ホロタイプの観察

午前
・標本整理

午後
・授業準備
・資料作成

保存用のエタノールが無くなってしまったが、結果的にこれまで放置されていた研究を進めることができた。

ホロタイプの観察。２種を確認。

ラベルの字が私の字に似ているな〜と思ったら、過去に借りたことがあった。このときに解剖して入れ直したときのラベルか。

ドキドキ

午前
・DNA抽出

午後
・会議
・論文書き

地方誌（邦文）の初稿が届いた。地方誌であっても初稿を見ると嬉しくなる。

しかし、誤字脱字だらけで申し訳ない気持ちでいっぱいになった。

週末の王将戦。日曜日は、評価値が揺れ動いて、ドキドキが止まらなかった、、、盤面を見ていても、どちらが有利なのか全く分からなかったが。

後手番で羽生９段が勝てば、一気にタイトル奪還に近いたが、そうはいかなかった。

今週の木曜日に、A級戦の最終対局があるようで、これによって、最年少名人の可能性が残るのか、絶たれるのか決まる。

半日

午前
・標本整理

午後
・資料作成
・会議
・資料作成

たかが数枚の資料作成に半日も費やしてしまった。

プレパラート標本

午前
・標本整理

午後
・研究室整理
・論文書き

未処理の標本がかなり溜まっているのだが、エタノールが無くなってしまったので標本処理ができない。

ということで、プレパラート標本の観察を進める。

学生が作ったヒメフナムシのプレパラート標本を検鏡してみた。

西日本には、ニホンヒメフナムシ、チョウセンヒメフナムシ以外にも沢山いることは間違いないのだが、これらの種と同じくらい、もしくは、もっと分布域の広い種がいることがわかってきた。

labs(caption = )

午前
・修論手伝い（原稿添削）

午後
・標本整理
・論文下記

(Ma)、を書くだけに２時間ほど悪戦苦闘してしまった。

library(magick) を使って画像として処理すれば一発という思いだったのだが、エラーが出続け、結局、改善できなかった。

「geom_text」もY軸は負はだめだった。

「annotate」は負の値をとれるが、目盛りの下には描くことができなかった（目盛りがどんどん下がる）。

で、「labs(caption = )」と「 plot.caption = element_text(vjust=, hjust=), 」で無理やり作成した。

「labs()」で軸名以外を指定できることを始めて知った。

下記を参考にさせてもらいました。

【R】ggplotでの軸ラベルやタイトルの設定方法

放置

午前
・論文書き

午後
・論文書き
・データ整理

昨夜データ整理していたら、投稿したつもりでいたが、実は放置されたデータを発見。

日本語の報告でいいや、ぐらいに考えていたが、共著者から英文にしようとアドバイスを受けて、う〜面倒だと思い、ほったらかしにしてしまったようだ。

解析は終わっていたので、ざっと書いて共著者へ。英文にはしたが、内容的には地方学会の短報が限界だろう。

研究紹介、マダニ編も修正した。

カレンダー

午前
・研究室大掃除

午後
・会議
・データ整理

年度末、最後の行事。研究室の大掃除。全員集合の予定は約半分という想定外だったが、研究室は綺麗になった。

埋もれていた、イッテQカレンダーをやっと発見。

これはテレビで観てたけど、ナカナカ良い写真。

超入門! Rでできるビジュアル統計学の感想。

午前
・覚えていない、、、

午後
・会議
・卒論手伝い（原稿添削）

３年生向けの統計ゼミで使用した「超入門! Rでできるビジュアル統計学」の感想。

コンセプトは面白く、単に「グラフを描く」と言っても色々なことを考えなければならない、ことを学ぶには有用に感じた。

個人的なクセなんだろうが、コマンドの書き方で２点気になるところがあった。

一つ目は、オブジェクトへの代入を最後に右向きで書く点。以前、見せてもらったコマンドでも、そのように書かれていることがあったので、よく使われているのかも知れないが、多くの本では最初に左向きに書いていると思う。

data %>%
	select(ID, BMI, SBP, DBP) %>%
	pivot_longer(-ID, names_to="variable", values_to="value") -> data_long

私なら

data_long <- data %>%
	select(ID, BMI, SBP, DBP) %>%
	pivot_longer(-ID, names_to="variable", values_to="value")

の方がしっくりくる。

上記以上に違和感を感じたのが、ggplotのコマンドでaesを単独で書く方法。

ggplot(data) +
	aes(x=Sex) +
	geom_bar(width=0.8, fill="black") +
	theme_classic()

私なら、このように書く。

ggplot(data, aes(x=Sex)) +
	geom_bar(width=0.8, fill="black") +
	theme_classic()

