2022年10月21日金曜日

IQ-TREE

午前
・データ解析
・生態学ゼミ(中間発表)

午後
・データ解析

ML法の系統樹作成にこれまでは、RAxMLを使っていたが、IQ-TREEだとモデル選択を一緒にやってくれて、しかも速い(速度が気になるほどでのデータではないが)、ということで試してみることにした。

ネット情報を参考にしてやったら大きな混乱もなくできた。
パーティション用のnexusファイルの設定が間違っていることにずっと気づかず、BEASTを実行しようとしてoverlapの警告で判明した。今後はこちらがメインになりそう。