・データ解析
午後
・個人ゼミ×２
・卒論手伝い（学生ピックアップ）
・データ解析
１年ほど前から悩み、ここ数日、本格的に取り組み、挫折した問題。
鳥取砂丘のオルソ画像（GeoTif）にプロットを打ちたいのだが、航空写真が砂地部分を含むように撮影しているため、左上の海の部分が欠けている。
そこで、案１として、GeoTifを回転させることを試みた。
GeoTifを任意の角度回すことはできないのか、私の技術がないのか、分からないが結果的に案１は失敗に終わった。
とりあえず、QGISのプラグイン「Freehand Raster Georeferencer」を使うと、GeoTifを任意に回転させることができる。一応、地理情報も付加して保存ができるので、本日の昼ごろ、これでイケる！と確信を得た。
個人ゼミを経て、早速、プロットを打ってみると、実際の地点からズレることが判明（プロットは基本的に砂地に配置される）。
ということで、カッコ悪い気がするが、案２で進めることにした。
案２は、空白のあるGeoTifデータにプロットをうち画像ファイル（.png）として保存したのち、画像ファイルを回転させ、トリミングする、というもの。
library(raster)
library(ggplot2)
library(RStoolbox)
#ラスタデータ（GioTif）の読み込み
r <- stack("TottoriSundDune_scale1-4_rotate0.tif")
#プロットデータの読み込み
data <- read.csv("distribution.csv")
#作図
ggRGB(r, r = 1, g = 2, b = 3) +
geom_point(data=data, aes(x=lon, y=lat), size=15, pch=21, fill="red")
すると、プロット位置は正しいのだが、空白（黒）があるカッコ悪い図ができる。
Rには、画像処理をするパッケージが色々とある（みたい）。今回は、「magick」を使った。
#上記の図をmap.pngとして保存しておく
library(magick)
#画像ファイルの読み込み
map <- image_read('map.png', density=300)
#画像の回転；時計周りに15度回転
rotate <- image_rotate(map, 15)
#画像のトリミング；「1500x800」＝「幅x高さ」；「+400」x軸の開始位置；
「+1000」y軸の開始位置；軸の開始位置は「-」も使えるらしい（基準が良く分からない）
photo <- image_crop(rotate, geometry = "1500x800+400+1000")
#描画；普通の画像データとして扱える
plot(photo)
こんな感じで、余計な空白（黒）が無くなった。
参照
・magick パッケージの紹介
・Rで解析：画像操作の進化「magick」パッケージ
