解放

午前
・原稿書き

午後
・手伝い
・原稿書き

本日締切の書類をどうにか提出。

今週はこれに悩まされた。これで解放された。

しかし、金曜日から、とうとう始める授業×２の準備を本格的に始動しなければ。

天気予報も見事にあたり、一気に寒くなった。

修正

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・修論論文化手伝い
・個人ゼミ
・論文修正

査読から返ってきた論文×２の修正。

１本は修論の論文化で学生が対応しているので、チェックのみ。大幅修正が求められている。良い感じで修正できたと思うが、どうなることか。

もう１本は、学名の記載や引用文献の修正のみ。こちらは大丈夫、、、と思いたい。

盛り上がり

午前
・資料作成
・統計ゼミ
午後
・統計ゼミ
・個人ゼミ
・資料作成

王将戦は、藤井聡太王将　vs 羽生善治挑戦者、に決定したみたい。

タイトル戦、未だに無敗の藤井聡太さんに、１００タイトルを目指す羽生善治さんが挑む、、、これは盛り上がりそう。

面積を定量化

午前
・標本整理

午後
・データ解析
・会議

昨年からの悩みが、多少解決した。ただし、根本的な問題は解決できていない。

とある昆虫の砂丘内の分布データ。この分布の変化を定量的に評価したい、というのが昨年来の課題。

で例えば、geom_density_2d()を使ってカーネル密度推定を表示したり、

ggdensity::geom_hdr()を使ってhighest density regions (HDRs)を表示したり、

ggalt::geom_encircle()を使って輪郭を表示できることが分かった。

しかし、これらの面積を定量化する方法が分からなかった。

そこで、スマートな方法は諦めて、面積内を特定の色で塗りつぶして、そのピクセル数を計測する方法にたどり着いた。それはそれで面倒だったのだが、colorfindr::get_colors()というとても便利な方法を知った。

普通の散布図なら、グラフに使用していない色で塗りつぶせば良いのだが、上記のように地図上に描いている場合は、輪郭だけの図を作成した方が無難だろうと考えた。

その場合、地図の代わりに、空のラスタを準備して、そこに（例えば）黒色で塗りつぶした図を描く。

ちなみに、colorfindr::get_colors()は、一度、画像として保存して読み込まないと使えない（？）みたい。

プロットデータは、sf形式、平面直角座標のpointデータで、「Bn_2021_JGD2011」に入っているとする。

#枠となるラスタの作成
library(raster)
library(sf)
e <- raster::extent(-11000, -7000, -52500, -49500) #平面直角座標
sp_e <- as(e, "SpatialPolygons") #sp形式に変更
sf_e <- st_as_sf(sp_e) #sf形式に変更
st_crs(sf_e) <- "+proj=tmerc +lat_0=36 +lon_0=134.333333333333
		+k=0.9999 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0
		+units=m +no_defs +type=crs" #JGD2011；平面直角座標

#get_colors()は画像として一度保存する必要がある！
library(ggplot2)
png("Area_karnel.png", height=3000, width=3000)
ggplot() +
 	geom_density_2d_filled(aes(x=st_coordinates(Bn_2021_JGD2011)[,1],
  		y=st_coordinates(Bn_2021_JGD2011)[,2]), linewidth=0, col="white") +
	scale_fill_manual(values = c("white", "black", "black", "black", "black", "black", "black", "black")) +
	scale_x_continuous(limits = c(-11000, -7000)) +
 	scale_y_continuous(limits = c(-52500, -49500)) +
 	theme(panel.background = element_blank(), #背景を透明にする
		plot.background = element_blank(), #背景を透明にする
 		panel.grid.major = element_blank(), #グラフの線；邪魔なので白で消す
 		panel.border = element_blank(), #グラフの線；邪魔なので白で消す
		axis.title = element_blank(),
 		axis.text = element_blank(),
		axis.ticks = element_blank(), 
 		legend.position = 'none')
dev.off()

二値化の画像ができる。上記のカーネル密度推定は時計周りに回転させて、トリミングしているので一見異なるが、同じデータで作図している。

これを読み込んで、下記のようにget_colors()を実行すると、各色のピクセル数を計測できる。白と黒しかないのだが、他にもいくつか計測される、、、ごく僅か（ほとんど1ピクセル）なので無視して大丈夫だと思う。

library(colorfindr)
get_colors("Area_Bn_2021_karnel.png") #各色のピクセル数

これで算出できるのは、画像内の各色のピクセル数なので、比較する場合は、同じ大きさの画像で比較する必要がある。

（試していないが）面積そのものを計測したい場合は、例えば、100m²の方形区を作成して、そのピクセル数を基に計算すれば良さそう。

ただ、そもそも動物の分布を適切に表現できていないので、意味がないことも分かった。

三宅島の思い出②

午前
・資料作成
・生態学ゼミ

午後
・資料作成
・原稿書き

本日締切の資料をどうにか提出。次は、今月末締切の原稿（報告書）書き。

三宅島の思い出。

三宅島では2000年にも噴火をしている。このときは、継続的に噴火が続き、特に、有毒ガスの放出されたため全島避難となったそうだ。

島民の方の話だと、最初はすぐに帰るつもりだったそうだが、結果的に４年半の避難生活を強いられたとのこと。

都内の宿舎に住むことになったそうだが、島では鍵をかけたことがなかったので、オートロックで鍵を中に閉じこめてしまったとか、電車の乗り方が分からなかったとか、色々なネタを教えてもらいました。

