2011年4月11日月曜日

Rで類似度

雨が降ったら急に寒くなった。

助成金書類の見直し・修正に思ったより時間をくってしまった。他に事務書類×1を書いて午前中が終わり。

昼から結構大事な用事で、博多にお出かけ。大学に戻って、BurmoniscusのDNA登録の続きを少しだけして終了。

明日は、水曜日の授業の準備があるが、どうにかBurmoniscusのDNA登録を終え、英文校閲に出してしまいたい。

本日届いた日本生態学会誌にRを使った座標付けに関する総説が載っていたのでメモ。

生物群集解析のための類似度とその応用:Rを使った類似度の算出、グラフ化、検定
土居・岡村(2011)日本生態学会誌, 61, 3-20

まだ、ほとんど読んではいないが、だいたい知っている方法かな。最近では、群集解析にベイズ法が用いられることもあるので、そのあたりとの関係は、一度、しっかりと勉強しておかないとマズそう。

ただ、巻末にRコードが載っているので、とても助かる。数学部分も分かりやすく記述されているので、大学院の実習の教科書に使えるかな。

サソリモドキCOI、コシビロCOIと16Sをシークエンスに出す。

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