている方法があるだろう、と携帯で調べてたら、混合分布という分布が複数混じったデータを扱う分野があるそうで、体長が正規分布していると仮定することで、コホート推定に利用できることが分かった。

熊谷さんのHP丁寧な解説があったので、私もできそうな所だけ、とりあえず試してみた(コマンドは熊谷さんのHPを参照して下さい)。

こんな感じのデータがある。


library(mclust)
plot(mclustBIC(dat$Head))

で、グループ分け数ごとのBICを算出してくれる。最大値を選べば良いみたいで、ここでは2つのグループ(2つの正規分布が混じっている)に分けるのが良いと考えられる。


Eは分散がグループ間で共通、Vは異なる、と仮定しており、この例ではほとんど差がないが、微妙にV(分散は異なる)の方が高い値を示した。

Mc <- densityMclust(dat$Head, modelNames="V") #densityMclust()密度関数を算出する。
plot(Mc, data=dat$Head)


とすれば、データのヒストグラムと混合分布の密度関数を表示してくれる。本当は、2つの正規分布が独立しているグラフにしたいのだが、私の多少の努力では解決できず。

根元の一部を除いてほとんど銀歯になっていた奥歯が、昨日、ハイチュウを食べていたら外れた。左側で物が噛めず苦労する。

2014年3月26日水曜日

調査地点名書き

修論手伝いで野外調査の予定だったが、雨のためサソリモドキ論文へ。ひとまず下図が完成。

これまで結構苦労させられた、調査地点名書きがかなり楽にできるようになった。

これまでは地図をどこかから入手して、それにお絵描きソフトで文字を書き入れていた。印刷してみたらフォントが小さかったりした場合、全ての文字をポチポチと編集しなければなならず、調査地点が100地点近くあるととても厄介な作業となっていた。

ということで、Rで作図した地図上にプロット名などの文字(テキスト)を加える方法のメモ。

例えば、調査地点が島内に3地点あり、それぞれに対応した地点名を島の外に書きたいとする。


下記のtext()を使えば、指定した座標にテキストを書き込むことができるのでこれを使う。当然、座標データが必要なのだが、locator()を使うとマウスでクリックした地点の座標を読んでくれる。

a<-locator(3) #文字を書込みたい地点でクリックをする。3は3地点分の意味。
text(a,c("plot1","plot2","plot3")) #""内の文字をlocator()のクリック順に出力する。



locator()で入手したデータはリスト型になっているどうなのだが、そのままの型ではwrite()で上手く出力できなかった。

で、データフレーム型に変換したら無事に出力、入力ができた。

b<-data.frame(a) #locator()で入手したデータをデータフレームに変える。
write.table(b,"yonaguni.txt") #座標データを「yonaguni.txt」として保存した。
a<-read.table("yonaguni.txt",header=T) #「yonaguni.txt」を「a」として読み出せば、上述の方法で出力できる。

今回のように地点名を離して出力した場合、地点と地点名を線で結ぶ必要があるが、これはsegments()を使えば一気にやれる。

例えば、テキストの座標が、


プロットの座標が、


として保存されている場合、

segments(a$x,a$y,dat_5$e,dat_5$n)

とすれば良い。


ただ、テキストの座標は、テキストの真ん中を示しているので、微調整は必要かも。テキストの座標が書かれているファイルをテキストエディットなどで開いて、数値を適当に変更すれば良い。

2014年3月25日火曜日

卒業式

卒業式でした。

研究室に配属されてからもう2年が過ぎたのか、、、新歓の写真がないな

6名が卒業し、正規の教諭として働く人が1名、教諭と公務員を目指し勉強を続ける人が2名、そして、大学院進学3名と、半分はそのまま研究室に残るので、寂しさも半減といったところか。

今年の卒業生は本当に素直でした。大きな長所だと思うけど、社会人になると色々な意見を求められるので、そんなときに人の意見を聞くだけの消極的な人にならないように気をつけてほしいと思う。

試験結果という明瞭な基準で評価してくれた学生時代と違って、人柄とか、達成度とか、曖昧な基準で評価される社会では、不満に思うことも多々あると思うけど、自分は未熟だと思って謙虚に何事にも挑戦して下さい。