複数のgeom_にaesを使う時はどうするのだろう。そもそも、そのような書き方はダメということなのか。

また、質的変数、量的変数、そして、一変量、二変量の順に並んでいるので、散布図や折れ線グラフよりも先に、サンキー図やベン図などを学ぶことになる。

科学的データに慣れていない学生には、サンキー図の意義を説明することだけも一苦労する。

この本でRを勉強するよりは、多少、慣れてから頭の中を整理するのに使う本と考えた方が良いかも。それとも医学分野では、これがスタンダードなのかも。

ラベルプリンター

午前
・標本整理

午後
・資料作成
・学会業務

心に少し余裕ができたのと関連する報告書の提出が済んだので、研究紹介を少し作成した。

昨年の買い物で一番の成功はラベルプリンターだった。標本ビンの蓋やファイルの背表紙に活躍している。この機種が良いのは分からない。不満はない。

発見

午前
・標本整理

午後
・卒論手伝い（原稿作成）
・データ整理

依頼されていた標本の一部を検鏡。面白い発見があった。

諦める

午前
・標本整理

午後
・資料作成
・卒論手伝い（原稿作成）

久しぶりに顕微鏡を覗いた。

昨年の夏頃にはほぼ完成していたフナムシに関する論文をやっと昨日、投稿。

Netflixで楽しみにしていたガンニバルを観ようと検索したみたが見つからず、、、ディズニーだった。これは流石に諦めるしかないか。

修論発表会・卒論発表会

バタバタした１週間だった。

２月８日に修論発表会があった。過去最多の３題。

・日本産ヒゲコガネ属と体表のトゲダニ科の系統地理
・日本産フナムシ属の分類学的研究—シンジコフナムシの分布特性の解明に向けて-
・鳥取砂丘の生態系保全に向けた動物分布データの集積および安定同位体を用いた食物網の推定

2月10日に卒論発表会があり、こちらは４題。

・西日本におけるヒメフナムシ属の地理的分布
・砂浜生態系における地下から供給される昆虫量について
・鳥取大学湖山農場におけるネギアザミウマの季節消長
・鳥取砂丘の砂浜生態系における海洋からの有機物の重要性

そして、８日の夜中から急に頭痛が発症して苦しんだ。現在は、ほぼ完治。抗体検査ではコロナは陰性。

忘れる前に、今年の感想。

2年前の感想にもあるが、最近はRでグラフを作成するように指導しているので、あまりにも酷いグラフを作成することが無くなった。これは今年も良かった。

最大の誤算、、、想像はできていたが、、、修論３名という、これまで経験したことがない状況で私が限界に達してしまった。

そのせいで、全体的にデータ解釈について深い議論ができず、発表会では完成度の低さが所々にみられたのが後悔。

むしろ、他の研究室の完成度の高さに驚かされることが多かった。

他の先生の「あまり指導できていない」は、「あまりテスト勉強をしてない」と同じなのか、と思った。

Netflixは、いくつかのオリジナル作品を観たいと思いつつ、Amazon Primeにも入っているから加入するするのをやめていた。

ただ、初回から観ている内村さまーずが、とうとうNetflix配信になってしまった、、、。

ということで諦めて加入。早速、観たかった浅草キッドを視聴。柳楽優弥作品に間違いはない。面白い。

実話をベースにしているので、最後は想像ついたが、昔の芸人の人生をみることができる。

今月は、王将戦を観るために、囲碁将棋プラスにも加入したし、全てが無料で繋がるはずのインターネットの発展でお金がかかることが多くなった。

ひと段落

午前
・修論発表練習

午後
・助っ人業務
・資料作成
・会議

明日、修論発表、明々後日、卒論発表。これで、ひと段落。

指の動き

午前
・授業
・授業準備
・卒論・修論手伝い（原稿修正）

午後
・データ整理・卒論・修論手伝い（原稿修正）
・資料作成

授業が１つ終わった！

書類作成したり、原稿修正したいとキーボードを打ちまくっているが、エアコンの１９度設定せいか指の動きがイマイチ。

指先に息を吹きかけながら作業をする。

成長

午前
・データ解析

午後
・データ整理

塩基配列データの登録準備に苦戦した。

これまではポチポチ手作業中心でやっていたが、今回は250サンプル。30ぐらいまでポチポチやっていたが、ミスが見つかり狂乱してしまった。

ということで、地点データ、標本データから登録データを作成するコマンドを検討、、、あっさりできた。成長を感じた。

一斉対局

午前
・修論手伝い（添削、データ解析）

午後
・授業準備
・修論手伝い（添削、データ解析）

今日は、将棋A級戦の一斉対局の日なのか。

来月も一斉対局をやって、名人戦への挑戦者が決まる。現時点では、藤井聡太さんはやや不利なようだが、どうなることか。