1983年に比べると溶岩の量は少なかったそうだが、大量の火山灰が降り積り、それが山肌を削って流れた。

北東部でその影響を実感することができる。

一見すると何か分からないが、、、鳥居である。本来は普通の鳥居だったが、2000年の噴火による土石流で埋まってしまった。

また、当時は火山ガスの影響で樹木が枯れたそうだ。今でも、その痕跡を見ることができる。

したがって、三宅島の森林は全体的に若い印象。また、島の中央の山地は、草原生態系となっており、森林が成立していない。

三宅島の思い出①

午前
・データ整理

午後
・個人ゼミ
・資料作成

明日締め切りの発表用スライドの準備に追われる。

忘れる前にメモ。三宅島の思い出①。

11月13日AM5:00に到着、11月15日PM1:30に出発、の日程だった。

天気はあまり良くなく、ほとんど曇りで、時折雨、たまに晴れだった。ただ、昼間は強い雨は降らなかったので、調査はほぼ予定通りに出来た。

合計で22地点で調査を行った。

三宅島は火山の影響が強くみられる島であるが、桜島や雲仙とは、また、違った印象だった。

私が生まれてから、すでに２回の大規模な噴火が起こっているせいか、リアルタイムで噴火している印象を受けた。数では圧倒的に桜島の方が多いが。

1983年の噴火では、阿古地区が溶岩流に飲み込まれたそうだ。

噴火前。集落がみられる。

　噴火後。集落が消えているのが分かる。

溶岩流に飲み込まれた阿古小中学校が、火山体験場として保存されている。溶岩流の厚さは10mに達し、校舎の２階に達している。

噴火したのは10月3日。前日の2日が運動会だったため、当日は振替休日だったそうだ。集落は飲み込まれたが、人的被害はなかったとのこと。

あまりにも規模が大きすぎて、実際にみてもあまり実感が湧かない、というのが感想。

新澪池、という池は、噴火によって噴出したマグマと接し、水蒸気爆発を起こして１日で消えてしまった。以前は、こんな池だったようだが、現在は見ることができない。展望台に行ったが、草で見えなかった、、、。

これだけの被害が出ても、全島非難にはなっていない、ということも驚きである。

下から

午前
・野外調査

午後
・データ整理
・資料作成

土曜日に鳥取を出発して三宅島へ。今朝、東京から戻って、そのまま定期調査へ。

伊豆七島で、唯一データのなかった三宅島にとうとう上陸。

三宅島には船と飛行機で行くことができるが、飛行機は調布空港が使用されている。

船だと約６時間３０分かかる。ただ、東京→三宅島は、２２：３０発なので、すぐに寝られる。

一番安い部屋はかんな感じ。

空いている時期なのか８人部屋を一人占めだった。乗船客の大半は釣り人。

三宅島→東京は、１３：４５発で１９：５０着。今の時期だと完全に日は落ちているので、東京湾では綺麗な夜景が見られる。

レインボーブリッジを下から。

USBカメラ

午前
・卒論手伝い（野外調査）

午後
・資料作成
・修論論文化手伝い
・多様性セミナー

随分前に投稿した論文が査読から戻ってきた。リジェクトだった。良いところもあるが、致命的な問題があると。

致命的な部分を除けば掲載される可能性はあるとのこと。今週末に調査に行くので、それも追加して、じっくりと書き直すか。

今月から始めた研究セミナー、通称、多様性セミナー。第１回目の講演者。時間短すぎるかなと思っていたが、思いっきりオーバーした。

PC不調問題は、ひとまず改善されたっぽい。しかし、大きな問題が。

macOS MontereyはUSBカメラを認識しないみたい。mac miniはモニターがないので、当然、内臓カメラがない。iPhoneが接続できるそうだが、持っていない。どうしよう、、、。

メイリオ

午前
・生態学ゼミ
・資料作成

午後
・資料作成

明日のセミナー用のスライドが無事に完成。

PC不調問題。mac miniはThunderbird、Firefoxアンインストール以来、調子が良い。

macbook airは結局、同じ症状が出て、クリーンインストールをした、、、。Thunderbirdが直接の原因ではなかったようだ。クリーンインストール後は調子が良い。

いつのまにかメイリオが使えなくなっていたので、Font Book.appにメイリオを入れてみた。フォントってどうやって制御されているのか不思議。可能性のある全ての文字データが入ってるのか？

アンタッチャブル

午前
・PC設定
・会議

午後
・データ解析
・資料作成

セミナー用にデータ解析したり、資料を作成したり、頭の中を整理する良い機会となった。やはり、たまに発表をしないとダメだなと痛感。

アンタッチャブルだった動物群。昨年の卒論、他大学の大学院の研究によって、先が見えてきた。

フリーズ

午前
・PC設定

午後
・SEM撮影
・資料作成

作業をしているとフリーズしてしまう。

Mac mini (M1, 2020)、macOS Monterey、と、MacBook Air (13-inch, 2017)、macOS Big Surともに似た症状。