大学を卒業して10数年が過ぎて思うことは、世の中には本当に優秀な人がいて、その人達は、きちんと良い所を評価してくれている、、、ただ、冷静に悪い所も評価されるけど。


さて、次の1年間を頑張りましょう。

サソリモドキ論文の地図の書き方を色々と検討して終了。

2014年3月24日月曜日

雑な感じ

PHPを使ってSQLiteを動かそうと試みるが、テキスト通りにやっても上手くいかず。結局、1日かけても解決できなかった。といっても、昼頃からほとんど手が付けられなかったが。

新学期が近くなったせいか、急に学生が増え、色々と相談をした。

初めての学会発表に挑む予定の新大学院生に系統樹の作成方法を教えつつ、修論テーマの調査方法についての確認も行う。GIS修論だけど、始めてしまえばどうにかなりそうな雰囲気にまでは進んだ。

新に対して旧大学院生は、来月、中間発表ということで、まとめ方について相談。何となく方向性が見えた気もするが、今後の力の分配とか、もう少し真面目に考えないとマズいかな、、、しかし、ほぼ完全放置。こちらもボチボチ学会発表の準備をしないと、、、と思いつつ、当然のように放置。

さらに、別の新大学院生と修論テーマについて相談。かなり基本的な疑問の解決も目指す。実験系はボヤッと決まったけど、本当にコレで良いのか?完全に頭が混乱しており、これといったアイデアが浮かばず。

で、卒論の準備で、実験系の条件決めのための予備実験を行う。予想外のこともあったが、とりあえず、実験条件は決まりそう、ということは分かった、、、決まってはいない。

ここまでは良かったのだが(頭は混乱したが)、とても面倒な書類×2に取り組まざるを得ない状況になり、イライラが頂点に達したので、雑な感じのまま終えてしまう。

2014年3月23日日曜日

XAMPP

PHPとか、その周辺について少しだけ勉強を進める。

自分のPCにApacheをインストールして、自分のPCのみ(レンタルWebサーバとか使わず)でWebブラウザ上でPHPを実行する方法のメモ。

上記を行うのに必要なソフトが色々と詰まったXAMPPというパッケージがあるので、とりあえず、これをダウンロードしてインストールする。ネットとか本で良く紹介されている方法

Macだと「アプリケーション」に「XAMPP」ができる。「XAMPP」の中に、「htdocs」というフォルダがあるので、その中にPHPファイルを入れる。例えば、以下のようなコードを「index2.php」とし「htdocs」に入れたとする。


Webブラウザを開き「http://localhost/index2.php」と入力すれば実行される。


あと、「ターミナル」で日本語を入力するには、「ターミナル」がアクティブな状態で、「環境設定」→「詳細」に進み、「非ASCII入力をエスケープ」にチェックを入れる。

2014年3月21日金曜日

芸術

恒例の年度末祝日会議。3時間ほど拘束。

学会発表に向けて、新大学院生に系統樹作成を教える、、、はずが、GenBankからデータのダウンロードのやり方を教えて終わった。

その後、サソリモドキ論文書き。細かいところが書けない。

先週の土曜日、広島に旅立つ前に、本大学院美術コースの修了作品展に寄った。

絵画。


書道。


彫刻。


他にもパフォーマンス(私が行ったときは動画が放映されていた)、版画、立体構造物などもあった。技術を検討していたり、表現について色々と試行錯誤してきた経過についても説明されており、芸術がただ直感だけで行われているのではないことが良く分かった。

専門家ではないので、芸術的なレベルについては良く分からないが、人前に出せる作品を作れることは、素晴らしいことだと素直に思う。卒業後、作品は基本的には家に持ち帰るそうだ、、、どれもかなりの大きさだけど。

