ニッチの比較を行う"ecospat"というパッケージがある。
詳細はこの論文に書かれている。
ecospat: an R package to support spatial analyses and modeling of species niches and distributionsValeria.
di Cola et al. (2017) Ecolography, 40: 774–787.
下記論文のAppendixに書かれていたスクリプトが、系統情報なども扱えるようにバージョンアップしてパケージとして配布されたようだ。
Measuring ecological niche overlap from occurrence and spatial environmental data.
Broennimann et al. (2012) Global Ecol. Biogeogr., 21: 481–497.
2地域の分布域のニッチをPCAして、座標に示すことができる。
データを勘違いして、何度もやり直しをしてしまった。