2017年8月15日火曜日

ecospat

ニッチの比較を行う"ecospat"というパッケージがある。

詳細はこの論文に書かれている。

ecospat: an R package to support spatial analyses and modeling of species niches and distributionsValeria.
di Cola et al. (2017) Ecolography, 40: 774–787.

下記論文のAppendixに書かれていたスクリプトが、系統情報なども扱えるようにバージョンアップしてパケージとして配布されたようだ。

Measuring ecological niche overlap from occurrence and spatial environmental data.
Broennimann et al. (2012) Global Ecol. Biogeogr., 21: 481–497.

2地域の分布域のニッチをPCAして、座標に示すことができる。


データを勘違いして、何度もやり直しをしてしまった。