2014年3月20日木曜日

リジェクト

ヒノキ林調査。昨日はぽかぽか陽気だったのに、今日は寒く、山の上ではみぞれ混じりの雨が降った。2地点で調査した後、場所を移動したのだが、途中、落石で通行止め。

本日の調査はここで諦めて大学へ。


大学でメールを確認したら、リジェクトのお知らせが。それに関連した内容を行っている卒論生がいたので、今後に活かすべく、指摘内容について少し相談。

さらに、新たな卒論の相談もして、先日、広島と山口で採集したワラジムシ類を採集して終了。

2014年3月19日水曜日

棒グラフに折れ線

サソリモドキ論文に試行錯誤をする気持ちで来たのに、新年度の授業シラバスを書け、メールに気づいてしまった。

専門科目で、シラバスを見て受ける科目決める学生はどれぐらいのいるのだろうか、と思いながら書いていく。毎年のように書かなければならない内容が増えていく、、、。

合間に卒論と修論の相談。

棒グラフに折れ線を重ねる、という単純な作業に昨日、かなり手間取ったので一応、メモ。

こんな感じのデータがある。


dat_clade2$DiffをX軸にして、dat_clade2$Observedを棒グラフ、dat_clade2$Model_Freqを折れ線にしたい。

そもそも棒グラフが上手く作れなかった。
barplot(dat_clade2$Observed, dat_clade1$Diff)
とすると、棒の幅がX軸の値の影響を受けてしまう。


で、x軸の値をnames.argで入れれば良いことが分かった。
> barplot(dat_clade2$Observed, names.arg=dat_clade2$Diff)。


しかし、そこに、
> lines(dat_clade2$Model_Freq, lwd=2, col="red")
で、折れ線を入れると、X軸が棒グラフとズレてしまう。折れ線のデータもX軸の7まである(相対的に短くなっている)。


色々と調べたところ、
> bar<-barplot(dat_clade2$Observed, names.arg=dat_clade2$Diff)
> lines(bar, dat_clade2$Model_Freq, lwd=2, col="red")
と、すれば良いことが分かった。


明日は、先週雨で中止になったヒノキ林調査。また雨の予報だけど、今回は強くは降らなさそうなので、強行するかな。

2014年3月18日火曜日

疲れやすく

山口県の某所でワラジムシ類採取をして大学へ。

片付けとか、放置していた洗い物を片付けしてたら学生が登場。生態学会での感想を踏まえて、修論計画について話合う。何となく構想はできた

mismatch distributionの解析を行っていたPCが止まっている。もしかして、と思い、グループごとに解析したら一瞬で終わった。

簡単に作図をしてみて、、、これに結構苦戦、、、終了。



学会で発表を立って聞いていたら腰が痛くなり、今日も大学に来てからあまり集中できず。やはり疲れやすくなったなと。

2014年3月16日日曜日

Littorophiloscia lineata

生態学会の参加のため昨日から広島入り。

昨日の午後に到着して、すぐに3時間ほど土壌動物の研究者らと、今後についての会議へ。

ということで発表を聞くのは今日から。優秀な人達の発表で苦しんだりとかして終了。途中、会場を抜け出して、ワラジムシ類探しをするが、狙っていた種は見つけられず。

自分の発表は明日。ホテルへの帰り道、偶然よった店で共同研究者とばったり。

査読無しだけど、論文が印刷された。

島根県の陸生等脚類
唐沢重考・川野敬介 (2014) ホシザキグリーン財団研究報告, 17: 19–54

既発表資料と共同研究者が中心となって採集した標本を参考に、島根県のワラジムシ類の種のリストを作成した、、、という単純な内容なのだが、記載論文を読んでもすぐには種名が分からず、タイプ標本を観察したりとかなかなか大変だった(結局、分からないのも多かった)。

結構重要な報告として、ニッポンヒイロワラジムシと同属の別種Littorophiloscia lineataが日本で初めて見つかった(和名を決めるのを忘れた)。当然、現時点では国内では島根県からしか報告がないのだが、韓国にも分布していることを考えると、島根以西の海外には分布している可能性が高い。

2014年3月14日金曜日

PHP

昨夜の地震は結構大きかった。で、携帯の地震警報が鳴ったのだが、これにもビックリ。

とりあえず、昨日のリベンジ、、、昨年末に、PHPという言語を使って色々とやろう、と思ったのが、4ヶ月ほど放置しており、その勉強をやっと昨日始めた。

本を読んでPHPはサーバ上で動作することが分かった。しかし、私は、サーバってwebを利用するのに大事な働きをしてくれている仕組み、といったレベルの知識。

で、昨日は初心者向けの本を見ながらPHP言語で(恐ろしく)簡単なソースコードを書いたのだが、それを実行できずに終わった、、、。

家に帰ってからも携帯でネットを閲覧した結果、私は「入門・・・」や「誰でもできる・・・」という本のレベルにすら達していないことが判明した。

まず、「サーバ上で動作する」の意味が良く分からないのだが、とりあえず、サーバソフトというのがあって、これがインストールされていることが重要なようで、自分のPCでもインストールは可。で、私の参考にしている本は、レンタルwebサーバ上で実行したい私の思いと反して、このPC上での実行することが説明されている、ということがやっと分かった。