色々と試してみた。

MacBook Airで、アクティビティモニタをチェックしたところ、mds_storesが大きそうな感じ。

mds_storesはスポットライトのインデックスの作成をしてるらしい。スポットライトは使わないのでOFFにすることにした。

ターミナルで「$ sudo mdutil -a -i off」を実行すれば良いそうだ。ここやここを参照しました。

で、結局、改善されず。

２台のPCの調子が悪いことを考えると、何か同期システムが働いているのかと疑い、調べてみるが判明せず。

２台の共通点を考えてみる。CleanMyMacをインストールした、Thunderbird、Firefoxをアップデートした。

CleanMyMacの評判は悪くなく、インストールしてからしばらく立つので、これが原因とは考えにくい。

ということで、Thunderbird、Firefoxをアンインストール。代わりに、Google ChromeとMacメールを使うことにした。

Google Chromeは特に設定の必要ないが、Macメールは設定が必要、、、と思ったら、細かな設定はほとんど必要なかった。

しばらく、Thunderbirdを使っていたので、まだ慣れない。

添付ファイルがデフォルトでは、本文中に貼り付けられてしまうのが気持ち悪い。 ここやここを参照して、ターミナルに「$ defaults write com.apple.mail DisableInlineAttachmentViewing -boolean yes」を実行すれば、アイコンだけの表示にできる。 Google Chromeって重い印象だったけど、使っているとそれほどでもなかった。

ARMに適したJava

午前
・データ解析
・生態学ゼミ

午後
・データ解析

ここまで調子のよかったPCが少しずつ不調になってきた。

すでに改善されたが、Mac mini (M1, 2020)、macOS Montereyで、Rのlibrary(OpenStreetMap)を実行するとエラーがでた。

library(OpenStreetMap)は結構扱いが面倒なのだが、詳細は理解できていないが、Javaが動くので、その設定が重要らしい。

検討の流れ。

まず、ARM向けのRもリリースされていたので、ダウンロートしてインストール。

ここで、/Library/Frameworks/R.frameworkの古いversionのlibraryをフォルダごと新しいversionに移動したらおかしくなった。

ということで、再度、Rをインストール。

地道にパッケージのインストールを行うが、library(OpenStreetMap)で、やはりエラーがでる。rJavaが何たら、と書かれている。

ARMに適したJavaというのがあるらしいので、それをインストールする必要があると判断。ターミナルで「$ java --version」を実行するとインストールされているJavaが分かる。

Javaのインストール方法は色々とあるようだが、このサイトで「Java 17、ARM 64-bit、JDK。.dmg」をダウンロートして解凍することでインストールした。

openproj()でエラーがでることがあるが、何度か実行すると消えて、地図は表示されるようになった。

他に、PCがフリーズすることが多くなった。Thunderbirdと関係がある気がしたので、新しくインストールしてみたが、やはりフリーズした。

OSを最新のVenturaにしてみた、、、これはむしろ不安の大きいが。具合については来週以降に明らかになる。

収束しない問題

午前
・生態学ゼミ
・データ解析

午後
・データ解析
・会議
・データ解析

ベイズ（BEAST2）が収束しない問題は結局、解決できなかった。

clock rateの指定ミスが発覚したので、淡い期待をしたが関係なかった。

諦めて他の方法で作成。来週の発表用とか、学生用とか作成。

管理者がいない

午前
・PC設定
・データ解析

午後
・データ解析 ・個人ゼミ
・データ解析
PC設定で苦戦した原因が理由がわかった。

iMac 27-inch, Mid 2010のクリーンインストールをしたら、まず、ターミナルでソフトのインストールができなくなった。

この時点では、私のプログラムの記入ミスだと思っていた。

続いて、ホームディレクトリの名前がタイプミスでカッコ悪かったため修正しようとしたができないことが判明。

具体的には、ログイン名とパスワードを認証してくれない。記入ミスだと思い、ひたすら記入しまくるが改善できず。

色々と試した結果、「ユーザーとグループ」で「このコンピュターの管理を許可」にチェックが入っていないことに気づいた。つまり、PCに管理者がいない状況になっていた。

High Sierraでは、まあまあ生じるエラーのようで、ネットには色々と対処法がある。ただ、設定？によってうまくいくものと、いかないものがある。

私は先のサイトを参考にして頂いた。

MACで消し飛ばした管理者権限を復活させる方法

上記の方法で新しいユーザーを作成はできたが、今度は、不要なユーザーが消せなくなった。これについては、下記を参考にした。

【Mac】ユーザーアカウントの削除方法！削除できない対処法も解説！

これで無事に設定完了。現在は、頑張ってMCMCで解析をしてくれている。

昨日の砂丘で発見した糞。アキグミの実が入っている。

このように実が分散されるため、砂丘内に点在している。