2013年10月23日水曜日

stripchart

朝一で授業、、、DNAのお話。

コシビロ論文の読み直し、修正、引用文献の整理などをしていたら、昨日、登録の申請をしていたDDBJから、色々と修正の指摘が届いた。お詫びをしながら修正をお願いする。

午後、大学院生の授業で、Rを使ったグラフ作成を行う。par(new=T)で合成するのだが、上手くいかずに悩む。結局、時間内には解決できず。

問題は、stripchart(data_tama$atama~data_tama$tuki, vertical=T, xlim=c(2,10), ylim=c(100, 2500))、で絵が描かれる下図。データは、4月、5月、6月のデータで、tukiには、5、6、7の整数データ(integerクラス)が入っている。


どうも5、6、7を1、2、3と認識しているのだろうと言うことは分かるのだが、どうして良いのか分からず。他に合成したいデータは、4月からデータあるので、合成するとズレてしまう。

で、授業終了後に、なぜ私はstripchartを使っているのだろう、と思い、plot(data_tama$atama~data_tama$tuki, xlim=c(2,10), ylim=c(100, 2500))、で作図。狙いの図ができた。これで合成すれば問題ない。


そもそもstripchartを使ったのは、昔、同じような図を作る際に、この関数を使っていたわけで、このときは、上記の問題は起こっていない。理由は分からないが、とりあえず、plotでいけるということが分かったのでメモ。

残っていた、沖永良部島、沖縄島、高知の標本を整理。終了後、中国地方某所のサンプルを解剖。おおよその検討はついたけど、、、種名は付かないな〜。

とはいえ、実体顕微鏡レベルの観察なので、プレパラートが乾燥してから生物顕微鏡で観察して決着を付ける必要がある。

もっと手こずるかと思っていたが、結構、楽に決着しそうで良かった。よし、これからはBurmoniscus11種問題に手を出そう!と意気込んだところで今日は終了。

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