多分、PHPを勉強する人は言語の勉強をするのであって、「サーバ上で動作する」は説明不要の当たり前の作業なのだろう、、、。

ということで、さくらインターネットでサーバをレンタルし、そこでPHPファイルを実行するまでの道のりをメモ。超×3素人には参考になるかも。

1.さくらインターネットでレンタルサーバーをライトプランで借りてみる。これには上記のサーバソフトのうちApacheというのがインストールされており、また、すでにPHPも対応している(インストールされている、ということ?)

2.本とか、ネットとか、参考にして、PHP言語のソースコードをテキストエディットを使って作成し、拡張子を.phpとして保存する(名前は多分、半角英数のみ使用可?)。

3.このファイルをレンタルサーバにアップして開けば、実行できるはずなのだが、昨日は、「どこに」、「どのように」アップすれば良いのか分からなかった。コレが本当の素人。

4.色々と便利なソフトがあるようだが、まずは確実性を重視。さくらのレンタルサーバには、ファイルマネージャーというのがあって、これでファイルをサーバにアップすることができる。「新しいフォルダを作成する」を参考にフォルダを作り、そこに「ファイルをサーバへアップロードする」を参考にPHPファイルをアップすれば良い。
*サーバ側の「www」フォルダに入れることが重要らしい。「public_html」や「htdocs」も同意みたい。

5.その後、登録の際に通知された「ホームページ」を開けば、上記のフォルダが表示されているので、それを開くとphpファイルが表示されるので、それをクリックするとPHPファイルに書かれたプログラムがweb上で実行される。

webサーバにアップすらできなかった私でも、やり方が分かれば、ネットを参考にこんなのも作れるようになる。なかなか面白い。でも、日本語表記が上手くできないとか、、、。


MacにはPHPがすでにインストールされているそうで、ターミナルから実行することができる。


少しだけサソリモドキ論文を進める。分布に関する文献が色々と抜け落ちていることが分かったので、取り寄せのお願いをして終了。

明日から生態学会へ。でも、明日は、他の学会の会議に出席して終わるかな。

2014年3月13日木曜日

出来ず

朝から、まあまあの雨が降っている。強引に調査するかな?と思い、共同研究者に連絡したところ、大雨警報が出ていたようで、ヒノキ林調査は中止。

大学に来て、サソリモドキ論文に取りかかり、Material and MethodsとIntroを半分程度書き上げる。これから何度となく書き直されるのだが、、、。

4ヶ月ほど放置していた、初めてのプログラミングに挑戦するが、数時間かけて、何も出来ず、、、で終了。

ある有名な研究者から沢山の荷物が届く。


中身は貴重な書籍とか。

2014年3月12日水曜日

ぐ〜ぐ〜

入試の手伝いが予想以上に大変で、終わった頃にはぐったり。

お腹がぐ〜ぐ〜鳴って、他の先生に「朝ご飯食べなかったの?」と。

終了後、何度見直したか分からない学生アンケートの見直し。新しいデータが入ったりと何だか良く分からない状況になってきた。修正と加筆して提出。

このおかげで、ますますぐったりしてしまい、復活するまでど〜でも良いことをやりながら、グダグダと時間を浪費する。やや復活したところでサソリモドキ論文を少しだけ進めて終了。

