土と生き物: 3月 2023

2023年3月31日金曜日

於茂登岳周辺

午前
・標本整理

午後
・データ整理

先週の沖縄訪問。宮古島で２泊した後、石垣島へ移動。

石垣島は、於茂登岳周辺を中心に、かなりの広範囲が天然記念物に指定されており、許可なしでは動植物の採集ができない。

今回は許可を取っていないのでほぼ観光だった。

2023年3月30日木曜日

何年か振り

午前
・卒論手伝い

午後
・論文書き

この１週間ほどは色々とあった。

先週は、休暇と調査を兼ねて、滞在中の外国人研究者と一緒に何年か振りの沖縄へ。

まずは宮古島。

多分、前回行った際にはなかったドームができていた。

飛行機に乗る前には、WBCでメキシコに負けていたけど、飛行機を降りたら日本が勝っていて、レンタカーの店員さんがテンションが上がっていたのが印象的だった。

2023年3月17日金曜日

引き継ぎ

午前
・データ整理

午後
・データ整理

明日が卒業式。それにともない、卒論、修論のデータの引き継ぎがおおよそ済んだ。

この２年、重点的に調査を行なった鳥取砂丘の動物分布データ。過去の文献に掲載されている図からも緯度経度を読み込み、合計で3800地点を超えた。

2023年3月16日木曜日

午前
・データ整理

午後
・データ整理
・最終講義（拝聴）

電話番号を登録するのが嫌で使っていなかったが、とうとうchatGPTを使ってみた。

当たり障りのない回答が、余計に人間ぽい。ただ、真偽の確認はとても大事であることは間違いない。知識を得るよりは、文章の組み立てなどを参考にするために使うのが良いのかも。

ちなみに、自分の名前を検索したら

日本の小説家・エッセイストであり、1960年生まれの現在は活躍中の作家です。代表作には、小説『坂の上の雲』や『陽のあたる坂道』、エッセイ『食堂かたつむり』、『新・坂の上の雲』などがあります。特に『坂の上の雲』は、日清戦争を題材にした壮大な歴史小説で、映画化もされています。歴史に関心があり、日本の歴史を題材にした作品を多数手がけています。また、自然や食にも深い関心を持ち、エッセイでも多くの読者から支持されています。

となった。

「坂の上の雲」って司馬遼太郎でしょ、と思って、司馬遼太郎を検索したら「1923年生まれ」だそうだ。

「食堂かたつむり」って司馬遼太郎さんの作品なの？と思い検索したら、「唐沢重考が著したエッセイ集のタイトルで、、、」と回答があった。実際には小川糸さんの著作らしい。

「陽のあたる坂道」の著者は石坂洋次郎さんだそうだ。

2023年3月15日水曜日

雪が溶けた

午前
・野外調査

午後
・会議
・データ整理

毎月の定期調査。昨年は１〜３月は積雪で調査ができなかった。今月に入ってからの気温の上昇具合から雪が溶けたのではと思い調査地に向かったら、駐車場には雪が残っていたが調査は無事にできた。

2023年3月14日火曜日

完成

午前
・データ整理

午後
・データ整理
・ポスター作成

明日締め切りのポスター、バランスがイマイチだけど。これで良いと思うことにして完成。

2023年3月13日月曜日

guides("none")

午前
・データ整理

午後
・ポスター作成

同じような日々が続く。

ggplot()でscale_***_***()を使用すると凡例の制御が難しく困っていたのだが、guides("none")で消せることが分かった。

scale_alpha_manual(values = plot_alpha) +
guides(alpha = "none") + #特定の凡例を消す

と、scale_***_***()の指定（最初の***）に合わせる必要がある。

2023年3月10日金曜日

矢印を描く

午前
・データ整理

午後
・ポスター作成

geom_segment()で矢印を描くとalphaがうまく機能しない？

下記のようにannotate()を使うと描くことができた。

annotate("segment",
	x=-30, y=-5, xend=-25, yend=3,
    arrow=arrow(length = unit(1, "cm")),
    lineend = 'round', size=10, color="blue", alpha=0.2)

2023年3月9日木曜日

drposter

午前
・データ整理

午後
・ポスター作成

久しぶりのRどハマり、、、久しぶりでもないか。

今月末に使うポスターを作成するのに、一昨年の日本土壌動物学会で利用したdrposterを用いることにした。

コマンドの良いところで、コピペですぐ終わるはずだったのが、どハマりした。

一昨年、作成したポスターはこんな感じ。

同じコマンドをKnitすると、こんな感じになってしまう。この前にファイルの準備が不足して、色々とエラーも出ていた。

様式がおかしいのでcssがうまく機能していないみたいだな、とこの時考えたのだが、一昨年は実行できたので、その点について詳しく確認をせずにネットに頼ったのが良くなかった。

結局、解決方法がわからず、他のパッケージを試したりと時間を費やした。しかし、他パッケージはポスターの版組に自由度が少なかったりと良いものが見つからない。

で、やっぱりcssでは？と疑い始める。一昨年のRmdファイルをみると、

output:
  drposter::drposter_poster:
    self_contained: false
    css: custom.css

となっており、custom.css、が使われていることが分かる。

で、custom.cssを確認すると、こんな感じ。今思えば何も指定されていないのだが、この時は「以前はこれで実行できたし、、、」と思ってしまった。

しばらくウダウダしたのち、「dropster_files」というフォルダの中に、たくさんcssがあることに気付いた。

これがうまく指定できていないんだな、と分かったが、ここでも「以前はこれで実行できたし、、、」と思ってしまった。

さらに、ウダウダしたのち、ここにあるcssを全部読み込ませることを考えた。custom.cssに以下を記入。

@import url("drposter_files/drposter.css");
@import url("drposter_files/examples.css");
@import url("drposter_files/fonts.css");
@import url("drposter_files/grid.css");
@import url("drposter_files/header.css");
@import url("drposter_files/load_fonts.css");
@import url("drposter_files/page.css");
@import url("drposter_files/sections.css");
@import url("drposter_files/short_tags.css");
@import url("drposter_files/theme.css");

そうしたら無事に動いた！

PCを変更した影響なのか、一昨年は何か別に設定をしていたのか、なぜ、このような状態になったのかは良く分からないが、深刻な状況ではなくて良かった。

drposter.cssに他のcssが引用されているので、上記のようにcustom.cssは全てを引用する必要はなく、drposter.cssだけを@importすれば良いと思う。もしくは、Rmdファイルでdrposter.cssを指定すれば良いのかも。

2023年3月8日水曜日

投稿

午前
・学外会議

午後
・授業準備
・会議
・論文書き

かなり暖かい１日。研究室内の方が冷んやりしている。

配列データの登録ができたので、加筆して投稿。一度、リジェクトされた論文。

リジェクト理由ははっきりしているので、それを除き、かつ、新しくデータを加えて再解析をした。データやコンセプト自体は評価されていたので、受理されると信じたい。

2023年3月7日火曜日

待機

午前
・データ整理

午後
・個人ゼミ（オンライン×2）
・論文書き

地方誌に投稿。

さらに、昨年、リジェクトされた論文を投稿寸前まで準備を済ませた。本日、申請した配列データのアクセッション番号が入手できれば投稿できる状態で待機。

３月中にもう一本、完成までいきたいが、月末のポスター発表の準備、授業準備でどうなることか、、、。ここで無理しないと１年放置しそうな気も。