明日は久しぶりのヒノキ林調査。共同研究者はヒノキ花粉症なので、とても可哀想。

2014年3月11日火曜日

3年前の今頃

サソリモドキ論文に取りかかる。急遽、大学院生のワラジムシ類採集を手伝って午前中が終了。

午後は、新年度に向けての時間割などの確認業務を片付けよう、と張り切るが、ナカナカ大変。終わらないうちに1時間ほど会議に拘束される。

会議中に14:46になったので、全員で黙祷。3年前の今頃は、こんなにスゴいことになるとは思っていなかった、、、。

確認業務をどうにか提出して、サソリモドキ論文に復活。最近は悪い評判が多いネットワーク樹なども一応作成してみる。


明日は後期入試のお手伝いで、ほぼ何もできないかな。

2014年3月10日月曜日

subset関数

学会発表の内容について、共同研究者からアドバイスをもらったので、試行錯誤するが、結局、降参しました、のメールを送ることに。

諦めてサソリモドキを進める。大まかなストーリーは出来上がっているのだが、細かなところが決まらず苦しむ。

とりあえず分布図を作ってみる。


拡大。


思いついたことをどんどん書き出してたら、何となく先が見えてきた気がする。

subset関数を使って複数の条件でデータを抜き出す方法。こんなデータセットがあり、cladeが3と4のデータのみが欲しいとする。ちなみにデーターセットはdatとして保管されている。


dat_34<-subset(dat,clade==3|clade==4)、とすれば良い。

一日中、左目のマブタが痙攣しているけど、、、大丈夫かな。

2014年3月7日金曜日

Burmoniscus kitadaitoensis

生態学会用ポスターの解析。

昼頃、ヒノキ林で採集したアリの種同定依頼のため九州大学へ。


申し訳ないと思いつつ、自分ではどうしようもないので、かなりの量の標本をお願いしてしまった。

大学に戻ってポスター作成の続き。とりあえず完成。来週、見直して印刷へ。結論は中途半端。こんなの始めました、みたいな感じかな。


公開待ちだった北大東島の論文が、本日、公開されました

1種のシノニムの論文とは言え、やはり論文が公開になるのは嬉しいもので、、、。

これまで北大東島の固有種と考えられていたBurmoniscus kitadaitoensisが、実は広域分布種のB. meeuseiだったという内容です。

2014年3月5日水曜日

放置

サソリモドキ解析を少し進めたところで、会議に1時間弱拘束。

会議後、サソリモドキ解析に復活するが、細かなところで色々と苦戦する。

そうこうしているとGIS学生が登場したので、データの見直し。結構、(私のも含めて)ミスがあるようで、今日だけでは修正しきれず、明日へ持ち越し。明日と明後日で発表準備は終えたいが、、、。

Arlequinでmismatch distribution解析を行ってみる。bootstrapは100で実行するが、90%で止まっている。最初はPCの性能のせいかと思い、ArcGISを実行してるPCで実行してみるが、やはり止まる。


初めてのことなので良く分からないが、計算に時間がかかるのだろうか?とりあえず明日まで放置してみる。

放置といえば、放置していた白菜が花を咲かせた。まさにアブラナ科の花、といった感じ。

2014年3月4日火曜日

美術

一日中サソリモドキ解析。

シークエンスデータの取扱いとか、以前は一生懸命手作業でやっていたが、色々とソフトを開発してくれている方がいて、それを使用させてもらい、かなり楽になった、、、その使い方を覚えるのにかなり時間がかかったが。

とりあえず系統樹を作成して、大まかな方向性を立てる。その後も色々と予備解析的なことをして終了。

美術の先生になる人達の卒業作品展を観に行ってみた。専門家にしてみたら、大したことないのかも知れないが、素人の私にはスゴいの一言だった。プロってもっとスゴいのか、と痛感した。

絵とか、


彫刻だけでなく、


ネイルとか、


男性化粧品のパッケージおよび広告一式などを扱った作品とか、色々な分野があった。

2014年3月3日月曜日

見直し

ポスター作成。今日中に完成させて共同研究者に見てもらおうと意気込む。

解析関係については大体完成かな。


あとは、学生が作ってくれた分布図を貼ってと、、、


この種はこんな分布するのか、フムフム。不思議な種だな、、、本当か???

恐くなって、データを見直す。どうやらデータセットが間違っているみたい。データセットを作ってくれた学生に連絡をするが、しばらく大学に来れないと、、、。

解析関係も全てやり直しだけど、まぁ〜、大まかな結果は変わらないだろう、、、一緒に見直しをすべきだった。

どうしようもないので、2度目の校閲から返ってきた投稿論文の回答をした後、私が編集を手伝っている雑誌の校閲結果の送信。

とあるワラジムシ類とサソリモドキのデータ解析を少し進めて終了。